New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 558248 =18 (0.180)6 (0.090) 4/32 NT 19.7% coding (185/294 nt) ECB_00516 conserved hypothetical protein
?REL606 3001100 = 37 (0.540)coding (1537/2847 nt) flu antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

GAAATGTTCGGGCATGGCAAGCGAATGAATATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATGGGA  >  REL606/558214‑558281
                                  |                                 
gcatattgatggtgccgccctggccggtgaggttc                                   <  1:9899153‑M1/1‑1 (MQ=255)
gcatattgatggtgccgccctggccggtgaggttc                                   >  1:4659178‑M1/35‑35 (MQ=255)
gcatattgatggtgccgccctggccggtgaggttc                                   <  1:4079007‑M1/1‑1 (MQ=255)
gcatattgatggtgccgccctggccggtgaggttc                                   >  1:1002043‑M1/35‑35 (MQ=255)
 catattgatggtgccgccctggccggtgaggttCg                                  >  1:9392529‑M1/34‑35 (MQ=255)
 catattgatggtgccgccctggccggtgaggttCg                                  >  1:20534432‑M1/34‑35 (MQ=255)
 catattgatggtgccgccctggccggtgaggttCg                                  <  1:14778570‑M1/2‑1 (MQ=255)
 catattgatggtgccgccctggccggtgaggttCg                                  >  1:3115348‑M1/34‑35 (MQ=255)
 catattgatggtgccgccctggccggtgaggttCg                                  >  1:6303750‑M1/34‑35 (MQ=255)
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  atattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgt                                 >  1:2190732‑M1/33‑35 (MQ=255)
  atattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgt                                 >  1:15227045‑M1/33‑35 (MQ=255)
  atattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgt                                 <  1:8018887‑M1/3‑1 (MQ=255)
  atattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgt                                 <  1:842587‑M1/3‑1 (MQ=255)
  atattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgt                                 >  1:8667352‑M1/33‑35 (MQ=255)
  atattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgt                                 >  1:12338401‑M1/33‑35 (MQ=255)
   tattgatggtgccgccctggccggtgaggttcgtt                                <  1:12566762‑M1/4‑2 (MQ=255)
   tattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtg                                >  1:13376837‑M1/32‑35 (MQ=255)
   tattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtg                                >  1:6059037‑M1/32‑35 (MQ=255)
   tattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtg                                >  1:14039183‑M1/32‑35 (MQ=255)
   tattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtg                                >  1:3290798‑M1/32‑35 (MQ=255)
   tattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtg                                >  1:8114716‑M1/32‑35 (MQ=255)
   tattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtg                                >  1:2736372‑M1/32‑35 (MQ=255)
   tattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtg                                >  1:2570527‑M1/32‑35 (MQ=255)
   tattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtg                                >  1:11838075‑M1/32‑35 (MQ=255)
    attgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtgg                               >  1:629482‑M1/31‑35 (MQ=255)
    attgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtgg                               >  1:2879783‑M1/31‑35 (MQ=255)
    attgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtgg                               <  1:1454657‑M1/5‑1 (MQ=255)
    attgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtgg                               <  1:15315935‑M1/5‑1 (MQ=255)
     ttgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtggt                              <  1:197425‑M1/6‑1 (MQ=255)
     ttgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtggt                              >  1:9861478‑M1/30‑35 (MQ=255)
     ttgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtggt                              <  1:12744747‑M1/6‑1 (MQ=255)
      tgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtggtg                             <  1:4214927‑M1/7‑1 (MQ=255)
      tgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtggtg                             <  1:412958‑M1/7‑1 (MQ=255)
      tgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtggtg                             >  1:3885779‑M1/29‑35 (MQ=255)
      tgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtggtg                             >  1:16547309‑M1/29‑35 (MQ=255)
      tgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtggtg                             <  1:8260426‑M1/7‑1 (MQ=255)
       gatggtgccgccctggccggtgaggttCGtggtgg                            <  1:3791107‑M1/8‑1 (MQ=255)
       gatggtgccgccctggccggtgaggttCGtggtgg                            >  1:12920923‑M1/28‑35 (MQ=255)
       gatggtgccgccctggccggtgaggttCGtggtgg                            >  1:18939566‑M1/28‑35 (MQ=255)
         tggtgccgccctggccggtgaggttCGTGGTgggg                          <  1:11020646‑M1/10‑1 (MQ=255)
           gtgccgccctggccggtgaggttCGTggtgggcgg                        <  1:2694370‑M1/12‑4 (MQ=255)
            tgccgccctggccggtgaggttCGTggtggggagt                       <  1:5399816‑M1/13‑4 (MQ=255)
             gccgccctggccggtgaggttCGTGGTGGGGGGGt                      <  1:3966123‑M1/14‑1 (MQ=255)
              ccgccctggccggtgaggttCGTGGTGGggcgttt                     <  1:12257482‑M1/15‑4 (MQ=255)
              ccgccctggccggtgaggttCGTGGTGGGGAGGtt                     <  1:4845574‑M1/15‑1 (MQ=255)
                gccctggccggtgaggttCGTGGTGGGGCGTtttt                   <  1:1951617‑M1/17‑1 (MQ=255)
                 ccctggccggtgaggttCGTGGTGGGGCGTTTTTg                  <  1:15085725‑M1/18‑1 (MQ=255)
                 ccctggccggtgaggttCGTGGTGGGGAGGTTTTg                  <  1:6061973‑M1/18‑1 (MQ=255)
                  cctggccggtgaggttCGTGGTGGGGCggtttttg                 <  1:6977799‑M1/19‑3 (MQ=255)
                     cGAATGAATATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATac              <  1:19806322/35‑1 (MQ=35)
                      gaatgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATaca             <  1:840076/35‑1 (MQ=38)
                      gaatgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATaca             <  1:9076029/35‑1 (MQ=38)
                      gaatgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATaca             <  1:11268331/35‑1 (MQ=38)
                      gaatgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATaca             <  1:18997986/35‑1 (MQ=38)
                      gaatgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATaca             <  1:16355892/35‑1 (MQ=38)
                       aatgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATacac            <  1:13634211/35‑1 (MQ=40)
                       aatgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATacac            <  1:6161216/35‑1 (MQ=40)
                       aatgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATacac            <  1:1300961/35‑1 (MQ=40)
                        atgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACg           <  1:19767257/35‑1 (MQ=255)
                        atgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACg           <  1:9152682/35‑1 (MQ=255)
                        atgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACg           <  1:7118960/35‑1 (MQ=255)
                         tgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGt          <  1:7773621/35‑1 (MQ=255)
                         tgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGt          <  1:14205898/35‑1 (MQ=255)
                          gaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTg         <  1:9377352/35‑1 (MQ=255)
                           aatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGc        <  1:7355718/35‑1 (MQ=255)
                           aatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGc        <  1:16219545/35‑1 (MQ=255)
                            atatGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCa       <  1:8107820/35‑1 (MQ=255)
                              atGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATg     <  1:8360912/35‑1 (MQ=255)
                              atGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATg     <  1:12856018/35‑1 (MQ=255)
                              atGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATg     <  1:10369568/35‑1 (MQ=255)
                               tGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATgg    <  1:2720/35‑1 (MQ=255)
                               tGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATgg    <  1:13077462/35‑1 (MQ=255)
                                gCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATggg   <  1:3899669/35‑1 (MQ=255)
                                gCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATggg   <  1:20427903/35‑1 (MQ=255)
                                gCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATggg   <  1:5786835/35‑1 (MQ=255)
                                gCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATggg   <  1:5157426/35‑1 (MQ=255)
                                 ccGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATGGGa  <  1:12862584/35‑1 (MQ=255)
                                 ccGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATGGGa  <  1:18028030/35‑1 (MQ=255)
                                  |                                 
GAAATGTTCGGGCATGGCAAGCGAATGAATATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATGGGA  >  REL606/558214‑558281

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.