Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
JC JC | REL606 | 1,162,790 | IS150 (–) +3 bp | 41.7% | coding (601‑603/1071 nt) | plsX → | fatty acid/phospholipid synthesis protein |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 664688 = | NA (NA) | 45 (0.480) | 28/44 | NT | 38.5% | noncoding (1/1443 nt) | IS150 | repeat region |
? | REL606 | 1162790 = | 62 (0.760) | coding (601/1071 nt) | plsX | fatty acid/phospholipid synthesis protein | |||||
* | ? | REL606 | = 666130 | NA (NA) | 46 (0.450) | 24/48 | NT | 38.2% | noncoding (1443/1443 nt) | IS150 | repeat region |
? | REL606 | = 1162792 | 65 (0.720) | coding (603/1071 nt) | plsX | fatty acid/phospholipid synthesis protein |
ATTTCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/664719‑664688 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAATTATA > REL606/1162790‑1162823 ATTTCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTAGAGCG < 1:5318983/35‑1 CATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGC < 1:1360710/35‑1 ATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCT < 1:12065471/35‑1 ATCGTCAAACAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCT < 1:16591455/35‑1 TCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTT < 1:4764791/35‑1 TCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTT > 1:14233883/1‑35 CGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTA > 1:9152697/1‑35 CGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTA < 1:716019/35‑1 CGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTA < 1:11114065/35‑1 CGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTA < 1:11950279/35‑1 CGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTA < 1:3692775/35‑1 GTCCAACAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAA > 1:13223400/1‑35 TCCAACAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAA > 1:18004246/1‑35 CCAACAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAA > 1:19821404/1‑35 CAACAAAATGGGTGCAGTACAGCTGTGCTTAAAAC > 1:3847802/1‑35 AACAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACA < 1:12486947/35‑1 AACAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACA > 1:15800701/1‑35 AACAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACA < 1:15827723/35‑1 ACAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAA < 1:18644960/35‑1 CAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAAT > 1:3891616/1‑35 CAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAAT > 1:12264832/1‑35 CAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAAT < 1:5573821/35‑1 CAAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAAT < 1:10089693/35‑1 AAAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATC > 1:12240526/1‑35 AAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCC < 1:4208932/35‑1 AAATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCC < 1:3555604/35‑1 AATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCC < 1:2281084/35‑1 AATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCC < 1:19577791/35‑1 AATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCC < 1:14317549/35‑1 ATGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCT > 1:11158957/1‑35 TGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTT > 1:5924259/1‑35 TGGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTT > 1:15275970/1‑35 GGGTGCATTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTC > 1:12273099/1‑35 GGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTC < 1:11841823/35‑1 GGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTC < 1:3315080/35‑1 GGGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTC > 1:16431358/1‑35 GGTGCAGTACATCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCT > 1:19298126/1‑35 GGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCT > 1:16409843/1‑35 GGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCT < 1:2603004/35‑1 GGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCT < 1:2661994/35‑1 GGTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCT > 1:1384093/1‑35 GTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTA > 1:2154962/1‑35 GTGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTA < 1:7398383/35‑1 TGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTAT < 1:15206981/35‑1 TGCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTATAT < 1:7580744/35‑1 GCAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATC > 1:7052298/1‑35 CAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCA < 1:17535021/35‑1 CAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCA < 1:16931256/35‑1 CAGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCA < 1:2815221/35‑1 AGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAA < 1:3480627/35‑1 AGTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAA < 1:873773/35‑1 GTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAAT > 1:18476720/1‑35 GTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAAT > 1:10631561/1‑35 GTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAAT > 1:7330664/1‑35 GTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAAT > 1:526494/1‑35 GTACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAAT < 1:5948340/35‑1 TACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAATT < 1:7407231/35‑1 ACAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAATTA > 1:3675438/1‑35 CAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAATTAT > 1:999555/1‑35 CAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAATTAT > 1:8186059/1‑35 CAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAATTAT < 1:5189335/35‑1 CAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAATTAT < 1:14214597/35‑1 CAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAATTAT > 1:18265377/1‑35 CAGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAATTAT < 1:17260845/35‑1 CAGCGGTGCTTAAAACAATACCTTCTATCAATTAT < 1:5594884/35‑1 AGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAATTATA > 1:11581118/1‑35 AGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAATTATA < 1:11025964/35‑1 AGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAATTATA < 1:5199299/35‑1 AGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAATTATA > 1:20263123/1‑35 AGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAATTATA > 1:20246806/1‑35 AGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTATATCAATTATA < 1:18677147/35‑1 ATTTCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/664719‑664688 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caGCGGTGCTTAAAACAATCCCTTCTATCAATTATA > REL606/1162790‑1162823 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |