New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 67940175 (0.730)6 (0.070) 3/38 NT 13.9% intergenic (‑174/+207) metT/asnB tRNA‑Met/asparagine synthetase B
?REL606 4198479 = 15 (0.180)coding (341/1737 nt) aceK bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase protein

CTGTCGGTTATTTGACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCTTTAGC  >  REL606/4198459‑4198513
                    |                                  
gtGTCGTTTATTTGCCCACCGCTCGCTTACTCCCg                      <  1:19222779/34‑1 (MQ=25)
   tctgTTATTTGACCACCGCTCGCTTAATCCCGAGc                   >  1:10421210/4‑35 (MQ=37)
    cGGTTATTTGACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCg                  >  1:16114756/1‑35 (MQ=255)
    cGGTTATTTGACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCg                  >  1:11103082/1‑35 (MQ=255)
     ttttATTTCCCCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCgg                 <  1:10528971/33‑1 (MQ=25)
     tgttttttccccaccGCTCGCTTACTCCCGAGCgg                 <  1:7807670‑M2/20‑1 (MQ=255)
     gtttttttccccaccGCTCGCTTACTCCCGAGCgg                 <  1:17571849‑M2/20‑1 (MQ=255)
     gtttttttccccaccGCTCGCTTACTCCCGAGCgg                 <  1:16845609‑M2/20‑1 (MQ=255)
     ggTTATTTGACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGctg                 >  1:1278487/1‑33 (MQ=255)
     ggTTATTTGACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCgg                 >  1:1492608/1‑35 (MQ=255)
     ggTTATTTGACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCgg                 >  1:2582484/1‑35 (MQ=255)
      gTTATTTGACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCGGc                >  1:5619091/1‑35 (MQ=255)
      gTTATTTGACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCGGc                >  1:12470989/1‑35 (MQ=255)
      gTTATTTGACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCGGc                >  1:18458422/1‑35 (MQ=255)
       ttttttccccaccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCt               <  1:2158653‑M2/22‑1 (MQ=255)
       tttttcccccaccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCt               <  1:12673570‑M2/22‑1 (MQ=255)
       ttATTTGACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCt               >  1:12660878/1‑35 (MQ=255)
        tATTTGCCCACCGCTCGCTTACTCCAGAGCGGCtt              <  1:8541692/35‑1 (MQ=37)
         tttgccccaccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCttt             <  1:5190486‑M2/24‑1 (MQ=255)
         atttccccaccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCttt             <  1:15143312‑M2/24‑1 (MQ=255)
         aTTTGACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCttt             >  1:2483800/1‑35 (MQ=255)
         aTTTGACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCttt             >  1:3965640/1‑35 (MQ=255)
          tttGACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCtttt            >  1:2495648/1‑35 (MQ=255)
          tttGACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCtttt            >  1:12851137/1‑35 (MQ=255)
          tttGACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCtttt            >  1:16367558/1‑35 (MQ=255)
          tttGACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCtttt            >  1:10652830/1‑35 (MQ=255)
          tttGACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCtttt            >  1:1752958/1‑35 (MQ=255)
          tttGACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCtttt            >  1:9412296/1‑35 (MQ=255)
           ttgcccaccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCttttt           <  1:17702553‑M2/26‑1 (MQ=255)
           ttccccaccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCttttt           <  1:18925921‑M2/26‑1 (MQ=255)
            ccgccaccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTa          <  1:9636249‑M2/27‑1 (MQ=255)
            ccccccccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTa          <  1:8800274‑M2/27‑1 (MQ=255)
             gACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTAt         >  1:19988467/1‑35 (MQ=255)
             gACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTAt         >  1:2324321/1‑35 (MQ=255)
             gACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTAt         >  1:3739586/1‑35 (MQ=255)
             ccccaccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTAt         <  1:10364888‑M2/28‑1 (MQ=255)
             ccccaccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTAt         <  1:9023181‑M2/28‑1 (MQ=255)
             ccccaccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTAt         <  1:16239460‑M2/28‑1 (MQ=255)
              accaccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCtttttttt        >  1:14251434/1‑32 (MQ=255)
              accaccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTATc        >  1:19995226/1‑35 (MQ=255)
              accaccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTATc        >  1:2681096/1‑35 (MQ=255)
               ccaccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCt       <  1:20298390‑M2/30‑1 (MQ=255)
               ccaccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCt       <  1:12855173‑M2/30‑1 (MQ=255)
                caccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCtt      <  1:10280083‑M2/31‑1 (MQ=255)
                caccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCtt      <  1:8400006‑M2/31‑1 (MQ=255)
                 cccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCttt     <  1:1148128‑M2/32‑1 (MQ=255)
                 accGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCttt     <  1:17905042‑M2/32‑1 (MQ=255)
                 accGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCttt     <  1:6249834‑M2/32‑1 (MQ=255)
                 accGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCttt     <  1:15247101‑M2/32‑1 (MQ=255)
                 accGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCttt     <  1:4841092‑M2/32‑1 (MQ=255)
                 accGCTAGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCttt     <  1:5207247‑M2/32‑1 (MQ=255)
                  ccGCTCTCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTTTCTTTa    >  1:6143535/1‑35 (MQ=25)
                  ccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTTTCTTTa    >  1:13281299‑M2/3‑35 (MQ=255)
                  ccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTTTCTTTa    >  1:6511164‑M2/3‑35 (MQ=255)
                  ccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCTTTa    <  1:13752492‑M2/33‑1 (MQ=255)
                  ccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCTTTa    >  1:9581365‑M2/3‑35 (MQ=255)
                  ccGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCTTTa    <  1:2505439‑M2/33‑1 (MQ=255)
                   cGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCTTTAg   <  1:3159706‑M2/34‑1 (MQ=255)
                   cGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCTTTAg   <  1:12454119‑M2/34‑1 (MQ=255)
                   cGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCTTTAg   <  1:2060379‑M2/34‑1 (MQ=255)
                    gctcgctTACTCCCGAGCGGCTTTTTTTTTTTAgg  >  1:7356797/1‑34 (MQ=25)
                    gctcgctTACTCCCGAGCGGCTTTTTTTCTTTAGc  >  1:17539659/1‑35 (MQ=255)
                    gctcgctTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCTTTAga  >  1:15173750/1‑34 (MQ=255)
                    gctcgctTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCTTTAGc  <  1:288440/35‑1 (MQ=255)
                    gctcgctTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCTTTAGc  <  1:16362934/35‑1 (MQ=255)
                    gctcgctTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCTTTAGc  <  1:18618526/35‑1 (MQ=255)
                    |                                  
CTGTCGGTTATTTGACCACCGCTCGCTTACTCCCGAGCGGCTTTTTATCTTTAGC  >  REL606/4198459‑4198513

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.