New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 547699NA (NA)48 (0.470) 30/48 NT NA noncoding (1/768 nt) IS1 repeat region
?REL606 557127 = NA (NA)coding (70/282 nt) ECB_00514 conserved hypothetical protein

CGACTTTTCGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAGGATGAT  >  REL606/557093‑557153
                                  |                          
cGACTTTTCGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCtatt                            <  1:12563199/35‑1 (MQ=255)
cGACTTTTCGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCtatt                            <  1:8124858/35‑1 (MQ=255)
  aCTTTTCGGCATTTATGGAGAGTATTGGCtattat                          <  1:18003868/35‑1 (MQ=255)
   cTTTTCGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTatg                         <  1:18781166/35‑1 (MQ=255)
   cTTTTCGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTatg                         <  1:16254/35‑1 (MQ=255)
     tttCGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTatgat                       <  1:9300223/35‑1 (MQ=255)
     tttCGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTatgat                       <  1:8388008/35‑1 (MQ=255)
     tttCGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTatgat                       <  1:12473701/35‑1 (MQ=255)
        cGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTATGATGAc                    <  1:4542675/35‑1 (MQ=255)
        cGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTATGATGAc                    <  1:17415456/35‑1 (MQ=255)
        cGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTATGATGAc                    <  1:16894828/35‑1 (MQ=255)
         ggCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTATGATGACg                   <  1:11168028/35‑1 (MQ=255)
            cTTTATGGAGAGTATTGGCTATTATGATGACGAGt                <  1:3126541/35‑1 (MQ=255)
             tttATGGAGAGTATTGGCTATTATGATGACGAGTc               <  1:6651011/35‑1 (MQ=255)
             tttATGGAGAGTATTGGCTATTATGATGACGAGTc               <  1:4796921/35‑1 (MQ=255)
                aTGGAGAGTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGAt            <  1:12826201/35‑1 (MQ=255)
                 tGGAGAGTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATg           <  1:20608254/35‑1 (MQ=255)
                 tGGAGAGTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATg           <  1:12827315/35‑1 (MQ=255)
                  ggAGAGTATTTGCTATTATGATGACGAGTCGATGc          >  1:19810636/1‑35 (MQ=255)
                  ggAGAGTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGc          <  1:14077414/35‑1 (MQ=255)
                  ggAGAGTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGc          <  1:2090039/35‑1 (MQ=255)
                   gagaGTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCa         <  1:16517048/35‑1 (MQ=255)
                   gagaGTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCa         <  1:20569149/35‑1 (MQ=255)
                    agagTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAg        <  1:11276601/35‑1 (MQ=255)
                    agagTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAg        <  1:19477799/35‑1 (MQ=255)
                     gattATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAgg       <  1:18647222/32‑1 (MQ=255)
                     gagTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAgg       <  1:16471308/35‑1 (MQ=255)
                       gTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAGgat     <  1:18771326/35‑1 (MQ=40)
                        tATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAGgatg    <  1:3358286/35‑1 (MQ=38)
                        tATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAGgatg    <  1:6080394/35‑1 (MQ=38)
                        tATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAGgatg    <  1:20596590/35‑1 (MQ=38)
                         aTTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAGgatga   <  1:6539523/35‑1 (MQ=35)
                          ttGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAGgatgat  <  1:6397499/35‑1 (MQ=32)
                          ttGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAGgatgat  <  1:6936169/35‑1 (MQ=32)
                                  |                          
CGACTTTTCGGCCTTTATGGAGAGTATTGGCTATTATGATGACGAGTCGATGCAGGATGAT  >  REL606/557093‑557153

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.