New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 1593097 | 34 (0.330) | 11 (0.130) | 6/40 | NT | 16.5% | intergenic (+40/+4) | ydeJ/dcp | competence damage‑inducible protein A/dipeptidyl carboxypeptidase II |
? | REL606 | 4085859 = | 83 (0.970) | intergenic (+57/‑92) | cpxP/fieF | periplasmic protein combats stress/ferrous iron efflux protein F |
CTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATC > REL606/1593063‑1593131 | ctggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGG > 1:9844102‑M1/1‑35 (MQ=255) ctggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGG > 1:15308802‑M1/1‑35 (MQ=255) ctggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGG > 1:15970300‑M1/1‑35 (MQ=255) tggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGg > 1:17105971‑M1/1‑34 (MQ=255) tggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGg > 1:6165689‑M1/1‑34 (MQ=255) ggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTTgtggtg > 1:19317742/1‑35 (MQ=255) ggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGgtggtg < 1:15892501/35‑1 (MQ=255) ggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgg > 1:7738155‑M1/1‑33 (MQ=255) ggctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGgtgt < 1:11609119/33‑1 (MQ=255) gcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGggg > 1:7553621‑M1/1‑32 (MQ=255) cctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggt > 1:16092292‑M1/1‑31 (MQ=255) cctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggg > 1:609670‑M1/1‑31 (MQ=255) cctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGtt < 1:16714748/35‑1 (MQ=255) cctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGtt < 1:16416586/35‑1 (MQ=255) cctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGtt < 1:4834967/35‑1 (MQ=255) ctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggtt > 1:942740‑M1/1‑30 (MQ=255) tggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggttt > 1:146038‑M1/1‑29 (MQ=255) tggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGggggtt > 1:13956717‑M1/1‑29 (MQ=255) tggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTta < 1:2773082/35‑1 (MQ=255) tggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTta < 1:1901577/35‑1 (MQ=255) tggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTta < 1:15182678/35‑1 (MQ=255) tggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTta < 1:13164816/35‑1 (MQ=255) tggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTta < 1:7739691/35‑1 (MQ=255) ggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggtttt > 1:1414326‑M1/1‑28 (MQ=255) ggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTtat < 1:4840042/35‑1 (MQ=255) gcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggttttt > 1:9220986‑M1/1‑27 (MQ=255) gcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTtata < 1:1324991/35‑1 (MQ=255) cGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggtttttt > 1:7959438‑M1/1‑26 (MQ=255) gATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggttttttt > 1:475245‑M1/1‑25 (MQ=255) gATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggttttttg > 1:15943169‑M1/1‑25 (MQ=255) gATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggttttatt > 1:3264642‑M1/1‑25 (MQ=255) gATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATg < 1:4762626/35‑1 (MQ=255) atatCTCAGGCCAGCCATTGGTGGggttttttttt > 1:10162136‑M1/1‑24 (MQ=255) atatCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggttttttgt > 1:20319346‑M1/1‑24 (MQ=255) atatCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggttttttgt > 1:10079397‑M1/1‑24 (MQ=255) atatCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGt < 1:5357072/35‑1 (MQ=255) atatCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGt < 1:12787025/35‑1 (MQ=255) atatCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGt < 1:12199042/35‑1 (MQ=255) atatCTCAGGCCAGCCATTGGTGGGGGTTTTATGt > 1:8215609/1‑35 (MQ=25) tatCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGtt < 1:86113/35‑1 (MQ=255) atCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTc < 1:18288958/35‑1 (MQ=255) atCTCAGGCCAGCCATTGGTGGGGGTTTTTTGttt > 1:16465164/1‑34 (MQ=16) tctcAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCa < 1:3128510/35‑1 (MQ=255) ctcAGGCCAGCCATTGGTGGGGGTTTTATGtttac > 1:1084877/1‑32 (MQ=19) tcAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAg < 1:2014212/35‑1 (MQ=255) tcAGCCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAg < 1:490451/35‑1 (MQ=255) cAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGc < 1:8783969/35‑1 (MQ=255) cAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGc < 1:7607851/35‑1 (MQ=255) cAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGc < 1:1252053/35‑1 (MQ=255) cAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGc < 1:714292/35‑1 (MQ=255) cAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGc < 1:1529191/35‑1 (MQ=255) cAGCCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGc < 1:11423617/35‑1 (MQ=255) aGGCCGGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGcc < 1:11186338/35‑1 (MQ=255) aGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGcc < 1:13291581/35‑1 (MQ=255) ccaTTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGt < 1:5924341/35‑1 (MQ=255) tggtggTTTTTATATGTTAAAGCCACGATGTTgca < 1:3666951/35‑1 (MQ=37) tggtggTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgca > 1:8677404/1‑35 (MQ=255) tggtggTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgca > 1:6426232/1‑35 (MQ=255) tggtggTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgca > 1:17446707/1‑35 (MQ=255) tggtggTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgca > 1:2918619/1‑35 (MQ=255) tggtggTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgca > 1:7647138/1‑35 (MQ=255) ggtggtGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgcag > 1:10520536/1‑35 (MQ=255) ggtggtGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgcag > 1:17155566/1‑35 (MQ=255) ggtggtGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgcag > 1:3371472/1‑35 (MQ=255) ggtggtGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgcag < 1:541227/35‑1 (MQ=255) gtggtgTTTATATGTTCAAGCGACGATGTTgcagc < 1:5216845/35‑1 (MQ=255) tggtgTTTATATGTTAAAGCCACGATGTTgtagca < 1:3695358/35‑1 (MQ=37) tgtgtTTATGTGTTAAAGCCACGATGTTGCAGCAt < 1:16154699/34‑1 (MQ=37) ggtgTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCAt > 1:17141238/1‑35 (MQ=255) ggtgTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCAt > 1:7372120/1‑35 (MQ=255) ggtgTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCAt > 1:20152647/1‑35 (MQ=255) ggtgTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCAt > 1:968212/1‑35 (MQ=255) ggtgTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCAt > 1:18427968/1‑35 (MQ=255) gtgtTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATc > 1:2239430/1‑35 (MQ=255) | CTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATC > REL606/1593063‑1593131 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |