New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 547699 | NA (NA) | 48 (0.470) | 30/48 | NT | NA | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region |
? | REL606 | 557127 = | NA (NA) | coding (70/282 nt) | ECB_00514 | conserved hypothetical protein |
CGACTTTTCGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAGGATGAT > REL606/557093‑557153 | cGACTTTTCGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCtatt < 1:12563199/35‑1 (MQ=255) cGACTTTTCGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCtatt < 1:8124858/35‑1 (MQ=255) aCTTTTCGGCATTTATGGAGAGTATTGGCtattat < 1:18003868/35‑1 (MQ=255) cTTTTCGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTatg < 1:18781166/35‑1 (MQ=255) cTTTTCGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTatg < 1:16254/35‑1 (MQ=255) tttCGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTatgat < 1:9300223/35‑1 (MQ=255) tttCGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTatgat < 1:8388008/35‑1 (MQ=255) tttCGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTatgat < 1:12473701/35‑1 (MQ=255) cGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTATGATGAc < 1:4542675/35‑1 (MQ=255) cGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTATGATGAc < 1:17415456/35‑1 (MQ=255) cGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTATGATGAc < 1:16894828/35‑1 (MQ=255) ggCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTATGATGACg < 1:11168028/35‑1 (MQ=255) cTTTATGGAGAGTATTGGCTATTATGATGACGAGt < 1:3126541/35‑1 (MQ=255) tttATGGAGAGTATTGGCTATTATGATGACGAGTc < 1:6651011/35‑1 (MQ=255) tttATGGAGAGTATTGGCTATTATGATGACGAGTc < 1:4796921/35‑1 (MQ=255) aTGGAGAGTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGAt < 1:12826201/35‑1 (MQ=255) tGGAGAGTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATg < 1:20608254/35‑1 (MQ=255) tGGAGAGTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATg < 1:12827315/35‑1 (MQ=255) ggAGAGTATTTGCTATTATGATGACGAGTCGATGc > 1:19810636/1‑35 (MQ=255) ggAGAGTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGc < 1:14077414/35‑1 (MQ=255) ggAGAGTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGc < 1:2090039/35‑1 (MQ=255) gagaGTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCa < 1:16517048/35‑1 (MQ=255) gagaGTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCa < 1:20569149/35‑1 (MQ=255) agagTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAg < 1:11276601/35‑1 (MQ=255) agagTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAg < 1:19477799/35‑1 (MQ=255) gattATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAgg < 1:18647222/32‑1 (MQ=255) gagTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAgg < 1:16471308/35‑1 (MQ=255) gTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAGgat < 1:18771326/35‑1 (MQ=40) tATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAGgatg < 1:3358286/35‑1 (MQ=38) tATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAGgatg < 1:6080394/35‑1 (MQ=38) tATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAGgatg < 1:20596590/35‑1 (MQ=38) aTTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAGgatga < 1:6539523/35‑1 (MQ=35) ttGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAGgatgat < 1:6397499/35‑1 (MQ=32) ttGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAGgatgat < 1:6936169/35‑1 (MQ=32) | CGACTTTTCGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAGGATGAT > REL606/557093‑557153 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |