Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
JC JC REL606 4,524,522 IS186 (+) +6 bp 94.5% coding (494‑499/549 nt) fimA → major type 1 subunit fimbrin (pilin)

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 2772854 =NA (NA)84 (0.930) 36/42 NT 95.2% noncoding (1/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 = 4524527 3 (0.050)coding (499/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)
* ? REL606 = 2774196NA (NA)70 (0.780) 36/42 NT 89.3% noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 4524522 = 6 (0.090)coding (494/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)

Only 100 of 104 total aligned reads displayed.

CAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTC  >  REL606/2774163‑2774230
                                 |                                  
cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGt                                   <  1:9386706/35‑1 (MQ=32)
cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGt                                   >  1:16470082/1‑35 (MQ=32)
cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGt                                   >  1:16829330/1‑35 (MQ=32)
cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGt                                   >  1:18406189/1‑35 (MQ=32)
 aGATTGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtt                                  >  1:6490961/1‑35 (MQ=255)
 aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtt                                  >  1:12314877/1‑35 (MQ=35)
  gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGttt                                 <  1:16436408/35‑1 (MQ=38)
   aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtttt                                <  1:1017349/35‑1 (MQ=40)
   aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtttt                                <  1:13978217/35‑1 (MQ=40)
   aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtttt                                >  1:20488448/1‑35 (MQ=40)
   aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtgtt                                <  1:7502002/35‑1 (MQ=12)
   aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtggg                                >  1:17089597/1‑32 (MQ=12)
   aTGGTTAAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtgtt                                <  1:35979/35‑1 (MQ=11)
    tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtgttc                               <  1:3240334/35‑2 (MQ=255)
    tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTa                               >  1:2886536/1‑35 (MQ=255)
     ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtgttcc                              <  1:4846750/35‑3 (MQ=11)
     ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAc                              <  1:7971309/35‑1 (MQ=255)
      gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAcc                             <  1:3536702/35‑1 (MQ=255)
      gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAcc                             >  1:16639545/1‑35 (MQ=255)
      gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAcc                             <  1:16972255/35‑1 (MQ=255)
      gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTGTTCcc                             <  1:12861195/35‑1 (MQ=11)
      gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTGTTCcc                             <  1:7028446/35‑1 (MQ=11)
      gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTGTTCcc                             <  1:20320149/35‑1 (MQ=11)
       ttCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAccc                            >  1:16105336/1‑35 (MQ=255)
       ttCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAccc                            >  1:7805508/1‑35 (MQ=255)
        tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAcccc                           >  1:6888934/1‑35 (MQ=255)
        tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTGTTCcccg                           <  1:13963482/35‑2 (MQ=11)
         cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAccccc                          <  1:13380973/35‑1 (MQ=255)
         cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAccccc                          >  1:12162812/1‑35 (MQ=255)
         cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTGTTCcccgc                          <  1:20024165/35‑3 (MQ=11)
         cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTGTTCcccgc                          <  1:10052527/35‑3 (MQ=11)
         cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTGTTAcccgc                          <  1:12396245/35‑3 (MQ=14)
         cAACCATTAAGTTAGCGCTTATGGGTGTTCcccgc                          <  1:2257910/35‑3 (MQ=11)
          aaaccTTAAGTTAGCGCTTATGGGTGTTCCCCGcg                         <  1:1100662/32‑1 (MQ=2)
          aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTGTTCCCCGcg                         <  1:2337915/35‑1 (MQ=11)
          aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTGTTCCCCGcg                         <  1:1438108/35‑1 (MQ=11)
           aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCcgc                        >  1:12749777/1‑35 (MQ=255)
           aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTGTTCCCCGcgc                        <  1:60125/35‑1 (MQ=14)
           aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTGTTCCCCGcgc                        <  1:10658744/35‑1 (MQ=14)
            cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCcgcg                       >  1:20419630/1‑35 (MQ=255)
            cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGTGTTCCCCGcgcc                       <  1:7608468/35‑2 (MQ=11)
            cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGTGTTCCCCGcgcc                       <  1:18763093/35‑2 (MQ=11)
             ccTTAAGTTAGCGCTTATGGGTGTTCCCCGcgcca                      <  1:20308504/35‑3 (MQ=11)
             ccTTAAGTTAGCGCTTATGGGTGTTCCCCGcgcca                      <  1:11652910/35‑3 (MQ=11)
             ccTTAAGTTAGCGCTTATGGGTGTTCCCCGcgcca                      <  1:9001303/35‑3 (MQ=11)
              cTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtg                     <  1:14529965/35‑1 (MQ=255)
              cTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtg                     >  1:17939437/1‑35 (MQ=255)
              cTTAAGTTAGCGCTTATGGGTGTTCCCCGcgccag                     <  1:2297075/35‑4 (MQ=2)
               ttAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtgg                    >  1:17032801/1‑35 (MQ=255)
                tAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtggt                   <  1:4203146/35‑1 (MQ=255)
                tAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtggt                   >  1:6207291/1‑35 (MQ=255)
                tAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtggt                   <  1:19884809/35‑1 (MQ=255)
                 aaGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtggtg                  <  1:7478989/35‑1 (MQ=255)
                 aaGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtggtg                  >  1:5113766/1‑35 (MQ=255)
                 aaGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtggtg                  >  1:17387888/1‑35 (MQ=255)
                 aaGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtggtg                  >  1:17972732/1‑35 (MQ=255)
                 aaGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtggtg                  >  1:1811725/1‑35 (MQ=255)
                  aGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGtggtgg                 >  1:825535/1‑35 (MQ=255)
                    ttAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCt               >  1:340251/1‑35 (MQ=255)
                    ttAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCt               >  1:19004417/1‑35 (MQ=255)
                    ttAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCt               <  1:17208336/35‑1 (MQ=255)
                     tAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTa              <  1:11033955/35‑1 (MQ=255)
                     tAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTa              <  1:13670749/35‑1 (MQ=255)
                      aGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGTCTAc             >  1:19002572/1‑35 (MQ=255)
                      aGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTAc             >  1:7933115/1‑35 (MQ=255)
                      aGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTAc             <  1:10456304/35‑1 (MQ=255)
                       gcgcTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTAct            <  1:18283952/35‑1 (MQ=255)
                       gcgcTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTAct            <  1:7655965/35‑1 (MQ=255)
                       gcgcTTATGGGTTTTACCCCAGCGTGGTGGCTAct            <  1:13638590/35‑1 (MQ=255)
                        cgcTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActt           <  1:18560806/35‑1 (MQ=255)
                        cgcTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActt           <  1:17875302/35‑1 (MQ=255)
                        cgcTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActt           <  1:4238613/35‑1 (MQ=255)
                         gcTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtc          >  1:7257743/1‑35 (MQ=255)
                         gcTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtc          <  1:7323809/35‑1 (MQ=255)
                         gcTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtc          >  1:1957211/1‑35 (MQ=255)
                          cTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtct         <  1:6388660/35‑1 (MQ=255)
                          cTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtct         >  1:6568839/1‑35 (MQ=255)
                          cTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtct         <  1:6355039/35‑1 (MQ=255)
                          cTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtct         <  1:11919418/35‑1 (MQ=255)
                          cTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtct         <  1:14791888/35‑1 (MQ=255)
                           ttATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtctt        >  1:15484388/1‑35 (MQ=255)
                           ttATGGGTTTTACCCACGCGTGGTGGCTActtctt        <  1:4222577/35‑1 (MQ=255)
                            tATGGTCTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACttcttc       <  1:5832919/35‑1 (MQ=37)
                             aTGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtttttg      >  1:13985906/1‑33 (MQ=38)
                             aTGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCg      <  1:16092251/35‑1 (MQ=255)
                             aTGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCg      >  1:2850491/1‑35 (MQ=255)
                             aTGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCg      <  1:2140334/35‑1 (MQ=255)
                             aTGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTAATTTTTCg      >  1:19904254/1‑35 (MQ=37)
                              tGGTTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGa     <  1:10633031/35‑1 (MQ=255)
                              tGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTTTTCGa     >  1:16353416/1‑35 (MQ=255)
                              tGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGa     <  1:1191672/35‑1 (MQ=255)
                              tGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGa     <  1:3632521/35‑1 (MQ=255)
                              tGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGa     <  1:16102832/35‑1 (MQ=255)
                               gggTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGAt    <  1:1769111/35‑1 (MQ=255)
                               gggTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGAt    >  1:3053150/1‑35 (MQ=255)
                                ggTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGAtt   <  1:17459235/35‑1 (MQ=255)
                                 gTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTc  <  1:7839794/35‑1 (MQ=255)
                                 gTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTc  >  1:4067677/1‑35 (MQ=255)
                                 gTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTc  <  1:4385439/35‑1 (MQ=255)
                                 gTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTc  >  1:5994964/1‑35 (MQ=255)
                                 |                                  
CAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTC  >  REL606/2774163‑2774230

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.