BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	annotation	gene	product
*	?	REL606	640118 =	30 (0.620)	9 (0.190)	4/62	5.5	intergenic (+36/+19)	cspE/ccrB	cold shock protein E/camphor resistance protein CrcB
*	?	REL606	3198507 =	44 (0.800)	9 (0.190)	4/62	5.5	coding (556/990 nt)	tdcB	threonine dehydratase
Rejected: Position hash score below cutoff.


TTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAA.CCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCAT  >  REL606/3198473‑3198542


ttAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAA.CCGcca                                    >  1:1572110/1‑36 (MQ=255)


 tAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAA.CCGccgc                                   >  1:1527582/1‑34 (MQ=255)


 tAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAA.CCGccac                                   >  1:5655182/1‑36 (MQ=255)


 tAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAA.CCGccac                                   >  1:4117282/1‑36 (MQ=255)


  aaTTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAA.CCGccacc                                  >  1:3864475/1‑36 (MQ=255)


   aTTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAA.CCGccacca                                 >  1:1040274/1‑36 (MQ=255)


   aTTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAA.CCGccacca                                 >  1:1112320/1‑36 (MQ=255)


    ttGCCACCGCAATACCAGCAATTAAA.CCGccaccac                                >  1:6235708/1‑36 (MQ=255)


     tGCCACCGCAATACCAGCAATTAAA.CCGccaccacc                               >  1:5139805/1‑36 (MQ=255)


       cccccGCAATACCAGCAATTAAC.CCGCCACCACCaa                             <  1:6031339/33‑1 (MQ=21)


         aCCGCAATACCAGCAATTAAA.CCGCCACCACCAAtt                           >  1:824535/1‑36 (MQ=255)


         aCCGCAATACCAGCAATTAAA.CCGCCACCACCAAtt                           >  1:486795/1‑36 (MQ=255)


         aCCGCAATACCAGCAATTAAA.CCGCCACCACCAAtt                           >  1:60440/1‑36 (MQ=255)


         aCCGCAATACCAGCAATTAAA.CCGCCACCACCAAtt                           >  1:2564839/1‑36 (MQ=255)


          ccGCAATACCAGCAATTAAA.CCGCCACCACCAATTg                          >  1:3442068/1‑36 (MQ=255)


            gCAATACCAGCAATTAAA.CCGCCACCACCACTTGGc                        >  1:6754682/1‑36 (MQ=255)


             cAATACCAGCAATTAAA.CCGCCACCACCAATTGGca                       >  1:4059270/1‑36 (MQ=255)


              aaTAGCAGCAATTAAA.CCGACACCCCCACTTGGcac                      >  1:3898499/1‑36 (MQ=18)


              aaTACCAGCAATTAAA.CCGCCACCACCAATTGGtac                      >  1:2718569/1‑36 (MQ=255)


              aaTACCAGCAATTAAA.CCGCCACCACCAATAGGcac                      >  1:6432795/1‑36 (MQ=255)


              aaTACCAGCAATTAAA.CCGCCACCACCAACTGGcac                      >  1:698698/1‑36 (MQ=255)


              aaTACAAACAATAAAC.CCGCCACCACCAATTGGcac                      <  1:730419/36‑1 (MQ=18)


               accccACCAATAAAC.CCGCCACCACCAATTGGcaca                     <  1:6795089/33‑1 (MQ=18)


               aTACCAGCAATTAAA.CCGCCACCACCAATTGGcaca                     >  1:7376820/1‑36 (MQ=255)


                 aacAGAAATAAAC.CCGCCACCACCAATTGGCACAAt                   <  1:7384474/34‑1 (MQ=18)


                 aCCAGCAATTAAA.CCGCCACCACCAATTGGCACAAt                   >  1:1986963/1‑36 (MQ=255)


                     gCAATTAAA.CCGCCACCACCAATTGGCACAATCACg               >  1:2499944/1‑36 (MQ=255)


                      gaaTTAAACCCCCCACCACCAATTGGCACAATCACg               <  1:3245922/35‑1 (MQ=18)


                      cAATTAAA.CCGCCACCACCACTTGGCACAATCACGt              >  1:7008880/1‑36 (MQ=255)


                      cAATTAAA.CCGCCACCACCAATTGGCACAATCCCGt              >  1:4798960/1‑36 (MQ=255)


                      cAATTAAA.CCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGt              >  1:6629764/1‑36 (MQ=255)


                      cAATTAAA.CCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGt              >  1:6338259/1‑36 (MQ=255)


                       aaTTAAA.CCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGtt             >  1:959286/1‑36 (MQ=255)


                       aaTTAAA.CCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGtt             >  1:4169351/1‑36 (MQ=255)


                       aaTTAAA.CCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGtt             >  1:6304183/1‑36 (MQ=255)


                       aaTAAAC.CCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGtt             <  1:4849564/36‑1 (MQ=25)


                       aaTAAAC.CCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGtt             <  1:5014972/36‑1 (MQ=25)


                        aaaaaa.CCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTa            <  1:3620856/33‑1 (MQ=255)


                        aTTAAA.CCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTa            >  1:1828664/1‑36 (MQ=255)


                         taaaa.CCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGCTAt           <  1:4567307/34‑1 (MQ=25)


                           aaa.CCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCg         >  1:3395444/1‑36 (MQ=255)


                            aa.CCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGa        >  1:4305463/1‑36 (MQ=255)


                             a.CCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGAc       >  1:4606817/1‑36 (MQ=255)


                              cccGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGAc       <  1:5382872/35‑1 (MQ=255)


                               ccGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTTTCGAca      >  1:4467142/1‑36 (MQ=255)


                                cGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGAcat     >  1:766010/1‑36 (MQ=255)


                                 gCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGAcatc    >  1:6090984/1‑36 (MQ=255)


                                  ccaccaccaATTGGCACAATCACGTTATCGAcatca   <  1:1678555/36‑1 (MQ=255)


                                   caccaccaATTGGCACAATCACGTTATCGAcatcat  >  1:6441812/1‑36 (MQ=255)


                                   caccaccaATTGGCACAATCACGTTATCGAcatcat  <  1:4234084/36‑1 (MQ=255)


                                   caccaccaATTACCACAATCACGTTATCGAcatcat  <  1:3197439/36‑1 (MQ=25)


TTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAA.CCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCAT  >  REL606/3198473‑3198542

Base quality scores:


ATCG

< 3 ≤


ATCG

< 8 ≤


ATCG

< 18 ≤


ATCG

< 29 ≤


ATCG

< 32 ≤


ATCG