New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 1306326 =88 (0.860)10 (0.170) 3/28 NT 18.1% intergenic (‑87/+284) cls/kch cardiolipin synthetase/voltage‑gated potassium channel
?REL606 = 2380515 39 (0.650)coding (929/1137 nt) pdxB erythronate‑4‑phosphate dehydrogenase

ACCCCCGCCCCCGACGCTGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  <  REL606/1306345‑1306326
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccgacgctgaAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGCGCCG  <  REL606/2380515‑2380482
                                                      
cCCCCCCCCCCCGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATT                     <  1:6320816/34‑1
cCCCCCACCCCCGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATT                     <  1:13009705/34‑1
 CCCCCCCCCCCGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTT                    <  1:6445589/35‑1
  CCCCCCCCCCGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTG                   <  1:8994798/35‑1
  CCCCCCCCCCGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTG                   <  1:2719700/35‑1
  CCCCCCCCCCGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTG                   <  1:12209947/35‑1
   CCCCCCCCCGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGG                  <  1:5101163/35‑1
   CCCCCCCCCGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGG                  <  1:20593097/35‑1
   CCCCCCCCCGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGG                  <  1:17894124/35‑1
   CCCCCCCCCGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGG                  <  1:1078414/35‑1
    cccCCCCCGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGT                 <  1:17395240/32‑1
    cccCCCCCGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGT                 <  1:12582524/32‑1
      cCCCCCGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGT               <  1:15680245/34‑1
       CCCCCGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTA              <  1:7541054/35‑1
       CCCCCGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTA              <  1:5281915/35‑1
          caGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGA           <  1:13382392/33‑1
          CCGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGA           <  1:11264116/35‑1
          CCGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGA           <  1:7039273/35‑1
          CCGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGA           <  1:16423013/35‑1
           CGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGAT          <  1:15361005/35‑1
           CGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGAT          >  1:6378456/1‑35
           CGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGAT          >  1:9410688/1‑35
           CGACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGAT          >  1:14885115/1‑35
           CGACGCTGAAAAGGCCGGTGCATTTGGTGTATGAT          >  1:163039/1‑35
            GACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATG         >  1:7030355/1‑35
            GACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATG         >  1:3731328/1‑35
            GACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATG         >  1:19488525/1‑35
             ACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGT        <  1:18275543/35‑1
             ACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGT        <  1:18615944/35‑1
             ACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGT        >  1:16193180/1‑35
             ACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGT        <  1:13383587/35‑1
             ACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGT        >  1:7286466/1‑35
             ACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGT        >  1:8479127/1‑35
             ACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGT        <  1:9236788/35‑1
             ACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGT        <  1:10092681/35‑1
             ACGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGAGTATGATGT        <  1:15609913/35‑1
              CGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTG       >  1:7804073/1‑35
              CGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTG       <  1:20015667/35‑1
              CGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTG       >  1:8970726/1‑35
              CGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTG       >  1:18188374/1‑35
              CGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTG       <  1:17461712/35‑1
              CGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTG       >  1:12383721/1‑35
              CGCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTG       <  1:16540506/35‑1
               GCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGC      <  1:14483490/35‑1
               GCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGC      >  1:13161140/1‑35
               GCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGC      <  1:14908225/35‑1
               GCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGC      <  1:13010417/35‑1
               GCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGC      >  1:12818719/1‑35
               GCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGC      >  1:4977536/1‑35
               GCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGC      >  1:4258809/1‑35
               GCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGC      >  1:2902803/1‑35
               GCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGC      >  1:11029556/1‑35
               GCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGC      <  1:10171241/35‑1
               GCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGC      >  1:19363973/1‑35
               GCTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGC      >  1:18722131/1‑35
                CTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGCG     <  1:4476186/35‑1
                CTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGCG     <  1:10649232/35‑1
                CTGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGCG     >  1:14150806/1‑35
                 TGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGCGC    >  1:12078481/1‑35
                 TGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGCGC    >  1:5328430/1‑35
                 TGAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGCGC    <  1:20551576/35‑1
                  GAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGCGCC   <  1:6876968/35‑1
                  GAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGCGCC   <  1:5128147/35‑1
                  GAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGCGCC   >  1:17250064/1‑35
                  GAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGCGCC   >  1:9156224/1‑35
                  GAAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGCGCC   >  1:9517762/1‑35
                   AAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGCGCCG  <  1:14202863/35‑1
                   AAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGCGCCG  <  1:14938720/35‑1
                   AAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGCGCCG  <  1:12773826/35‑1
                   AAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGCGCCG  >  1:16777516/1‑35
                   AAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGCGCCG  <  1:20252285/35‑1
                   AAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGCGCCG  >  1:103113/1‑35
                   AAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGCGCCG  <  1:20115132/35‑1
                                                      
ACCCCCGCCCCCGACGCTGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  <  REL606/1306345‑1306326
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccgacgctgaAAAGGCTGGTGCATTTGGTGTATGATGTGCGCCG  <  REL606/2380515‑2380482

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.