New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 2345628 | 69 (0.670) | 11 (0.120) | 6/44 | NT | 10.6% | coding (16/501 nt) | nuoE | NADH dehydrogenase subunit E |
? | REL606 | 3882315 = | 123 (1.310) | coding (103/816 nt) | atpB | F0F1 ATP synthase subunit A |
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
GCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTG > REL606/2345594‑2345662 | gCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑G < 1:4987627‑M1/35‑1 (MQ=255) gCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑G < 1:4950039‑M1/35‑1 (MQ=255) ccGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGgtt‑gt < 1:11568865/35‑1 (MQ=255) ccGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑Gg > 1:1489066‑M1/1‑34 (MQ=255) ccGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑Gg > 1:13733837‑M1/1‑34 (MQ=255) cGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGgtt‑gtt < 1:1266292/35‑1 (MQ=255) cGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGgtt‑gtt < 1:2440669/35‑1 (MQ=255) cGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGgtt‑gtt < 1:3579042/35‑1 (MQ=255) cGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑Ggg > 1:8377829‑M1/1‑33 (MQ=255) cGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑Ggg > 1:19684919‑M1/1‑33 (MQ=255) cGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑Ggg > 1:3870900‑M1/1‑33 (MQ=255) cGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑Ggg > 1:13240416‑M1/1‑33 (MQ=255) cGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGGTTGTGGTT‑Ggg > 1:8201108‑M1/1‑33 (MQ=255) gCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGtt‑gttg < 1:12845915/35‑1 (MQ=255) gCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGtt‑gttg < 1:6554123/35‑1 (MQ=255) gCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑Gggg > 1:594025‑M1/1‑32 (MQ=255) gCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑Gggg > 1:16249861‑M1/1‑32 (MQ=255) gCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑Gggg > 1:9514605‑M1/1‑32 (MQ=255) cACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑Ggggg > 1:20263003‑M1/1‑31 (MQ=255) cACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑Ggggg > 1:1031497‑M1/1‑31 (MQ=255) cACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGa < 1:15016132/35‑1 (MQ=255) cACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGa < 1:9711746/35‑1 (MQ=255) aCTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑Gggggt > 1:9190161‑M1/1‑30 (MQ=255) aCTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGAt < 1:796422/35‑1 (MQ=255) aCTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGAt < 1:7677376/35‑1 (MQ=255) aCTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGAt < 1:4675232/35‑1 (MQ=255) aCTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGAt < 1:4115372/35‑1 (MQ=255) cTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑Ggggggt > 1:2571547‑M1/1‑29 (MQ=255) tCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGGTTGAtt > 1:9060851/1‑35 (MQ=37) tCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGATtc < 1:7991291/35‑1 (MQ=255) tCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGATtc < 1:20036276/35‑1 (MQ=255) ccAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGAGtc < 1:10676616/34‑1 (MQ=255) aGCCCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGATtctc < 1:7631080/35‑1 (MQ=255) gCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑Ggggggttttg > 1:4700830‑M1/1‑25 (MQ=255) gCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑Ggggggttttc > 1:2800612‑M1/1‑25 (MQ=255) gCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCg < 1:14419102/35‑1 (MQ=255) gCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCg < 1:5945264/35‑1 (MQ=255) gCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCg < 1:10513248/35‑1 (MQ=255) tCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑Ggggggttttgtg > 1:1518778‑M1/1‑23 (MQ=255) tCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCGTg < 1:20029520/35‑1 (MQ=255) tCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCGTg < 1:6022689/35‑1 (MQ=255) acAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCGTg < 1:5106412/34‑1 (MQ=255) cAAAAGCCTCGGTTTGTTGTT‑GTTGATTCTCGTGc > 1:6024471/1‑35 (MQ=255) cAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑Ggggggttttttgt > 1:6605611‑M1/1‑22 (MQ=255) cAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑Ggggggttttctgg > 1:14892967‑M1/1‑22 (MQ=255) cAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCGTGc < 1:17956585/35‑1 (MQ=255) aaaaaGCCTAGGTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCGTGc < 1:445075/34‑1 (MQ=255) aaaGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCGTGCAt < 1:5428842/35‑1 (MQ=255) aaaGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCGTGCAt < 1:19561876/35‑1 (MQ=255) aaaGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCGTGCAt < 1:18007746/35‑1 (MQ=255) aaGCCTCTGTTTGTTGTT‑GTTGATTCTCGTGCATa > 1:13580399/1‑35 (MQ=25) aaGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCGTGCATa < 1:3321442/35‑1 (MQ=255) aGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCGTGCATaa < 1:18277323/35‑1 (MQ=255) ccTCGGTTTGTGGTT‑TTTGATTCTCGTGCATAAtt > 1:2079155/1‑35 (MQ=255) ccTCGGTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCGTGCATAAtt < 1:8903735/35‑1 (MQ=255) ccTCGGTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCGTGCATAAtt < 1:16196211/35‑1 (MQ=255) cGGTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGc < 1:20476625/35‑1 (MQ=255) cGGTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGc < 1:15674447/35‑1 (MQ=255) ggTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCg < 1:871951/35‑1 (MQ=255) gTTTTTGGTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCgg > 1:9003116/1‑35 (MQ=255) gTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCgg < 1:4186118/35‑1 (MQ=255) tttGTGGTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGt < 1:19037564/35‑1 (MQ=255) ttGTGGTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTc < 1:3929904/35‑1 (MQ=255) ttGTGGTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTc < 1:16019873/35‑1 (MQ=255) tgtgGTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTcc < 1:1670597/35‑1 (MQ=255) gtgGTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCca < 1:1522453/35‑1 (MQ=255) gtgGTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCca < 1:20131006/35‑1 (MQ=255) tgGTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCcac < 1:9899041/35‑1 (MQ=255) tgGTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCcac < 1:18098354/35‑1 (MQ=255) tgGTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCcac < 1:14096343/35‑1 (MQ=255) tgGTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCcac < 1:2504168/35‑1 (MQ=255) ggTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCccca > 1:1910913/1‑35 (MQ=255) ggTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCcaca < 1:9766023/35‑1 (MQ=255) ggTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCcaca < 1:3163872/35‑1 (MQ=255) ggTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCcaca < 1:8685227/35‑1 (MQ=255) ggTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGGCccca > 1:2315688/1‑35 (MQ=37) ggTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGGCccca > 1:8587767/1‑35 (MQ=37) ggTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGGCcaca > 1:16100313/1‑35 (MQ=255) gtt‑gttGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACAt < 1:11312821/35‑1 (MQ=255) gtt‑gttGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACAt < 1:14046020/35‑1 (MQ=255) gtt‑gttGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACAt < 1:7351038/35‑1 (MQ=255) gtt‑gttGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACAt < 1:19221120/35‑1 (MQ=255) tt‑gttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATc < 1:12242066/35‑1 (MQ=255) tt‑gttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATc < 1:3331293/35‑1 (MQ=255) t‑gttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCt < 1:13450199/35‑1 (MQ=255) t‑gttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCt < 1:12426435/35‑1 (MQ=255) t‑gttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCt < 1:17090047/35‑1 (MQ=255) t‑gttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCt < 1:19166355/35‑1 (MQ=255) t‑gttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCt > 1:792585/1‑35 (MQ=255) t‑gttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCt < 1:5720372/35‑1 (MQ=255) t‑Ggggggttttgtggatccaccagcgagaatgtac < 1:9366146‑M1/35‑34 (MQ=255) t‑Ggggggttttgtggatccaccagcgagaatgtaa > 1:18132621‑M1/1‑2 (MQ=255) gttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTg < 1:7706934/35‑1 (MQ=255) gttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTg < 1:17629594/35‑1 (MQ=255) gttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTg < 1:639803/35‑1 (MQ=255) gttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTg < 1:20349120/35‑1 (MQ=255) ggggggttttgtggatccaccagcgagaatgtacg < 1:546117‑M1/35‑35 (MQ=255) ggggggttttgtggatccaccagcgagaatgtacg > 1:7589795‑M1/1‑1 (MQ=255) ggggggttttgtggatccaccagcgagaatgtacg < 1:1069832‑M1/35‑35 (MQ=255) ggggggttttgtggatccaccagcgagaatgtacg > 1:13213844‑M1/1‑1 (MQ=255) | GCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑GTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTG > REL606/2345594‑2345662 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |