Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA REL606 3,483,047 C→A R455S (CGC→AGC)  malT → transcriptional regulator MalT

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6063,483,0470C→A100.0% 156.6 481363malTtranscriptional regulator MalT
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (30/17):  ref base (1/0):  total (31/17)

GAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCG  >  REL606/3483014‑3483079
                                 |                                
gaagaCACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTgagc                                <  2:1813800/36‑1 (MQ=255)
gaagaCACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTgagc                                >  1:1366506/1‑36 (MQ=255)
gaagaCACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTgagc                                >  1:2191152/1‑36 (MQ=255)
gaagaCACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTgagc                                >  2:1435105/1‑36 (MQ=255)
   gaCACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGcc                             >  2:2191022/1‑36 (MQ=255)
    acacCATGCACGCAGAATTTAACGCCCTGAGCGccc                            >  1:3058008/1‑36 (MQ=38)
     cacCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCa                           >  2:2845671/1‑36 (MQ=255)
     cacCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCa                           <  1:1601750/36‑1 (MQ=255)
      acCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCTCAg                          >  1:3102022/1‑36 (MQ=38)
       ccATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAgg                         <  2:1558663/36‑1 (MQ=255)
        cATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGt                        >  2:1552254/1‑36 (MQ=255)
          tGCACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGttg                      >  1:3150740/1‑34 (MQ=38)
          tGCACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTgg                      >  2:1983593/1‑36 (MQ=255)
           gCACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGc                     >  1:1005836/1‑36 (MQ=255)
            cACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCg                    <  1:2450857/36‑1 (MQ=255)
            cACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCg                    <  2:1061331/36‑1 (MQ=255)
            cACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCg                    <  1:563827/36‑1 (MQ=255)
             aCGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGa                   >  2:511103/1‑36 (MQ=255)
             aCGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGa                   <  2:2428158/36‑1 (MQ=255)
              cGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGAt                  >  1:1093211/1‑36 (MQ=255)
              cGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGAt                  <  2:3259661/36‑1 (MQ=255)
              cGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGAt                  <  2:641408/36‑1 (MQ=255)
               gCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGAtt                 >  1:46547/1‑36 (MQ=255)
                cAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTa                <  1:967725/36‑1 (MQ=255)
                cAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTa                >  2:2836320/1‑36 (MQ=255)
                cAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTa                >  2:2379512/1‑36 (MQ=255)
                 aGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTaa               <  1:1295266/36‑1 (MQ=255)
                   aaTTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACg             >  1:471482/1‑36 (MQ=255)
                    aTTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGa            <  1:2271303/36‑1 (MQ=255)
                     tttAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGAt           <  1:3440582/36‑1 (MQ=255)
                     tttAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGAt           >  1:3103603/1‑36 (MQ=255)
                     tttAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGAt           >  1:1155474/1‑36 (MQ=255)
                      ttAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTTATGATg          >  1:560315/1‑36 (MQ=25)
                      ttAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATg          >  2:1561309/1‑36 (MQ=255)
                      ttAACGCGCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATg          <  2:2028209/36‑1 (MQ=37)
                       tAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATgg         <  2:2321955/36‑1 (MQ=255)
                       tAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATgg         >  2:2381014/1‑36 (MQ=255)
                        aaCGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGt        >  2:2018943/1‑36 (MQ=255)
                        aaCGCTCTGAGCGCCCAGGAGGCGATTAACGAAGGt        >  1:2757292/1‑36 (MQ=25)
                          cGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTaa      <  2:2742514/36‑1 (MQ=255)
                          cGCTCTGAGAGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTaa      >  2:2490228/1‑36 (MQ=37)
                           gCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAAt     >  2:749977/1‑36 (MQ=255)
                           gCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAAt     >  2:519355/1‑36 (MQ=255)
                            ctctGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTCATc    >  2:215291/1‑36 (MQ=37)
                            ctctGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATc    >  1:2163659/1‑36 (MQ=255)
                            ctctGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATc    >  1:2164217/1‑36 (MQ=255)
                            ctctGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATc    >  1:931370/1‑36 (MQ=255)
                             tctGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATc  >  2:3571421/1‑35 (MQ=255)
                             tctGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATcc   <  2:2757741/36‑1 (MQ=255)
                             tctGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATcc   >  2:1495246/1‑36 (MQ=255)
                             tctGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATcc   <  1:2310702/36‑1 (MQ=255)
                              ctGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCg  >  1:2590367/1‑36 (MQ=255)
                                 |                                
GAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCCG  >  REL606/3483014‑3483079

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 12 ≤  ATCG  < 21 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG