Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
JC JC REL606 4,524,522 IS186 (+) +6 bp coding (494‑499/549 nt) fimA → major type 1 subunit fimbrin (pilin)

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 2772854 =NA (NA)54 (1.070) 35/64 0.1 94.7% noncoding (1/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 = 4524527 3 (0.220)coding (499/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)
* ? REL606 = 2774196NA (NA)45 (0.890) 31/64 0.2 95.7% noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 4524522 = 2 (0.160)coding (494/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)

TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG...................................  >  REL606/2774159‑2774196
...................................GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACC  >  REL606/4524522‑4524556
                                                                         
     AGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCG                                  >  2:300782/1‑36 (MQ=38)
      GATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGC                                 >  1:1265936/1‑36 (MQ=40)
      GATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGC                                 >  2:2085010/1‑36 (MQ=40)
       ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCA                                <  2:527668/36‑1 (MQ=255)
        TGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAA                               <  1:1071643/36‑1 (MQ=255)
        TGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAA                               <  2:782562/36‑1 (MQ=255)
          GTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCATCC                             >  2:2746390/1‑36 (MQ=255)
          GTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACC                             <  1:1343633/36‑1 (MQ=38)
           TTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCACCCC                            >  2:439343/1‑36 (MQ=255)
           TTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCC                            >  1:2341753/1‑36 (MQ=35)
            TCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCC                           <  1:2463458/36‑1 (MQ=32)
              AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGG                         >  2:1121035/1‑36 (MQ=1)
               ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGG                        <  2:510864/36‑1 (MQ=1)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGT                       <  2:1219241/36‑1 (MQ=1)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGT                       >  1:3619508/1‑36 (MQ=1)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGT                       <  2:362157/36‑1 (MQ=1)
                 CCTTAAGTTAGCGCTTAAGGGCCGCAACCCCGGGTG                      <  2:3619240/36‑1 (MQ=0)
                  CTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGC                     <  2:3166362/36‑1 (MQ=1)
                  CTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGC                     <  1:2929066/36‑1 (MQ=1)
                  CTTAAGTTAGCGCTTATAGGCCGCAACCCCGGGTGC                     <  2:978159/36‑1 (MQ=0)
                    TAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTG                   >  2:1196361/1‑36 (MQ=1)
                    TAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTG                   <  1:549587/36‑1 (MQ=1)
                    TAAGTTACCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTG                   <  2:1508696/36‑1 (MQ=0)
                    TAAGTTACCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTG                   <  2:3327668/36‑1 (MQ=0)
                     AAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGC                  <  1:258081/36‑1 (MQ=1)
                      AGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCT                 <  1:1823146/36‑1 (MQ=1)
                       GTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTA                >  1:1620754/1‑36 (MQ=1)
                       GTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTA                <  1:853643/36‑1 (MQ=1)
                        TTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAA               <  1:287128/36‑1 (MQ=1)
                         TAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAc              >  1:860956/1‑35 (MQ=1)
                         TAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAT              <  1:3706716/36‑1 (MQ=1)
                         TAGCACTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAT              >  2:2397088/1‑36 (MQ=0)
                           GCGCTAATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGC            <  2:2280031/36‑1 (MQ=0)
                            CGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCG           >  2:876436/1‑36 (MQ=1)
                            CGCTTATGGGCCGCAACCCAGGGTGCTGCTAATGCG           >  2:2994208/1‑36 (MQ=0)
                             GCTTATGGGCCCCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGG          <  1:170787/36‑1 (MQ=0)
                              CTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGA         >  2:1608673/1‑36 (MQ=1)
                              CTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGA         <  2:623249/36‑1 (MQ=1)
                               TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAT        >  2:1743384/1‑36 (MQ=1)
                               TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAT        <  2:3170437/36‑1 (MQ=1)
                               TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAT        <  1:271752/36‑1 (MQ=1)
                               TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAT        >  2:1477317/1‑36 (MQ=1)
                               TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAT        >  2:1362851/1‑36 (MQ=1)
                                TATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATG       <  1:878675/36‑1 (MQ=1)
                                TATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATG       <  2:168132/36‑1 (MQ=1)
                                                                         
TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG...................................  >  REL606/2774159‑2774196
...................................GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACC  >  REL606/4524522‑4524556

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 10 ≤  ATCG  < 20 ≤  ATCG  < 29 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG