New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 1204666 = | 70 (0.680) | 9 (0.120) | 4/36 | NT | 11.7% | coding (481/1461 nt) | phoQ | sensory histidine kinase in two‑compoent regulatory system with PhoP |
? | REL606 | 3975303 = | 83 (1.080) | coding (677/801 nt) | yigL | predicted hydrolase |
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TTTGGCATTCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGCGTCGTCGTCA > REL606/1204632‑1204700 | tttGGCATTCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTAc > 1:9929786/1‑35 (MQ=255) tttGGCATTCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTAc < 1:12866338/35‑1 (MQ=255) cgctggtgcgcactgcccataatgcagcctttccc < 1:20255355‑M1/1‑1 (MQ=255) cgctggtgcgcactgcccataatgcagcctttccc < 1:14548721‑M1/1‑1 (MQ=255) ttGGCATTCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTAcc > 1:6401995/1‑35 (MQ=255) ttGGCATTCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTAcc > 1:2486086/1‑35 (MQ=255) gctggtgcgcactgcccataatgcagcctttcccc < 1:19891746‑M1/2‑1 (MQ=255) gctggtgcgcactgcccataatgcagcctttcccc > 1:13849343‑M1/34‑35 (MQ=255) gctggtgcgcactgcccataatgcagcctttcccc < 1:15441257‑M1/2‑1 (MQ=255) gctggtgcgcactgcccataatgcagcctttcccc > 1:16020055‑M1/34‑35 (MQ=255) tGGCATTCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACCg < 1:15831179/35‑1 (MQ=255) tGGCATTCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACCg < 1:12119056/35‑1 (MQ=255) tGGCATTCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACCg < 1:20382680/35‑1 (MQ=255) tGGCATTCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACCg > 1:16696313/1‑35 (MQ=255) ctggtgcgccctgcccataatgcagcctttccCCg > 1:16935372‑M1/33‑35 (MQ=255) ctggtgcgccctgcccataatgcagcctttccCCg > 1:15502400‑M1/33‑35 (MQ=255) ctggtgcgcactgcccataatgcagcctttccCCg < 1:10934193‑M1/3‑1 (MQ=255) ctggtgcgcactgcccataatgcagcctttccCCg > 1:3327994‑M1/33‑35 (MQ=255) ctggtgcccactgcccataatgcagcctttccCCg > 1:1804263‑M1/33‑35 (MQ=255) tggtgcgcactgcccataatgcagcctttccCCGc < 1:18292087‑M1/4‑1 (MQ=255) tggtgcgcactgcccataatgcagcctttccCCGc < 1:5235670‑M1/4‑1 (MQ=255) tggtgcgcactgcccataatgcagcctttccCCGc < 1:17803131‑M1/4‑1 (MQ=255) ggCATTCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACCGc < 1:745498/35‑1 (MQ=255) ggCATTCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACCGc < 1:2794168/35‑1 (MQ=255) gCATTCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACCGca > 1:890897/1‑34 (MQ=255) aTTCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACCGCCAc > 1:13464441/1‑35 (MQ=255) aTTCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACCCccca > 1:16985751/1‑33 (MQ=38) cgcgATGTTGCCGGGTAGACGTTTACCGCCACCGa > 1:14735945/1‑35 (MQ=255) cgcgATGTTGCCGGGTAGACGTTTACCGCCACCGa > 1:2968796/1‑35 (MQ=255) gcgATGTTGCCGGGTAGACGTTTACCGCCACCgcg > 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aGACGTTTACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg > 1:5943629/1‑35 (MQ=255) aGACGTTTACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg > 1:2965781/1‑35 (MQ=255) aGACGTTTACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg > 1:17592272/1‑35 (MQ=255) gACGTTTACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgt > 1:14829566/1‑35 (MQ=255) gACGTTTACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgt > 1:14396428/1‑35 (MQ=255) caCGTTCCCCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgt < 1:7233305/34‑1 (MQ=37) aCGTTTACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtc > 1:8011704/1‑35 (MQ=255) aCGTTTACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtc > 1:811864/1‑35 (MQ=255) ctttccCCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcg > 1:4835612‑M1/7‑35 (MQ=255) cGTTTACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcg > 1:3590821/1‑35 (MQ=255) cGTTTACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcg > 1:18224639/1‑35 (MQ=255) cGTTTACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcg > 1:18472030/1‑35 (MQ=255) cGTTTACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcg > 1:20558960/1‑35 (MQ=255) cGTTTACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcg > 1:1003361/1‑35 (MQ=255) tttccCCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcgt > 1:18888920‑M1/6‑35 (MQ=255) tttccCCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcgt > 1:19707923‑M1/6‑35 (MQ=255) gTTTACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcgt > 1:2547141/1‑35 (MQ=255) gTTTACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcgt > 1:15417723/1‑35 (MQ=255) gTTTACCGACACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcgt < 1:1976868/35‑1 (MQ=255) tttACCGCCACCTAGTGGGTCATCTCCGcgtcgtc > 1:6552903/1‑35 (MQ=255) tttACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcgtc > 1:13965956/1‑35 (MQ=255) ttgcCCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcgtc > 1:12006917‑M1/5‑35 (MQ=255) ttccCCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcgtc > 1:4223237‑M1/5‑35 (MQ=255) ttccCCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcgtc > 1:7663864‑M1/5‑35 (MQ=255) ttACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcgtcg > 1:10041227/1‑35 (MQ=255) ttACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcgtcg > 1:6774070/1‑35 (MQ=255) ttACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcgtcg > 1:1231956/1‑35 (MQ=255) ttACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcgtcg > 1:13106173/1‑35 (MQ=255) tACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcgtcgt > 1:11196182/1‑35 (MQ=255) tACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGcgtcgtcgt > 1:3337367/1‑35 (MQ=255) cCCGCCACCNAGTGGGTCATCTCCGCgtcgtcgtc > 1:16418714‑M1/2‑35 (MQ=255) cCCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGCgtcgtcgtc > 1:8281808‑M1/2‑35 (MQ=255) cCCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGCgtcgtcgtc > 1:14993815‑M1/2‑35 (MQ=255) cCCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGCgtcgtcgtc > 1:5747865‑M1/2‑35 (MQ=255) aCCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGCgtcgtcgtc > 1:1315773/1‑35 (MQ=255) aCCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGCgtcgtcgtc > 1:5163185/1‑35 (MQ=255) aCCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGCgtcgtcgtc > 1:67262/1‑35 (MQ=255) CCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGCGTCGTCGTCa < 1:16365656‑M1/35‑1 (MQ=255) CCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGCGTCGTCGTCa < 1:4270046‑M1/35‑1 (MQ=255) | TTTGGCATTCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACCGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGCGTCGTCGTCA > REL606/1204632‑1204700 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |