Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,396,621 | T→G | 63.1% | N380H (AAC→CAC) | chiA ← | periplasmic endochitinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,396,621 | 0 | T | G | 63.1% | 24.8 / 24.4 | 27 | N380H (AAC→CAC) | chiA | periplasmic endochitinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/7); new base G (10/7); total (13/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 |
ATAATCTACGATGCTGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTC‑GGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCG > REL606/3396472‑3396760 | ataATCTACGATGCTGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTC‑GGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGtt < 2:17358/150‑1 (MQ=255) tCTACGATGCTGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTC‑GGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTg > 2:479356/1‑150 (MQ=255) gcTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTC‑GGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGt > 1:531130/1‑150 (MQ=255) gTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTGATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTAc > 2:224691/1‑150 (MQ=255) gTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTCGGGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTGATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTAc < 1:224050/150‑1 (MQ=255) tACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTC‑GGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTGATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTAccc < 2:4094/150‑1 (MQ=255) tACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTC‑GGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTGATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTAccc < 2:212786/150‑1 (MQ=255) cGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTC‑GGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCg < 2:319869/150‑1 (MQ=255) ttGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTC‑GGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTGATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTggg > 2:130650/1‑150 (MQ=255) tGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTC‑GGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCTATGGGTGATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGc < 2:85630/150‑1 (MQ=255) ccTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTC‑GGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTGATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCtt > 2:543709/1‑150 (MQ=255) aaCCATCCGTAACACTGAGTCCGCCGTCATCAATTTCACAGGTCGTC‑GGGTTGCAGTACTGACTCAATTCCGCTGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTTGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTTGTCAATCTTTATacc < 1:536086/150‑1 (MQ=255) aaCCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTC‑GGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGacc < 2:532668/150‑1 (MQ=255) aaCCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTC‑GGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGacc < 2:136519/150‑1 (MQ=255) aTGACGCCGCCGTTAGCACTTTCACAGGTCGTC‑GTTCTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTCCGCTCGAGGCGCTATGCCTGATTTGCGTTTTCAGCGCTCGTACCACCTCGGCAAGCTTTAGACCCACCCCACCAGGCg < 1:359766/150‑1 (MQ=255) ccgTTATCAATTTCACAGGTAGTC‑GGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTaa < 1:478001/150‑1 (MQ=255) gatATCAACTGCACAGCTTGGC‑GGGTTACCCTACCGACTCACTTCCGCGGCTGTACCCGTCCCCTCGAGACCCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAAc < 1:19088/148‑1 (MQ=255) gTTATCAATTTCACAGGTAGTC‑GGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAAc < 2:146126/150‑1 (MQ=255) gTTATCAATTTCACAGGTAGTC‑GGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTGATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAAc < 2:339404/150‑1 (MQ=255) gTTAGCAATTTCACAGGTGCTC‑GGGTTACCGTACTGACTCAATGCCGCAGCGGTAGCTGTACAGTCGAGACGCCATGGGTGATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTTCCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCTTCCCGCCAGGCGTTCTTGTAAAc < 1:458293/150‑1 (MQ=255) tttCACAGGTAGTC‑GGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTGATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCAt > 2:195709/1‑150 (MQ=255) aCCGTACTGACTCCATTCCGCGGCGGTAGCTCTACGCTCGAGACGCCCTGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCTCCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAAt < 1:529803/150‑1 (MQ=255) gTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTc > 1:577049/1‑150 (MQ=255) aTTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTGATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCt > 2:25891/1‑150 (MQ=255) gCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTGATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTc > 1:624129/1‑150 (MQ=255) gCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTGATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCt > 2:108118/1‑150 (MQ=255) gCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTGATTGGAGCTTTCAGCGCTGCTACCCCGTGGGCACTCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCGTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGCAAATTTCACTACCTTCCTGGCCGCTCCCCGCt > 1:120551/1‑150 (MQ=255) gTACGCTCGAGACGCCATGGGTGATTGGAGTTTTCAGCGCTGCTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAACCATTACCATTGAAAATAACATGGTAACTTTGGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGATTGc > 1:476723/1‑150 (MQ=255) cGCCATGGGTGATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCg < 2:478076/150‑1 (MQ=255) cGCCATGGGTGATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCCTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCg > 2:31222/1‑150 (MQ=255) | ATAATCTACGATGCTGTCCGCGCTGTACGCTTTGCTGGCCTGGAAACCATCCGCAACAATGACGCCGCCGTTATCAATTTCACAGGTAGTC‑GGGTTACCGTACTGACTCAATTCCGCAGCGGTAGCTGTACGCTCGAGACGCCATGGGTTATTGGAGTTTTCAGCGCTGGTACCCCGTGGGCAATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCG > REL606/3396472‑3396760 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |