Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 4,107,018 T→A 48.2% P123P (CCA→CCT ECB_03822 ← putative outer membrane lipoprotein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6064,107,0180T→A48.2% 197.7 ‑0.3 ‑1.2130P123P (CCA→CCTECB_03822putative outer membrane lipoprotein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (36/26):  ref base (36/30):  total (74/56)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 7.24e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 6.93e-02

Only 100 of 145 total aligned reads displayed.

TTAAGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGCGTTCAG  >  REL606/4106984‑4107052
                                  |                                  
ttAAGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGt                                    >  1:15448454/1‑35 (MQ=255)
 tAAGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTg                                   <  1:9233233/35‑1 (MQ=255)
 tAAGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTg                                   >  1:6799830/1‑35 (MQ=255)
  aaGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAgg                                  >  1:7172025/1‑35 (MQ=255)
  aaGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAgg                                  >  1:18265777/1‑35 (MQ=255)
   aGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGc                                 <  1:8129801/35‑1 (MQ=255)
   aGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGc                                 <  1:13179683/35‑1 (MQ=255)
   aGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGc                                 >  1:5767216/1‑35 (MQ=255)
   aGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGc                                 >  1:16092332/1‑35 (MQ=255)
   aGGTCGCAAGTTCACCGTTGTTAATTGTCAGTGGc                                 >  1:5487043/1‑35 (MQ=255)
    ggTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCt                                >  1:7716628/1‑35 (MQ=255)
    ggTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCt                                <  1:16309769/35‑1 (MQ=255)
    ggTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCt                                <  1:1720478/35‑1 (MQ=255)
    ggTAGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCt                                <  1:15588239/35‑1 (MQ=255)
     gTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCtt                               <  1:2485933/35‑1 (MQ=255)
     gTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCtt                               >  1:18976218/1‑35 (MQ=255)
     gTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCtt                               >  1:5739938/1‑35 (MQ=255)
     gTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCtt                               <  1:1059168/35‑1 (MQ=255)
     gTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCtt                               <  1:9319090/35‑1 (MQ=255)
     gTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGAtt                               <  1:16913210/35‑1 (MQ=38)
      tCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTa                              <  1:2240396/35‑1 (MQ=255)
       cGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTaa                             <  1:19522772/35‑1 (MQ=255)
       cGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTaa                             <  1:19927635/35‑1 (MQ=255)
       cGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTaa                             <  1:12484415/35‑1 (MQ=255)
       cGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTaa                             >  1:19509452/1‑35 (MQ=255)
       cGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTaa                             >  1:5366485/1‑35 (MQ=255)
        gCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAAc                            <  1:19236998/35‑1 (MQ=255)
        gCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAAc                            >  1:17893328/1‑35 (MQ=255)
         cAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACt                           <  1:2521660/35‑1 (MQ=255)
         cAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACt                           <  1:613431/35‑1 (MQ=255)
         cAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACt                           <  1:10340494/35‑1 (MQ=255)
          aaGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAAcag                          >  1:2279788/1‑33 (MQ=255)
          aaGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAAcag                          >  1:6322721/1‑33 (MQ=255)
          aaGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACtt                          >  1:11842502/1‑35 (MQ=255)
          aaGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACtt                          >  1:18539088/1‑35 (MQ=255)
          aaGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACtt                          >  1:15197664/1‑35 (MQ=255)
           aGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTc                         >  1:14334300/1‑35 (MQ=255)
           aGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTc                         >  1:18010909/1‑35 (MQ=255)
           aGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTc                         >  1:10298398/1‑35 (MQ=255)
           aGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTc                         >  1:3819895/1‑35 (MQ=255)
           aGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTc                         <  1:3874953/35‑1 (MQ=255)
           aGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTc                         <  1:4225610/35‑1 (MQ=255)
           aGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTc                         <  1:6660165/35‑1 (MQ=255)
           aGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTc                         >  1:11763629/1‑35 (MQ=255)
           aGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTc                         >  1:8792258/1‑35 (MQ=255)
            gTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCa                        <  1:1045575/35‑1 (MQ=255)
            gTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCa                        <  1:2844927/35‑1 (MQ=255)
             ttGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCAc                       >  1:12766272/1‑35 (MQ=255)
             ttGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCAc                       >  1:12163499/1‑35 (MQ=255)
             ttGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCAc                       >  1:19178475/1‑35 (MQ=255)
             ttGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCAc                       >  1:4493917/1‑35 (MQ=255)
             ttGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCAc                       <  1:13640790/35‑1 (MQ=255)
             ttGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCAc                       <  1:14323738/35‑1 (MQ=255)
              tGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACt                      <  1:20198925/35‑1 (MQ=255)
              tGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACt                      <  1:3115819/35‑1 (MQ=255)
              tGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACt                      >  1:12881723/1‑35 (MQ=255)
              tGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACt                      >  1:18145240/1‑35 (MQ=255)
              tGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACt                      <  1:15596894/35‑1 (MQ=255)
              tGACAGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACt                      <  1:13564719/35‑1 (MQ=38)
               gACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTg                     <  1:3736992/35‑1 (MQ=255)
               gACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTg                     <  1:3663899/35‑1 (MQ=255)
               gACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTg                     <  1:10067858/35‑1 (MQ=255)
               gACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTg                     <  1:19207271/35‑1 (MQ=255)
               gACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACTg                     <  1:11159551/35‑1 (MQ=255)
               gACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACTg                     <  1:1754700/35‑1 (MQ=255)
                aCCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCCCTGc                    >  1:437069/1‑35 (MQ=255)
                aCCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTGc                    >  1:5660738/1‑35 (MQ=255)
                 ccGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTGcc                   <  1:8794278/35‑1 (MQ=255)
                 ccGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTGcc                   >  1:14694471/1‑35 (MQ=255)
                 ccGTTGTTAATTGTCAGCGGCTTAACTTCACTGcc                   >  1:7911962/1‑35 (MQ=255)
                 ccGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCCCTGcc                   <  1:7748311/35‑1 (MQ=38)
                 ccGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACTGcc                   >  1:20478552/1‑35 (MQ=255)
                 ccGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACTGcc                   <  1:17514855/35‑1 (MQ=255)
                  cGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTGCCa                  >  1:2347949/1‑35 (MQ=255)
                  cGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACTGcaa                  <  1:3308064/35‑3 (MQ=38)
                   gttgttAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTGCCAg                 >  1:15668235/1‑35 (MQ=255)
                   gttgttAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACTGCCAg                 >  1:5061367/1‑35 (MQ=255)
                   gttgttAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACTGCCAg                 <  1:4050477/35‑1 (MQ=255)
                    ttgttAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTGCTAgg                >  1:4188156/1‑35 (MQ=255)
                    ttgttAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTGCCAgg                >  1:16481786/1‑35 (MQ=255)
                     tgttAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTGCCAGGa               >  1:8022357/1‑35 (MQ=255)
                      gttAATTGTCAGTGGCTTAACCTCACCGCCAggga              >  1:18302870/1‑33 (MQ=25)
                       ttAATTGTCAGTGGCTTAACTTCCCTGCCAGGaaa             >  1:3820896/1‑35 (MQ=255)
                       ttAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACTGCCAGGaaa             >  1:14252380/1‑35 (MQ=255)
                        tAATTGTCAGTGGCTTAACTTCCCTGCCAGGaaaa            >  1:17208457/1‑35 (MQ=255)
                         aaTTGTCAGAGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAAt           >  1:11694233/1‑35 (MQ=255)
                           ttGTCAGTGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAg         >  1:11976016/1‑35 (MQ=255)
                           ttGTCAGAGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAg         >  1:12416448/1‑35 (MQ=255)
                            tGTCAGTGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGc        >  1:1336407/1‑35 (MQ=255)
                            tGTCAGAGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGc        >  1:7512461/1‑35 (MQ=255)
                            tGTCAGAGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGc        >  1:4301261/1‑35 (MQ=255)
                            tGTCAGAGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGc        >  1:848472/1‑35 (MQ=255)
                            tGTCAGAGGCTTAACTTCACTGACAGGAAAATAGc        <  1:16013402/35‑1 (MQ=37)
                              tCAGTGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGCGt      >  1:8630789/1‑35 (MQ=255)
                              tCAGAGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGCGt      >  1:16481099/1‑35 (MQ=255)
                               cAGTGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGCGtt     >  1:6269976/1‑35 (MQ=255)
                                 gTGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGCGTTCa   >  1:11259826/1‑35 (MQ=255)
                                  tGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGCGTTCAg  >  1:7241297/1‑35 (MQ=255)
                                  tGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGCGTTCAg  >  1:1708559/1‑35 (MQ=255)
                                  tGGCTTAACTTCACTGCAAGGAAAATAGCGTTCAg  <  1:7466909/35‑1 (MQ=255)
                                  |                                  
TTAAGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGCGTTCAG  >  REL606/4106984‑4107052

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.