| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 3,536,881 | A→G | 100% | E148G (GAA→GGA) | yhhN → | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 3,536,881 | 0 | A | G | 97.2% | 79.8 / ‑6.1 | 24 | E148G (GAA→GGA) | yhhN | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (14/9); total (15/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CTCTCTTTCTTCTGGCCTCTGCCACTGGTGCTGCTGGTTCTGGGCGCGCTGTTACTGGCGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGAACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTCTGGCTGGGGAGCCACTATCGCCGACGCTTCCGTGCGGATAACGCGATTGCTGCGGCCTGCTACTTT > REL606/3536736‑3537026 | ctttattttttCTGGCCTTTCCCACGGGTGCAGCTGATACTTGTGGCGCTGTTCCCGGAGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCATCTCTGAACGTTTATCGGCATGACGCTGGTTATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACtc < 1:669966/145‑2 (MQ=255) ctctTTCTTCTGGCCTCTGCCACTGGTGCTGCTGGTTCTGGGCGCGCTGTTACTGGCGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACtgtg > 2:498587/1‑150 (MQ=255) tctttcttCTGGCCTCTGCCACTGGTGCTGCTGGTTCTGGGCGCGCTGTTACTGGCGATTAGCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTgg < 1:23423/150‑1 (MQ=255) cttctGGCCTCTGCCACTGGTGCTGCTGGTTCTGGGCGCGCTGTTACTGGCGCTTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGttctt > 1:356558/1‑150 (MQ=255) cttctGGCCTCTGCCACTGGTGCTGCTGGTTCTGGGCGCGCTGTTACTGGCGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGttctt > 2:486586/1‑150 (MQ=255) cttctGGCCTCTGCCACTGGTGCTGCTGGTTCTGGGCGCGCTGTTACTGGCGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGttctt > 2:330085/1‑150 (MQ=255) ttctGGCCTCTGCCACTGGTGCTGCTGGTTCTGGGCGCGCTGTTACTGGCGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGttcttc < 1:42035/150‑1 (MQ=255) ttctGGCCTCTGCCACTGGTGCTGCTGGTTCTGGGCGCGCTGTTACTGGCGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGttcttc < 1:485207/150‑1 (MQ=255) ctGCCACTGGTGCTGCTGGTTCTGGGCGCGCTGTTACTGGCGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGAcc > 2:500293/1‑150 (MQ=255) tGCCACTGGTGCTGCTGGTTCCGCGCGCGCTGTTACTGTCGATTATCTGGACGCGGCTGGACGAGTACCGTTGGCCTATCAGCACGTTTGTCGGCATGACGCTGGTGATAGTGTGGTTGGCAGGTGGACTGGGGTTCTTCCGTCCGACCg > 1:100284/1‑150 (MQ=255) tgtcgctgGTTCTGGGCGCGCTGTCCCTGGCGTTTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTGTCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTCGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGgcgc < 1:307588/146‑1 (MQ=255) ggTTCTGGGCGCGCTGTTACTGGCGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGc > 2:629987/1‑150 (MQ=255) ggTTCTGGGCGCGCTGTTACTGGCGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGAACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGc > 1:566868/1‑150 (MQ=255) ggCGCGCTGTTACTGGCGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttgtt < 2:152852/150‑1 (MQ=255) gCGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTg < 2:620/150‑1 (MQ=255) cTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAg < 2:209505/150‑1 (MQ=255) gagTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTctggctg > 2:682853/1‑150 (MQ=255) aTCTGCACATGTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTCTGGCTGGGGAGCCACTATCGc > 1:595579/1‑150 (MQ=255) gTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTCTGGCTGGGGAGCCACTATCGCCGACGCtt > 1:486573/1‑150 (MQ=255) aTGACGCTGTTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTCTGGCTGGGGAGCCACTATCGCCGACGCTTCCGTGCGGAt < 1:497175/150‑1 (MQ=255) ggTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTCTGGCTGGGGAGCCACTATCGCCGACGCTTCCGTGCGGATAACGCGAt > 1:356043/1‑150 (MQ=255) ggTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTCTGGCTGGGGAGCCACTATCGCCGACGCTTCCGTGCGGATAACGCGAt > 1:368238/1‑150 (MQ=255) ggTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTCTGGCTGGGGAGCCACTATCGCCGACGCTTCCGTGCGGATAACGCGAt > 2:396282/1‑150 (MQ=255) tGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTCTGGCTGGGGAGCCACTATCGCCGACGCTTCCGTGCGGATAACGCGATtgctg > 2:683236/1‑150 (MQ=255) ggTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTCTGGCTGGGGAGCCACTATCGCCGACGCTTCCGTGCGGATAACGCGATTGCTGCGGCCTGCTACttt > 2:127972/1‑150 (MQ=255) ggTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTCTGGCTGGGGAGCCACTATCGCCGACGCTTCCGTGCGGATAACGCGATTGCTGCGGCCCGCTACttt > 1:513022/1‑150 (MQ=255) | CTCTCTTTCTTCTGGCCTCTGCCACTGGTGCTGCTGGTTCTGGGCGCGCTGTTACTGGCGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGAACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTCTGGCTGGGGAGCCACTATCGCCGACGCTTCCGTGCGGATAACGCGATTGCTGCGGCCTGCTACTTT > REL606/3536736‑3537026 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |