New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew annotation gene product
* ? REL606 555924 =NA (NA)39 (0.800) 27/62 0.4 coding (1209/2346 nt) ECB_00513 conserved hypothetical protein
?REL606 = 2035093 NA (NA)noncoding (1/768 nt) IS1 repeat region

CCTGATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTG...................................  <  REL606/555962‑555924
...................................TTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT  <  REL606/2035093‑2035059
                                                                          
CCTGATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGT                                        >  1:3037617/1‑36 (MQ=1)
CCTGATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGT                                        <  1:900146/36‑1 (MQ=1)
CCTGATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGT                                        >  1:1447487/1‑36 (MQ=1)
CCTGATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGT                                        >  1:4874625/1‑36 (MQ=1)
CCTGATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGT                                        <  1:2286702/36‑1 (MQ=1)
 CTGATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTT                                       >  1:6932739/1‑36 (MQ=1)
 CTGATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTT                                       >  1:2256026/1‑36 (MQ=1)
  TGATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTT                                      <  1:466318/36‑1 (MQ=1)
  TGATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTT                                      >  1:7400503/1‑36 (MQ=1)
  TGATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTT                                      <  1:1347067/36‑1 (MQ=1)
   GATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTG                                     <  1:1059701/36‑1 (MQ=1)
   GATTTAGTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTG                                     <  1:7466438/36‑1 (MQ=0)
     TTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGcg                                   >  1:2089350/1‑34 (MQ=1)
     TTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGG                                   <  1:990292/36‑1 (MQ=1)
      TTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGT                                  <  1:4350748/36‑1 (MQ=1)
       TATGAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTG                                 <  1:6045294/36‑1 (MQ=0)
        ATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGA                                >  1:2734812/1‑36 (MQ=1)
           AATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGC                             <  1:1099974/36‑1 (MQ=1)
            ATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCT                            <  1:185627/36‑1 (MQ=1)
            ATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCT                            <  1:16452/36‑1 (MQ=1)
             TGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTG                           <  1:5094180/36‑1 (MQ=1)
             TGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTG                           >  1:4622622/1‑36 (MQ=1)
               TATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCC                         <  1:6684101/36‑1 (MQ=1)
               TATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCC                         >  1:2697561/1‑36 (MQ=1)
                 TGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAA                       >  1:6151934/1‑36 (MQ=1)
                    TGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTT                    <  1:5735465/36‑1 (MQ=1)
                     GCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTA                   <  1:3809297/36‑1 (MQ=1)
                     GCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTA                   <  1:2816384/36‑1 (MQ=1)
                      CACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTAt                  >  1:1015744/1‑35 (MQ=1)
                      CACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTAC                  >  1:6895331/1‑36 (MQ=1)
                       ACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACT                 >  1:1161169/1‑36 (MQ=1)
                       ACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACT                 >  1:5764942/1‑36 (MQ=1)
                       ACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACT                 >  1:2446918/1‑36 (MQ=1)
                       ACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACT                 <  1:1948238/36‑1 (MQ=1)
                       ACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTAACT                 >  1:3966344/1‑36 (MQ=0)
                        CCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTG                >  1:7465496/1‑36 (MQ=1)
                         CTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGA               <  1:515710/36‑1 (MQ=1)
                         CTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGA               >  1:611526/1‑36 (MQ=1)
                          TGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGAT              >  1:2626169/1‑36 (MQ=1)
                          TGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGAT              >  1:171906/1‑36 (MQ=1)
                           GATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATT             <  1:1674561/36‑1 (MQ=1)
                           GATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATT             <  1:3571210/36‑1 (MQ=1)
                            ATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGTTTT            >  1:5341426/1‑36 (MQ=0)
                            ATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTT            <  1:2011087/36‑1 (MQ=1)
                            ATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTT            <  1:5206306/36‑1 (MQ=1)
                             TGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTA           >  1:3891401/1‑36 (MQ=1)
                              GCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAG          >  1:2419140/1‑36 (MQ=1)
                                GCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTG        >  1:4894322/1‑36 (MQ=1)
                                GCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTG        >  1:1108564/1‑36 (MQ=1)
                                GCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTG        >  1:7269732/1‑36 (MQ=1)
                                 CGTTTGGTTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGT       <  1:7462946/36‑1 (MQ=0)
                                 CGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGT       <  1:1007276/36‑1 (MQ=1)
                                    TTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATG    >  1:3573889/1‑36 (MQ=1)
                                    TTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATG    <  1:2549337/36‑1 (MQ=1)
                                    TTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATG    >  1:957619/1‑36 (MQ=1)
                                     TGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGA   >  1:2645458/1‑36 (MQ=1)
                                     TGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGA   >  1:7280765/1‑36 (MQ=1)
                                     TGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGA   <  1:5408592/36‑1 (MQ=1)
                                     TGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGCGTATGA   >  1:1936289/1‑36 (MQ=0)
                                      GGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT  <  1:2759000/36‑1 (MQ=1)
                                      GGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT  >  1:7000102/1‑36 (MQ=1)
                                      GGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT  >  1:743404/1‑36 (MQ=1)
                                      GGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT  <  1:313596/36‑1 (MQ=1)
                                      GGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT  <  1:480071/36‑1 (MQ=1)
                                      GGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT  <  1:2814508/36‑1 (MQ=1)
                                                                          
CCTGATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTG...................................  <  REL606/555962‑555924
...................................TTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT  <  REL606/2035093‑2035059

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 13 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG