New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 386412 | 35 (1.320) | 3 (0.110) | 3/276 | NT | 7.9% | coding (101/1296 nt) | phoR | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with PhoB |
? | REL606 | = 666130 | NA (NA) | noncoding (1443/1443 nt) | IS150 | repeat region |
GGACGCAGAGCAGGGCTTATGATTTCTTAACTGGAGTATCTTACGTGCTGGAACGGCTGTCGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGTAGTATGACCCCGCCACCGGGGCGTGGTAGCTGGGAACCGCTACTATACGGC > REL606/386268‑386545 | ggACGCAGAGCAGGGCTTATGATTTCTTAACTGGAGTATCTTACGTGCTGGAACGGCTGTCGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTtgtac < 2:68714‑M1/150‑6 (MQ=255) ggACGCAGAGCAGGGCTTATGATTTCTTAACTGGAGTATCTTACGTGCTGGAACGGCTGTCGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGc > 1:59652/1‑150 (MQ=255) ggACGCAGAGCAGGGCTTATGATTTCTTAACTGGAGTATCTTACGTGCTGGAACGGCTGTCGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGc < 2:506991/150‑1 (MQ=255) aCGCAGAGCAGGGCTTATGATTTCTTAACTGGAGTATCTTACGTGCTGGAACGGCTGTCGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTg > 2:72716/1‑150 (MQ=255) gagCAGGGCTTATGATTTCTTAACTGGAGTATCTTACGTGCTGGAACGGCTGTCGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATc > 2:152383/1‑150 (MQ=255) gagCAGGGCTTATGATTTCTTAACTGGAGTATCTTACGTGCTGGAACGGCTGTCGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATc > 2:66174/1‑150 (MQ=255) gagCAGGGCTTATGATTTCTTAACTGGAGTATCTTACGGACTGGAACGGCTGACGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTCCATTTTTTGGTTACCTCCCCTGGTTTTTGCTGGGATc > 1:162955/1‑150 (MQ=255) gCTTATGATTTCTTAACTGGAGTATCTTACGTGCTGGAACGGCTGTCGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACg > 1:638975/1‑150 (MQ=255) tttCTTAACTGGAGTATCTTACGTGCTGGAACGGCTTTCGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCt > 1:109808/1‑150 (MQ=255) cTTAACTGGAGTATCTTACGTGCTGGAACGGCTGTCGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTAt > 1:204382/1‑150 (MQ=255) tAACTGGAGTATCTTACGTGCTGGAACGGCTGTCGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCt < 2:159703/150‑1 (MQ=255) ggAGTATCTTACGTGCTGGAACGGCTGTCGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCAt > 1:50232/1‑150 (MQ=255) ggAGTATCTTACGTGCTGGAACGGCTGTCGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCAt > 2:373942/1‑150 (MQ=255) tATCTTACGTGCTGGAACGGCTGTCGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCt < 1:65978/150‑1 (MQ=255) aTCTTACGTGCTGGAACGGCTGTTGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTg > 1:632133/1‑150 (MQ=255) aTCTTACGTGCTGGAACGGCTGTCGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcata > 2:143758‑M1/1‑108 (MQ=255) aTCTTACGTGCTGGAACGGCTGTCGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTg > 1:95467/1‑150 (MQ=255) tACGTGCTGGAACGGCTGTCGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatatagg < 1:285080‑M1/150‑47 (MQ=255) tACGTGCTGGAACGGCTGTCGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAAt < 1:96048/150‑1 (MQ=255) gAACGGCTGTCGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTgcgc < 1:78465/150‑1 (MQ=255) cGTGGAAAAGGCGGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCAtggt < 1:671250/150‑1 (MQ=255) aaaaGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCtg < 2:204970/150‑1 (MQ=255) ggCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTgtggg > 2:92437/1‑150 (MQ=255) gTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGAt > 1:563400/1‑150 (MQ=255) tGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATc < 2:633990/150‑1 (MQ=255) cTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCgt < 2:565041/150‑1 (MQ=255) cTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCgt < 2:640853/150‑1 (MQ=255) ggAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCgtag < 2:50384/150‑1 (MQ=255) aGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCgtagta < 2:40860/150‑1 (MQ=255) gctgctCCTTTGCGGCGTCCCGCCTGTCATCCTCGGTGCATTGTGTGGTTACAGGCGCTGGTTTGTGCTGGTATCGGGAACGGGCCTGCTCGTCTGGGATTGCTGGAATTTATTGCGCCTTTTATGCTGGCTGTGGGTGGATCGTAGTAt < 1:377734/150‑1 (MQ=255) gctgctACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGTAGTAt < 1:10884/150‑1 (MQ=255) gctACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGTAGTATGAc < 2:59828/150‑1 (MQ=255) tACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGTAGTATGAccc < 2:310672/150‑1 (MQ=255) tACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGTAGTATGAccc < 2:3164/150‑1 (MQ=255) gctTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGTAGTATGACCCCGCCACCgg < 1:92163/150‑1 (MQ=255) ttCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGTAGTATGACCCCGCCACCGGGGCGTGGTAGc > 1:271579/1‑150 (MQ=255) tCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGTAGTATGACCCCGCCACCGGGGCGTGGTAGCTggg < 2:117975/150‑1 (MQ=255) tgcgTGCATTTTTTTGTGACCTGCCCTGTTTTTTGTTTGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGTAGTATGACCCCGCCACCGGGGCGTGGTAGCTGGGAAc < 1:80016/147‑1 (MQ=255) gggTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGTAGTATGACCCCGCCACCGGGGCGTGGTAGCTGGGAAcc < 2:272353/150‑1 (MQ=255) ggTTCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTtgtactgaccccaaaaagtttgacagttagacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaatat < 1:143347‑M1/150‑122 (MQ=255) ggTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGTAGTATGACCCCGCCACCGGGGCGTGGTAGCTGGGAACCGCTACTATACGGc < 2:623491/150‑1 (MQ=255) | GGACGCAGAGCAGGGCTTATGATTTCTTAACTGGAGTATCTTACGTGCTGGAACGGCTGTCGTGGAAAAGGCTGGTGCTGGAGCTGCTACTTTGCTGCTTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACGGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGTAGTATGACCCCGCCACCGGGGCGTGGTAGCTGGGAACCGCTACTATACGGC > REL606/386268‑386545 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |