Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA REL606 1,976,879 T→G intergenic (‑57/‑76) yedW/yedX predicted DNA‑binding response regulator in two‑component system with YedV/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6061,976,8790T→G100.0% 160.3 47intergenic (‑57/‑76)yedW/yedXpredicted DNA‑binding response regulator in two‑component system with YedV/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (31/16):  ref base (0/0):  total (31/16)

ATGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCGCTT  >  REL606/1976846‑1976911
                                 |                                
atGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGt                                >  1:7099651/1‑36 (MQ=255)
  gTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTaa                              <  1:4044641/36‑1 (MQ=255)
   ttATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAt                             >  1:3571040/1‑36 (MQ=255)
   ttATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAt                             <  1:2323172/36‑1 (MQ=255)
    tataGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAtg                            <  1:6750100/36‑1 (MQ=255)
    tataAAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAtg                            <  1:2774763/36‑1 (MQ=25)
       aGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAtgctg                         <  1:1539534/36‑1 (MQ=255)
        gAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAtgctgc                        >  1:6370431/1‑36 (MQ=255)
        gAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAtgctgc                        <  1:5099649/36‑1 (MQ=255)
         aaaCAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATgctgct                       <  1:7060416/36‑1 (MQ=255)
         aaaCAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATgctgct                       >  1:6267148/1‑36 (MQ=255)
         aaaCAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATgctgct                       >  1:3894718/1‑36 (MQ=255)
         aaaCAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATgctgct                       <  1:1222090/36‑1 (MQ=255)
         aaaCAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATgctgct                       >  1:1008442/1‑36 (MQ=255)
           aCAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGt                     >  1:3652337/1‑36 (MQ=255)
            cacccTCGTTCATTACAAAATGGTAATGCTCCAGTa                    >  1:3778643/4‑36 (MQ=12)
             aGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTaa                   >  1:1828320/1‑36 (MQ=255)
              gCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAg                  >  1:3229778/1‑36 (MQ=255)
              gCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAg                  >  1:3384866/1‑36 (MQ=255)
              gCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAg                  <  1:4069000/36‑1 (MQ=255)
               ccTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAgg                 >  1:3466373/1‑36 (MQ=255)
               ccTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAgg                 >  1:1578805/1‑36 (MQ=255)
                cTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGt                >  1:4438287/1‑36 (MQ=255)
                cTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGt                >  1:45467/1‑36 (MQ=255)
                cTGGTTCATTACAAAATGGTAATACTGCTGTAAGGt                >  1:1769293/1‑36 (MQ=25)
                cTGGTTCATTACAAAATGGGAAAGCTGCTGTAAGGt                <  1:1763876/36‑1 (MQ=21)
                 tGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGtt               >  1:690698/1‑36 (MQ=255)
                 tGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGtt               <  1:2806506/36‑1 (MQ=255)
                    ttCTTTACAGAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTAcc            <  1:2292543/36‑1 (MQ=21)
                    ttCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTAcc            >  1:1428326/1‑36 (MQ=255)
                      cATTACAGAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCt          <  1:7450913/36‑1 (MQ=25)
                      cATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCt          >  1:4077405/1‑36 (MQ=255)
                       aTTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTg         >  1:7247885/1‑36 (MQ=255)
                        ttACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTgg        >  1:6611437/1‑36 (MQ=255)
                        ttACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTgg        <  1:1281874/36‑1 (MQ=255)
                        ttACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTAACCTgg        >  1:1376892/1‑36 (MQ=25)
                         tACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGc       <  1:4091965/36‑1 (MQ=255)
                         tACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGc       >  1:7430003/1‑36 (MQ=255)
                         tACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCCGGc       >  1:4493119/1‑36 (MQ=25)
                          aCAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGcc      >  1:1843837/1‑36 (MQ=255)
                           cAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCg     <  1:5732038/36‑1 (MQ=255)
                            aaaaTGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCGc    >  1:2080235/1‑36 (MQ=255)
                             aaaTGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCGCt   >  1:631669/1‑36 (MQ=255)
                             aaaTGGTAATGCTACTGTAAGGTTACCCTGGCCGCt   >  1:921569/1‑36 (MQ=25)
                              aaTGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCGCtt  >  1:5221675/1‑36 (MQ=255)
                              aaTGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCGCtt  >  1:1844791/1‑36 (MQ=255)
                              aaTGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGACGCtt  >  1:7448335/1‑36 (MQ=25)
                                 |                                
ATGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCGCTT  >  REL606/1976846‑1976911

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 12 ≤  ATCG  < 19 ≤  ATCG  < 29 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG