Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6063,361,4730T→C26.0% 11.650intergenic (‑8/‑122)smf/defhypothetical protein/peptide deformylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (0/13):  ref base (25/12):  total (25/25)

AACGCAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCTTTGC  >  REL606/3361438‑3361504
                                   |                               
aaCGCAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTAtct                                 <  2:3640904/36‑1 (MQ=255)
aaCGCAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTAtct                                 >  1:46091/1‑36 (MQ=255)
 aCGCAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTAtctc                                >  1:1081873/1‑36 (MQ=255)
 aCGCAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTAtctc                                >  1:1178581/1‑36 (MQ=255)
 aCGCAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTAtctc                                >  1:3343171/1‑36 (MQ=255)
  cGCAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTcc                               >  2:1786837/1‑36 (MQ=255)
   gCAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTccc                              <  2:857140/36‑1 (MQ=255)
   gCAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTccc                              <  1:3534491/36‑1 (MQ=255)
    cAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCt                             >  2:655560/1‑36 (MQ=255)
    cAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCt                             <  2:1978570/36‑1 (MQ=255)
    cAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTANCTCCCt                             >  2:1969143/1‑36 (MQ=255)
     acccAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTg                            >  2:3044471/3‑36 (MQ=255)
     aGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTg                            <  2:764603/36‑1 (MQ=255)
     aGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTg                            >  2:509748/1‑36 (MQ=255)
       ccAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGcc                          <  1:3397286/36‑1 (MQ=255)
       ccAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGcc                          <  1:2538030/36‑1 (MQ=255)
       ccAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGcc                          <  1:1618229/36‑1 (MQ=255)
        cAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGCCa                         <  1:2989890/36‑1 (MQ=255)
        cAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGCCa                         >  2:1877042/1‑36 (MQ=255)
         aaaTTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGCCAt                        >  2:2012446/1‑36 (MQ=255)
         aaaTTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGCCAt                        >  2:2226398/1‑36 (MQ=255)
          aaTTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGCTATa                       >  2:2464345/1‑36 (MQ=255)
           aTTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGCCATaa                      >  2:1467502/1‑36 (MQ=255)
            tttCTGTATCGACCATCCTTATCCCCCTGCCATAag                     <  1:1554057/36‑1 (MQ=255)
             ttCTGTATCGACCATCCTTATCCCCCTGCCATAagc                    <  2:775234/36‑1 (MQ=255)
              tCTGTATCGGCCATCCTTATCTCCCTGCCATAagca                   <  1:2079260/36‑1 (MQ=255)
                tGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGCCATAagcagc                 >  2:369117/1‑36 (MQ=255)
                 gTATCGGCCACCCTTGCGCCCCTGCCATAAGCAGcc                <  2:1723050/36‑1 (MQ=12)
                 gTATCGACCATCCTTATCTCCCTGCCATAAGCAGcc                >  1:1099113/1‑36 (MQ=255)
                   aTCGACCATCCTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCtt              >  1:474773/1‑36 (MQ=255)
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                       ataaTCTTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCa          <  1:503900/33‑1 (MQ=38)
                        ccATCCTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCaa         >  2:1499842/1‑36 (MQ=255)
                         cacccTTACCCCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCGAt        <  1:1063089/33‑1 (MQ=19)
                         cATCCTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCTTTAGTAAt        >  1:3336608/1‑36 (MQ=255)
                         cATCCTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAAt        >  2:3359165/1‑36 (MQ=255)
                         cATCCTTATCCCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAAt        <  2:1351067/36‑1 (MQ=255)
                          acccTTACCCCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATc       <  1:3066509/34‑1 (MQ=37)
                          acccTTACCCCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATc       <  1:2297266/34‑1 (MQ=37)
                          aTCCTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATc       >  2:2224342/1‑36 (MQ=255)
                          aTCCTACTCCCCCTGGCATAAGCAGCCTTAGCAATc       <  2:3597257/36‑1 (MQ=19)
                           tCCTTTTCCCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCt      <  2:774142/36‑1 (MQ=38)
                            ctttATCCCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCtt     <  2:2365765/34‑1 (MQ=38)
                            ccTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCtt     >  2:2935199/1‑36 (MQ=255)
                            ccTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCtt     >  2:1459522/1‑36 (MQ=255)
                            ccTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGAAATCtt     >  1:264062/1‑36 (MQ=255)
                             cTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCttt    >  1:2371331/1‑36 (MQ=255)
                             cTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCttt    >  2:3527148/1‑36 (MQ=255)
                             cTTATCTCCCTGCCATAACCAGCCTTAGCAATCttt    >  2:3049046/1‑36 (MQ=255)
                             cTTACCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCttt    <  2:2485958/36‑1 (MQ=255)
                              ttATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCTTTg   <  1:1874307/36‑1 (MQ=255)
                              ttATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCTTTg   >  2:1198291/1‑36 (MQ=255)
                              ttATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCTTTg   >  2:1085187/1‑36 (MQ=255)
                              taaTCCCCCAGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCTTTg   <  1:2053657/34‑1 (MQ=37)
                               tATCCCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCTTTGc  <  1:312044/36‑1 (MQ=255)
                                   |                               
AACGCAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCTTTGC  >  REL606/3361438‑3361504

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 7 ≤  ATCG  < 18 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG