| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 796,329 | Δ1 bp | 100% | coding (1/993 nt) | ECB_00737 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 796,329 | 0 | T | . | 100.0% | 64.3 / NA | 15 | coding (1/993 nt) | ECB_00737 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (10/5); total (10/5) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GAAAATACTCATGCCAATGACGCCATTGCTAATGGTTTTATTAATAAGCTCTCCAAAATTAACGGGGACTCTCATGTTAATGTGAAAAATAAACACATAAAAAGCAGCTATAAATCTTAAGATTGTTACTCCATCCATTTTTTTTCTTGTTATGTTATTGGTACTAGTCATTTGAGGCTTCTCATGATTAAAAGGTTCGTTATTAAAACCATTAATAATACTCTACTTACTTATCAAGTATCAACGTTTTTATGTGTGGTTTTAATTAACAGA > REL606/796192‑796464 | gaaAATACTCATGCCAATGACGCCATTGCTAATGGTTTTATTAATAAGCTCTCCAAAATTAACGGGGACTCTCATGTTAATGTGAAAAATAAACACATAAAAAGCAGCTATAAATCTTAAGATTGTTACTCCATCCA‑TTTTTTTCTtgtt > 2:11149/1‑150 (MQ=255) ccAATGACGCCATTGCTAATGGTTTTATTAATAAGCTCTCCAAAATTAACGGGGACTCTCATGTTAATGTGAAAAATAAACACATAAAAAGCAGCTATAAATCGGAAGATTGTTACTCCATCCA‑TTTTTTTCTTGTTATGTTATTGGTAc < 1:141547/150‑1 (MQ=255) tGACGCCATTGCTAATGGTTTTATTAATAAGCTCTCCAAAATTAACGGGGACTCTCATGTTAATGTGAAAAATAAACACATAAAAAGCAGCTATAAATCTTAAGATTGTTACTCCATCCA‑TTTTTTTCTTGTTATGTTATTGGTACTAGt < 2:342303/150‑1 (MQ=255) gCTAATGGTTTTATTAATAAGCTCTCCAAAATTAACGGGGACTCTCATGTTAATGTGAAAAATAAACACATAAAAAGCAGCTATAAATCTTAAGATTGTTACTCCATCCA‑TTTTTTTCTTGTTATGTTATTGGTACTAGTCATTTGAGGc > 1:95049/1‑150 (MQ=255) aataaGCTCTCCAAAATTAACGGGGACTCTCATGTTAATGTGAAAAATAAACACATAAAAAGCAGCTATAAATCTTAAGATTGTTACTCCATCCA‑TTTTTTTCTTGTTATGTTATTGGTACTAGTCATTTGAGGCTTCTCATGATTaaaa < 1:11111/150‑1 (MQ=255) ctcCAAAATTAACGGGGACTCTCATGTTAATGTGAAAAATAAACACATAAAAAGCAGCTATAAATCTTAAGATTGTTACTCCATCCA‑TTTTTTTCTTGTTATGTTATTGGTACTAGTCATTTGAGGCTTCTCATGATTAAAAGGTTCGtt > 2:163272/1‑150 (MQ=255) aCTCTCATGTTAATGTGAAAAATAAACACATAAAAAGCAGCTATAAATCTTAAGATTGTTACTCCATCCA‑TTTTTTTCTTGTTATGTTATTGGTACTAGTCATTTGAGGCTTCTCATGATTAAAAGGTTCGTTATTAAAACCATtaataa > 2:37067/1‑150 (MQ=255) ctctCATGTTAATGTGAAAAATAAACACATAAAAAGCAGCTATAAATCTTAAGATTGTTACTCCATCCA‑TTTTTTTCTTGTTATGTTATTGGTACTAGTCATTTGAGGCTTCTCATGATTAAAAGGTTCGTTATTAAAACCATTaataat > 2:508628/1‑150 (MQ=255) tctcATGTTAATGTGAAAAATAAACACATAAAAAGCAGCTATAAATCTTAAGATTGTTACTCCATCCA‑TTTTTTTCTTGTTATGTTATTGGTACTAGTCATTTGAGGCTTCTCATGATTAAAAGGTTCGTTATTAAAACCATTAataata > 1:453618/1‑150 (MQ=255) tcATGTTAATGTGAAAAATAAACACATAAAAAGCAGCTATAAATCTTAAGATTGTTACTCCATCCA‑TTTTTTTCTTGTTATGTTATTGGTACTAGTCATTTGAGGCTTCTCATGATTAAAAGGTTCGTTATTAAAACCATTAATAATAct < 1:507180/150‑1 (MQ=255) caTAAAAAGCAGCTATAAATCTTAAGATTGTTACTCCATCCA‑TTTTTTTCTTGTTATGTTATTGGTACTAGTCATTTGAGGCTTCTCATGATTAAAAGGTTCGTTATTAAAACCATTAATAATACTCTACTTACTTATCAAGTATCAACg > 2:268090/1‑150 (MQ=255) agcTATAAATCTTAAGATTGTTACTCCATCCA‑TTTTTTTCTTGTTATGTTATTGGTACTAGTCATTTGAGGCTTCTCATGATTAAAAGGTTCGTTATTAAAACCATTAATAATACTCTACTTACTTATCAAGTATCAACGTTTTTAtgtg < 2:454906/150‑1 (MQ=255) tCTTAAGATTGTTACTCCATCCA‑TTTTTTTCTTGTTATGTTATTGGTACTAGTCATTTGAGGCTTCTCATGATTAAAAGGTTCGTTATTAAAACCATTAATAATACTCTACTTACTTATCAAGTATCAACGTTTTTATGTGTGGTTttaa > 2:76717/1‑150 (MQ=255) gATTGTTACTCCATCCA‑TTTTTTTCTTGTTATGTTATTGGTACTAGTCATTTGAGGCTTCTCATGATTAAAAGGTTCGTTATTAAAACCATTAATAATACTCTACTTACTTATCAAGTATCAACGTTTTTATGTGTGGTTTTAATTAACa > 1:5819/1‑150 (MQ=255) ttGTTACTCCATCCA‑TTTTTTTCTTGTTATGTTATTGGTACTAGTCATTTGAGGCTTCTCATGATTAAAAGGTTCGTTATTAAAACCATTAATAATACTCTACTTACTTATCAAGTATCAACGTTTTTATGTGTGGTTTTAATTAACAGa > 1:468579/1‑150 (MQ=255) | GAAAATACTCATGCCAATGACGCCATTGCTAATGGTTTTATTAATAAGCTCTCCAAAATTAACGGGGACTCTCATGTTAATGTGAAAAATAAACACATAAAAAGCAGCTATAAATCTTAAGATTGTTACTCCATCCATTTTTTTTCTTGTTATGTTATTGGTACTAGTCATTTGAGGCTTCTCATGATTAAAAGGTTCGTTATTAAAACCATTAATAATACTCTACTTACTTATCAAGTATCAACGTTTTTATGTGTGGTTTTAATTAACAGA > REL606/796192‑796464 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |