New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 16974 | 0 (0.000) | 52 (1.980) | 29/274 | NT | 100% | intergenic (‑16/‑514) | mokC/nhaA | regulatory protein for HokC, overlaps CDS of hokC/pH‑dependent sodium/proton antiporter |
? | REL606 | = 666130 | NA (NA) | noncoding (1443/1443 nt) | IS150 | repeat region |
CTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGATAGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTT > REL606/16825‑17122 | ctcGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGt < 2:663759/150‑1 (MQ=255) tACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtac < 2:386870‑M1/150‑6 (MQ=255) tACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtac < 2:125710‑M1/150‑6 (MQ=255) aCCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATATGGGGCCTCGGGTtgtact > 1:606059‑M1/1‑144 (MQ=255) ccAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGATAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactg < 2:488713‑M1/150‑8 (MQ=255) gcgcCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgacc < 2:504127‑M1/150‑11 (MQ=255) ccACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaa > 2:587588‑M1/1‑134 (MQ=255) gcggTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggac < 2:534732‑M1/150‑25 (MQ=255) ggTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacag > 2:499488‑M1/1‑124 (MQ=255) gTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagt > 2:379511‑M1/1‑123 (MQ=255) gATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagtta > 2:203858‑M1/1‑121 (MQ=255) aCAGATGACGATCAGCGCGACAATCCTCGCCTTATGCTGCTTCATTGAGCTCTTCTCCTTGACCTTACGTTCAGGACGAGGGACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtacggaccccaaaaagttggacagtgaaag < 1:293722‑M1/150‑33 (MQ=255) cAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaaca < 1:585862‑M1/150‑34 (MQ=255) aGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATGGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactggccccaaaaagttggacagttaaacac < 1:30469‑M1/150‑35 (MQ=255) gATGACGAGCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCGGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggaccgttaaacacg < 1:307813‑M1/150‑36 (MQ=255) gACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgagg > 2:319609‑M1/1‑112 (MQ=255) cGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggca < 2:248125‑M1/150‑41 (MQ=255) aGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCCCCCTGACCTTACAGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGCTtatcctgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatatag < 2:371994‑M1/150‑46 (MQ=255) gggCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatatagg < 2:424046‑M1/150‑47 (MQ=255) gggCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatatagg < 1:498073‑M1/150‑47 (MQ=255) ggcctacaaccCTCGCCTTCTGCTGCTTCATTGCTCGCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGCCACTCTACATGGGTTCATCATATAGGGGGCCTCGGGTtttactggccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatatagg < 1:666155‑M1/145‑47 (MQ=255) ccTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatatt > 2:578988‑M1/1‑89 (MQ=255) ttCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtc < 2:236285‑M1/150‑73 (MQ=255) gCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagacct > 2:539475‑M1/1‑72 (MQ=255) tcCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttc > 2:572530‑M1/1‑63 (MQ=255) aCCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggcta > 2:84015‑M1/1‑57 (MQ=255) gTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttct > 1:296052‑M1/1‑49 (MQ=255) cAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgc < 1:570865‑M1/150‑104 (MQ=255) cAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgc > 2:250767‑M1/1‑47 (MQ=255) gTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtacttaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctg > 1:310290‑M1/1‑45 (MQ=255) gTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgatcccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctg > 1:415731‑M1/1‑45 (MQ=255) cACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacatgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagta < 2:607836‑M1/150‑114 (MQ=255) cACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgacccaaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagta < 1:318706‑M1/150‑114 (MQ=255) aagtctacaTGTGGTCAGCATAAAGGGGGCCTCGGGTggtccggaccccaaaaaggtggtcagttacacacgaggcatataggtctgattccgatatgcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagta < 1:128112‑M1/147‑114 (MQ=255) ctctACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtattatt > 1:550311‑M1/1‑35 (MQ=255) ctctACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtatt > 2:663420‑M1/1‑35 (MQ=255) ctctACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtatt > 2:649673‑M1/1‑35 (MQ=255) ctctACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtatt > 2:628008‑M1/1‑35 (MQ=255) ctctACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtatt > 2:352008‑M1/1‑35 (MQ=255) ctctACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtatt > 2:296000‑M1/1‑35 (MQ=255) ctctACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtatt > 2:375333‑M1/1‑35 (MQ=255) ctctACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtatt > 2:540486‑M1/1‑35 (MQ=255) ctctACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtatt > 2:400686‑M1/1‑35 (MQ=255) ctctACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtatt > 2:166124‑M1/1‑35 (MQ=255) ctctACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatatagggatgattccgatattcaattggattcagaccttttaatttcaggctaattcttctgttgttgtagtatt > 1:535430‑M1/1‑35 (MQ=255) ctACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaatgttggacagttaaacacgaggcatataggtctgactccgatattcaataggattcagaccttttaatttcaggctaattcttctacttttgtagtattca > 1:316076‑M1/1‑33 (MQ=255) ctACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattca > 2:550519‑M1/1‑33 (MQ=255) ctACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattca > 1:502404‑M1/1‑33 (MQ=255) aCATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaat < 2:378334‑M1/150‑120 (MQ=255) aTGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaatat < 2:296895‑M1/150‑122 (MQ=255) aTGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaatat < 1:351002‑M1/150‑122 (MQ=255) aTGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaatat < 1:538924‑M1/150‑122 (MQ=255) aTGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaatat < 2:562346‑M1/150‑122 (MQ=255) gCATATAGGGGGCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggataattcttctgctgttgtagtattcaatatattacgtaa > 1:510444‑M1/1‑20 (MQ=255) gCCTCGGTTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaatatattccgtaacagcatccttc < 1:396180‑M1/150‑142 (MQ=255) gCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatgtaggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaatatattccgtaacagcatccttc < 2:511901‑M1/150‑142 (MQ=255) gCCTCGGGTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcacaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaatatattccgtaacagcatccttc < 2:311166‑M1/150‑142 (MQ=255) gggTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaatatattccgtaacagcatccttcagttc > 1:175640‑M1/1‑4 (MQ=255) gggTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaatatattccgtaacagcatccttcagttc > 2:64500‑M1/1‑4 (MQ=255) aagttgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaatatattccgtaacagcatccttcagttc > 2:557394‑M1/3‑4 (MQ=255) ggTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaatatattccgtaacagcatccttcagttcg > 2:320931‑M1/1‑3 (MQ=255) ggTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaatatattccgtaacagcatccttcagttcg > 2:288946‑M1/1‑3 (MQ=255) gTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaatatattccgtaacagcatccttcagttcgc > 2:217741‑M1/1‑2 (MQ=255) gTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaatatattccgtaacagcatccttcagttcgc > 2:287825‑M1/1‑2 (MQ=255) gTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaatatattccgtaacagcatccttcagttcgc > 1:572586‑M1/1‑2 (MQ=255) gTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaatatattccgtaacagcatccttcagttcgc > 2:79972‑M1/1‑2 (MQ=255) gTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaatatattccgtaacagcatccttcagttcgc > 1:491919‑M1/1‑2 (MQ=255) | CTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGATAGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTT > REL606/16825‑17122 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |