New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 1500892 = | NA (NA) | 5 (0.060) | 3/36 | NT | 12.2% | coding (616/4224 nt) | rhsE | rhsE element core protein RshE |
? | REL606 | = 1977657 | 48 (0.470) | coding (181/1005 nt) | yedY | hypothetical protein |
CGAAACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTAcggcgg‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/1500925‑1500892 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGGCGGGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAACCAGCT < REL606/1977657‑1977618 CGAAACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTAC < 1:10089946/35‑1 CGAAACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTAC < 1:12013986/35‑1 CGAAACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTAC < 1:4801756/35‑1 CGAAACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTAC < 1:3487501/35‑1 CGAAACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTAC < 1:14675201/35‑1 GAAGCGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACG < 1:17933636/35‑1 GAAACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACG > 1:9885083/1‑35 GAAACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACG > 1:9479995/1‑35 GAAACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACG < 1:9157540/35‑1 GAAACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACG > 1:848565/1‑35 GAAACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACG < 1:8125076/35‑1 GAAACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACG > 1:7026132/1‑35 GAAACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACG < 1:5595042/35‑1 GAAACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACG < 1:17271040/35‑1 GAAACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCAACCGGTACG > 1:9925960/1‑35 AAACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGG > 1:9228907/1‑35 AAACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGG < 1:14083865/35‑1 AAACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGG < 1:9158137/35‑1 AACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGg > 1:18675272/1‑34 AACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGC < 1:19857865/35‑1 AACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGC < 1:11282325/35‑1 AACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGC < 1:12792917/35‑1 AACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGC > 1:17759428/1‑35 AACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGC > 1:13047564/1‑35 AACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGC < 1:16744474/35‑1 AACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGC > 1:11408079/1‑35 AACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGC < 1:12658480/35‑1 AACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGC < 1:57241/35‑1 AACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGC > 1:15397990/1‑35 AACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGC > 1:14554192/1‑35 AACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGC > 1:13329229/1‑35 AACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGC > 1:7561415/1‑35 AACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTAAGGC > 1:17514070/1‑35 gCGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGCG < 1:13186467/34‑1 ACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGCG > 1:11643327/1‑35 ACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGCG < 1:6694488/35‑1 ACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGCG > 1:20309879/1‑35 CGGTCGGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGCGG < 1:16442327/35‑1 GGTCTGCCAGCCCTGTAAGCACCCGGTACGGCGGG > 1:20409386/1‑35 GGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGCGGG > 1:16134047/1‑35 GGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGCGGG > 1:2302599/1‑35 GGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGCGGG > 1:2494126/1‑35 GGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGCGGG > 1:811841/1‑35 GGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGCGGG > 1:9127478/1‑35 GGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGCGGG > 1:11486651/1‑35 GGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGCGGG > 1:4603775/1‑35 TCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGCGGGGG > 1:11863092/1‑35 TCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGCGGGGG > 1:8604085/1‑35 CTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGCGGGGGg > 1:11069850/1‑34 CTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGCGGGGGg > 1:9427694/1‑34 CTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGCACGGCGGGGGg > 1:6093629/1‑34 GCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGCGGGGGGGG > 1:16523565/1‑35 GCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGCGGGGGGGG > 1:13077526/1‑35 CCAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGCGGGCGCGGG > 1:7949247/1‑35 CAGCCCGGTAAGCACCCGGTACGGCGGGGGGGGGg > 1:17415119/1‑34 CCCGGTAAGCACCCGGTACGGCGGGGGCGGGGGGG > 1:9839778/1‑35 CGGCGGGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAAC < 1:7733453/35‑1 GGCGGGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAACC > 1:11994271/1‑35 GGCGGGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAACC < 1:4962978/35‑1 GCGGGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAACCA > 1:8352277/1‑35 GCGGGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAACCA > 1:4264521/1‑35 GCGGGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAACCA > 1:20179543/1‑35 GCGGGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAACCA > 1:15310289/1‑35 CGGGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAACCAG < 1:8545751/35‑1 CGGGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAACCAG < 1:20435928/35‑1 CGGGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAACCAG < 1:19983848/35‑1 CGGGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAACCAG < 1:13271941/35‑1 GGGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAACCAGC < 1:7292664/35‑1 GGGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAACCAGC < 1:3749376/35‑1 GGGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAACCAGC < 1:12695030/35‑1 GGGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAACCAGC < 1:19848363/35‑1 GGGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAACAAGC < 1:4912123/35‑1 GGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAACCAGCT < 1:3147788/35‑1 GGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAACCAGCT < 1:967420/35‑1 GGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAACCAGCT > 1:10989171/1‑35 GGGGCGGGGGGGCGATCGTTCCCTTTAAACCAGCT > 1:5960754/1‑35 CGAAACGGTCTGCCAGCCCGGTAAGCACCCGGTAcggcgg‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/1500925‑1500892 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGGCGGGGGCGGGTGGGCGATCGTTCCCTTTAAACCAGCT < REL606/1977657‑1977618 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |