Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6062,752,0540T→G 6.4% 2.7 ‑34.2 0.0270G34G (GGT→GGGmutSDNA mismatch repair protein
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands.
Rejected: Prediction has biased read strand distribution supporting polymorphism.
Rejected: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch.
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (31/0):  ref base (69/170):  total (100/170)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.39e-15
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 304 total aligned reads displayed.

AGCATCCCGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATGACGACGCAAAAC  >  REL606/2752020‑2752088
                                  |                                  
aGCATCCCGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGt                                    <  1:2632309/35‑1 (MQ=255)
aGCATCCCGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGt                                    <  1:18283461/35‑1 (MQ=255)
 gCATCCCGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTg                                   <  1:2942683/35‑1 (MQ=255)
 gCATCCCGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTg                                   <  1:143906/35‑1 (MQ=255)
  cATCCCGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGa                                  <  1:9007196/35‑1 (MQ=255)
  cATCCCGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGGGa                                  >  1:4743725/1‑35 (MQ=255)
   aTCCCGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGAt                                 <  1:20264547/35‑1 (MQ=255)
    tCCCGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGAtt                                <  1:10095398/35‑1 (MQ=255)
    tCCCGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGAtt                                <  1:9722110/35‑1 (MQ=255)
    tCCCGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGAtt                                <  1:16753231/35‑1 (MQ=255)
    tCCCGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGGGAtt                                >  1:8049200/1‑35 (MQ=255)
     cccGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGAttt                               <  1:65119/35‑1 (MQ=255)
     cccGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGAttt                               <  1:771288/35‑1 (MQ=255)
     cccGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGAttt                               >  1:11512233/1‑35 (MQ=255)
     cccGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGGGGttt                               >  1:8519026/1‑35 (MQ=37)
      ccGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGAtttt                              <  1:11324528/35‑1 (MQ=255)
      ccGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGAtttt                              <  1:3171758/35‑1 (MQ=255)
      ccGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTCAtttt                              <  1:3606844/35‑1 (MQ=255)
      ccGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGGGGtttt                              >  1:11116995/1‑35 (MQ=37)
      ccGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGGGAtttt                              >  1:17338640/1‑35 (MQ=255)
      ccGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGGGAtttt                              >  1:16068370/1‑35 (MQ=255)
      ccGAGATCCTGCTGTTTTACCGGANNNGGGAtttt                              >  1:16649562/1‑35 (MQ=37)
       cGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGAttttt                             <  1:1465465/35‑1 (MQ=255)
       cGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGAttttt                             <  1:5294572/35‑1 (MQ=255)
       cGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGGGAttttt                             >  1:18084426/1‑35 (MQ=255)
        gagaTCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGATTTTTa                            <  1:1478615/35‑1 (MQ=255)
        gagaTCCTGCTGTTTTACCGGATGGGGGATTTTTa                            >  1:12041997/1‑35 (MQ=255)
         agaTCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGATTTTTAt                           <  1:12164712/35‑1 (MQ=255)
           aTCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGa                         <  1:1799369/35‑1 (MQ=255)
           aTCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGa                         <  1:4353585/35‑1 (MQ=255)
           aTCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGa                         >  1:9354529/1‑35 (MQ=255)
           aTCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGa                         <  1:6070742/35‑1 (MQ=255)
           aTCCTGCTGTTTTACCGGATGGGGTATTTTTTTGa                         >  1:15478669/1‑35 (MQ=25)
            tCCTGCTGTTTTACCGGATGGGGGATTTTTTTGaa                        >  1:3291208/1‑35 (MQ=25)
             ccTGCTGTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAAc                       <  1:4206258/35‑1 (MQ=255)
             ccTGCTGTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAAc                       <  1:20479764/35‑1 (MQ=255)
              ctgctgTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAACt                      <  1:10583890/35‑1 (MQ=255)
              ctgctgTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAACt                      <  1:15596003/35‑1 (MQ=255)
              ctgctgTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAACt                      <  1:5907654/35‑1 (MQ=255)
              ctgctgTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAACt                      <  1:13644540/35‑1 (MQ=255)
              ctgctgTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAACt                      <  1:12616691/35‑1 (MQ=255)
              ctgctgTTTTACCGGATGGGGGGTTTTTATGaaat                      >  1:5580572/1‑33 (MQ=25)
               tgctgTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTg                     <  1:1698211/35‑1 (MQ=255)
               tgctgTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTg                     <  1:8535821/35‑1 (MQ=255)
               tgctgTTTTACCGGATGGGGGATTTTTATGAACTg                     >  1:14490433/1‑35 (MQ=255)
                gctgTTTTACCGTATGGGTGATTTTTATGAACTGt                    >  1:465102/1‑35 (MQ=255)
                gctgTTTTACCGGATGGGGGGTTTTTTTGAACTGt                    >  1:19402808/1‑35 (MQ=25)
                 ctgTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGtt                   >  1:12524352/1‑35 (MQ=255)
                 ctgTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGtt                   <  1:1312255/35‑1 (MQ=255)
                 ctgTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGtt                   <  1:10685048/35‑1 (MQ=255)
                 ctgTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGtt                   <  1:11793411/35‑1 (MQ=255)
                  tgTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGttt                  >  1:1999140/1‑35 (MQ=255)
                  tgTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGttt                  <  1:4096385/35‑1 (MQ=255)
                  tgTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGttt                  >  1:8636954/1‑35 (MQ=255)
                  tgTTTTACCGGATGGGGGATTTTTATGAACTGttt                  >  1:7225025/1‑35 (MQ=255)
                  tgTTTTACCGGATGGGGGATTTTTATGAACTGttt                  >  1:16422355/1‑35 (MQ=255)
                   gTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGtttt                 <  1:18490762/35‑1 (MQ=255)
                   gTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGtttt                 <  1:2320126/35‑1 (MQ=255)
                    ttttACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTa                <  1:3767600/35‑1 (MQ=255)
                    ttttACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTa                <  1:17907803/35‑1 (MQ=255)
                     tttACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTAt               <  1:19678071/35‑1 (MQ=255)
                     tttACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTAt               <  1:15213130/35‑1 (MQ=255)
                     tttACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTAt               <  1:11996167/35‑1 (MQ=255)
                     tttACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTAt               <  1:8567972/35‑1 (MQ=255)
                      ttACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATg              <  1:985051/35‑1 (MQ=255)
                      ttACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATg              <  1:10255072/35‑1 (MQ=255)
                      ttACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATg              <  1:3482078/35‑1 (MQ=255)
                       tACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATga             <  1:13393414/35‑1 (MQ=255)
                       tACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATga             >  1:14181779/1‑35 (MQ=255)
                       tACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATga             >  1:2689125/1‑35 (MQ=255)
                       tACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATga             <  1:2081702/35‑1 (MQ=255)
                       tACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATga             <  1:19959173/35‑1 (MQ=255)
                        aCCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATgac            <  1:16185387/35‑1 (MQ=255)
                         ccGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATgacg           <  1:4689265/35‑1 (MQ=255)
                         ccGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATgacg           >  1:18825477/1‑35 (MQ=255)
                         ccGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATgacg           >  1:12765188/1‑35 (MQ=255)
                         ccGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATgacg           >  1:16878122/1‑35 (MQ=255)
                         ccGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATgacg           >  1:15697125/1‑35 (MQ=255)
                           ggATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATgacgac         >  1:8692897/1‑35 (MQ=255)
                           ggATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATgacgac         <  1:18555981/35‑1 (MQ=255)
                           ggATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATgacgac         <  1:5794949/35‑1 (MQ=255)
                            gATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATGacgacg        <  1:1508872/35‑1 (MQ=255)
                            gATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATGacgacg        >  1:15343264/1‑35 (MQ=255)
                            gATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATGacgacg        >  1:16517367/1‑35 (MQ=255)
                             aTGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATGACGACGc       >  1:6807813/1‑35 (MQ=255)
                             aTGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATGACGACGc       >  1:10775009/1‑35 (MQ=255)
                             aTGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATGACGACGc       <  1:9061872/35‑1 (MQ=255)
                              tGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATGACGACGCa      <  1:10949133/35‑1 (MQ=255)
                              tGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATGACGACGCa      <  1:12584068/35‑1 (MQ=255)
                               gggTGATTTTTATGAACTGTTTTATGACGACGCaa     >  1:19800037/1‑35 (MQ=255)
                               gggTGATTTTTATGAACTGTTTTATGACGACGCaa     <  1:13729409/35‑1 (MQ=255)
                                ggTGATTTTTATGAACTGTTTTATGACGACGCaaa    <  1:4925018/35‑1 (MQ=255)
                                ggTGATTTTTATGAACTGTTTTATGACGACGCaaa    >  1:8809522/1‑35 (MQ=255)
                                 gTGATTTTTATGAACTGTTTTATTACGACGCaaaa   >  1:8338788/1‑35 (MQ=255)
                                 gTGATTTTTATGAACTGTTTTATGACGACGCaaaa   <  1:9467809/35‑1 (MQ=255)
                                 gTGATTTTTATGAACTGTTTTATGACGACGCaaaa   >  1:19551719/1‑35 (MQ=255)
                                 gTGATTTTTATGAACTGTTTTATGACGACGCaaaa   <  1:14147243/35‑1 (MQ=255)
                                 gTGATTTTTATGAACTGTTTTATGACGACGCaaaa   <  1:713587/35‑1 (MQ=255)
                                  tGATTTTTATGAACTGTTTTATGACGACGCAAAAc  <  1:9298255/35‑1 (MQ=255)
                                  tGATTTTTATGAACTGTTTTATGACGACGCAAAAc  <  1:6536432/35‑1 (MQ=255)
                                  |                                  
AGCATCCCGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATGACGACGCAAAAC  >  REL606/2752020‑2752088

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.