Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA REL606 3,155,168 G→A G296S (GGC→AGC)  ebgR → DNA‑binding transcriptional repressor

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6063,155,1680G→A100.0% 139.8 43886ebgRDNA‑binding transcriptional repressor
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (17/25):  ref base (0/0):  total (18/25)

TGCGCATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGGGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCCGCGAT  >  REL606/3155136‑3155200
                                |                                
tgagcATCCATCCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCg                               <  1:555669/33‑1 (MQ=25)
tGCGCATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCg                               <  2:1675792/36‑1 (MQ=255)
tGCGCATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCg                               >  2:1595105/1‑36 (MQ=255)
 gcgcATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGt                              <  2:985086/36‑1 (MQ=255)
 gcgcATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGt                              >  2:1442218/1‑36 (MQ=255)
 gcgcATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGt                              <  2:1180873/36‑1 (MQ=255)
  cgcATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGtt                             >  1:3310150/1‑36 (MQ=255)
    cATCCATTCCGTGATGATGGGAAGTCAGTGTGTTaa                           >  2:2976183/1‑36 (MQ=25)
    cATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTaa                           <  1:329052/36‑1 (MQ=255)
     aTCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAAc                          <  2:3253752/36‑1 (MQ=255)
      tgcATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAAcc                         <  1:2239197/34‑1 (MQ=37)
      tcaaTTCCGAGTTGAGGGGAAGTCAGAGCGTTAAcc                         >  2:1265578/4‑36 (MQ=19)
      tCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAAcc                         <  1:1260370/36‑1 (MQ=255)
      tCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAAcc                         >  2:3099835/1‑36 (MQ=255)
      tCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAAcc                         <  1:3045423/36‑1 (MQ=255)
        cagtCCGAGATGATGAGAAGTCAGAGCGTTAACCTg                       <  2:3116974/33‑1 (MQ=25)
         agtCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTgg                      <  1:2617028/34‑1 (MQ=37)
         aTTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTgg                      <  1:2136144/36‑1 (MQ=255)
         aTTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTgg                      <  2:1000038/36‑1 (MQ=255)
          ttCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGgt                     >  2:2086401/1‑36 (MQ=255)
          ttCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGgt                     <  2:388639/36‑1 (MQ=255)
          taccGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGgt                     <  2:2854434/34‑1 (MQ=37)
            ccGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGgtgt                   >  1:2335104/1‑36 (MQ=255)
             cGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTa                  <  1:3156530/36‑1 (MQ=255)
             cGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTa                  <  1:2015132/36‑1 (MQ=255)
              gagaTGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTAt                 >  2:3728676/1‑36 (MQ=255)
               agaTGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATg                >  2:277579/1‑36 (MQ=255)
                 atgatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaa              <  2:482617/36‑1 (MQ=255)
                 atgatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaa              <  2:1653537/36‑1 (MQ=255)
                 atgatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaa              <  2:877100/36‑1 (MQ=255)
                 atgatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaa              >  1:3078340/1‑36 (MQ=255)
                  tgatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaaa             <  1:2342747/36‑1 (MQ=255)
                  tgatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaaa             <  1:3467659/36‑1 (MQ=255)
                    atgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaaaat           >  1:650901/1‑35 (MQ=255)
                      gggAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGCACAAGc         >  1:1941697/1‑36 (MQ=25)
                      gggAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGc         >  1:591960/1‑36 (MQ=255)
                      gggAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGc         <  2:3278167/36‑1 (MQ=255)
                      gggAAGTCAGAGCGCTAACCTGGTGTATGAAAAAga         >  1:1360894/1‑35 (MQ=37)
                       ggAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGcc        <  1:1906079/36‑1 (MQ=255)
                          aGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGccccc     >  1:2743160/1‑34 (MQ=38)
                           gTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCcgcg    <  1:10211/36‑1 (MQ=255)
                             cAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCCGCGAt  >  2:3428795/1‑36 (MQ=255)
                             cAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCCGCGAt  >  1:1780789/1‑36 (MQ=255)
                                |                                
TGCGCATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGGGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCCGCGAT  >  REL606/3155136‑3155200

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 9 ≤  ATCG  < 19 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG