| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 4,558,775 | Δ1 bp | 100% | coding (663/1425 nt) | hsdS ← | specificity determinant for hsdM and hsdR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 4,558,775 | 0 | T | . | 100.0% | 116.7 / NA | 26 | coding (663/1425 nt) | hsdS | specificity determinant for hsdM and hsdR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (12/14); total (12/14) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AATTAATTCTATACCGTCTTTTATATCATCTCCAGGTTGCACCACACCATAACATAATGGTCTTTGTGTATTGATAATGTTATTCAAAATTGTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAACTTTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTACCAGTTACTGCCGCAGCCAACACCGCCTGACGAAAACGTTTCAGGATTTGTGGGATTTGCTCAAGGCGTGCTTTGGTGCTGTCTACCTG > REL606/4558634‑4558903 | aattaattCTATACCGTCTTTTATATCATCTCCAGGTTGCACCACACCATAACATAATGGTCTTTGTGTATTGATAATGTTATTCAAAATTGTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAACttttttatt > 1:101843/1‑147 (MQ=255) attCTATACCGTCTTTTATATCATCTCCAGGTTGCACCACACCATAACATAATGGTCTTTGTGTATTGATAATGTTATTCAAAATTGTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAAC‑TTTTTTATTATaaa > 1:474332/1‑150 (MQ=255) attCTATACCGTCTTTTATATCATCTCCAGGTTGCACCACACCATAACATAATGGTCTTTGTGTATTGATAATGTTATTCAAAATTGTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAAC‑TTTTTTATTATaaa > 2:609335/1‑150 (MQ=255) attCTATACCGTCTTTTATATCATCTCCAGGTTGCACCACACCATAACATAATGGTCTTTGTGTATTGATAATGTTATTCAAAATTGTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAAC‑TTTTTTATTATaaa > 2:220589/1‑150 (MQ=255) gTCTTTTATATCATCTCCAGGTTGCACCACACCATAACATAATGGTCTTTGTGTATTGATAATGTTATTCAAAATTGTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAAC‑TTTTTTATTATAAAATCTTTAtct < 1:391374/150‑1 (MQ=255) cTTTTATATCATCTCCAGGTTGCACCACACCATAACATAATGGTCTTTGTGTATTGATAATGTTATTCAAAATTGTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAAC‑TTTTTTATTATAAAATCTTTAtcttc > 2:221067/1‑150 (MQ=255) tctcCAGGTTGCACCACACCATAACATAATGGTCTTTGTGTATTGATAATGTTATTCAAAATTGTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAAC‑TTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAAcc > 1:141904/1‑150 (MQ=255) tataagagacagccaTAACATAATGGTCTTTGTGTATTGATAATGTTATTCAAAATTGTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAAC‑TTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTACCAg < 2:54669/138‑1 (MQ=255) ggTTTCACCACACCATAACATAATGGTCTTTGTGTATTGATAATGTTATTCAAAATTGTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAAC‑TTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTACCAg < 1:501593/150‑1 (MQ=255) 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aaGGATTTTGTAGGTATCTAATTCAAC‑TTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTATTTGGTCAACCTATCAGTTACTGCCGCAGCCAACACCGCCTGTCGAAAGCGTTTCAGGATTTGTGGGATTTGCTCAAGGCGTGCTTTGGTGCTGTCt < 1:285641/150‑1 (MQ=255) gATTTTGTAGTTATCTAATTCAAC‑TTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTACCAGTTACTGCCGCAGCCAACACCGCCTGACGAAAACGTTTCAGGATTTGTGGGATTTGCTCAAGGCGTGCTTTGGTGCTGTCTAcc < 1:435852/150‑1 (MQ=255) ttttGTAGTTATCTAATTCAAC‑TTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTACCAGTTACTGCCGCAGCCAACACCGCCTGACGAAAACGTTTCAGGATTTGTGGGATTTGCTCAAGGCGTGCTTTGGTGCTGTCTACCTg < 2:333782/150‑1 (MQ=255) | AATTAATTCTATACCGTCTTTTATATCATCTCCAGGTTGCACCACACCATAACATAATGGTCTTTGTGTATTGATAATGTTATTCAAAATTGTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAACTTTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTACCAGTTACTGCCGCAGCCAACACCGCCTGACGAAAACGTTTCAGGATTTGTGGGATTTGCTCAAGGCGTGCTTTGGTGCTGTCTACCTG > REL606/4558634‑4558903 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |