Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 2,446,984 A→C 100% intergenic (‑53/‑283) mntH ← / → nupC manganese transport protein MntH/nucleoside (except guanosine) transporter

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6062,446,9840A→C100.0% 488.8 136intergenic (‑53/‑283)mntH/nupCmanganese transport protein MntH/nucleoside (except guanosine) transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (58/75):  ref base (1/2):  total (59/77)

Only 100 of 142 total aligned reads displayed.

CCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGTTGTGGT  >  REL606/2446952‑2447017
                                |                                 
ccTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCAt                                 <  1:15314698/35‑1 (MQ=255)
ccTTTGCTATGTTTAATGCTATGCCAAACGAGCAt                                 <  1:9572651/35‑1 (MQ=37)
 cTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATg                                <  1:18307082/35‑1 (MQ=255)
 cTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATg                                >  1:18925212/1‑35 (MQ=255)
 cTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATg                                >  1:8205467/1‑35 (MQ=255)
 cTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATg                                <  1:19822548/35‑1 (MQ=255)
 cTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATg                                <  1:1302200/35‑1 (MQ=255)
 cTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATg                                <  1:11537585/35‑1 (MQ=255)
 cTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATg                                <  1:5397721/35‑1 (MQ=255)
 cTTTGCCATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATg                                >  1:16528105/1‑35 (MQ=38)
  tttGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGa                               >  1:18876926/1‑35 (MQ=255)
  tttGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGa                               <  1:4194565/35‑1 (MQ=255)
  tttGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGa                               <  1:4913994/35‑1 (MQ=255)
  tttGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGa                               <  1:6432368/35‑1 (MQ=255)
   ttGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGAt                              >  1:14625101/1‑35 (MQ=255)
   ttGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGAt                              <  1:8445091/35‑1 (MQ=255)
   ttGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGAt                              <  1:13270667/35‑1 (MQ=255)
   ttGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGAt                              >  1:6976790/1‑35 (MQ=255)
    tGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGAtt                             <  1:19855976/35‑1 (MQ=255)
    tGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGAtt                             <  1:5240419/35‑1 (MQ=255)
    tGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGAtt                             <  1:10451765/35‑1 (MQ=255)
    tGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGAtt                             <  1:11844433/35‑1 (MQ=255)
    tGCTATGTTCCATGCTATGCCAAACGAGCATGAtt                             <  1:10765280/35‑1 (MQ=38)
     gCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTa                            <  1:3608859/35‑1 (MQ=255)
     gCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTa                            <  1:15934799/35‑1 (MQ=255)
     gCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTa                            <  1:18693807/35‑1 (MQ=255)
     gCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTa                            >  1:14429684/1‑35 (MQ=255)
      cTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTAt                           <  1:7355093/35‑1 (MQ=255)
      cTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTAt                           <  1:15143424/35‑1 (MQ=255)
      atATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTAt                           <  1:11291670/34‑1 (MQ=255)
       tATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTATc                          <  1:11179155/35‑1 (MQ=255)
       tATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTATc                          <  1:11568106/35‑1 (MQ=255)
        aTGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCa                         >  1:9222159/1‑35 (MQ=255)
        aTGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCa                         <  1:981112/35‑1 (MQ=255)
        aTGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCa                         <  1:11869945/35‑1 (MQ=255)
         tGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCaa                        <  1:11075273/35‑1 (MQ=255)
         tGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCaa                        >  1:11583752/1‑35 (MQ=255)
         tGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTACCaa                        >  1:5552954/1‑35 (MQ=37)
          gTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCaaa                       >  1:19473263/1‑35 (MQ=255)
          gTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCaaa                       <  1:19245432/35‑1 (MQ=255)
           tttCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAAt                      >  1:16888416/1‑35 (MQ=255)
            ttCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAAtt                     <  1:18162819/35‑1 (MQ=255)
            ttCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAAtt                     <  1:4717916/35‑1 (MQ=255)
             tCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTc                    >  1:15009785/1‑35 (MQ=255)
             tCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTc                    >  1:13971576/1‑35 (MQ=255)
              cATGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCa                   >  1:3210877/1‑35 (MQ=255)
              cATGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCa                   <  1:11475334/35‑1 (MQ=255)
              cATGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCa                   <  1:15566151/35‑1 (MQ=255)
               aTGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCAt                  <  1:18406203/35‑1 (MQ=255)
               aTGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCAt                  >  1:9451082/1‑35 (MQ=255)
               aTGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCAt                  <  1:11936365/35‑1 (MQ=255)
                tGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCAtt                 >  1:6652442/1‑35 (MQ=255)
                tGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCAtt                 >  1:11125664/1‑35 (MQ=255)
                tGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCAtt                 <  1:6574960/35‑1 (MQ=255)
                tGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCAtt                 >  1:18915028/1‑35 (MQ=255)
                tGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCAtt                 >  1:1565082/1‑35 (MQ=255)
                 gCTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCAttt                <  1:1747481/35‑1 (MQ=255)
                 gCTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCAttt                <  1:11619771/35‑1 (MQ=255)
                 gCTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCAttt                >  1:5138644/1‑35 (MQ=255)
                  cTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCATTTa               >  1:18024061/1‑35 (MQ=255)
                  cTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCATTTa               >  1:16692412/1‑35 (MQ=255)
                   tATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCATTTaa              >  1:10585654/1‑35 (MQ=255)
                   tATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCATTTaa              >  1:10240219/1‑35 (MQ=255)
                   tATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCATTTaa              <  1:15793280/35‑1 (MQ=255)
                    aTGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCATTTaaa             >  1:8684102/1‑35 (MQ=255)
                    aTGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCATTTaaa             <  1:8625158/35‑1 (MQ=255)
                    aTGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCATTTaaa             <  1:7886700/35‑1 (MQ=255)
                    aTGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCATTTaaa             <  1:14173425/35‑1 (MQ=255)
                    aTGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCATTTaaa             >  1:5958979/1‑35 (MQ=255)
                     tGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAAt            <  1:5779779/35‑1 (MQ=255)
                     tGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTAATTTaaan            <  1:11392804/35‑2 (MQ=37)
                      gCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATg           >  1:14866706/1‑35 (MQ=255)
                      gCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATg           >  1:20492750/1‑35 (MQ=255)
                      gCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATg           >  1:17480954/1‑35 (MQ=255)
                      gCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATg           >  1:6860955/1‑35 (MQ=255)
                      gCCAAACGAGCATGATTATAAAATTCATTTAAATg           <  1:7596777/35‑1 (MQ=37)
                       ccAAACGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATgg          >  1:8337907/1‑35 (MQ=255)
                       ccAAACGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATgg          <  1:18407232/35‑1 (MQ=255)
                       ccAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgg          >  1:7685842/1‑35 (MQ=255)
                        cAAACGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATggg         <  1:13854366/35‑1 (MQ=255)
                        cAAACGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATggg         >  1:10917082/1‑35 (MQ=255)
                         aaaCTAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGt        >  1:242000/1‑35 (MQ=37)
                         aaaCGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGt        >  1:3190332/1‑35 (MQ=255)
                         aaaCGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGt        <  1:13844212/35‑1 (MQ=255)
                         aaaCGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGt        >  1:15933519/1‑35 (MQ=255)
                         aaaCGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGt        >  1:12989344/1‑35 (MQ=255)
                         aaaCGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGt        >  1:17388761/1‑35 (MQ=255)
                          aaCGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGtt       <  1:5492760/35‑1 (MQ=255)
                          aaCGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGtt       >  1:19335607/1‑35 (MQ=255)
                          aaCGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGtt       >  1:7461504/1‑35 (MQ=255)
                          aaCGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGtt       >  1:13020637/1‑35 (MQ=255)
                           aCGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGTtg      >  1:9787977/1‑35 (MQ=255)
                           aCGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGTtg      <  1:3860964/35‑1 (MQ=255)
                           aCGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGTtg      >  1:20407154/1‑35 (MQ=255)
                            cGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGTtgt     <  1:19287523/35‑1 (MQ=255)
                            cGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGTtgt     <  1:6229105/35‑1 (MQ=255)
                             gagcATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGTtgtg    >  1:1275953/1‑35 (MQ=255)
                             gagcATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGTtgtg    >  1:8771610/1‑35 (MQ=255)
                             gagcATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGTtgtg    <  1:13370466/35‑1 (MQ=255)
                             gagcATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGTtgtg    <  1:6198476/35‑1 (MQ=255)
                                |                                 
CCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGTTGTGGT  >  REL606/2446952‑2447017

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.