New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 894104 =69 (0.670)17 (0.200) 5/40 NT 21.9% coding (646/1767 nt) ECB_00833 Terminase, ATPase subunit
?REL606 = 2195255 64 (0.750)coding (108/837 nt) yeiG predicted esterase

Only 100 of 166 total aligned reads displayed.

TTAGGAAGCACTATCGGATCGCCTTTCAGCTCCACCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTACTGC  >  REL606/894070‑894138
                                  |                                  
ttAGGAAGCACTATCGGATCGCCTTTCAGctccac                                    >  1:14005084/1‑35 (MQ=255)
ttAGGAAGCACTATCGGATCGCCTTTCAGctccac                                    <  1:18398297/35‑1 (MQ=255)
ttAGGAAGCACTATCGGATCGCCTTTCAGctccac                                    <  1:18862619/35‑1 (MQ=255)
ctgcccgatgacgttcagtatctttctcccccccc                                    >  1:16792981‑M1/35‑35 (MQ=255)
ctgcccgatgacgttcagtatctttctcccccccc                                    >  1:16516819‑M1/35‑35 (MQ=255)
ctgcccgatgacgttcagtatctttctcccccccc                                    >  1:17614681‑M1/35‑35 (MQ=255)
ctgcccgatgacgttcagtatctttctcccccccc                                    <  1:15920615‑M1/1‑1 (MQ=255)
atgcccgatgacgttcagtatctttctcccccccc                                    <  1:4244187‑M1/1‑1 (MQ=255)
 tgcccgatgacgttcagtatctttctccccccccc                                   <  1:3014357‑M1/2‑1 (MQ=255)
 tgcccgatgacgttcagtatctctctccccccccc                                   >  1:3795378‑M1/34‑35 (MQ=255)
 tAGGAAGCACTATCGGATCGCCTTTCAGctccacc                                   <  1:1934475/35‑1 (MQ=255)
 tAGGAAGCACTATCGGATCGCCTTTCAGctccacc                                   >  1:19275842/1‑35 (MQ=255)
 tAGGAAGCACTATCGGATCGCCTTTCAGctccacc                                   >  1:17486398/1‑35 (MQ=255)
 tAGGAAGCACTATCGGATCGCCTTTCAGctccacc                                   >  1:3560434/1‑35 (MQ=255)
  gcccgatgacgttcagtatctttctcccccccCCt                                  >  1:20374731‑M1/33‑35 (MQ=255)
  gcccgatgacgttcagtatctttctcccccccCCt                                  <  1:20396285‑M1/3‑1 (MQ=255)
  gcccgatgacgttcagtatctttctcccccccCCt                                  >  1:6904483‑M1/33‑35 (MQ=255)
  gcccgatgacgttcagtatctttctcccccccCCt                                  >  1:8563757‑M1/33‑35 (MQ=255)
  aGGAAGCCCTATCGGATCGCCTTTCAGctccacct                                  <  1:11057408/35‑1 (MQ=255)
  aGGAAGCACTATCGGATCGCCCTTCCGctccacct                                  >  1:3717917/1‑35 (MQ=37)
   ggAAGCACTATCGGATCGCCTTTCAGctccacctc                                 >  1:534869/1‑35 (MQ=255)
   ggAAGCACTATCGGATCGCCTTTCAGctccacctc                                 >  1:7466103/1‑35 (MQ=255)
   cccgatgacgttcagtatctttctcccccccCCTc                                 >  1:17411387‑M1/32‑35 (MQ=255)
   cccgatgacgttcagtatctttctcccccccCCTc                                 <  1:14272057‑M1/4‑1 (MQ=255)
   cccgatgacgttcagtatctttctcccccccCCTc                                 >  1:4923512‑M1/32‑35 (MQ=255)
   cccgatgacgttcagtatctttctcccccccCCTc                                 >  1:11730036‑M1/32‑35 (MQ=255)
   cccgatgacgttcagtatctttctcccccccCCTc                                 <  1:11491507‑M1/4‑1 (MQ=255)
   cccgatgacgttcagtatctttctcccccccCCTc                                 >  1:9030087‑M1/32‑35 (MQ=255)
    gAAGCACTATCGGATCGCCTTTCAGctccacctcc                                >  1:17253154/1‑35 (MQ=255)
     aaGCACTATCGGATCGCCTTTCAGctccacctcca                               >  1:12177966/1‑35 (MQ=255)
     aaGCACTATCGGATCGCCTTTCAGctccacctcca                               >  1:5104112/1‑35 (MQ=255)
     aaGCACTATCGGATCGCCTTTCAGctccaccccca                               >  1:2443377/1‑35 (MQ=255)
     aaGCACTATCGGATCGCCTTTCAGctccaccccca                               >  1:11922075/1‑35 (MQ=255)
     aaGCACTATCGGATCGCCTTTAAGctccacctcca                               <  1:4909083/35‑1 (MQ=255)
       gCACTATCGGATCGCCTTTCAGCTCCACCTCCAct                             >  1:1707314/1‑35 (MQ=255)
       gCACTATCGGATCCCCTTTCAGCTCCACCTCAAct                             <  1:10044819/35‑1 (MQ=37)
        cACTATCGGATCGCCTTTCAGCTCCACCTCCActt                            >  1:6110287/1‑35 (MQ=255)
         aCTATCGGATCGCCTTTCAGCTCCACCTCCActtc                           >  1:12898481/1‑35 (MQ=255)
         aCTATCGGATCGCCTTTCAGCTCCACCTCCActtc                           >  1:8817920/1‑35 (MQ=255)
          cTATCGGATCGCCTTTCAGCTCCACCTCCActtct                          >  1:3293164/1‑35 (MQ=255)
            ctCGGGTCCCCTTTCCCCCCCCCCTCCACTTCttt                        <  1:1252133/34‑1 (MQ=9)
            aTCGGATCGCCTTTCAGCTCCACCTACACTTCttt                        <  1:14658964/35‑1 (MQ=255)
              cGGATCGCCTTTCAGCTCCACCTCCACTTCttttg                      >  1:3252552/1‑33 (MQ=255)
              cGGATCGCCTTTCAGCTCCACCTCCACTTCTTTgg                      >  1:10372115/1‑35 (MQ=255)
               ggATCGCCTTTCAGCTCCACCTCCACTTCTTTGGc                     >  1:14040249/1‑35 (MQ=255)
               ggATCGCCTTTCAGCTCCACCTCCACTTCTTTGGc                     >  1:9310257/1‑35 (MQ=255)
                gATCGCCTTTCAGCTCCACCTCCACTTCTTTGGCg                    >  1:13943075/1‑35 (MQ=255)
                gATCGCCTTTCAGCTCCACCTCCACTTCTTTGGCg                    >  1:14846289/1‑35 (MQ=255)
                 aTCGCCTTTCAGCTCCACCTCCACTTCTTTGGCGa                   >  1:18685779/1‑35 (MQ=255)
                 aTCGCCTTTCAGCTCCACCTCCACTTCTTTGGCGa                   >  1:6523327/1‑35 (MQ=255)
                  tCGCCTTTCAGCTCCACCTCCACTTCTTTGGCGaa                  >  1:5246748/1‑35 (MQ=255)
                  tCGCCTTTCAGCTCCACCTCCACTTCTTTGGCGaa                  >  1:5796346/1‑35 (MQ=255)
                  cccccTTCCAGCCCCCCCTCCACTTCTTTGGCGaa                  <  1:8173861/32‑1 (MQ=19)
                  cccccTTCCACCCCCCCCTCCACTTCTTTGGCGaa                  <  1:9127980/32‑1 (MQ=12)
                   cGCCTTTCAGCTCCACCTCCACTTCTTTGGCGAAg                 >  1:319532/1‑35 (MQ=255)
                   cGCCTTTCAGCTCCACCTCCACTTCTTTGGCGAAg                 >  1:10431402/1‑35 (MQ=255)
                    cccTTTCCCCCCCACCTCCACTTCTTTGGCGAAGt                <  1:2809389/34‑1 (MQ=25)
                     ctttcccccccccCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTc               >  1:6641186‑M1/14‑35 (MQ=255)
                     ccTTTCAGCTCCACCTCCACTTCTTTGGCGAAGTc               >  1:10402852/1‑35 (MQ=255)
                     ccTTTCAGCTCCACCTCCACTTCTTTGGCGAAGTc               >  1:4466425/1‑35 (MQ=255)
                     ccTTCCACCCCCCCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTc               <  1:2319600/35‑1 (MQ=19)
                      tttcccccccccCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCg              >  1:6528053‑M1/13‑35 (MQ=255)
                      cTTTCAGCTCCACCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCg              >  1:15860459/1‑35 (MQ=255)
                      cTTTCAGCTCCACCTCCACTTCTTTGACGAAGTCg              >  1:7669609/1‑35 (MQ=255)
                       tttCAGCTCCACCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCga             >  1:2121914/1‑35 (MQ=255)
                        tcccccccccCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCgat            >  1:18808425‑M1/11‑35 (MQ=255)
                        tcccccccccCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCgat            >  1:3865143‑M1/11‑35 (MQ=255)
                        ccccccccccCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCgat            >  1:5279337‑M1/11‑35 (MQ=255)
                          ccccccccCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCgatga          >  1:7139552‑M1/9‑35 (MQ=255)
                          ccccccccCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCgatga          >  1:17329134‑M1/9‑35 (MQ=255)
                          ccccccccCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCgatga          >  1:20527947‑M1/9‑35 (MQ=255)
                          cAGCTCCACCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCgatga          >  1:14576950/1‑35 (MQ=255)
                          cAGCTCCACCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCgatga          >  1:2753382/1‑35 (MQ=255)
                           aGCTCCACCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCgatgat         >  1:3904554/1‑35 (MQ=255)
                            gCTCCACCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGatgatg        >  1:796792/1‑35 (MQ=255)
                            gCTCCACCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGatgatg        >  1:11342946/1‑35 (MQ=255)
                            ccccccCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGatgatg        >  1:16501825‑M1/7‑35 (MQ=255)
                             cccccCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGt       >  1:10747719‑M1/6‑35 (MQ=255)
                             cccccCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGt       >  1:1571554‑M1/6‑35 (MQ=255)
                             cccccCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGt       >  1:4118436‑M1/6‑35 (MQ=255)
                              tccacctccacTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTa      >  1:1495919/1‑35 (MQ=255)
                              tccacctccacTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTa      >  1:7993842/1‑35 (MQ=255)
                              ccccCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTa      >  1:6951404‑M1/5‑35 (MQ=255)
                              ccccCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTa      >  1:863455‑M1/5‑35 (MQ=255)
                              ccccCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTa      >  1:16102970‑M1/5‑35 (MQ=255)
                              ccccCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTa      >  1:5533301‑M1/5‑35 (MQ=255)
                               ccacctccacTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTAc     >  1:12483545/1‑35 (MQ=255)
                                ccCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTACt    >  1:1833631‑M1/3‑35 (MQ=255)
                                ccCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTACt    >  1:7357826‑M1/3‑35 (MQ=255)
                                cacctccacTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTACt    >  1:13133841/1‑35 (MQ=255)
                                 cCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTACTg   >  1:4336217‑M1/2‑35 (MQ=255)
                                 cCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTACTg   >  1:1961598‑M1/2‑35 (MQ=255)
                                 cCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTACTg   >  1:19671105‑M1/2‑35 (MQ=255)
                                 cCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTACTg   >  1:4432153‑M1/2‑35 (MQ=255)
                                 cCCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTACTg   >  1:3978737‑M1/2‑35 (MQ=255)
                                 acctccacTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTACTg   >  1:19784295/1‑35 (MQ=255)
                                 acctccacTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGGACTg   >  1:4803715/1‑35 (MQ=255)
                                  CCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTACTGc  >  1:14195861‑M1/1‑35 (MQ=255)
                                  CCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTACTGc  <  1:18186200‑M1/35‑1 (MQ=255)
                                  CCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTACTGc  >  1:13105481‑M1/1‑35 (MQ=255)
                                  |                                  
TTAGGAAGCACTATCGGATCGCCTTTCAGCTCCACCTCCACTTCTTTGGCGAAGTCGATGATGTACTGC  >  REL606/894070‑894138

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.