Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 735,660 | T→A | 100% | intergenic (‑401/‑308) | gltA ← / → sdhC | citrate synthase/succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 735,660 | 0 | T | A | 94.4% | 116.1 / 0.3 | 36 | intergenic (‑401/‑308) | gltA/sdhC | citrate synthase/succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (15/19); total (16/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGTGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAGGTCTCCGGAACACCCTGCAATCCCGAGCCACCCAGCGTTGTAACGTGTCGTTTTCGCAT > REL606/735514‑735806 | tCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGTGAc > 1:110844/1‑150 (MQ=255) ccgTTACATAAGTTAATCTTACGTGAAATACCCACTTCACAACTTTTACGCCACATCTGCTTCTCCTGGTAACGATTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGAAGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGAACTAGAt > 1:141173/3‑150 (MQ=255) cTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGAt < 1:672115/150‑1 (MQ=255) cTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGAt > 1:309915/1‑150 (MQ=255) cTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGAt > 1:91505/1‑150 (MQ=255) tGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATc < 2:91774/150‑1 (MQ=255) tGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATc < 2:531468/150‑1 (MQ=255) gTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCa > 1:42325/1‑150 (MQ=255) ttACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCAc > 1:298529/1‑150 (MQ=255) ttACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCAc < 2:578695/150‑1 (MQ=255) ttACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCAc < 2:169836/150‑1 (MQ=255) aGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAg > 2:951/1‑150 (MQ=255) aGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAg > 1:136590/1‑150 (MQ=255) tAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGAt < 2:299377/150‑1 (MQ=255) gTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGa > 2:263194/1‑150 (MQ=255) cTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAATTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGt < 2:396366/150‑1 (MQ=255) cTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGt < 2:113491/150‑1 (MQ=255) cTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGt < 2:535696/150‑1 (MQ=255) cTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACACGACAAACTATATGt > 1:187409/1‑150 (MQ=255) cATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAgg < 1:945/150‑1 (MQ=255) tttACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGTGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTg < 2:111175/150‑1 (MQ=255) gCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATg < 2:187945/150‑1 (MQ=255) ttATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGAtt > 1:216392/1‑150 (MQ=255) ttATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGAtt > 1:36958/1‑150 (MQ=255) ttATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGAtt > 2:186638/1‑150 (MQ=255) tAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATAc < 1:262445/150‑1 (MQ=255) tAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATAc < 1:632173/150‑1 (MQ=255) tAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATAc < 1:186104/150‑1 (MQ=255) gTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTgcc > 1:36662/1‑150 (MQ=255) gttgAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAGGTCTCCGGaa < 2:217010/150‑1 (MQ=255) ttgAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAGGTCTCCGGAac < 2:42458/150‑1 (MQ=255) gAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAGGTCTCCGGAacac < 2:136982/150‑1 (MQ=255) cAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAGGTCTCCGGAACACCCTGCAATcc < 2:402099/150‑1 (MQ=255) taaataaaTGTAGTTATCGAGCCCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAGGTCTCCGGAACACCCTGCAATCCCGAGCCACCCAGCGTTGTaa < 1:64866/150‑1 (MQ=255) aTCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAGGTCTCCGGAACACCCTGCAATCCCGAGCCACCCAGCGTTGTAACGTGTCGTTTTCGCa > 2:593491/1‑150 (MQ=255) tCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAGGTCTCCGGAACACCCTGCAATCCCGAGCCACCCAGCGTTGTAACGTGTCGTTTTCGCAt > 2:557452/1‑150 (MQ=255) | TCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGTGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAGGTCTCCGGAACACCCTGCAATCCCGAGCCACCCAGCGTTGTAACGTGTCGTTTTCGCAT > REL606/735514‑735806 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |