Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | 94.5% | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 84 (0.930) | 36/42 | NT | 95.2% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
? | REL606 | = 4524527 | 3 (0.050) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
* | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 70 (0.780) | 36/42 | NT | 89.3% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
? | REL606 | 4524522 = | 6 (0.090) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
ATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACC > REL606/4524488‑4524556 | aTTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGc > 1:13470709/1‑35 (MQ=255) ttCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGcc < 1:9581494/35‑1 (MQ=255) tCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCg > 1:487102/1‑35 (MQ=255) tCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCg > 1:3268855/1‑35 (MQ=255) ccGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGc < 1:10512592/35‑1 (MQ=255) ccGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGc < 1:14287358/35‑1 (MQ=255) ccGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGc > 1:20437350/1‑35 (MQ=255) atggttcaacccttaagttagcgcttatgggcctg < 1:14889164‑M2/4‑3 (MQ=255) atggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGc > 1:2958779‑M2/32‑35 (MQ=255) atggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGc < 1:9117519‑M2/4‑1 (MQ=255) tggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCa > 1:8982225‑M2/31‑35 (MQ=255) gTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCaa > 1:3762503/1‑35 (MQ=255) gttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAc > 1:11263265‑M2/29‑35 (MQ=255) tcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAccc < 1:19861733‑M2/9‑1 (MQ=255) tcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAccc > 1:8417397‑M2/27‑35 (MQ=255) tcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAccc < 1:413353‑M2/9‑1 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAccc < 1:7662824‑M2/35‑4 (MQ=255) cAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAccca > 1:6288663‑M2/1‑31 (MQ=255) cAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAccca > 1:10236979‑M2/1‑31 (MQ=255) aacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCg > 1:13832879‑M2/25‑35 (MQ=255) aacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCg < 1:20407930‑M2/11‑1 (MQ=255) aacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCg < 1:6017706‑M2/11‑1 (MQ=255) aGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccat < 1:15534342‑M2/35‑6 (MQ=255) aGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccat < 1:1669193‑M2/35‑6 (MQ=255) ggCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccata > 1:7909714‑M2/1‑29 (MQ=255) ggCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccata < 1:8181599‑M2/35‑7 (MQ=255) ggCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccata > 1:9024411‑M2/1‑29 (MQ=255) ggCGCGTTAGTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccata > 1:1944111‑M2/1‑29 (MQ=255) acccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCgg > 1:8220169‑M2/24‑35 (MQ=255) cccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCggg < 1:11613408‑M2/13‑1 (MQ=255) cgcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGt > 1:6654465/1‑35 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGt < 1:19796481‑M2/14‑1 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGt < 1:5420818‑M2/14‑1 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagc > 1:5076880‑M2/1‑26 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagc > 1:10210398‑M2/1‑26 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagc < 1:18930524‑M2/35‑10 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagc > 1:12184359‑M2/1‑26 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagc < 1:18257303‑M2/35‑10 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAccaataagc > 1:7238728‑M2/1‑26 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgc > 1:10990406‑M2/20‑35 (MQ=255) cgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcg > 1:6484649‑M2/1‑25 (MQ=255) cgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcg < 1:1405304‑M2/35‑11 (MQ=255) cgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcg < 1:8717344‑M2/35‑11 (MQ=255) taagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgct < 1:9673606‑M2/17‑1 (MQ=255) taagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgct < 1:1167804‑M2/17‑1 (MQ=255) gTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgc < 1:17874551‑M2/35‑12 (MQ=255) gTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgc < 1:13532799‑M2/35‑12 (MQ=255) aagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgctg > 1:13189235‑M2/18‑35 (MQ=255) aagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgctg < 1:16866142‑M2/18‑1 (MQ=255) aagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgctg < 1:4259731‑M2/18‑1 (MQ=255) tATTTTGCACCCGGGGCCGCAAcccataagcgcta > 1:19565157‑M2/1‑22 (MQ=255) gttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTgctgct > 1:10718326‑M2/16‑35 (MQ=255) gttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTgctgct < 1:18517915‑M2/20‑1 (MQ=255) aTTTTGCACCCGGGGCCGCAAcccataagcgctaa > 1:19985467‑M2/1‑21 (MQ=255) aTTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaa < 1:9641876‑M2/35‑15 (MQ=255) ttttGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaac > 1:8906562‑M2/1‑20 (MQ=255) ttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTa < 1:12100895‑M2/21‑1 (MQ=255) ttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTa > 1:14568839‑M2/15‑35 (MQ=255) ttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTa < 1:14701717‑M2/21‑1 (MQ=255) tttGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaact > 1:19274119‑M2/1‑19 (MQ=255) tagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTaa > 1:4810689‑M2/14‑35 (MQ=255) tagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTaa > 1:4553057‑M2/14‑35 (MQ=255) ttGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactt < 1:15307691‑M2/35‑18 (MQ=255) agcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAt > 1:5662827‑M2/13‑35 (MQ=255) tGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactta > 1:6824069‑M2/1‑17 (MQ=255) gCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaa < 1:12840879‑M2/35‑20 (MQ=255) cgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGc < 1:8597290‑M2/25‑1 (MQ=255) cgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGc < 1:7008209‑M2/25‑1 (MQ=255) cttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCgg > 1:11843183‑M2/9‑35 (MQ=255) cttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCgg < 1:3374114‑M2/27‑1 (MQ=255) cttaggggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCgg < 1:14436882‑M2/27‑1 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGa > 1:20205847‑M2/8‑35 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGa < 1:4314822‑M2/28‑1 (MQ=255) aCCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaaggg > 1:20034582‑M2/1‑13 (MQ=255) tatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGTAt > 1:16927780‑M2/7‑35 (MQ=255) tatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAt < 1:5756569‑M2/29‑1 (MQ=255) ccGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttacgggt < 1:209787‑M2/35‑24 (MQ=255) ccGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggt < 1:11111692‑M2/35‑24 (MQ=255) ccGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggt < 1:4072909‑M2/35‑24 (MQ=255) ccGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggt > 1:12632302‑M2/1‑12 (MQ=255) cGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggtt > 1:13638310‑M2/1‑11 (MQ=255) atgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATg > 1:15413663‑M2/6‑35 (MQ=255) tgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGc > 1:10067546‑M2/5‑35 (MQ=255) tgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGc < 1:18956328‑M2/31‑1 (MQ=255) ggggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttg < 1:14948501‑M2/35‑26 (MQ=255) ggggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttg > 1:2620723‑M2/1‑10 (MQ=255) gggcCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttg < 1:7485736‑M2/35‑26 (MQ=255) ggtCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgt < 1:14401622‑M2/35‑27 (MQ=255) gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCg < 1:18131050‑M2/32‑1 (MQ=255) gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCg < 1:16010471‑M2/32‑1 (MQ=255) ggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGa > 1:13316743‑M2/3‑35 (MQ=255) ggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGa < 1:1771652‑M2/33‑1 (MQ=255) ggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGa > 1:1097300‑M2/3‑35 (MQ=255) ggCCGCAACCCC‑GGTGCTGCTAATGCGGATGCGAc < 1:19468847/35‑1 (MQ=38) gCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAc < 1:4894706‑M2/34‑1 (MQ=255) gCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAc < 1:11302659‑M2/34‑1 (MQ=255) ccGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggt < 1:14634508‑M2/35‑30 (MQ=255) ccGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggt > 1:19593698‑M2/1‑6 (MQ=255) ccGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAcc > 1:12508824/1‑35 (MQ=255) ccGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAcc > 1:5955553/1‑35 (MQ=255) | ATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACC > REL606/4524488‑4524556 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |