Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
JC JC REL606 4,524,522 IS186 (+) +6 bp coding (494‑499/549 nt) fimA → major type 1 subunit fimbrin (pilin)

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 2772854 =NA (NA)54 (1.070) 35/64 0.1 94.7% noncoding (1/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 = 4524527 3 (0.220)coding (499/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)
* ? REL606 = 2774196NA (NA)45 (0.890) 31/64 0.2 95.7% noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 4524522 = 2 (0.160)coding (494/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)

AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG...................................  <  REL606/2772891‑2772854
...................................GGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAAC  <  REL606/4524527‑4524493
                                                                         
    GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT                                   <  1:1774763/36‑1 (MQ=1)
     TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG                                  <  1:878329/36‑1 (MQ=1)
     TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG                                  >  1:1708353/1‑36 (MQ=1)
      AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC                                 <  1:2417509/36‑1 (MQ=1)
      AATACCACAACCCTGAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC                                 <  1:3671232/36‑1 (MQ=0)
       ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCG                                <  2:628678/36‑1 (MQ=1)
       ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCG                                >  1:983902/1‑36 (MQ=1)
       ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCG                                <  1:3100521/36‑1 (MQ=1)
       ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCG                                <  1:275637/36‑1 (MQ=1)
        TACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGG                               <  1:1860565/36‑1 (MQ=1)
        TACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGG                               >  2:3637955/1‑36 (MQ=1)
         ACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGC                              <  2:1649887/36‑1 (MQ=1)
          CCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGgc                             >  1:2749072/1‑34 (MQ=1)
          CCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCC                             >  1:1441030/1‑36 (MQ=1)
           CACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCC                            >  2:319296/1‑36 (MQ=1)
           CACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCC                            >  1:136726/1‑36 (MQ=1)
            ACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCGGCCCC                           >  2:3208455/1‑36 (MQ=32)
            ACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCC                           >  1:434581/1‑36 (MQ=1)
               ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGT                        >  2:473297/1‑36 (MQ=1)
                CCCTTAGGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT                       <  1:1058174/36‑1 (MQ=0)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT                       <  1:2048939/36‑1 (MQ=1)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT                       <  1:316591/36‑1 (MQ=1)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT                       <  1:73382/36‑1 (MQ=1)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT                       <  1:700731/36‑1 (MQ=1)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT                       >  1:1489061/1‑36 (MQ=1)
                 CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTG                      <  1:1666676/36‑1 (MQ=1)
                 CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTG                      <  1:3339580/36‑1 (MQ=1)
                  ctaAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC                     <  2:184165/33‑1 (MQ=0)
                  CTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTgtc                     >  2:3163985/1‑33 (MQ=0)
                  CTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC                     >  1:2097099/1‑36 (MQ=1)
                   TTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCA                    <  1:3641616/36‑1 (MQ=1)
                    TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA                   <  1:321364/36‑1 (MQ=1)
                    TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA                   >  1:943054/1‑36 (MQ=1)
                    TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA                   <  2:3483499/36‑1 (MQ=1)
                      AGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGAAAAA                 >  1:1230548/1‑36 (MQ=0)
                        TTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCTAAATA               >  2:2931582/1‑36 (MQ=0)
                        TTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATA               <  2:2749401/36‑1 (MQ=1)
                        TTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATA               >  1:2248073/1‑36 (MQ=1)
                        TTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATA               <  1:2864217/36‑1 (MQ=1)
                         TAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAA              >  2:3676112/1‑36 (MQ=1)
                         TAGCGCTTATGGGTTGCGCCCCCGGTTGCAAAATAA              >  1:2464260/1‑36 (MQ=0)
                          AGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC             >  1:1405983/1‑36 (MQ=1)
                           GCGCTTATGGGTTGCGGCCGCGGTTGCAAAATAACG            <  1:1935812/36‑1 (MQ=0)
                            CGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC           <  2:1440961/36‑1 (MQ=1)
                            CGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC           >  1:981573/1‑36 (MQ=1)
                            CGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC           >  1:81132/1‑36 (MQ=1)
                             GCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCG          >  1:2834966/1‑36 (MQ=1)
                              CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGC         <  2:3638539/36‑1 (MQ=1)
                              CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGC         >  1:2769149/1‑36 (MQ=1)
                              CTTATGGGTTGCGACCCCGGTTGCAAAATAACGCGC         >  2:1843808/1‑36 (MQ=0)
                                TATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCT       >  1:2145058/1‑36 (MQ=1)
                                TATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCT       <  2:1071419/36‑1 (MQ=1)
                                 ATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTG      <  2:1448006/36‑1 (MQ=1)
                                  TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGG     >  1:642942/1‑36 (MQ=1)
                                                                         
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG...................................  <  REL606/2772891‑2772854
...................................GGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAAC  <  REL606/4524527‑4524493

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 10 ≤  ATCG  < 20 ≤  ATCG  < 29 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG