New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 168661182 (0.800)12 (0.120) 3/48 NT 15.0% coding (276/1059 nt) rnfD electron transport complex protein RnfD
?REL606 = 4059472 54 (0.530)coding (536/636 nt) fdoI formate dehydrogenase‑O, cytochrome b556 subunit

CCCCCCTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  REL606/1686604‑1686611
‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCAGCGCCTG  <  REL606/4059472‑4059439
                                          
cgCCCCTCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCA         <  1:10110480/33‑1
CCCCCCCCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCA         <  1:8312670/35‑1
CCCCCCCCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCA         <  1:3705047/35‑1
CCCCCCCCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCA         <  1:2123004/35‑1
CCCCCCCCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCA         <  1:12379775/35‑1
CCCCCCCCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCA         <  1:12278073/35‑1
 CCCCCCCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCAG        <  1:15376147/35‑1
 CCCCCCCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCAG        <  1:16028348/35‑1
 CCCCCCCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCAG        <  1:5441170/35‑1
 CCCCCCCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCAG        <  1:3206622/35‑1
  CCCCCCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCAGC       <  1:1263025/35‑1
  CCCCCCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCAGC       <  1:633570/35‑1
   CCCCCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCAGCG      <  1:11045772/35‑1
   CCCCCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCAGCG      <  1:7236858/35‑1
   CCCCCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCAGCG      <  1:11453688/35‑1
   CCCCCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCAGCG      <  1:15537221/35‑1
    ctcCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCAGCGC     <  1:20496468/32‑1
    cccCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCAGCGC     <  1:2315696/32‑1
    cccCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCAGCGC     <  1:17377378/32‑1
     caCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCAGCGCC    <  1:18879660/33‑1
     CTCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCAGCGCC    <  1:4174932/35‑1
      cCCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCAGCGCCT   <  1:4587988/34‑1
       CCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCAGCGCCTG  <  1:5382235/35‑1
       CCCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCAGCGCCTG  <  1:12438664/35‑1
                                          
CCCCCCTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  REL606/1686604‑1686611
‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCCATGGTGGAAGGATGGGTTACCAGCGCCTG  <  REL606/4059472‑4059439

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.