New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 3302668 =53 (0.520)10 (0.120) 6/38 NT 13.9% intergenic (‑281/‑99) nanR/dcuD transcriptional regulator NanR/predicted transporter
?REL606 4085857 = 82 (1.010)intergenic (+55/‑94) cpxP/fieF periplasmic protein combats stress/ferrous iron efflux protein F

Only 100 of 198 total aligned reads displayed.

ATAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTG  >  REL606/4085823‑4085888
                                  |                               
ggttaatcagaccattggtcgagctatcgtggcTg                                 <  1:12804321‑M1/2‑1 (MQ=255)
ggttaatcagaccattggtcgagctatcgtggcTg                                 <  1:18671073‑M1/2‑1 (MQ=255)
ggttaatcagaccattggtcgagctatcgtggcTg                                 <  1:16384973‑M1/2‑1 (MQ=255)
aTAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGAtgtg                                 <  1:8936010/35‑1 (MQ=255)
aTAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGAtgtg                                 <  1:10206547/35‑1 (MQ=255)
aTAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGAtgtg                                 >  1:5529704/1‑35 (MQ=255)
 tAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTgn                                <  1:15103535/35‑1 (MQ=255)
 tAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTgg                                >  1:5199534/1‑35 (MQ=255)
 tAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTgg                                <  1:11559205/35‑1 (MQ=255)
 tAGACACCATCCCTGTCTTCCCACACATGATGTgg                                <  1:18510542/35‑1 (MQ=255)
 tAGACACCATCCCTGTATTCCCCCACATGATGTgg                                <  1:11017385/35‑1 (MQ=255)
 gttaatcagaccattggtcgagctatcgtggcTgg                                <  1:6552748‑M1/3‑1 (MQ=255)
 gttaatcagaccattggtcgagctatcgtggcTgg                                <  1:11245895‑M1/3‑1 (MQ=255)
 gttaatcagaccattggtcgagctatcgtggcTgg                                <  1:17580807‑M1/3‑1 (MQ=255)
  ttaatcagaccattggtcgagctatcgtggctggt                               <  1:15416521‑M1/4‑2 (MQ=255)
  ttaatcagaccattggtcgagctatcgtggcTggg                               <  1:16986395‑M1/4‑1 (MQ=255)
  ttaatcagaccattggtcgagctatcgtggcTggg                               <  1:18781774‑M1/4‑1 (MQ=255)
  aGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTggg                               <  1:17594398/35‑1 (MQ=255)
  aGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTggg                               <  1:362459/35‑1 (MQ=255)
  aGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTggg                               >  1:9871432/1‑35 (MQ=255)
   ttttttgcaaggctatttatggtgcggatgggggg                              >  1:13559921‑M2/32‑35 (MQ=255)
   taatcagaccattggtcgagctatcgtggcTgggg                              <  1:15677561‑M1/5‑1 (MQ=255)
   gACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTgggg                              >  1:3687861/1‑35 (MQ=255)
    tttttgcaaggctatttatggtgcggatggggggg                             >  1:2863045‑M2/31‑35 (MQ=255)
    acacCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTggggg                             >  1:11629451/1‑35 (MQ=255)
    acacCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTggggg                             >  1:41613/1‑35 (MQ=255)
    aatcagaccattggtcgagctatcgtggctggggc                             <  1:11703544‑M1/6‑2 (MQ=255)
     cacCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGt                            <  1:74153/35‑1 (MQ=255)
     cacCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGt                            <  1:19872487/35‑1 (MQ=255)
      tttgcaaggctatttatggtgcggatggGGGGGtt                           >  1:2259307‑M2/29‑35 (MQ=255)
      tcagaccattggtcgagctatcgtggcTGGGGGtt                           <  1:8010719‑M1/8‑1 (MQ=255)
      acCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGtt                           <  1:19117474/35‑1 (MQ=255)
      acCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGtt                           <  1:14829896/35‑1 (MQ=255)
      acCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGtt                           <  1:15202970/35‑1 (MQ=255)
      acCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGtt                           <  1:16204576/35‑1 (MQ=255)
       ccATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgtt                          >  1:18540333/1‑35 (MQ=255)
        cATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGtttt                         <  1:695162/35‑1 (MQ=255)
        cATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgttt                         >  1:2884248/1‑35 (MQ=255)
        cATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgttt                         >  1:10635424/1‑35 (MQ=255)
        cATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGGGGGGGgttt                         >  1:14738973/1‑35 (MQ=38)
        agaccattggtcgagctatcgtggcTGGGGGtttt                         <  1:20032548‑M1/10‑1 (MQ=255)
         aTCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGttttt                        <  1:15878535/35‑1 (MQ=255)
         aTCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGttttt                        <  1:1265610/35‑1 (MQ=255)
         aTCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGttttt                        <  1:5340725/35‑1 (MQ=255)
         aTCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgtttt                        >  1:10046580/1‑35 (MQ=255)
         aTCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgtttt                        >  1:13078307/1‑35 (MQ=255)
         aTCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgtttt                        >  1:17412663/1‑35 (MQ=255)
           cccTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGttttttt                      <  1:19054136/35‑1 (MQ=255)
           cccTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGttttttt                      <  1:8785695/35‑1 (MQ=255)
           ccattggtcgagctatcgtggcTGGGGGttttttt                      <  1:12154751‑M1/13‑1 (MQ=255)
           ccattggtcgagctatcgtggcTGGGGGttttttt                      <  1:2118457‑M1/13‑1 (MQ=255)
           ccattggtcgagctatcgtggcTGGGGGgtttttt                      <  1:18818946‑M1/13‑1 (MQ=255)
            ccTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGtttttttt                     <  1:3327019/35‑1 (MQ=255)
            ccTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgttttttt                     >  1:10060995/1‑35 (MQ=255)
            cattggtcgagctatcgtggcTGGTGGtttttttt                     <  1:20446137‑M1/14‑1 (MQ=255)
            cattggtcgagctatcgtggcTGGGGGtttttttt                     <  1:9571317‑M1/14‑1 (MQ=255)
            cattggtcgagctatcgtggcTGGGGGtttttttt                     <  1:7855256‑M1/14‑1 (MQ=255)
            aggctatttatggtgcggatggGGGGGtttttttt                     >  1:2737138‑M2/23‑35 (MQ=255)
             ggctatttatggtgcggatggGGGGgttttttttt                    >  1:5677434‑M2/22‑34 (MQ=255)
             cTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgtttttttt                    >  1:12004617/1‑34 (MQ=255)
             attggtcgagctatcgtggcTGGGGgttttttttt                    <  1:6242381‑M1/15‑2 (MQ=255)
             attggtcgagctatcgtggcTGGGGgtttcttttt                    <  1:4561742‑M1/15‑2 (MQ=255)
              ttggtcgagctatcgtggcTGGGggtttttttttt                   <  1:14417619‑M1/16‑3 (MQ=255)
              ttggtcgagctatcgtggcTGGGggtttttttttt                   <  1:11125523‑M1/16‑3 (MQ=255)
              tGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGtttttttttt                   >  1:2945875/1‑33 (MQ=255)
              tGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgttttttttt                   >  1:16316835/1‑33 (MQ=37)
              tGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgttttttttt                   >  1:2612994/1‑33 (MQ=37)
              tGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgttttttttt                   >  1:17169856/1‑33 (MQ=37)
              tGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGTTTTTTTTAt                   <  1:14225423/35‑1 (MQ=255)
              tGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGTTTTTTTTAt                   <  1:9696462/35‑1 (MQ=255)
               gTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGTTTTTTTTATc                  <  1:14644912/35‑1 (MQ=255)
               gTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGGTTTTTTTTTc                  >  1:5485741/1‑35 (MQ=37)
                 cTTCCCCCACATGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCt                <  1:5027224/35‑1 (MQ=255)
                 cTTCCCCCACATGATGTGGGGGGTTTTTTTATTCt                >  1:20254376/1‑35 (MQ=37)
                  ttCCCCCACATGATGTGGTGGTTTTTTTTATCCTc               <  1:15576863/35‑1 (MQ=255)
                  ttCCCCCACATGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTc               <  1:7981538/35‑1 (MQ=255)
                   tCCCCCACATGATGTGGGGGTTTTTTTATCCTCaa             <  1:16558481/35‑1 (MQ=37)
                   gcccccGCATGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCa              <  1:12231398/34‑1 (MQ=255)
                    cccccACATGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCaa             <  1:12930696/35‑1 (MQ=255)
                    cccccACATGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCaa             >  1:12513393/1‑35 (MQ=255)
                    cccccACATGATGTGGGGGGTTTTTTTATCCTCaa             >  1:10326830/1‑35 (MQ=255)
                     ccccACATGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAAt            <  1:18330036/35‑1 (MQ=255)
                      cccACATGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAAtt           <  1:18073537/35‑1 (MQ=255)
                      accACATGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCaact           <  1:10058383/34‑3 (MQ=255)
                       ccACATGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAAttt          <  1:16123998/35‑1 (MQ=255)
                        cacaTGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTg         <  1:9497579/35‑1 (MQ=255)
                        cacaTGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTg         <  1:8654735/35‑1 (MQ=255)
                        cacaTGATGTGGGGGGTTTTTTTATCCTCAATTTg         >  1:3041094/1‑35 (MQ=255)
                         acaTGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGc        <  1:897353/35‑1 (MQ=255)
                           atgatgTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCct      <  1:429445/35‑1 (MQ=255)
                           atgatgTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCct      >  1:11886891/1‑35 (MQ=255)
                           atgatgTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCct      <  1:3767310/35‑1 (MQ=255)
                           atgatgTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCct      >  1:6009550/1‑35 (MQ=255)
                            tgatgTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCctg     <  1:9121681/35‑1 (MQ=255)
                             gatgtGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCctgc    <  1:16715921‑M2/30‑1 (MQ=255)
                             gatgtGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCctgc    <  1:5767242‑M2/30‑1 (MQ=255)
                             gatgtGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCctgc    <  1:6947271‑M2/30‑1 (MQ=255)
                             gatgtGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCctgc    <  1:3415638‑M2/30‑1 (MQ=255)
                              atgtGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCctgct   <  1:1324511‑M2/31‑1 (MQ=255)
                               tgtGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCctgctg  <  1:3869425‑M2/32‑1 (MQ=255)
                                  |                               
ATAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTG  >  REL606/4085823‑4085888

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.