Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,488,669 | A→C | 47.7% | S180A (TCG→GCG) | glpR ← | DNA‑binding transcriptional repressor |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,488,669 | 0 | A→C | 47.7% | 191.5 ‑6.8 ‑0.0 | 127 | S180A (TCG→GCG) | glpR | DNA‑binding transcriptional repressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (31/29): ref base (53/13): total (84/43) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.16e-03 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.49e-01 |
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
GTGCGAACTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATCCCCAGAATG > REL606/3488635‑3488703 | ncGAACTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGAGc > 1:16878575/2‑35 (MQ=255) gCGAACTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGCGc < 1:15954837/35‑1 (MQ=255) gCGAACTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGAGc > 1:2284990/1‑35 (MQ=255) gCGAACTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGAGc > 1:18871903/1‑35 (MQ=255) cGAACTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCTAGcc > 1:2869981/1‑35 (MQ=255) cGAACTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGCGcc < 1:12568492/35‑1 (MQ=255) cGAACTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGCGcc < 1:2138280/35‑1 (MQ=255) cGAACTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGAGcc < 1:20604825/35‑1 (MQ=255) cGAACTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGAGcc > 1:1506055/1‑35 (MQ=255) gAACTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGCGCCg > 1:11320288/1‑35 (MQ=255) gAACTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGCGCCg > 1:19407653/1‑35 (MQ=255) aaCTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGCGCCGt > 1:864640/1‑35 (MQ=255) aaCTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGCGCCGt > 1:12959993/1‑35 (MQ=255) aCTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTc < 1:11227079/35‑1 (MQ=255) aCTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTc < 1:4605315/35‑1 (MQ=255) aCTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTc > 1:12706532/1‑35 (MQ=255) aCTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGAGCAGTc < 1:12425953/35‑1 (MQ=255) cTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCg > 1:18431805/1‑35 (MQ=255) cTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCg > 1:9181618/1‑35 (MQ=255) ttCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGc > 1:19954092/1‑35 (MQ=255) tCGTTGTAATCGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCt > 1:5467481/1‑35 (MQ=255) tCGTTGTAATCGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCt > 1:16592897/1‑35 (MQ=255) tCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCt > 1:15289505/1‑35 (MQ=255) tCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCt > 1:18605200/1‑35 (MQ=255) ggTGGTAATCGACCTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTa < 1:15148671/34‑1 (MQ=255) cGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTa > 1:14617411/1‑35 (MQ=255) cGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTa < 1:1047365/35‑1 (MQ=255) cGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTa < 1:9199734/35‑1 (MQ=255) gTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTAt < 1:18490788/35‑1 (MQ=255) gTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTAt > 1:16606243/1‑35 (MQ=255) gTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTAt < 1:9875334/35‑1 (MQ=255) tGGTAATCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATc < 1:15581534/35‑1 (MQ=255) tGGTAATCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATc > 1:13441275/1‑35 (MQ=255) tGGTAATCGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATc > 1:2764234/1‑35 (MQ=255) tGGTAATCGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATc > 1:10068081/1‑35 (MQ=255) tGGTAATCGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATc > 1:13497164/1‑35 (MQ=255) ggTAATCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATCg < 1:12399722/35‑1 (MQ=255) ggTAATCGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATCg < 1:16041741/35‑1 (MQ=255) ggTAATCGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATCg > 1:7884676/1‑35 (MQ=255) gTAATCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATCGa < 1:2134708/35‑1 (MQ=255) gTAATCGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATCGa < 1:16063168/35‑1 (MQ=255) gTAATCGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATCGa > 1:12017722/1‑35 (MQ=255) tAATCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATCGAt > 1:14879964/1‑35 (MQ=255) tAATCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATCGAt < 1:8207093/35‑1 (MQ=255) tAATCGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATCGAt > 1:19346821/1‑35 (MQ=255) tAATCGAACCCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATCGAt < 1:10257886/35‑1 (MQ=255) aaTCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATCGATg > 1:19448031/1‑35 (MQ=255) aaTCGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATCGATg > 1:19323193/1‑35 (MQ=255) aaTCGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATCGATg > 1:10159292/1‑35 (MQ=255) agcGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATCGCTGc > 1:6494340/3‑35 (MQ=25) aTCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATCGATGc > 1:4673495/1‑35 (MQ=255) aTCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATCGATGc > 1:18596328/1‑35 (MQ=255) aTCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATCGATGc < 1:6715243/35‑1 (MQ=255) aTCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATCGATGc > 1:756885/1‑35 (MQ=255) aTCGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATCGATGc < 1:1989181/35‑1 (MQ=255) aTCGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATCGATGc > 1:14386748/1‑35 (MQ=255) tCGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATCGCTGcc > 1:7000277/1‑35 (MQ=255) gcGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATCGATGcc < 1:10726224/34‑1 (MQ=255) caaaCTCCGGCAGCGAGCCGTCGCTATCGATGCCg < 1:15572406/33‑1 (MQ=37) cGACCTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATCGATGCCg < 1:1279946/35‑1 (MQ=255) cGAACTCCAGCAGCTAGCCGTCGCTATCGATGCCg > 1:14794278/1‑35 (MQ=255) cGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATCGATGCCg > 1:17037918/1‑35 (MQ=255) cGAACTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATCGATGCCg > 1:5746300/1‑35 (MQ=255) cGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATCGATGCCg < 1:16355504/35‑1 (MQ=255) gAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATCGATGCCGc > 1:1459869/1‑35 (MQ=255) aaCTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATCGATGCCGCt > 1:18639398/1‑35 (MQ=255) aaCTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATCGATGCCGCt > 1:6232322/1‑35 (MQ=255) aCTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATCGATGCCGCtt > 1:4857557/1‑35 (MQ=255) aCTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATCGATGCCGCtt < 1:20545603/35‑1 (MQ=255) cTCCAGCAGCGTGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTa < 1:3293402/35‑1 (MQ=255) cTCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTa < 1:13474457/35‑1 (MQ=255) tCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATCGATGCCGCttct > 1:1157039/1‑33 (MQ=38) tCCAGCAGCGCGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTAt < 1:8133809/35‑1 (MQ=255) tCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTAt > 1:386557/1‑35 (MQ=255) cccAGCAGCGCGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTAt < 1:17633398/34‑1 (MQ=255) cccAGCAGCGCGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTAt < 1:6884373/34‑1 (MQ=255) nagcagcGAGCCGTCGCTATCTATGCCGCTTATcc > 1:1721812/2‑35 (MQ=255) cagcagCGAGCCGTCGCTATCTATGCCGCTTATcc > 1:16842948/1‑35 (MQ=255) cagcagCGAGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATcc > 1:761071/1‑35 (MQ=255) cagcagCGAGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATcc > 1:12143533/1‑35 (MQ=255) agcagcGCGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATccc < 1:1363834/35‑1 (MQ=255) agcagcGCGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATccc < 1:8702122/35‑1 (MQ=255) agcagcGCGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATccc > 1:3905074/1‑35 (MQ=255) gcagcGCGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATcccc > 1:7793860/1‑35 (MQ=255) gcagcGCGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATcccc > 1:15997922/1‑35 (MQ=255) gcagcGAGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATcccc < 1:5644121/35‑1 (MQ=255) gcagcGAGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATcccc > 1:14017734/1‑35 (MQ=255) cagcGCGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATCCCCa < 1:14511035/35‑1 (MQ=255) cagcGCGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATCCCCa > 1:1691350/1‑35 (MQ=255) cagcGAGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATCCCCa > 1:19101362/1‑35 (MQ=255) agcGAGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATCCCCAg > 1:5950126/1‑35 (MQ=255) gcGCGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATCCCCAGa < 1:17007244/35‑1 (MQ=255) gcGCGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATCCCCAGa < 1:2537395/35‑1 (MQ=255) cGAGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATCCCCAGaa > 1:12722694/1‑35 (MQ=255) gAGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATCCCCAGAAt > 1:7101020/1‑35 (MQ=255) gAGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATCCCCAGAAt > 1:20417842/1‑35 (MQ=255) gAGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATCCCCAGAAt > 1:13695811/1‑35 (MQ=255) gAGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATCCCCAGAAt < 1:9656410/35‑1 (MQ=255) aGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATCCCCAGAATg > 1:8602858/1‑35 (MQ=255) aGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATCCCCAGAATg < 1:19439999/35‑1 (MQ=255) | GTGCGAACTTCGTGGTAATCGAACTCCAGCAGCGAGCCGTCGCTATCGATGCCGCTTATCCCCAGAATG > REL606/3488635‑3488703 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |