Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | 94.5% | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 84 (0.930) | 36/42 | NT | 95.2% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
? | REL606 | = 4524527 | 3 (0.050) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
* | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 70 (0.780) | 36/42 | NT | 89.3% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
? | REL606 | 4524522 = | 6 (0.090) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
GTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAA > REL606/4524493‑4524561 | gTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCTGGGCCGCaa > 1:8977797/1‑35 (MQ=255) ttCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAc > 1:4071036‑M2/1‑34 (MQ=255) ttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcc > 1:903019‑M2/28‑35 (MQ=255) ttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcc < 1:5576279‑M2/8‑1 (MQ=255) tCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcc > 1:19592862‑M2/1‑33 (MQ=255) tcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAccc > 1:8417397‑M2/27‑35 (MQ=255) tcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAccc < 1:19861733‑M2/9‑1 (MQ=255) tcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAccc < 1:413353‑M2/9‑1 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAccc < 1:7662824‑M2/35‑4 (MQ=255) caacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcccc < 1:3660903‑M2/10‑1 (MQ=255) aacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCg < 1:6017706‑M2/11‑1 (MQ=255) aGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccat < 1:15534342‑M2/35‑6 (MQ=255) aGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccat > 1:11261427‑M2/1‑30 (MQ=255) ggCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccata > 1:7909714‑M2/1‑29 (MQ=255) acccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCcgt > 1:18934290‑M2/24‑34 (MQ=255) acccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCgg > 1:11422561‑M2/24‑35 (MQ=255) acccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCgg < 1:12861665‑M2/12‑1 (MQ=255) acccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCgg < 1:20413768‑M2/12‑1 (MQ=255) acccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCgg > 1:8220169‑M2/24‑35 (MQ=255) gcgcGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCggg > 1:18769350/1‑35 (MQ=255) gcgcGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCggg > 1:8154643/1‑35 (MQ=255) cgcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGt > 1:6654465/1‑35 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGt > 1:19343898‑M2/22‑35 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGt < 1:19796481‑M2/14‑1 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagc > 1:11673259‑M2/1‑26 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAccaataagc > 1:7238728‑M2/1‑26 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgc > 1:10990406‑M2/20‑35 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgc < 1:14214449‑M2/16‑1 (MQ=255) cgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcg > 1:6484649‑M2/1‑25 (MQ=255) taagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgct > 1:15353500‑M2/19‑35 (MQ=255) taagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgct < 1:9673606‑M2/17‑1 (MQ=255) gTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgc < 1:17874551‑M2/35‑12 (MQ=255) ttATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgct > 1:14410181‑M2/1‑23 (MQ=255) ttATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGtgctg > 1:5903337/1‑35 (MQ=255) tATTTTGCACCCGGGGCCGCAAcccataagcgcta > 1:19565157‑M2/1‑22 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGtgctgc > 1:14648520/1‑35 (MQ=255) gttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTgctgct < 1:3121262‑M2/20‑1 (MQ=255) aTTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaa < 1:9641876‑M2/35‑15 (MQ=255) ttttGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaac > 1:16697608‑M2/1‑20 (MQ=255) ttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTa > 1:14568839‑M2/15‑35 (MQ=255) ttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTa < 1:12100895‑M2/21‑1 (MQ=255) tttGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaact > 1:17483197‑M2/1‑19 (MQ=255) tttGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaact < 1:14486480‑M2/35‑17 (MQ=255) tagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTaa > 1:4553057‑M2/14‑35 (MQ=255) tagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTaa > 1:18463312‑M2/14‑35 (MQ=255) ttGCAACCTGGGCCGCAAcccataagcgctaactt < 1:6669957‑M2/35‑18 (MQ=255) ttGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactt < 1:11679285‑M2/35‑18 (MQ=255) ttGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactt > 1:10217122‑M2/1‑18 (MQ=255) tGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactta < 1:420719‑M2/35‑19 (MQ=255) gcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATg > 1:19059756‑M2/12‑35 (MQ=255) cgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGc < 1:7008209‑M2/25‑1 (MQ=255) cAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaag < 1:7310554‑M2/35‑21 (MQ=255) cttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCgg > 1:11843183‑M2/9‑35 (MQ=255) cttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCgg < 1:12654423‑M2/27‑1 (MQ=255) cttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCgg < 1:3374114‑M2/27‑1 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGa > 1:20205847‑M2/8‑35 (MQ=255) aCCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaaggg < 1:10275676‑M2/35‑23 (MQ=255) tatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGTAt > 1:16927780‑M2/7‑35 (MQ=255) ccGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttacgggt < 1:209787‑M2/35‑24 (MQ=255) ccGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagtgt < 1:13879383‑M2/35‑24 (MQ=255) ccGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggt < 1:11111692‑M2/35‑24 (MQ=255) ccGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggt < 1:866264‑M2/35‑24 (MQ=255) ccGGGGCCGCAAccaataagcgctaacttaagggt > 1:15098078‑M2/1‑12 (MQ=255) cGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggtt > 1:13638310‑M2/1‑11 (MQ=255) atgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATg > 1:8573506‑M2/6‑35 (MQ=255) atgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATg < 1:1348320‑M2/30‑1 (MQ=255) aggggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATg < 1:5680571/34‑1 (MQ=255) tgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGc > 1:10067546‑M2/5‑35 (MQ=255) ggggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttg > 1:12168107‑M2/1‑10 (MQ=255) ggggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttg < 1:20005254‑M2/35‑26 (MQ=255) gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCg < 1:16010471‑M2/32‑1 (MQ=255) gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCg < 1:18131050‑M2/32‑1 (MQ=255) gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCg < 1:8870418‑M2/32‑1 (MQ=255) ggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtg > 1:13308475‑M2/1‑8 (MQ=255) ggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtg < 1:4302698‑M2/35‑28 (MQ=255) ggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGa < 1:1771652‑M2/33‑1 (MQ=255) ggCCGCAACCCC‑GGTGCTGCTAATGCGGATGCGAc < 1:19468847/35‑1 (MQ=38) nncGCANCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAc < 1:9480179/33‑1 (MQ=255) gCCGCAGCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAc < 1:525316‑M2/34‑1 (MQ=255) gCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAc < 1:11302659‑M2/34‑1 (MQ=255) gCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAc < 1:4894706‑M2/34‑1 (MQ=255) ccGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAcc > 1:4833066/1‑35 (MQ=255) ccGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAcc > 1:12508824/1‑35 (MQ=255) cGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggta > 1:20073733‑M2/1‑5 (MQ=255) cGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggta < 1:15626464‑M2/35‑31 (MQ=255) gCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCtt < 1:14051701/35‑1 (MQ=255) gCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCtt < 1:2380494/35‑1 (MQ=255) gCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAACtt < 1:14895357/35‑1 (MQ=255) cAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatt < 1:6252208‑M2/35‑33 (MQ=255) cAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatt < 1:6302833‑M2/35‑33 (MQ=255) cAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatt < 1:476153‑M2/35‑33 (MQ=255) cAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatt < 1:10916002‑M2/35‑33 (MQ=255) cAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTc < 1:10741108/35‑1 (MQ=255) aacccataagcgctaacttaagggttgtggtatta < 1:10566350‑M2/35‑34 (MQ=255) aacccataagcgctaacttaagggttgtggtatta > 1:3787789‑M2/1‑2 (MQ=255) acccataagcgctaacttaagggttgtggtattac < 1:1335937‑M2/35‑35 (MQ=255) acccataagcgctaacttaagggttgtggtattac < 1:19262827‑M2/35‑35 (MQ=255) acccataagcgctaacttaagggttgtggtattac > 1:16295269‑M2/1‑1 (MQ=255) aCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCaa > 1:12263798/1‑35 (MQ=255) aCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCaa < 1:14718647/35‑1 (MQ=255) | GTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAA > REL606/4524493‑4524561 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |