New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 3744020 | 103 (1.000) | 12 (0.160) | 5/36 | NT | 18.0% | coding (300/807 nt) | waaP | kinase that phosphorylates core heptose of lipopolysaccharide |
? | REL606 | = 3861481 | 32 (0.420) | coding (1109/1617 nt) | yieC | carbohydrate‑specific outer membrane porin, cryptic |
AAACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCGCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/3743981‑3744020 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcgccaGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCGCAAGTCCATT < REL606/3861481‑3861448 AAACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTT < 1:14489489/35‑1 AAACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTT < 1:9726640/35‑1 AAACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTT > 1:17488764/1‑35 AAACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTT > 1:5853646/1‑35 AAACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTT < 1:17484651/35‑1 AAACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTT < 1:2684142/35‑1 AAACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTT < 1:15695950/35‑1 AACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTC < 1:14552649/35‑1 AACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTC < 1:14052644/35‑1 AACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTC < 1:18601125/35‑1 AACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTC < 1:19641704/35‑1 AACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTC > 1:8001052/1‑35 AACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTC < 1:281533/35‑1 AACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTC < 1:3279038/35‑1 AACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTC < 1:3679330/35‑1 AACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTC < 1:10267575/35‑1 AACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAACACCTTTTTC > 1:1494542/1‑35 ACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCG < 1:5022524/35‑1 ACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCG < 1:4784166/35‑1 ACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCG > 1:2320357/1‑35 ACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCG < 1:3088/35‑1 ACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCG > 1:3595763/1‑35 ACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCG > 1:12577839/1‑35 CGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCGC > 1:3539584/1‑35 CGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCGC < 1:17276562/35‑1 CGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCGC < 1:10822456/35‑1 CGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCGC > 1:8002509/1‑35 CGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCGC > 1:19339973/1‑35 GAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACTTTTTTCGCC < 1:17099002/35‑1 GAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCGCC > 1:4862591/1‑35 GAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCGCC > 1:11557929/1‑35 GAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCGCC > 1:11804008/1‑35 GAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCGCC < 1:5092284/35‑1 GAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCGCC < 1:18220603/35‑1 AGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCGCCA < 1:20400485/35‑1 AGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCGCCA < 1:20250018/35‑1 AGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCGCCA > 1:5941176/1‑35 AGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCGCCA > 1:14132418/1‑35 AGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCGCCA > 1:17471300/1‑35 AGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCGCCA > 1:485809/1‑35 AGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCGCCA < 1:7632299/35‑1 caAATACCTTTTTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTAT < 1:18448402/33‑1 aAATACCTTTTTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATG < 1:19699406/34‑1 aAATAACTTTTTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATG < 1:3771477/34‑1 AATACTTTTTTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGC < 1:8569694/35‑1 AATACCTTTTTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGC < 1:8202667/35‑1 ATACCTTTTTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCT < 1:5219984/35‑1 ATACCTTTTTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCT < 1:2366219/35‑1 TACCTTTTTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTG < 1:16702662/35‑1 TACCTCTTTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTG < 1:5926643/35‑1 aaCTTTTTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGG < 1:17470844/33‑1 ACCTTTTTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGG < 1:6103116/35‑1 ACCTCTTTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGG < 1:9666948/35‑1 CCTCTTTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGC < 1:1746938/35‑1 ctcTTTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCG < 1:10199160/32‑1 CTTTTTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCG < 1:6257711/35‑1 CTTTTTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCG < 1:7147422/35‑1 TTTTTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCGC < 1:16228844/35‑1 TTTTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCGCA < 1:17317863/35‑1 TTTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCGCAA < 1:13961320/35‑1 TTTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCGCAA < 1:13106335/35‑1 TTCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCGCAAG < 1:19282223/35‑1 TTCGCCAGTAACCTTGGCCGTTATGCTGGCGCAAG < 1:19984311/35‑1 TCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCGCAAGT < 1:5336511/35‑1 TCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCGCAAGT < 1:4016063/35‑1 TCGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCGCAAGT < 1:12984081/35‑1 CGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCGCAAGTC < 1:15704406/35‑1 CGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCGCAAGTC < 1:12886206/35‑1 CGCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCGCAAGTC < 1:9992224/35‑1 GCCAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCGCAAGTCC < 1:7624693/35‑1 CAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCGCAAGTCCAT < 1:3366782/35‑1 CAGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCGCAAGTCCAT < 1:9198563/35‑1 AGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCGCAAGTCCATT < 1:16946738/35‑1 AGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCGCAAGTCCATT < 1:13255478/35‑1 AGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCGCAAGTCCATT < 1:11470161/35‑1 AGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCGCAAGTCCATT < 1:10525088/35‑1 AAACGAGGTTCTGGTCAGCGGATTAATACCTTTTTCGCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/3743981‑3744020 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcgccaGTAACTTTGGCCGTTATGCTGGCGCAAGTCCATT < REL606/3861481‑3861448 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |