New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 1036060 = | 100 (0.970) | 19 (0.190) | 7/46 | NT | 20.0% | intergenic (+32/+44) | ycbG/ompA | hypothetical protein/outer membrane protein A (3a;II*;G;d) |
? | REL606 | 3483139 = | 59 (0.570) | coding (1455/2706 nt) | malT | transcriptional regulator MalT |
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TGGCACTGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAG > REL606/3483105‑3483173 | tGGCACTGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCtat > 1:3356848/1‑35 (MQ=255) tGGCACTGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCtat > 1:16061133/1‑35 (MQ=255) tGGCACTGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCtat > 1:2192959/1‑35 (MQ=255) tGGCACTGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCtat > 1:18880750/1‑35 (MQ=255) tGGCACTGGAAGACCTGCCGCCGGGCTGGTTCtat < 1:18507210/35‑1 (MQ=255) ggCACTGGAATAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCtata > 1:6353955/1‑35 (MQ=255) ggCACGGGAGAAGCTCCCGCCGGGCTGGTTCtata < 1:6812174/35‑1 (MQ=19) gCACTGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAg > 1:15658741/1‑35 (MQ=255) gCACTGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAg > 1:15061683/1‑35 (MQ=255) gCACTGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAg > 1:19279008/1‑35 (MQ=255) gCACGGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAg < 1:6315695/35‑1 (MQ=255) cccTGGAAGGCCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGc < 1:516478/33‑1 (MQ=25) cACTGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGc > 1:20550944/1‑35 (MQ=255) cACGGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGc < 1:12080412/35‑1 (MQ=255) aCTGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGcc > 1:9478892/1‑35 (MQ=255) aCTGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGcc > 1:16917521/1‑35 (MQ=255) cTGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGTTTTTATTGCCg > 1:1208407/1‑35 (MQ=25) cTGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCg > 1:2222367/1‑35 (MQ=255) cTGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCg > 1:2880417/1‑35 (MQ=255) cTGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCg > 1:9522810/1‑35 (MQ=255) tGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGc > 1:17654914/1‑35 (MQ=255) ggAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCa > 1:4320478/1‑35 (MQ=255) ggAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCa > 1:8717657/1‑35 (MQ=255) ggAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCa > 1:13734196/1‑35 (MQ=255) ggAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCa > 1:1922681/1‑35 (MQ=255) ggAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGGTCCATAGCCGCa > 1:1979684/1‑35 (MQ=37) gAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCAt > 1:11902872/1‑35 (MQ=255) gAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCAt > 1:17056516/1‑35 (MQ=255) aaGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCAtt > 1:19896240/1‑35 (MQ=255) aaGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCAtt > 1:14313811/1‑35 (MQ=255) agagCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCCTtg > 1:16805003/1‑35 (MQ=255) agagCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATtg > 1:13529255/1‑35 (MQ=255) agagCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATtg > 1:12031514/1‑35 (MQ=255) gagCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATtgt > 1:5897740/1‑35 (MQ=255) gagCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATtgt > 1:7010236/1‑35 (MQ=255) gagCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATtgt > 1:4910858/1‑35 (MQ=255) gagCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATtgt > 1:19327202/1‑35 (MQ=255) agCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATtgtg > 1:2667646/1‑35 (MQ=255) gCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTgg > 1:660943/1‑35 (MQ=255) cTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGc > 1:14160959/1‑35 (MQ=255) cTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGc > 1:301532/1‑35 (MQ=255) tGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCa > 1:15254135/1‑35 (MQ=255) tGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCa > 1:10636122/1‑35 (MQ=255) tGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCa > 1:16502984/1‑35 (MQ=255) gccgcggggtttttttttTAGCCGCATTGTGGCaa < 1:9598511‑M2/17‑1 (MQ=255) gccgccGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCaa > 1:16549843/1‑35 (MQ=255) cccgcggggtttttttttTAGCCGCATTGTGGCaa < 1:13519580‑M2/17‑1 (MQ=255) ccgcggGGTTGTTTTTTTAGCCGCATTGTGGCAAc < 1:5158913/35‑1 (MQ=12) ccgccgGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAAc > 1:14074940/1‑35 (MQ=255) ccgccgGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAAc > 1:7460674/1‑35 (MQ=255) cgcggggtttttttttTAGCCGCATTGTGGCAAcc < 1:8441329‑M2/19‑1 (MQ=255) cgccgGGCTGTTTCTATAGCCGCATTGTGGCAAcc > 1:13690861/1‑35 (MQ=255) cgccgGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAAcc > 1:1132335/1‑35 (MQ=255) cgccgGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAAcc > 1:10955078/1‑35 (MQ=255) gcggggattttttttTAGCCGCATTGTGGCAACCt < 1:7984060‑M2/20‑1 (MQ=255) cggtgtttttttttTAGCCGCATTGTGGCAACCTc < 1:20589806‑M2/21‑1 (MQ=255) ccgGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTc > 1:10400484/1‑35 (MQ=255) gggttttttttttTAGCCGCATTGTGGCAACCTCg < 1:13993658‑M2/22‑1 (MQ=255) ggggtttttttttTAGCCGCATTGTGGCAACCTCg < 1:6126377‑M2/22‑1 (MQ=255) cgggtttttttttTAGCCGCATTGTGGCAACCTCg < 1:5120000‑M2/22‑1 (MQ=255) cggggttttttttTAGCCGCATTGTGGCAACCTCg < 1:11579557‑M2/22‑1 (MQ=255) gggtttttttttTAGCCGCATTGTGGCAACCTCgg < 1:18354127‑M2/23‑1 (MQ=255) gggCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCgg > 1:1330716/1‑35 (MQ=255) ggtttttttttTAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGt < 1:15610536‑M2/24‑1 (MQ=255) ggttgttttttTAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGt < 1:2560320‑M2/24‑1 (MQ=255) ggCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGt > 1:3523184/1‑35 (MQ=255) cgttgttttttTAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGt < 1:13624980‑M2/24‑1 (MQ=255) gtttttttttTAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTg < 1:2638718‑M2/25‑1 (MQ=255) gCTGTTTTTTTAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTg < 1:17810457/35‑1 (MQ=25) gCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTg > 1:12960397/1‑35 (MQ=255) gCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTg > 1:6916270/1‑35 (MQ=255) cTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGc > 1:1427427/1‑35 (MQ=255) tgttttttTAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCt < 1:1210775‑M2/27‑1 (MQ=255) ggTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTg > 1:8660123/1‑35 (MQ=255) ggTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTg > 1:9316108/1‑35 (MQ=255) ggTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTg > 1:1005871/1‑35 (MQ=255) ggTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTg > 1:13956826/1‑35 (MQ=255) ttttttTAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTgg < 1:12993922‑M2/29‑1 (MQ=255) tttttTAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTggg < 1:15034236‑M2/30‑1 (MQ=255) ttCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTggg > 1:12867027/1‑35 (MQ=255) ttCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTggg > 1:13616094/1‑35 (MQ=255) ttCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTggg > 1:4075473/1‑35 (MQ=255) ttCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTggg > 1:7278777/1‑35 (MQ=255) ttttTAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGt < 1:17952083‑M2/31‑1 (MQ=255) tCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGt > 1:10021784/1‑35 (MQ=255) tttTAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTg < 1:17089994‑M2/32‑1 (MQ=255) tttTAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTg < 1:19654103‑M2/32‑1 (MQ=255) tataGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGa > 1:6326212/1‑35 (MQ=255) tTAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGaa < 1:13360541‑M2/34‑1 (MQ=255) tTAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGaa < 1:3623770‑M2/34‑1 (MQ=255) tTAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGaa < 1:759604‑M2/34‑1 (MQ=255) tTAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGaa < 1:2839559‑M2/34‑1 (MQ=255) ataGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTTaa > 1:12153669/1‑35 (MQ=255) ataGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGaa > 1:4534973/1‑35 (MQ=255) ataGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGaa > 1:1231581/1‑35 (MQ=255) ataGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGaa > 1:16459714/1‑35 (MQ=255) ataGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGaa > 1:11380227/1‑35 (MQ=255) ataGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGaa > 1:18789926/1‑35 (MQ=255) taGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAg > 1:11661208/1‑35 (MQ=255) taGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGGGAAg > 1:11508859/1‑35 (MQ=255) | TGGCACTGGAAGAGCTGCCGCCGGGCTGGTTCTATAGCCGCATTGTGGCAACCTCGGTGCTGGGTGAAG > REL606/3483105‑3483173 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |