Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,463,900 | C→T | 48.4% | R218H (CGC→CAC) | envZ ← | osmolarity sensor protein |
Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,463,900 | 0 | C→T | 48.4% | 120.1 ‑1.9 ‑0.0 | 93 | R218H (CGC→CAC) | envZ | osmolarity sensor protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (28/17): ref base (22/26): total (50/43) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.46e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.12e-01 |
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
TGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCTCGGACGCGCCATACTC > REL606/3463867‑3463934 | tGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGcgcg > 1:9216695/1‑35 (MQ=255) tGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGcgcg > 1:14284940/1‑35 (MQ=255) gCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGTgg > 1:8912429/1‑35 (MQ=255) gCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGTgg > 1:12030757/1‑35 (MQ=255) gCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGCgg > 1:10352881/1‑35 (MQ=255) gCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGCgg > 1:17500771/1‑35 (MQ=255) cTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGCggg > 1:6127733/1‑35 (MQ=255) ttAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGTGGGt > 1:9047447/1‑35 (MQ=255) ttAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGCgggg > 1:7846788/1‑34 (MQ=255) ttAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGCGGGt > 1:11444807/1‑35 (MQ=255) tAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGCgggga > 1:6381072/1‑33 (MQ=255) aaCACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGTGGGTaa > 1:13885439/1‑35 (MQ=255) aaCACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGTGGGTaa > 1:11214511/1‑35 (MQ=255) aaCACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGCGGGGaa > 1:7291402/1‑35 (MQ=255) acacCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGCGGGCaaa > 1:17265208/1‑34 (MQ=255) cacCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACg > 1:20044568/1‑35 (MQ=255) cacCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACg > 1:6749266/1‑35 (MQ=255) cacCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGCGGGGAACg > 1:1136933/1‑35 (MQ=255) acCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGCGGGTAACgg > 1:10305386/1‑35 (MQ=255) acCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGCGGGGAACgg > 1:3359213/1‑35 (MQ=255) ccAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGa > 1:3386203/1‑35 (MQ=255) cccccgccATATGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGaa < 1:20123419/32‑1 (MQ=255) cAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGaa > 1:18301868/1‑35 (MQ=255) cAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGaa > 1:17589393/1‑35 (MQ=255) ccccgccATATGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAAc < 1:14200612/33‑1 (MQ=255) gccgccATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACg > 1:5760254/1‑35 (MQ=255) gccgccATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACg < 1:12613042/35‑1 (MQ=255) gccgccATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACg < 1:8024097/35‑1 (MQ=255) cccggcATATGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACg < 1:296790/34‑1 (MQ=255) cccgccATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACg < 1:6373079/34‑1 (MQ=255) cccgccATATGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACg < 1:8536424/34‑1 (MQ=255) ccgccATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGc < 1:2348693/35‑1 (MQ=255) ccgccATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGc > 1:14817050/1‑35 (MQ=255) cagccATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGc < 1:13491981/33‑1 (MQ=37) cgccATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGCa > 1:8597701/1‑35 (MQ=255) cgccATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGCa > 1:15909578/1‑35 (MQ=255) cgccATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGCa < 1:360463/35‑1 (MQ=255) cgccATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGCa < 1:5974012/35‑1 (MQ=255) cgccATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGCa > 1:6921432/1‑35 (MQ=255) cgccATATGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCa < 1:10528432/35‑1 (MQ=255) cgccATATGGTTAAAGGCGCGGGGAACGGAACGCa > 1:10933792/1‑35 (MQ=255) gccATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGCAc < 1:13654480/35‑1 (MQ=255) gccATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGCAc < 1:20152059/35‑1 (MQ=255) gccATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGCAc > 1:14721886/1‑35 (MQ=255) ccATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGCAcc < 1:7446768/35‑1 (MQ=255) ccATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGCAcc > 1:7980046/1‑35 (MQ=255) ccATATGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCAcc < 1:3322948/35‑1 (MQ=255) tatatGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCn < 1:8555988/34‑1 (MQ=255) cATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGCACCt > 1:19617635/1‑35 (MQ=255) cATATGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGCACCt < 1:15395949/35‑1 (MQ=255) cATATGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCt < 1:7445078/35‑1 (MQ=255) cATATGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCt < 1:15191898/35‑1 (MQ=255) cATATGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCt < 1:17278208/35‑1 (MQ=255) atatGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCTc < 1:13115085/35‑1 (MQ=255) atatGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCTc < 1:9617463/35‑1 (MQ=255) tatGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCTCg < 1:10978306/35‑1 (MQ=255) tatGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCTCg < 1:9768219/35‑1 (MQ=255) tatGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCTCg > 1:1291375/1‑35 (MQ=255) tatGGTTAAAGGCGCGGGGAACGGAACGCACCTCg > 1:12178854/1‑35 (MQ=255) atGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGCACCTCgg > 1:814933/1‑35 (MQ=255) atGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGCACCTCgg > 1:1704592/1‑35 (MQ=255) atGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCTCgg < 1:19963712/35‑1 (MQ=255) atGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCTCgg < 1:7846000/35‑1 (MQ=255) atGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCTCgg < 1:20237292/35‑1 (MQ=255) atGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCTCgg < 1:15872665/35‑1 (MQ=255) atGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCTCgg < 1:2503592/35‑1 (MQ=255) atGGTTAAAGGCGCGGGGAACGGAACGCACCTCgg > 1:3927433/1‑35 (MQ=255) tGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGCACCTCGGa > 1:9504187/1‑35 (MQ=255) tGGTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGCACCTCGGa > 1:6703274/1‑35 (MQ=255) tGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCTCGGa < 1:6123577/35‑1 (MQ=255) ggTTAAAGGCGCGGGTAACGTAACGCACCTCGGAc > 1:9146755/1‑35 (MQ=255) ggTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCTCGGAc < 1:6538392/35‑1 (MQ=255) gTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGCACCTCGGAcg > 1:343909/1‑35 (MQ=255) gTTAAAGGCGTGGGTAACGGAACGCACCTCGGAcg < 1:15691018/35‑1 (MQ=255) gTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCTCGGAcg > 1:18278879/1‑35 (MQ=255) gTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCTCGGAcg < 1:11761046/35‑1 (MQ=255) gTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCTCGGAcg < 1:18637247/35‑1 (MQ=255) gTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCTCGGAcg > 1:18737035/1‑35 (MQ=255) ttAAAGGCGTGGGTAACGGAACGCACCTCGGAcgc > 1:12438631/1‑35 (MQ=255) tAAAGGCGTGGGTAACGGAACGCACCTCTGAcgcg > 1:20043478/1‑35 (MQ=37) tAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCTCGGAcgcg < 1:218216/35‑1 (MQ=255) aaaGGCGTGGGTAACGGAACGCACCTCGGACgcgc > 1:20108902/1‑35 (MQ=255) aaaGGCGTGGGTAACGGAACGCACCTCGGACgcgc < 1:18560914/35‑1 (MQ=255) aaGGCGTGGGTAACGGAACGCACCTCGGACGCGcc > 1:2368033/1‑35 (MQ=255) aaGGCGTGGGTAACGGAACGCACCTCGGACGCGcc < 1:3572059/35‑1 (MQ=255) aGGCGTGGGTAACGGAACGCACCTCGGACGCGCCa < 1:11194768/35‑1 (MQ=255) aGGCGCGGGGAACGGAACGCACCTCGGACGCGCCa > 1:1059588/1‑35 (MQ=255) ggCGTGGGTAACGGAACGCACCTCGGACGCGCCAt < 1:4452568/35‑1 (MQ=255) ggCGCGGGTAACGGAACGCACCTCGGACGCGCCAt > 1:3302675/1‑35 (MQ=255) gcgtGGGTAACGGAACGAACCTCGGACGCGCCATa < 1:14160309/35‑1 (MQ=38) gcgcGGGTAACGGAACGCACCTCGGACGCGCCATa > 1:3366342/1‑35 (MQ=255) gcgcGGGTAACGGAACGCACCTCGGACGCGCCATa < 1:1578497/35‑1 (MQ=255) cgcgGGTAACGGAACGCACCTCGGACGCGCCATAc < 1:4581257/35‑1 (MQ=255) gcgGGTAACGGAACGCACCTCGGACGCGCCATACt > 1:1192962/1‑35 (MQ=255) gcgGGTAACGGAACGCACCTCGGACGCGCCATACt < 1:11367058/35‑1 (MQ=255) gcgGGTAACGGAACGCACCTCGGACGCGCCATACt > 1:7270120/1‑35 (MQ=255) cgGGTAACGGAACGCACCTCGGACGCGCCATACTc > 1:17017299/1‑35 (MQ=255) cgGGTAACGGAACGCACCTCGGACGCGCCATACTc > 1:10673140/1‑35 (MQ=255) cgGGTAACGGAACGCACCTCGGACGCGCCATACTc > 1:8134433/1‑35 (MQ=255) cgGGTAACGGAACGCACCTCGGACGCGCCATACTc < 1:9663644/35‑1 (MQ=255) | TGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCGCGGGTAACGGAACGCACCTCGGACGCGCCATACTC > REL606/3463867‑3463934 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |