Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
JC JC REL606 4,524,522 IS186 (+) +6 bp 94.5% coding (494‑499/549 nt) fimA → major type 1 subunit fimbrin (pilin)

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 2772854 =NA (NA)84 (0.930) 36/42 NT 95.2% noncoding (1/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 = 4524527 3 (0.050)coding (499/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)
* ? REL606 = 2774196NA (NA)70 (0.780) 36/42 NT 89.3% noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 4524522 = 6 (0.090)coding (494/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)

Only 100 of 247 total aligned reads displayed.

GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  <  REL606/2772890‑2772854
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAA  <  REL606/4524527‑4524494
                                                                       
GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                      >  1:9441695/1‑35
GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                      <  1:1050345/35‑1
GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                      <  1:5712810/35‑1
GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                      >  1:1560634/1‑35
GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                      <  1:11325918/35‑1
GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                      >  1:15754638/1‑35
GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                      >  1:18857092/1‑35
GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                      <  1:12469510/35‑1
GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                      <  1:1722182/35‑1
 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                     >  1:14201394/1‑35
 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                     >  1:14523967/1‑35
 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                     >  1:7747475/1‑35
 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                     >  1:16909152/1‑35
 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                     >  1:17022723/1‑35
 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                     >  1:1744508/1‑35
 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                     >  1:18081355/1‑35
 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                     <  1:7569075/35‑1
 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                     >  1:19514949/1‑35
 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                     >  1:19762844/1‑35
 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                     >  1:20499775/1‑35
 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                     <  1:6075997/35‑1
 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                     <  1:6831378/35‑1
 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                     <  1:134277/35‑1
 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                     >  1:11463957/1‑35
 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                     >  1:12619693/1‑35
  CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGtg                                    >  1:5942365/1‑33
  CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGN                                    <  1:14687782/35‑1
  CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                    >  1:18602121/1‑35
  CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                    <  1:19952169/35‑1
  CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                    >  1:4374693/1‑35
  CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                    >  1:2506877/1‑35
  CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                    <  1:1227843/35‑1
  CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                    <  1:10739542/35‑1
  CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                    >  1:16573837/1‑35
  CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                    <  1:13212923/35‑1
  CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                    <  1:14597349/35‑1
  CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                    >  1:13983861/1‑35
  CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                    <  1:2200067/35‑1
   GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGcg                                   >  1:7361480/1‑33
   GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGT                                   <  1:1335937/35‑1
   GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGT                                   <  1:19262827/35‑1
    TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT                                  <  1:10566350/35‑1
    TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT                                  >  1:1440530/1‑35
    TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT                                  >  1:3513181/1‑35
     AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGcaa                                 >  1:5281405/1‑32
     AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG                                 <  1:6252208/35‑1
     AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG                                 <  1:6302833/35‑1
     AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG                                 <  1:10916002/35‑1
     AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG                                 <  1:476153/35‑1
     AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG                                 <  1:11825021/35‑1
      ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC                                >  1:17489524/1‑35
      ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC                                <  1:12506541/35‑1
      ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC                                >  1:6576778/1‑35
       TACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCG                               >  1:3835077/1‑35
        ACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGG                              >  1:19597707/1‑35
        ACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGG                              <  1:10986449/35‑1
         CCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGC                             >  1:6668605/1‑35
          CACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCC                            >  1:2951618/1‑35
          CACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCC                            <  1:4302698/35‑1
          CACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCC                            <  1:14429922/35‑1
            CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCC                          >  1:2620723/1‑35
            CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCC                          >  1:12168107/1‑35
             AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCG                         >  1:13638310/1‑35
              ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGG                        <  1:866264/35‑1
              ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGG                        <  1:4072909/35‑1
              ACCCGTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGG                        <  1:209787/35‑1
               CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGT                       >  1:20034582/1‑35
                  TTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC                    <  1:12840879/35‑1
                  TTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC                    <  1:414684/35‑1
                   TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCA                   >  1:16285566/1‑35
                   TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCA                   >  1:6824069/1‑35
                    AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA                  <  1:15307691/35‑1
                    AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA                  <  1:4644438/35‑1
                    AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA                  <  1:11679285/35‑1
                    AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA                  >  1:9091561/1‑35
                    AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA                  >  1:7199923/1‑35
                     AGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAA                 >  1:16981738/1‑35
                     AGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAA                 >  1:19801512/1‑35
                     AGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAA                 >  1:7298467/1‑35
                      GTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAca                >  1:4836413/1‑33
                      GTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAA                >  1:9648694/1‑35
                      GTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAA                >  1:16697608/1‑35
                        TAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGGTGCAAAATA              >  1:19565157/1‑35
                          GCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC            <  1:17874551/35‑1
                            GCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC          >  1:8346693/1‑35
                            GCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC          <  1:8727010/35‑1
                            GCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC          <  1:18930524/35‑1
                            GCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC          >  1:11673259/1‑35
                            GCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC          >  1:10210398/1‑35
                             CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCG         >  1:18220074/1‑35
                             CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCG         <  1:1208119/35‑1
                              TTATGGGTTGCGGCCCCGGTTTCAAAATAACGCGC        >  1:20138787/1‑35
                              TTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGC        >  1:13758957/1‑35
                              TTATGGGTTGCGGCCCAGGTTGCAAAATAACGCGC        <  1:9620689/35‑1
                               TATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCC       >  1:7909714/1‑35
                               TATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCC       <  1:8181599/35‑1
                                ATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCT      <  1:15534342/35‑1
                                 TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTG     >  1:10236979/1‑35
                                  GGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGG    >  1:3347513/1‑35
                                    GTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAA  >  1:14835917/1‑35
                                                                       
GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  <  REL606/2772890‑2772854
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAA  <  REL606/4524527‑4524494

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.