New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 219734985 (0.830)22 (0.240) 7/42 NT 18.7% coding (659/1992 nt) cirA ferric iron‑catecholate outer membrane transporter
?REL606 3882314 = 133 (1.290)coding (104/816 nt) atpB F0F1 ATP synthase subunit A

Only 100 of 173 total aligned reads displayed.

TCCTTCAATACGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTCACGTTT  >  REL606/2197315‑2197383
                                  |                                  
tCCTTCAATACGCGGCGTTTCTCCGGTATCggtgg                                    <  1:20288570/35‑1 (MQ=255)
 ccTTCAATACGCGGCGTTTCTCCGGTATCggtggt                                   <  1:1045682/35‑1 (MQ=255)
 ccTTCAATACGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGg                                   >  1:10766906‑M1/1‑34 (MQ=255)
  cTTCATTACGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGTc                                  <  1:847763/35‑1 (MQ=255)
  cTTCAATACGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGgg                                  >  1:11245169‑M1/1‑33 (MQ=255)
  cTTCAATACGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGTc                                  <  1:15650310/35‑1 (MQ=255)
  cTTCAATACGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGTc                                  <  1:15424969/35‑1 (MQ=255)
  cTTCAATACGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGTc                                  <  1:13624055/35‑1 (MQ=255)
   ttCAATACGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGggg                                 >  1:16395578‑M1/1‑32 (MQ=255)
   ttCAATACGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGTCg                                 <  1:13584193/35‑1 (MQ=255)
   ttCAATACGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGTCg                                 <  1:12382849/35‑1 (MQ=255)
   ttCAATAAGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGTCg                                 <  1:51889/35‑1 (MQ=255)
    tCAATACGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGgggg                                >  1:118386‑M1/1‑31 (MQ=255)
    tCAATACGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGgggg                                >  1:2531198‑M1/1‑31 (MQ=255)
    tCAATACGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGTCGt                                <  1:14895129/35‑1 (MQ=255)
    tCAATACGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGTCGt                                <  1:11183728/35‑1 (MQ=255)
    tCAATACGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGTCGt                                <  1:12865542/35‑1 (MQ=255)
     cAATACGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGTCGtt                               <  1:7062309/35‑1 (MQ=255)
      aaTACGCTGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGgggggg                              >  1:17530743‑M1/1‑29 (MQ=255)
        tACGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGggggtggg                            >  1:6029570‑M1/1‑27 (MQ=255)
        tACGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGgggggggg                            >  1:8014799‑M1/1‑27 (MQ=255)
        tACGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAg                            <  1:3024860/35‑1 (MQ=255)
         aCGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGggggggggg                           >  1:5705668‑M1/1‑26 (MQ=255)
         aCGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGgcggggggg                           >  1:15505449‑M1/1‑26 (MQ=255)
         aCGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAGt                           <  1:4455138/35‑1 (MQ=255)
         aCGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAGt                           <  1:208248/35‑1 (MQ=255)
         aCGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAGt                           <  1:17317073/35‑1 (MQ=255)
          cgcgGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGggggggggtg                          >  1:1680822‑M1/1‑25 (MQ=255)
          cgcgGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGgggggggggt                          >  1:15205155‑M1/1‑25 (MQ=255)
          cgcgGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGgggggggggt                          >  1:16468133‑M1/1‑25 (MQ=255)
          cgcgGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGgggggggggg                          >  1:15295098‑M1/1‑25 (MQ=255)
          cgcgGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGgggggggggg                          >  1:19308993‑M1/1‑25 (MQ=255)
          cgcgGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAGtt                          <  1:7667583/35‑1 (MQ=255)
           gcggcgTTTCTCCGGTATCGGTGGgggggtgggtt                         >  1:1966828‑M1/1‑24 (MQ=255)
           gcggcgTTTCTCCGGTATCGGTGGgggggggggtt                         >  1:18890271‑M1/1‑24 (MQ=255)
            cggcgTTTCTCCGGTATCGGTGGgggggggggttt                        >  1:6302387‑M1/1‑23 (MQ=255)
            cggcgTTTCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAGtttt                        <  1:15165453/35‑1 (MQ=255)
             ggcgTTTCTCCGGTATCGGTGGgggggggggtttt                       >  1:18246582‑M1/1‑22 (MQ=255)
             ggcgTTTCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTg                       <  1:5113130/35‑1 (MQ=255)
             ggcgTTTCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTg                       <  1:2191626/35‑1 (MQ=255)
             ggcgTTTCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTg                       <  1:6726547/35‑1 (MQ=255)
              gcgTTTCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGc                      <  1:6281260/35‑1 (MQ=255)
              gagTTTCTACGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGc                      <  1:8163340/33‑1 (MQ=38)
              ctgTTTCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGc                      <  1:4757715/33‑1 (MQ=255)
               cgTTTCTCCGGTATCGGTGGgggggggggtttttt                     >  1:8144090‑M1/1‑20 (MQ=255)
               cgTTTCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCg                     <  1:2357988/35‑1 (MQ=255)
                gTTTCTCCGGTATCGGTGGgggggggggttttgtg                    >  1:3213615‑M1/1‑19 (MQ=255)
                 tttCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCggg                   <  1:13167099/35‑1 (MQ=255)
                 tttCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCggg                   <  1:12400753/35‑1 (MQ=255)
                  ttCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGt                  <  1:2747822/35‑1 (MQ=255)
                  ttCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGt                  <  1:5256233/35‑1 (MQ=255)
                  ttCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGt                  <  1:9515212/35‑1 (MQ=255)
                  ttCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGt                  <  1:15389561/35‑1 (MQ=255)
                  ttCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGt                  <  1:10162442/35‑1 (MQ=255)
                  ttCTCCGGTATAGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGt                  <  1:16762954/35‑1 (MQ=255)
                   tctcCGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTc                 <  1:6717317/35‑1 (MQ=255)
                   tctcAGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTc                 <  1:1501226/35‑1 (MQ=255)
                    ctcCGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCa                <  1:5011404/35‑1 (MQ=255)
                    ctcCGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCa                <  1:9597515/35‑1 (MQ=255)
                    ctcCGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCa                <  1:18496801/35‑1 (MQ=255)
                    ctcCGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCa                <  1:16303589/35‑1 (MQ=255)
                      ccGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCATc              <  1:7594762/35‑1 (MQ=255)
                      ccGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCATc              <  1:9513037/35‑1 (MQ=255)
                      ccGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCATc              <  1:4705924/35‑1 (MQ=255)
                      ccGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCATc              <  1:1030869/35‑1 (MQ=255)
                        ggTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCt            <  1:11728633/35‑1 (MQ=255)
                         gTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCtt           <  1:402570/35‑1 (MQ=255)
                         gTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCtt           <  1:5546994/35‑1 (MQ=255)
                         gTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCtt           <  1:14596708/35‑1 (MQ=255)
                         gTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCtt           <  1:14343058/35‑1 (MQ=255)
                          tATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCttt          <  1:12702987/35‑1 (MQ=255)
                          tATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCttt          <  1:8031974/35‑1 (MQ=255)
                           aTCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCtttt         <  1:16611750/35‑1 (MQ=255)
                            tCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTc        <  1:15073092/35‑1 (MQ=255)
                            tCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTc        <  1:2313343/35‑1 (MQ=255)
                            tCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTc        <  1:14279124/35‑1 (MQ=255)
                             cGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTCa       <  1:8891234/35‑1 (MQ=255)
                             cGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTCa       <  1:2998905/35‑1 (MQ=255)
                             cGGTGGTAGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTCa       <  1:5801765/35‑1 (MQ=255)
                              ggtggtCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTCAc      <  1:195419/35‑1 (MQ=255)
                              ggtggtCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTCAc      <  1:1108198/35‑1 (MQ=255)
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                              ggtggtCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTCAc      >  1:13322337/1‑35 (MQ=255)
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                              ggtggtCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTCAc      <  1:15478415/35‑1 (MQ=255)
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                              ggtggtCATTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTCAc      <  1:16081417/35‑1 (MQ=255)
                                tggtCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTCACGt    <  1:3712867/35‑1 (MQ=255)
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                                 ggtCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTCACGtt   >  1:657308/1‑35 (MQ=255)
                                 ggtCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTCACGtt   <  1:6486682/35‑1 (MQ=255)
                                 ggtCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTCACGtt   <  1:2628550/35‑1 (MQ=255)
                                  gtCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTCACGttt  >  1:5355614/1‑35 (MQ=255)
                                  gtCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTCACGttt  >  1:2519404/1‑35 (MQ=255)
                                  gtCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTCACGttt  <  1:17124262/35‑1 (MQ=255)
                                  gtCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTCACGttt  >  1:18757523/1‑35 (MQ=255)
                                  gtCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTCACGttt  <  1:19918746/35‑1 (MQ=255)
                                  |                                  
TCCTTCAATACGCGGCGTTTCTCCGGTATCGGTGGTCGTTGAGTTTTGCGGGTCATCCTTTTCACGTTT  >  REL606/2197315‑2197383

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.