Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA REL606 430,835 C→T intergenic (‑48/‑108) insL‑2 ← / → lon putative transposase insL for insertion sequence IS186/DNA‑binding ATP‑dependent protease La

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL606430,8350C→T100.0% 137.9 48intergenic (‑48/‑108)insL‑2/lonputative transposase insL for insertion sequence IS186/DNA‑binding ATP‑dependent protease La
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (19/27):  ref base (0/0):  total (19/29)

GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGT  >  REL606/430811‑430867
                        |                                
gTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGa                       >  2:2815527/1‑36 (MQ=12)
gTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGa                       >  2:2451183/1‑36 (MQ=12)
   atgccAGAACCCTTAGGTTAGAGCTTATGGGGAAAc                    <  1:616225/33‑1 (MQ=9)
   aTACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAAc                    <  1:2738671/36‑1 (MQ=255)
    tACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACa                   <  1:1318713/36‑1 (MQ=255)
    tACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACa                   >  1:2214761/1‑36 (MQ=255)
     aCCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACAt                  <  2:752505/36‑1 (MQ=255)
     aCCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACAt                  <  1:3195941/36‑1 (MQ=255)
     aCCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAAAAt                  >  1:1084504/1‑36 (MQ=14)
      ccACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATc                 <  2:657739/36‑1 (MQ=255)
      ccACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATc                 <  1:2597652/36‑1 (MQ=255)
       cacaACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATcc                >  1:3386773/1‑36 (MQ=255)
       cacaACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATcc                <  2:2813341/36‑1 (MQ=255)
        acaACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATccc               <  1:3507598/36‑1 (MQ=255)
        acaACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATccc               <  1:234101/36‑1 (MQ=255)
        acaACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATccc               >  1:732140/1‑36 (MQ=255)
        acaACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATccc               >  1:2125831/1‑36 (MQ=255)
          aaCCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCa             >  2:1423135/1‑36 (MQ=255)
          aaCCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCa             <  2:1120390/36‑1 (MQ=255)
           aCCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCat            >  2:610058/1‑36 (MQ=255)
           aCCCTAAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCat            <  2:119741/36‑1 (MQ=25)
            cccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCata           >  2:2971880/1‑36 (MQ=255)
            cccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCata           <  1:1230086/36‑1 (MQ=255)
             ccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATTCCCctat          >  2:2501206/1‑36 (MQ=18)
             ccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCatat          <  2:1586596/36‑1 (MQ=255)
             ccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCatat          >  2:3140320/1‑36 (MQ=255)
             ccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCatat          >  1:2455363/1‑36 (MQ=255)
             ccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCatat          <  2:3142608/36‑1 (MQ=255)
             ccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCatat          <  2:34943/36‑1 (MQ=255)
              catAAGATAGAGCTTAAGGGGAAACATCCCCAtata         <  1:567568/34‑1 (MQ=21)
              cTTGAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCAtata         <  2:99330/36‑1 (MQ=37)
              cTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCAtata         >  1:3533710/1‑36 (MQ=255)
              cTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCAtata         <  2:805209/36‑1 (MQ=255)
              cTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCAtata         >  1:306391/1‑36 (MQ=255)
              cTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCAtata         <  2:566871/36‑1 (MQ=255)
               ttAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATAc        <  1:2926140/36‑1 (MQ=255)
                tAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCCTCTACt       >  2:3048728/1‑36 (MQ=21)
                tAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACt       <  2:2806258/36‑1 (MQ=255)
                tAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACt       <  1:3179919/36‑1 (MQ=255)
                tAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACt       <  1:1669276/36‑1 (MQ=255)
                   gTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGAc    <  1:48810/36‑1 (MQ=255)
                   gTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGAc    <  1:1119236/36‑1 (MQ=255)
                   gTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGAc    <  1:3457182/36‑1 (MQ=255)
                   gTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGAc    <  2:2153707/36‑1 (MQ=255)
                   gTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATAAACTGAc    >  1:1862599/1‑36 (MQ=38)
                    ttAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACg   >  1:3367303/1‑36 (MQ=255)
                     tAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGt  >  1:2235775/1‑36 (MQ=255)
                     tAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGt  <  1:1223813/36‑1 (MQ=255)
                        |                                
GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGT  >  REL606/430811‑430867

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 10 ≤  ATCG  < 20 ≤  ATCG  < 29 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG