Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 4,107,018 | T→A | 48.2% | P123P (CCA→CCT) | ECB_03822 ← | putative outer membrane lipoprotein |
Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 4,107,018 | 0 | T→A | 48.2% | 197.7 ‑0.3 ‑1.2 | 130 | P123P (CCA→CCT) | ECB_03822 | putative outer membrane lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (36/26): ref base (36/30): total (74/56) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 7.24e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 6.93e-02 |
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
TTAAGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGCGTTCAG > REL606/4106984‑4107052 | ttAAGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGt > 1:15448454/1‑35 (MQ=255) tAAGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTg < 1:9233233/35‑1 (MQ=255) tAAGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTg > 1:6799830/1‑35 (MQ=255) aaGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAgg > 1:7172025/1‑35 (MQ=255) aaGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAgg > 1:18265777/1‑35 (MQ=255) aGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGc < 1:8129801/35‑1 (MQ=255) aGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGc < 1:13179683/35‑1 (MQ=255) aGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGc > 1:5767216/1‑35 (MQ=255) aGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGc > 1:16092332/1‑35 (MQ=255) aGGTCGCAAGTTCACCGTTGTTAATTGTCAGTGGc > 1:5487043/1‑35 (MQ=255) ggTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCt > 1:7716628/1‑35 (MQ=255) ggTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCt < 1:16309769/35‑1 (MQ=255) ggTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCt < 1:1720478/35‑1 (MQ=255) ggTAGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCt < 1:15588239/35‑1 (MQ=255) gTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCtt < 1:2485933/35‑1 (MQ=255) gTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCtt > 1:18976218/1‑35 (MQ=255) gTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCtt > 1:5739938/1‑35 (MQ=255) gTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCtt < 1:1059168/35‑1 (MQ=255) gTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCtt < 1:9319090/35‑1 (MQ=255) gTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGAtt < 1:16913210/35‑1 (MQ=38) tCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTa < 1:2240396/35‑1 (MQ=255) cGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTaa < 1:19522772/35‑1 (MQ=255) cGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTaa < 1:19927635/35‑1 (MQ=255) cGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTaa < 1:12484415/35‑1 (MQ=255) cGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTaa > 1:19509452/1‑35 (MQ=255) cGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTaa > 1:5366485/1‑35 (MQ=255) gCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAAc < 1:19236998/35‑1 (MQ=255) gCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAAc > 1:17893328/1‑35 (MQ=255) cAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACt < 1:2521660/35‑1 (MQ=255) cAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACt < 1:613431/35‑1 (MQ=255) cAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACt < 1:10340494/35‑1 (MQ=255) aaGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAAcag > 1:2279788/1‑33 (MQ=255) aaGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAAcag > 1:6322721/1‑33 (MQ=255) aaGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACtt > 1:11842502/1‑35 (MQ=255) aaGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACtt > 1:18539088/1‑35 (MQ=255) aaGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACtt > 1:15197664/1‑35 (MQ=255) aGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTc > 1:14334300/1‑35 (MQ=255) aGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTc > 1:18010909/1‑35 (MQ=255) aGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTc > 1:10298398/1‑35 (MQ=255) aGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTc > 1:3819895/1‑35 (MQ=255) aGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTc < 1:3874953/35‑1 (MQ=255) aGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTc < 1:4225610/35‑1 (MQ=255) aGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTc < 1:6660165/35‑1 (MQ=255) aGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTc > 1:11763629/1‑35 (MQ=255) aGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTc > 1:8792258/1‑35 (MQ=255) gTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCa < 1:1045575/35‑1 (MQ=255) gTTGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCa < 1:2844927/35‑1 (MQ=255) ttGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCAc > 1:12766272/1‑35 (MQ=255) ttGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCAc > 1:12163499/1‑35 (MQ=255) ttGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCAc > 1:19178475/1‑35 (MQ=255) ttGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCAc > 1:4493917/1‑35 (MQ=255) ttGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCAc < 1:13640790/35‑1 (MQ=255) ttGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCAc < 1:14323738/35‑1 (MQ=255) tGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACt < 1:20198925/35‑1 (MQ=255) tGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACt < 1:3115819/35‑1 (MQ=255) tGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACt > 1:12881723/1‑35 (MQ=255) tGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACt > 1:18145240/1‑35 (MQ=255) tGACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACt < 1:15596894/35‑1 (MQ=255) tGACAGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACt < 1:13564719/35‑1 (MQ=38) gACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTg < 1:3736992/35‑1 (MQ=255) gACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTg < 1:3663899/35‑1 (MQ=255) gACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTg < 1:10067858/35‑1 (MQ=255) gACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTg < 1:19207271/35‑1 (MQ=255) gACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACTg < 1:11159551/35‑1 (MQ=255) gACCGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACTg < 1:1754700/35‑1 (MQ=255) aCCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCCCTGc > 1:437069/1‑35 (MQ=255) aCCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTGc > 1:5660738/1‑35 (MQ=255) ccGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTGcc < 1:8794278/35‑1 (MQ=255) ccGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTGcc > 1:14694471/1‑35 (MQ=255) ccGTTGTTAATTGTCAGCGGCTTAACTTCACTGcc > 1:7911962/1‑35 (MQ=255) ccGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCCCTGcc < 1:7748311/35‑1 (MQ=38) ccGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACTGcc > 1:20478552/1‑35 (MQ=255) ccGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACTGcc < 1:17514855/35‑1 (MQ=255) cGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTGCCa > 1:2347949/1‑35 (MQ=255) cGTTGTTAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACTGcaa < 1:3308064/35‑3 (MQ=38) gttgttAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTGCCAg > 1:15668235/1‑35 (MQ=255) gttgttAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACTGCCAg > 1:5061367/1‑35 (MQ=255) gttgttAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACTGCCAg < 1:4050477/35‑1 (MQ=255) ttgttAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTGCTAgg > 1:4188156/1‑35 (MQ=255) ttgttAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTGCCAgg > 1:16481786/1‑35 (MQ=255) tgttAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTGCCAGGa > 1:8022357/1‑35 (MQ=255) gttAATTGTCAGTGGCTTAACCTCACCGCCAggga > 1:18302870/1‑33 (MQ=25) ttAATTGTCAGTGGCTTAACTTCCCTGCCAGGaaa > 1:3820896/1‑35 (MQ=255) ttAATTGTCAGAGGCTTAACTTCACTGCCAGGaaa > 1:14252380/1‑35 (MQ=255) tAATTGTCAGTGGCTTAACTTCCCTGCCAGGaaaa > 1:17208457/1‑35 (MQ=255) aaTTGTCAGAGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAAt > 1:11694233/1‑35 (MQ=255) ttGTCAGTGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAg > 1:11976016/1‑35 (MQ=255) ttGTCAGAGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAg > 1:12416448/1‑35 (MQ=255) tGTCAGTGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGc > 1:1336407/1‑35 (MQ=255) tGTCAGAGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGc > 1:7512461/1‑35 (MQ=255) tGTCAGAGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGc > 1:4301261/1‑35 (MQ=255) tGTCAGAGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGc > 1:848472/1‑35 (MQ=255) tGTCAGAGGCTTAACTTCACTGACAGGAAAATAGc < 1:16013402/35‑1 (MQ=37) tCAGTGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGCGt > 1:8630789/1‑35 (MQ=255) tCAGAGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGCGt > 1:16481099/1‑35 (MQ=255) cAGTGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGCGtt > 1:6269976/1‑35 (MQ=255) gTGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGCGTTCa > 1:11259826/1‑35 (MQ=255) tGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGCGTTCAg > 1:7241297/1‑35 (MQ=255) tGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGCGTTCAg > 1:1708559/1‑35 (MQ=255) tGGCTTAACTTCACTGCAAGGAAAATAGCGTTCAg < 1:7466909/35‑1 (MQ=255) | TTAAGGTCGCAAGTTGACCGTTGTTAATTGTCAGTGGCTTAACTTCACTGCCAGGAAAATAGCGTTCAG > REL606/4106984‑4107052 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |