Predicted mutation | |||||||
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RA | REL606 | 2,999,330 | G→A | 100% | intergenic (+138/‑234) | yeeP → / → flu | b1999; predicted GTP‑binding protein/antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 2,999,330 | 0 | G→A | 100.0% | 376.7 | 110 | intergenic (+138/‑234) | yeeP/flu | b1999; predicted GTP‑binding protein/antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (69/40): ref base (0/1): total (69/41) |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |