BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
JC JC	REL606	4,524,522	IS186 (+) +6 bp	coding (494‑499/549 nt)	fimA	major type 1 subunit fimbrin (pilin)

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	annotation	gene	product
*	?	REL606	15386 =	NA (NA)	54 (1.080)	35/64	0.1	noncoding (1/1343 nt)	IS186	repeat region
*	?	REL606	= 4524527	57 (1.040)	54 (1.080)	35/64	0.1	coding (499/549 nt)	fimA	major type 1 subunit fimbrin (pilin)
*	?	REL606	= 16728	NA (NA)	6 (0.120)	31/64	0.2	noncoding (1343/1343 nt)	IS186	repeat region
*	?	REL606	4524522 =	57 (1.040)	6 (0.120)	31/64	0.2	coding (494/549 nt)	fimA	major type 1 subunit fimbrin (pilin)


AGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGT  >  REL606/16696‑16762


aGATGGTTCAACCCTTATGTTAGCGCTTATGGGATc                                 <  1:4111658/36‑1 (MQ=255)


aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATc                                 <  1:5286183/36‑1 (MQ=32)


 gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCa                                <  1:5588993/36‑1 (MQ=35)


  aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCAc                               <  1:6298783/36‑1 (MQ=38)


   tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACt                              <  1:2621416/36‑1 (MQ=40)


     gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTcc                            >  1:340909/1‑36 (MQ=255)


      ttCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTccc                           >  1:731145/1‑36 (MQ=255)


       tCATCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTcccc                          <  1:3433058/36‑1 (MQ=255)


        cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCccg                         >  1:5138990/1‑36 (MQ=38)


         aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCccgc                        >  1:5545969/1‑36 (MQ=38)


         aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCccgc                        <  1:6058924/36‑1 (MQ=38)


         aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCccgc                        >  1:4190855/1‑36 (MQ=38)


           cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCccgccg                      >  1:4462091/1‑36 (MQ=255)


           cccATAGGTTAGCGCTTATGGGACCACTCCccgccg                      <  1:3344760/36‑1 (MQ=14)


            ccTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGt                     >  1:6810578/1‑36 (MQ=255)


              ttAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCCTTg                   >  1:5393143/1‑36 (MQ=255)


               tAATTTAACGCTTATGGAATCACTCCCCGCCGTTGc                  <  1:2582639/36‑1 (MQ=21)


               tAAGTTAGCTCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGc                  <  1:1738309/36‑1 (MQ=255)


                aaGTTGGCGCTTATGGGATCACCCCCCGCCGTTGCa                 <  1:4709935/36‑1 (MQ=18)


                aaGTTAGCGCTCATGGGATCACTCCACGCCGCTGCa                 >  1:6982550/1‑36 (MQ=21)


                  gTTAGCGCTTATTGGATCACTCCCCGCCGTTGCACt               >  1:5815665/1‑36 (MQ=255)


                  gTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACt               >  1:4701492/1‑36 (MQ=255)


                  gTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCAGCCGTTGTACt               >  1:3952363/1‑36 (MQ=18)


                   ttAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACtt              <  1:2516470/36‑1 (MQ=255)


                   ttAGCGCTTATGGGACCACTCCCCGCCGTTGCACtt              <  1:5399137/36‑1 (MQ=255)


                   taaGCGCTTATGGGATCACCCCCCGCCGTTGCACtt              <  1:2488786/34‑1 (MQ=21)


                    tAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTa             >  1:718238/1‑36 (MQ=255)


                    gaGCGTTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTa             <  1:3396753/35‑1 (MQ=255)


                     aGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTAc            >  1:5255181/1‑36 (MQ=255)


                     aGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTAc            >  1:1270948/1‑36 (MQ=255)


                      gcgcTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACt           >  1:6362371/1‑36 (MQ=255)


                      gcgcTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTCCACTCACt           >  1:3051080/1‑36 (MQ=18)


                       cgcTTATGGGATCACCCCCCGCCGTTGCACTTACTc          <  1:710340/36‑1 (MQ=255)


                       cccTTATGGAATCACCCCCCGCCGTTGCACTTACTc          <  1:1709851/34‑1 (MQ=255)


                        gcTTATGGGATCACTCCCCGCCGCTGCACTTACTCg         >  1:3354130/1‑36 (MQ=255)


                         tttATGGAATCCCTCCCCGCCGTTGCACTTACTCgg        <  1:1161059/35‑1 (MQ=255)


                         cTTATGGGATCCCCCCCCGCCGTTGCACTTACTCgg        <  1:4532941/36‑1 (MQ=25)


                         cTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCgg        <  1:271279/36‑1 (MQ=255)


                           tATGGGATCACTCCCCGCTGTTGCACTTACTCGGAt      >  1:3170605/1‑36 (MQ=255)


                           tATGGAATCACCCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGAt      <  1:4886483/36‑1 (MQ=255)


                            aTGGGACCACTCCCCGCCGTTGCACGTACTCGGAtt     <  1:4551978/36‑1 (MQ=25)


                             tGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTc    >  1:5043182/1‑36 (MQ=255)


                              gggATCACTCCCCGCCGTCGCACTTACTCGGATTCg   >  1:4067307/1‑36 (MQ=255)


                               ggATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGt  >  1:638010/1‑36 (MQ=255)


                               ggATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGt  >  1:3781326/1‑36 (MQ=255)


AGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGT  >  REL606/16696‑16762

Base quality scores:


ATCG

< 3 ≤


ATCG

< 6 ≤


ATCG

< 15 ≤


ATCG

< 27 ≤


ATCG

< 32 ≤


ATCG