New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 581288 = | 99 (0.960) | 12 (0.150) | 3/38 | NT | 17.1% | coding (1672/3144 nt) | cusA | copper/silver efflux system, membrane component |
? | REL606 | 1956195 = | 38 (0.470) | coding (420/579 nt) | flhC | DNA‑binding transcriptional dual regulator with FlhD |
CAGGCTGGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGTAATCCAC > REL606/1956161‑1956229 | cAGGCTGGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGccgccg > 1:83884/1‑35 (MQ=255) aGGCTGGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCcgccgc > 1:13798657/1‑35 (MQ=255) aGGCTGGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCcgccgc > 1:12869999/1‑35 (MQ=255) aGGCTGGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCcgccgc > 1:12735124/1‑35 (MQ=255) ggCTGGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCgca > 1:1193742/1‑35 (MQ=255) ggCTCGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCgca > 1:8281948/1‑35 (MQ=255) gCTGGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCTCCgcag > 1:18024499/1‑35 (MQ=255) gCTGGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCgcag > 1:11867283/1‑35 (MQ=255) gCTGGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCgcag > 1:18646880/1‑35 (MQ=255) cTGGTGAGCGTGGGTAATGAAATTGCCGCCgcagc > 1:4850588/1‑35 (MQ=255) cTGGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCgcagc > 1:16426215/1‑35 (MQ=255) tGGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCgcagca > 1:16229630/1‑35 (MQ=255) tGGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCgcagca > 1:2303154/1‑35 (MQ=255) tGGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCgcagca > 1:4516273/1‑35 (MQ=255) ggTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGcagcag > 1:4793761/1‑35 (MQ=255) ggTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGcagcag > 1:5305930/1‑35 (MQ=255) gTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGcagcagg > 1:908582/1‑34 (MQ=255) gTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGt > 1:16314798/1‑35 (MQ=255) gTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGt > 1:4287862/1‑35 (MQ=255) gTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGt > 1:16472281/1‑35 (MQ=255) gTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGt > 1:1279095/1‑35 (MQ=255) tGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGtt > 1:1220685/1‑35 (MQ=255) gAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTg > 1:16128113/1‑35 (MQ=255) gAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGGTg > 1:9633259/1‑35 (MQ=255) aGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGc > 1:7938708/1‑35 (MQ=255) aGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGc > 1:328820/1‑35 (MQ=255) aGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGc > 1:9031545/1‑35 (MQ=255) gCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGcc > 1:161554/1‑34 (MQ=255) gCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCa > 1:9670343/1‑35 (MQ=255) cGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAg > 1:18975953/1‑35 (MQ=255) cGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAg > 1:10144346/1‑35 (MQ=255) gttggTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGc > 1:13955571/4‑35 (MQ=255) gTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAgg > 1:3670669/1‑34 (MQ=255) gTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGc > 1:8478883/1‑35 (MQ=255) gggTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTg > 1:10905789/1‑35 (MQ=255) gggTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGGTGGAGCTg > 1:13504821/1‑35 (MQ=25) taaaaaaattccccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGa < 1:1682463‑M2/18‑1 (MQ=255) gTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTggg > 1:4763544/1‑34 (MQ=255) gTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTggg > 1:16561800/1‑34 (MQ=255) gTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGa > 1:9786080/1‑35 (MQ=255) aaaaaaattccccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGaa < 1:13300431‑M2/19‑1 (MQ=255) aataaAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGaaa > 1:5617448/1‑35 (MQ=255) aataaAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGaaa > 1:11116240/1‑35 (MQ=255) aataaAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGaaa > 1:19960355/1‑35 (MQ=255) aataaAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGaaa > 1:17234646/1‑35 (MQ=255) aaaaaattccccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGaaa < 1:14807839‑M2/20‑1 (MQ=255) aaaaaaatccccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGaaa < 1:14808121‑M2/20‑1 (MQ=255) aaaaattccccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAg < 1:16950389‑M2/21‑1 (MQ=255) aaaaattccccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAg < 1:4189421‑M2/21‑1 (MQ=255) aaaaagtccccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAg < 1:10757383‑M2/21‑1 (MQ=255) aaaaagtccccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAg < 1:19772725‑M2/21‑1 (MQ=255) aaaaaatccccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAg < 1:20053617‑M2/21‑1 (MQ=255) aaaaaatccccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAg < 1:4444775‑M2/21‑1 (MQ=255) aaaattccccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGt < 1:6117308‑M2/22‑1 (MQ=255) aaattgcccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGtt < 1:1471769‑M2/23‑1 (MQ=255) aaaaTTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGGTGGGAAggt > 1:3171469/1‑33 (MQ=25) aaaaTTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGGAAGtt > 1:13973483/1‑35 (MQ=255) aaaaTTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAggt > 1:2877186/1‑33 (MQ=255) aaatccccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTg < 1:16125289‑M2/24‑1 (MQ=255) aaaTTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGGAAGTTg > 1:16606946/1‑35 (MQ=255) aaaTTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGGAAGGTg > 1:1503578/1‑35 (MQ=37) aaaTTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTg > 1:7220539/1‑35 (MQ=255) attccccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGc < 1:5927766‑M2/25‑1 (MQ=255) aaTTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGc > 1:10393012/1‑35 (MQ=255) aaTTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGGTGc > 1:7722999/1‑35 (MQ=255) tcccccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCa < 1:2736104‑M2/26‑1 (MQ=255) aTTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGGAAGGTGCa > 1:2205215/1‑35 (MQ=37) ttGCCGCCGCAGCAGGTGCAGCTGGAAAGTTTCAg > 1:6893602/1‑35 (MQ=21) tgcccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAg < 1:19759564‑M2/27‑1 (MQ=255) tccccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAg < 1:13559617‑M2/27‑1 (MQ=255) tccccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAg < 1:10801265‑M2/27‑1 (MQ=255) tccccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAg < 1:7749457‑M2/27‑1 (MQ=255) gccccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAg < 1:1283865‑M2/27‑1 (MQ=255) ccgccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAg < 1:17975263/33‑1 (MQ=255) ccccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGt < 1:1275676‑M2/28‑1 (MQ=255) ccccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGt < 1:11704614‑M2/28‑1 (MQ=255) gccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAgga > 1:7948332/1‑33 (MQ=255) cccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGTa < 1:3458871‑M2/29‑1 (MQ=255) ccgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGTaa < 1:4660255‑M2/30‑1 (MQ=255) cgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGgaaa > 1:6526368‑M2/5‑34 (MQ=255) cgccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGTAAt < 1:6041142‑M2/31‑1 (MQ=255) gccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGTAATc < 1:11826965‑M2/32‑1 (MQ=255) ccgcAGCAGTTGCAGCTGGGAAGGTGCAGGAATcc > 1:14332675/1‑35 (MQ=25) ccGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGTAATcc < 1:6134207‑M2/33‑1 (MQ=255) cGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGTAATCCa < 1:237603‑M2/34‑1 (MQ=255) cGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGTAATCCa < 1:3630984‑M2/34‑1 (MQ=255) gcagcaGTTTCAGCTGGAAAGTTGCAGGAAACCAc > 1:3677687/1‑35 (MQ=21) gcagcaGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGTAATCCAc < 1:7561780/35‑1 (MQ=255) gcagcaGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGTAATCCAc < 1:11898044/35‑1 (MQ=255) gcagcaGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGTAATCCAc < 1:5892119/35‑1 (MQ=255) | CAGGCTGGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGTAATCCAC > REL606/1956161‑1956229 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |