Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
JC JC | REL606 | 1,648,342 | IS1 (–) +9 bp | 28.2% | intergenic (+195/‑221) | ynfM → / → asr | predicted transporter/acid shock protein precursor |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 1323488 | NA (NA) | 22 (0.210) | 18/48 | NT | 26.6% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
? | REL606 | = 1648350 | 38 (0.590) | intergenic (+203/‑221) | ynfM/asr | predicted transporter/acid shock protein precursor | |||||
* | ? | REL606 | 1648342 = | 36 (0.600) | 7 (0.090) | 6/36 | NT | 13.1% | intergenic (+195/‑229) | ynfM/asr | predicted transporter/acid shock protein precursor |
? | REL606 | = 3024712 | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region |
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
AGTCTTGATCGGGTTAACTATTTTACTACTTACAAAGCGg‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/1648380‑1648342 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcgGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < REL606/3024712‑3024678 AGTCTTGATCGGGTTAACTATTTTACTACTTACAA > 1:988734/1‑35 AGTCTTGATCGGGTTAACTATTTTACTACTTACAA > 1:18695899/1‑35 GTCTTGATCGGGTTAACTATTTTACTACTTACAAA > 1:2580873/1‑35 GTCTTGATCGGGTTAACTATTTTACTACTTACAAA < 1:8885596/35‑1 TCTTGATCGGGTTAACTATTTTACTACTTACAAAG > 1:7817635/1‑35 TCTTGATCGGGTTAACTATTTTACTACTTACAAAG < 1:8822410/35‑1 TGATCGGGTTAACTATTTTACTACTTACAAAGCGG > 1:3374726/1‑35 TGATCGGGTTAACTATTTTACTACTTACAAAGCGG > 1:18332120/1‑35 GATCGGTTTAACTATTTTACTACTTACAAAGCGGG > 1:8077489/1‑35 AACTATTTTACTACTTACAAAGCGGGTGATGCTGC > 1:7905192/1‑35 TACTTACAAAGCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGA < 1:9673636/35‑1 ACAAAGCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAG < 1:10032007/35‑1 AAGCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGT > 1:10611184/1‑35 AAGCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGT < 1:19848572/35‑1 AAGCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGT < 1:11596160/35‑1 AAGCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGT < 1:13201916/35‑1 AAGCGGGTGATGCTGCCAACTTACTCATTTAGTGT > 1:6667373/1‑35 AGCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTA > 1:3405457/1‑35 cCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTAT < 1:4540517/34‑1 GCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTAT < 1:1119458/35‑1 CGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATG < 1:11822807/35‑1 CGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATG > 1:18219344/1‑35 CGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATG > 1:1731857/1‑35 CGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATG > 1:16586982/1‑35 CGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATG > 1:19290097/1‑35 CGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATG > 1:7131642/1‑35 CGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATG > 1:2547356/1‑35 CGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATG > 1:13823059/1‑35 CGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATG > 1:2233413/1‑35 GGTGATGNTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAg > 1:14466829/1‑34 GGTGATGNTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:19533167/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTTATTTAGTGTATGAT > 1:9525093/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:9977044/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:3342801/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:3183181/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:3976790/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:3121625/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:4042801/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:4254733/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:2910515/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:4723997/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:8949017/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:9073770/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:8605412/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:8338587/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:9460107/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:7764602/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:7286625/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:7247245/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:7044081/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:7029944/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:6854881/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:6077446/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:5910542/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:5813023/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:5747701/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:5277335/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:5165118/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:505348/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:15824632/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:15540141/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:15413460/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:15156754/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:14865717/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:14828660/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:14588548/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:14483906/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:14319429/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:14041639/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:13265843/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:12922504/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:12461324/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:12286715/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:10791918/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:10294254/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:10273046/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:10235085/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:10081433/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:2827064/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:2399057/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:20395943/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:20256986/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:19947015/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:19717988/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:19605896/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:19241853/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:19031835/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:18882545/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:18785182/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:18554717/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:18039993/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:17840911/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:17072188/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:16773866/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:16719962/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:16495185/35‑1 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 1:16326017/1‑35 GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:16191765/35‑1 GGTGATGCTGCAAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:11758890/35‑1 GGTGATGCTGACAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 1:12500139/35‑1 AGTCTTGATCGGGTTAACTATTTTACTACTTACAAAGCGg‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/1648380‑1648342 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcgGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < REL606/3024712‑3024678 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |