New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 664688 = | NA (NA) | 108 (1.150) | 38/44 | NT | 100% | noncoding (1/1443 nt) | IS150 | repeat region |
? | REL606 | 1270660 = | 0 (0.000) | intergenic (‑167/+238) | ldrC/chaA | toxic polypeptide, small/calcium/sodium:proton antiporter |
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
CATTTCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/664720‑664688 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caCCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATACTACTTC > REL606/1270660‑1270693 CATTTCATCGTCCAACAAAATGGGTGCGGTACACt < 1:18282339/35‑2 cTTTCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCG < 1:3413617/34‑1 TTTCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACttt > 1:3344436/1‑32 TTTCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACttt > 1:3387218/1‑32 TTTCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACttt < 1:14629445/35‑4 TTTCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACttt < 1:17537838/35‑4 TTTCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACttt < 1:7106239/35‑4 TTTCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGG < 1:10745957/35‑1 TTTCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGG < 1:8679949/35‑1 TTTCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGG < 1:16528465/35‑1 TTCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACAGCGGg > 1:510941/1‑34 TTCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGA > 1:19608870/1‑35 TTCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGA > 1:17814169/1‑35 TTCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGA < 1:2268160/35‑1 TTCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGA < 1:18551158/35‑1 TCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGAT > 1:1383778/1‑35 TCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGAT > 1:18468603/1‑35 CATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATA > 1:678557/1‑35 CATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATA > 1:18935695/1‑35 CATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATA > 1:6182223/1‑35 CATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATA > 1:2978503/1‑35 CATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATA < 1:3317655/35‑1 ATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAA > 1:18011711/1‑35 ATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAA > 1:975130/1‑35 ATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAA > 1:4544123/1‑35 ATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAA < 1:1582879/35‑1 ATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAA < 1:15445427/35‑1 TCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAAT > 1:2567517/1‑35 CGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATT < 1:5114765/35‑1 CGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATT < 1:1749754/35‑1 CGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATT > 1:18177070/1‑35 CGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATT > 1:8027857/1‑35 CGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATT > 1:11197589/1‑35 GTCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATTC < 1:12647191/35‑1 TCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCC > 1:7170847/1‑35 TCCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCC < 1:8349301/35‑1 CCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCG < 1:17062495/35‑1 CCAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCG < 1:7841533/35‑1 CAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGG > 1:1565032/1‑35 CAACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGG < 1:20132584/35‑1 AACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGC > 1:6594748/1‑35 AACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGC < 1:20446626/35‑1 AACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGC > 1:12247824/1‑35 ACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCT > 1:8719848/1‑35 ACAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCT < 1:7168312/35‑1 CAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTT < 1:18305980/35‑1 CAAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCAGGCTT < 1:8521544/35‑1 AAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTG > 1:6453919/1‑35 AAAATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTG > 1:652842/1‑35 AAATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGG > 1:13185734/1‑35 AAATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGG < 1:14548795/35‑1 AAATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGG > 1:9001359/1‑35 AATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGg > 1:5534363/1‑34 AATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGT < 1:10205608/35‑1 AATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGT > 1:15066881/1‑35 AATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGT > 1:12179022/1‑35 AATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGT > 1:8097429/1‑35 ATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTG > 1:74025/1‑35 ATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTG < 1:1877147/35‑1 ATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTG > 1:6103302/1‑35 ATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTG < 1:4062927/35‑1 ATGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTG < 1:5783868/35‑1 TGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTtt > 1:18038300/1‑33 TGGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGT > 1:2166878/1‑35 GGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTG > 1:17150382/1‑35 GGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTG < 1:17827641/35‑1 GGGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTG > 1:2391376/1‑35 GGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGG > 1:10605788/1‑35 GGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGG > 1:6831598/1‑35 GGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGG < 1:18564815/35‑1 GGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGG > 1:20482087/1‑35 GGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGG > 1:16986399/1‑35 GGTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGGGG > 1:4908476/1‑35 GTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGA > 1:4218032/1‑35 GTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGA > 1:20332995/1‑35 GTGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGA > 1:11913242/1‑35 TGCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGAT < 1:862105/35‑1 GCAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATA > 1:14335424/1‑35 CAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATAa > 1:12895668/1‑34 CAGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATAC < 1:1887257/35‑1 AGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATAat > 1:6279909/1‑33 AGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATAat > 1:4622263/1‑33 AGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATAaa > 1:3766351/1‑33 AGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATACT < 1:15711015/35‑1 AGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATACT < 1:13751007/35‑1 AGTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATACT < 1:7615753/35‑1 GTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATACaa > 1:11838710/1‑33 GTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATACTA < 1:10103181/35‑1 GTACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATAATA > 1:2819396/1‑35 TACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATACTAC < 1:17429204/35‑1 TACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATACTAC < 1:7209705/35‑1 TACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATACTAC > 1:16252567/1‑35 TACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATACTAC < 1:2005058/35‑1 TACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATACTAC < 1:4028059/35‑1 TACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATAATAg > 1:5519654/1‑34 ACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATACTACT < 1:17634419/35‑1 ACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATACTACT < 1:12997198/35‑1 ACACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATAATACT > 1:5210222/1‑35 ACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATACTACTTC < 1:11300825/35‑1 ACCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATACTACTTC > 1:346822/1‑35 CATTTCATCGTCCAACAAAATGGGTGCAGTACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/664720‑664688 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caCCGGATAATTCCGGCTTGGTGTGGATACTACTTC > REL606/1270660‑1270693 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |