Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
JC JC REL606 4,524,522 IS186 (+) +6 bp coding (494‑499/549 nt) fimA → major type 1 subunit fimbrin (pilin)

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 2772854 =NA (NA)54 (1.070) 35/64 0.1 94.7% noncoding (1/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 = 4524527 3 (0.220)coding (499/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)
* ? REL606 = 2774196NA (NA)45 (0.890) 31/64 0.2 95.7% noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 4524522 = 2 (0.160)coding (494/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)

TCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCG  >  REL606/2774162‑2774231
                                  |                                   
tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGt                                    <  2:3736904/36‑1 (MQ=32)
tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGt                                    <  2:3322792/36‑1 (MQ=32)
 cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtt                                   <  1:1012560/36‑1 (MQ=35)
 cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtt                                   <  2:3475528/36‑1 (MQ=35)
   gATGGTTCAATCCTTAAGTTTGCGCTTATGGGttga                                 >  2:1497565/1‑34 (MQ=11)
   gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtttt                                 <  1:1284911/36‑1 (MQ=40)
   gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtttt                                 <  2:265220/36‑1 (MQ=40)
    aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTa                                <  1:2368547/36‑1 (MQ=255)
    aTGGTTCAACCCTTAAGTCAGCGCTTATGGGTTTTa                                >  2:2622185/1‑36 (MQ=255)
     tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAc                               >  2:210398/1‑36 (MQ=255)
     tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGATTTTAc                               >  2:3100266/1‑36 (MQ=255)
       gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAccc                             >  2:1357483/1‑36 (MQ=255)
        gtCAACCCTTAAGTTAGCTCTTATGGGTTTTAcccc                            <  2:1255343/35‑1 (MQ=17)
         tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAccccc                           <  1:487357/36‑1 (MQ=255)
          cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCcg                          >  1:2387350/1‑36 (MQ=255)
          cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCcg                          <  2:1720609/36‑1 (MQ=255)
           atcccTTAATTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCcgc                         <  1:250212/34‑1 (MQ=17)
           aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAccccccc                         >  1:1458701/1‑34 (MQ=255)
           aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCcgc                         >  1:3120148/1‑36 (MQ=255)
           aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCcgc                         <  2:2111956/36‑1 (MQ=255)
           aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCcgc                         <  2:1362489/36‑1 (MQ=255)
            aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACACCcgcg                        >  1:1612630/1‑36 (MQ=255)
             cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGCTTCACCCCcgccc                       >  1:1238037/1‑34 (MQ=11)
              ccTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtg                      >  2:1999496/1‑36 (MQ=255)
              ccTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtg                      >  2:2380124/1‑36 (MQ=255)
               cTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtgg                     >  2:3161127/1‑36 (MQ=255)
               cTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtgg                     <  2:1415532/36‑1 (MQ=255)
                ttAAGTTAGCGCTTATTGGTTTTACCCCCGCgtggt                    >  1:795468/1‑36 (MQ=255)
                ttAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtggt                    <  2:2082941/36‑1 (MQ=255)
                ttAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtggt                    >  1:774021/1‑36 (MQ=255)
                  gaGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGtggtgg                  <  1:664854/35‑1 (MQ=255)
                  aaGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGtggtgg                  <  2:3370083/36‑1 (MQ=255)
                  aaGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGtggtgg                  >  2:622475/1‑36 (MQ=255)
                   aGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGtggtggg                 >  2:2543073/1‑35 (MQ=255)
                   aGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGc                 <  2:1662958/36‑1 (MQ=255)
                    gTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCt                <  1:1707427/36‑1 (MQ=255)
                    gTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCt                >  2:1577323/1‑36 (MQ=255)
                    gTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCt                >  1:2730611/1‑36 (MQ=255)
                    gTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCt                <  1:3062068/36‑1 (MQ=255)
                    gTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGCCt                >  1:3420641/1‑36 (MQ=255)
                     ttAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTa               >  1:2496805/1‑36 (MQ=255)
                     ttAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTa               <  1:60707/36‑1 (MQ=255)
                     ttAGCGCTTATGGGTTTTACCCACGCGTGGTGGCTa               >  2:3285976/1‑36 (MQ=255)
                     ttAGCGCTTATGGGCTTTACCCCCGCGTGGTGGCTa               >  1:2427012/1‑36 (MQ=255)
                      tAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTAc              >  2:1370561/1‑36 (MQ=255)
                         cgcGTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtc           <  2:1466116/36‑1 (MQ=255)
                          gcTTGTGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtct          <  1:1714891/36‑1 (MQ=255)
                          gcTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtct          <  1:3121100/36‑1 (MQ=255)
                            ttATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACttcttc        <  2:3684721/36‑1 (MQ=255)
                             tATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCg       >  1:422645/1‑36 (MQ=255)
                             tATGGGTTTTACCCCCCCCCGGTGGCCACTTCTTCg       >  1:2027062/1‑36 (MQ=19)
                               tGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCgct     >  1:2397422/1‑34 (MQ=255)
                               tGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGAt     <  2:1914453/36‑1 (MQ=255)
                               tGGCTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGAt     <  2:134487/36‑1 (MQ=255)
                                gggTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGAtt    >  2:486539/1‑36 (MQ=255)
                                gggTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTCCCAtt    >  2:1064808/1‑36 (MQ=37)
                                  gTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCg  <  2:3685970/36‑1 (MQ=255)
                                  |                                   
TCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCG  >  REL606/2774162‑2774231

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 10 ≤  ATCG  < 19 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG