Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
JC JC	REL606	4,524,522	IS186 (+) +6 bp	coding (494‑499/549 nt)	fimA	major type 1 subunit fimbrin (pilin)

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	annotation	gene	product
*	?	REL606	15386 =	NA (NA)	54 (1.080)	35/64	0.1	noncoding (1/1343 nt)	IS186	repeat region
	?	REL606	= 4524527	57 (1.040)				coding (499/549 nt)	fimA	major type 1 subunit fimbrin (pilin)
*	?	REL606	= 16728	NA (NA)	6 (0.120)	31/64	0.2	noncoding (1343/1343 nt)	IS186	repeat region
	?	REL606	4524522 =	57 (1.040)				coding (494/549 nt)	fimA	major type 1 subunit fimbrin (pilin)

TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG...................................  >  REL606/16691‑16728 ...................................GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACC  >  REL606/4524522‑4524556                                                                           TCTTCAGATGTTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                       >  1:7031318/1‑36 (MQ=0) TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGGGCTTATG                                       >  1:6805453/1‑36 (MQ=0) TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                       >  1:1946169/1‑36 (MQ=1) TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                       <  1:3887005/36‑1 (MQ=1) TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                       <  1:177491/36‑1 (MQ=1) TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                       <  1:4623760/36‑1 (MQ=1) TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                       >  1:1528832/1‑36 (MQ=1) TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                       <  1:1602430/36‑1 (MQ=1) TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                       <  1:6252272/36‑1 (MQ=1) TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTCATG                                       >  1:4008406/1‑36 (MQ=0)  CTTCAGGTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                      <  1:5990610/36‑1 (MQ=0)  CTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                      <  1:3052590/36‑1 (MQ=1)  CTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                      >  1:5569095/1‑36 (MQ=1)  CTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                      <  1:5516351/36‑1 (MQ=1)  CTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                      >  1:286915/1‑36 (MQ=1)  CTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                      >  1:2786088/1‑36 (MQ=1)  CTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                      <  1:6711640/36‑1 (MQ=1)  CTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                      >  1:2533486/1‑36 (MQ=1)  CTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                      >  1:2440491/1‑36 (MQ=1)  CTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                      <  1:1340044/36‑1 (MQ=1)  CTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                      <  1:1616342/36‑1 (MQ=1)   TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:7371697/36‑1 (MQ=1)   TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:3857393/1‑36 (MQ=1)   TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:3851418/1‑36 (MQ=1)   TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:14917/36‑1 (MQ=1)   TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:3498917/1‑36 (MQ=1)   TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:3170965/1‑36 (MQ=1)   TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:7047576/1‑36 (MQ=1)   TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:6256513/36‑1 (MQ=1)   TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:2385615/1‑36 (MQ=1)   TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:5187905/36‑1 (MQ=1)      AGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCG                                  >  1:4039992/1‑36 (MQ=38)       GATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGC                                 >  1:5824220/1‑36 (MQ=40)       GATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGC                                 >  1:1265936/1‑36 (MQ=40)        ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCA                                <  1:4266878/36‑1 (MQ=255)         TGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAA                               <  1:4521772/36‑1 (MQ=255)         TGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAA                               <  1:1071643/36‑1 (MQ=255)           GTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCATCC                             >  1:6485600/1‑36 (MQ=255)           GTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACC                             <  1:1343633/36‑1 (MQ=38)            TTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCACCCC                            >  1:4178553/1‑36 (MQ=255)            TTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCC                            >  1:2341753/1‑36 (MQ=35)             TCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCC                           <  1:2463458/36‑1 (MQ=32)               AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGG                         >  1:4860245/1‑36 (MQ=1)                ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGG                        <  1:4250074/36‑1 (MQ=1)                 CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGT                       >  1:3619508/1‑36 (MQ=1)                 CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGT                       <  1:4958451/36‑1 (MQ=1)                 CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGT                       <  1:4101367/36‑1 (MQ=1)                  CCTTAAGTTAGCGCTTAAGGGCCGCAACCCCGGGTG                      <  1:7358450/36‑1 (MQ=0)                   CTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGC                     <  1:2929066/36‑1 (MQ=1)                   CTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGC                     <  1:6905572/36‑1 (MQ=1)                   CTTAAGTTAGCGCTTATAGGCCGCAACCCCGGGTGC                     <  1:4717369/36‑1 (MQ=0)                     TAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTG                   >  1:4935571/1‑36 (MQ=1)                     TAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTG                   <  1:549587/36‑1 (MQ=1)                     TAAGTTACCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTG                   <  1:5247906/36‑1 (MQ=0)                     TAAGTTACCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTG                   <  1:7066878/36‑1 (MQ=0)                      AAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGC                  <  1:258081/36‑1 (MQ=1)                       AGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCT                 <  1:1823146/36‑1 (MQ=1)                        GTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTA                >  1:1620754/1‑36 (MQ=1)                        GTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTA                <  1:853643/36‑1 (MQ=1)                         TTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAA               <  1:287128/36‑1 (MQ=1)                          TAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAc              >  1:860956/1‑35 (MQ=1)                          TAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAT              <  1:3706716/36‑1 (MQ=1)                          TAGCACTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAT              >  1:6136298/1‑36 (MQ=0)                            GCGCTAATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGC            <  1:6019241/36‑1 (MQ=0)                             CGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCG           >  1:4615646/1‑36 (MQ=1)                             CGCTTATGGGCCGCAACCCAGGGTGCTGCTAATGCG           >  1:6733418/1‑36 (MQ=0)                              GCTTATGGGCCCCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGG          <  1:170787/36‑1 (MQ=0)                               CTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGA         >  1:5347883/1‑36 (MQ=1)                               CTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGA         <  1:4362459/36‑1 (MQ=1)                                TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAT        <  1:271752/36‑1 (MQ=1)                                TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAT        >  1:5482594/1‑36 (MQ=1)                                TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAT        <  1:6909647/36‑1 (MQ=1)                                TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAT        >  1:5216527/1‑36 (MQ=1)                                TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAT        >  1:5102061/1‑36 (MQ=1)                                 TATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATG       <  1:3907342/36‑1 (MQ=1)                                 TATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATG       <  1:878675/36‑1 (MQ=1)                                    GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGA    >  1:7035624/1‑36 (MQ=1)                                     GGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAC   <  1:3818081/36‑1 (MQ=1)                                      GCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACC  >  1:1256085/1‑36 (MQ=1)                                                                           TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG...................................  >  REL606/16691‑16728 ...................................GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACC  >  REL606/4524522‑4524556 Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 11 ≤  ATCG  < 20 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG