New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 3757525 | 76 (0.740) | 22 (0.260) | 8/40 | NT | 23.1% | coding (295/618 nt) | yicG | conserved inner membrane protein |
? | REL606 | 4085859 = | 83 (0.970) | intergenic (+57/‑92) | cpxP/fieF | periplasmic protein combats stress/ferrous iron efflux protein F |
CAAAGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/3757488‑3757525 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtggGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGCTTA > REL606/4085859‑4085892 CAAAGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGG < 1:9613446/35‑1 CAAAGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGG < 1:8445216/35‑1 CAAAGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGG > 1:6950418/1‑35 CAAAGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGG < 1:18696230/35‑1 CAAAGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGG > 1:1504985/1‑35 CAAAGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGG > 1:10089714/1‑35 AAAGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGg > 1:19156961/1‑34 AAAGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGT > 1:8548655/1‑35 AAAGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGT > 1:11278636/1‑35 AAAGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGT > 1:14108249/1‑35 AAAGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGT < 1:489610/35‑1 AAAGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGT > 1:4111263/1‑35 AAAGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGT > 1:12084761/1‑35 AAGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTG < 1:8142889/35‑1 AAGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTG > 1:14763992/1‑35 AAGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTG < 1:6042625/35‑1 AAGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTG > 1:19453130/1‑35 AAGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTG > 1:19156041/1‑35 AGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGG < 1:6920616/35‑1 GTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGG > 1:2173867/1‑35 GTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGG > 1:12684223/1‑35 TGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGc > 1:6619601/1‑34 GTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGc > 1:8646016/1‑34 GTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGG > 1:15223736/1‑35 GTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGG > 1:19229599/1‑35 GTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGG > 1:19780776/1‑35 TTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGtt > 1:8904392/1‑33 TTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGtt > 1:1795157/1‑33 TTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGTTT > 1:13334604/1‑35 TTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGTTT > 1:3431137/1‑35 TTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGTTT > 1:15366140/1‑35 TCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGTTTT > 1:3340384/1‑35 TCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGTTTT > 1:3090906/1‑35 TCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGTTTT > 1:9100542/1‑35 TCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGGTTT > 1:155733/1‑35 TCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGGTTT > 1:11468614/1‑35 TCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGGTTT > 1:12362304/1‑35 CTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGTTTTT > 1:6922889/1‑35 CTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGTTTTT > 1:8445497/1‑35 CTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGGTTTT > 1:7054788/1‑35 TGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGTTTTTT > 1:19222064/1‑35 GGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGTTTTTTT > 1:6823485/1‑35 GGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGGTTTTTT > 1:6387867/1‑35 GTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGTTTTTTTT > 1:18116701/1‑35 GTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGTTTTTTTT > 1:1800824/1‑35 GTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGGTTTTTTT > 1:17159742/1‑35 TGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGTTTTTTTTT > 1:13995306/1‑35 TGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGTTTTTTTTT > 1:9005826/1‑35 TGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGGTTTTTTTc > 1:6538142/1‑34 TGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGGTTCTTTTc > 1:8402984/1‑34 GCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGGTTTTTTTTA > 1:6133784/1‑35 CTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGTTTTTTTTTAT > 1:19248839/1‑35 CGATGCGCTCGGACTGGTGGGGTTTTTTTTTATCg > 1:15800509/1‑34 GTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGC < 1:19635111/35‑1 GTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGC < 1:9424556/35‑1 GTGGGGGTTTTTTTTATCATCAATTTGCCTGCTGC < 1:16248233/35‑1 TGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGgt > 1:8033684/1‑33 TGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGCT < 1:5123144/35‑1 TGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGCT > 1:8507077/1‑35 TGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGCT < 1:19123130/35‑1 TGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGCT > 1:13659786/1‑35 tGGGGGTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGCTT > 1:9257967/2‑35 GGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGCTT < 1:7220217/35‑1 GGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGCTT > 1:6978210/1‑35 GGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGCTT > 1:14564143/1‑35 GGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGCTT > 1:6361683/1‑35 GGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGCTT > 1:6157337/1‑35 GGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGCTT < 1:15286746/35‑1 GGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGCTT < 1:3024545/35‑1 GGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGCTT < 1:2783664/35‑1 GGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGCTT > 1:17447071/1‑35 GGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGCTTA < 1:3646561/35‑1 GGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGCTTA > 1:17466268/1‑35 GGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGCTTA > 1:9536837/1‑35 CAAAGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/3757488‑3757525 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtggGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTGCTGCTTA > REL606/4085859‑4085892 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |