New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 445976 =79 (0.770)9 (0.120) 4/36 NT 13.8% coding (944/1287 nt) amtB ammonium transporter
?REL606 3083447 = 53 (0.690)coding (197/495 nt) yqhA hypothetical protein

Only 100 of 151 total aligned reads displayed.

GGCGGCGCGTTGATTGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGCTCAAACGC  >  REL606/445942‑446010
                                  |                                  
tcgtgttgctgtcgctggtggatatgacgctggtt                                    >  1:15744411‑M1/35‑35 (MQ=255)
ggcggcGCGTTGATTGTCGGCGTGGCAGCTGGTCt                                    >  1:2320767/1‑35 (MQ=255)
 gcggcgCGTTGATTGTCGGCGTGGTAGCTGGACTg                                   <  1:16497163/35‑1 (MQ=255)
 cgtgttgctgtcgctggtggatatgacgctggtTg                                   <  1:580456‑M1/2‑1 (MQ=255)
  gtgttgctgtcgctggtggatatgacgctggtTgg                                  <  1:1564620‑M1/3‑1 (MQ=255)
  gtgttgctgtcgctggtggatatgacgctggtTgg                                  <  1:10286828‑M1/3‑1 (MQ=255)
  gtgttgctgtcgctggtggatatgacgctggtTgg                                  >  1:17563606‑M1/33‑35 (MQ=255)
  gtgttgctgtcgctggtggatatgacgctggtTgg                                  <  1:5411364‑M1/3‑1 (MQ=255)
  gtgttgctgtcgctggtggatatgacgctggtTgg                                  >  1:5867750‑M1/33‑35 (MQ=255)
  gtgttgctgtcgctggtggatatgacgctgggTgg                                  <  1:12750830‑M1/3‑1 (MQ=255)
  cggcgCGTTGATTGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTgg                                  <  1:279757/35‑1 (MQ=255)
  cggcgCGTTGATTGTCGGCGTGGCAGGTGGGCTgg                                  >  1:929386/1‑35 (MQ=25)
   ggcgTGTTGATTGTCGGCGTGGGAGCTGGTCTggg                                 >  1:5770376/1‑34 (MQ=25)
   ggcgCGTTGATTGTCGGCGTGTTAGCTGGTCTGGc                                 <  1:15106820/35‑1 (MQ=255)
   ggcgCGTTGATTGTCGGAGTGGTAGCTGGTCTGGc                                 <  1:11566945/35‑1 (MQ=255)
    gttgctgtcgctggtggatatgacgctggtTGgcn                                >  1:10692519‑M1/31‑34 (MQ=255)
    gttgctgtcgctggtggatatgacgctggtTGGCg                                >  1:1567142‑M1/31‑35 (MQ=255)
    gttgctgtcgctggtggatatgacgctggtTGGCg                                >  1:13491376‑M1/31‑35 (MQ=255)
    gttgctgtcgctggtggatatgacgctggtTGGCg                                >  1:15300799‑M1/31‑35 (MQ=255)
    gcgcGTTGATTGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCg                                <  1:12730708/35‑1 (MQ=255)
     ttgctgtcgctggtggatatgacgctggtTGGCgg                               >  1:18144691‑M1/30‑35 (MQ=255)
     ttgctgtcgctggtggatatgacgctggtTGGCgg                               <  1:17854978‑M1/6‑1 (MQ=255)
     ttgctgtcgctggtggatatgacgctggtTGGCgg                               <  1:1689436‑M1/6‑1 (MQ=255)
     ttgctgtcgctggtggatatgacgctggtTGGCgg                               >  1:817903‑M1/30‑35 (MQ=255)
     cgcgTTGATTGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCgg                               <  1:758922/35‑1 (MQ=255)
     cgcgTTGATTGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCgg                               <  1:11277729/35‑1 (MQ=255)
      tgctgtcgctggtggatatgacgctggtTGGCggg                              <  1:6673678‑M1/7‑1 (MQ=255)
      tgctgtcgctggtggatatgacgctgggTGGCggg                              <  1:10939279‑M1/7‑1 (MQ=255)
      gcgTTGATTGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCggg                              <  1:2567188/35‑1 (MQ=255)
       cgTTGATTGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGt                             <  1:18756796/35‑1 (MQ=255)
        gtggATTGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGtt                            <  1:18867897/32‑1 (MQ=255)
        gTTGATTGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGtt                            <  1:4683289/35‑1 (MQ=255)
        ctgtcgctggtggatatgacgctggtTGgcggggt                            <  1:11470647‑M1/9‑3 (MQ=255)
         ttGATTGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGttt                           <  1:9374140/35‑1 (MQ=255)
         ttGATTGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGttt                           <  1:13014790/35‑1 (MQ=255)
         tgtcgctggtggatatgacgctggtTggcggggtt                           <  1:8651321‑M1/10‑4 (MQ=255)
         tgtcgctggtggatatgacgctggtTggcggggtt                           <  1:6804034‑M1/10‑4 (MQ=255)
          tGATTGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGTTtg                          <  1:10013793/35‑1 (MQ=255)
          tGATTGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGTTtg                          <  1:18675286/35‑1 (MQ=255)
          tGATTGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGTTtg                          <  1:7920666/35‑1 (MQ=255)
            tctGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGTTtgtg                        <  1:8694736/33‑1 (MQ=255)
            cgctggtggatatgacgctggtTGGCGGGTTtgtg                        <  1:14194175‑M1/13‑1 (MQ=255)
            aTTGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGTTtgtg                        <  1:4757595/35‑1 (MQ=255)
             ttGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTgg                       <  1:121230/35‑1 (MQ=255)
             gctggtgtatatgacgctggtTGGCGGGTTTGTgg                       <  1:5969181‑M1/14‑1 (MQ=255)
             gctggtggatatgacgctggtTGGCGGGGTTGTgg                       <  1:20115861‑M1/14‑1 (MQ=255)
              tGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTggg                      <  1:13569355/35‑1 (MQ=255)
              tGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTggg                      <  1:8425451/35‑1 (MQ=255)
              tGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTggg                      <  1:2131566/35‑1 (MQ=255)
              ctggtggatatgacgctggtTGGCGGGTTTTTggg                      <  1:416030‑M1/15‑1 (MQ=255)
              ctggtggatatgacgctggtTGGCGGGTTTGTggg                      <  1:19888549‑M1/15‑1 (MQ=255)
              ctggtggatatgacgctggtTGGCGGGTTTCTggg                      <  1:7040580‑M1/15‑1 (MQ=255)
               tggtggatatgacgctggtTGGCGGGTTTTTgggg                     <  1:10918007‑M1/16‑1 (MQ=255)
                tCGGCGTGTTAGCTGGTCTTGCGGGTTTGTGGGGc                    >  1:15533795/1‑35 (MQ=38)
                tCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGc                    <  1:10225520/35‑1 (MQ=255)
                tCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGc                    <  1:1339363/35‑1 (MQ=255)
                tCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGc                    <  1:3369800/35‑1 (MQ=255)
                acGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGGTTGTggggg                    >  1:831955/2‑34 (MQ=38)
                   gCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGtt                 <  1:7105576/35‑1 (MQ=255)
                   gCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGtt                 <  1:5315277/35‑1 (MQ=255)
                   gCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGtt                 <  1:2819700/35‑1 (MQ=255)
                      tGGTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACt              <  1:68824/35‑1 (MQ=255)
                      tGGTAGCTGGTCTGGCGGGGTTTTTGGGCGTTACt              >  1:19317363/1‑35 (MQ=25)
                       ggTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTa             <  1:13059301/35‑1 (MQ=255)
                       ggTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTa             <  1:3672379/35‑1 (MQ=255)
                       ggTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTa             <  1:15553428/35‑1 (MQ=255)
                       ggTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTa             <  1:12282982/35‑1 (MQ=255)
                        gTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTAt            <  1:4663298/35‑1 (MQ=255)
                        gTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTAt            <  1:13696307/35‑1 (MQ=255)
                        gTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTAt            <  1:7937644/35‑1 (MQ=255)
                        gTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTAt            <  1:7075444/35‑1 (MQ=255)
                        gTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTAt            <  1:11999276/35‑1 (MQ=255)
                        gTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTAt            <  1:5980326/35‑1 (MQ=255)
                        gTAGCTGGTCTGGCGGGGTTGTGGGGGGGTTCTAt            >  1:10395315/1‑35 (MQ=19)
                         tAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATg           <  1:14215279/35‑1 (MQ=255)
                         tAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATg           <  1:13153117/35‑1 (MQ=255)
                         tAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATg           <  1:11908930/35‑1 (MQ=255)
                          aGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGc          <  1:14843425/35‑1 (MQ=255)
                          aGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGc          <  1:14126863/35‑1 (MQ=255)
                          aGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGc          <  1:5883063/35‑1 (MQ=255)
                           gCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGCt         <  1:6573451/35‑1 (MQ=255)
                           gCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGCt         <  1:8193498/35‑1 (MQ=255)
                           gCTGGTCTGGCGGGGTTGTGGGGCGTTACTATGcc         >  1:17086534/1‑34 (MQ=255)
                            cTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGCTc        <  1:16705149/35‑1 (MQ=255)
                            cTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGCTc        <  1:18844624/35‑1 (MQ=255)
                            cTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGCTc        <  1:14356432/35‑1 (MQ=255)
                             tGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGCTCa       <  1:1819912/35‑1 (MQ=255)
                              ggTCTGGCGGGGTTGTGGGGCGTTACTATGCTCaa      >  1:4871288/1‑35 (MQ=255)
                               gTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGCTCaaa     <  1:2167765/35‑1 (MQ=255)
                               gTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGCTCaaa     <  1:4470293/35‑1 (MQ=255)
                               gTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGCTCaaa     >  1:13154708/1‑35 (MQ=255)
                                tCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGCTCAAAc    <  1:15460107/35‑1 (MQ=255)
                                tCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGCTCAAAc    <  1:8655384/35‑1 (MQ=255)
                                tCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGCTCAAAc    <  1:19836491/35‑1 (MQ=255)
                                 cTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGCTCAAACg   <  1:18449459/35‑1 (MQ=255)
                                 cTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGCTCAAACg   <  1:10644802/35‑1 (MQ=255)
                                 cTGGCGAGTTTGTGGGGCGTTACTATGCTCAAACg   <  1:15776449/35‑1 (MQ=255)
                                  TGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGCTCAAACGc  >  1:8684713‑M1/1‑35 (MQ=255)
                                  TGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGCTCAAACGc  >  1:9209402‑M1/1‑35 (MQ=255)
                                  TGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGCTCAAACGc  <  1:11079638‑M1/35‑1 (MQ=255)
                                  |                                  
GGCGGCGCGTTGATTGTCGGCGTGGTAGCTGGTCTGGCGGGTTTGTGGGGCGTTACTATGCTCAAACGC  >  REL606/445942‑446010

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.