Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,670,539 | A→C | 3.6% | K127Q (AAA→CAA) | avtA → | valine‑pyruvate transaminase |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,670,539 | 0 | A→C | 3.6% | 7.7 ‑0.4 ‑0.1 | 138 | K127Q (AAA→CAA) | avtA | valine‑pyruvate transaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (3/2): ref base (59/74): total (62/76) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.57e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 7.50e-01 |
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
CCTGTTTGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGAATACAT > REL606/3670505‑3670573 | ccTGTTTGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCa < 1:19908526/35‑1 (MQ=255) ccTGTTTGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGGCa > 1:12561028/1‑35 (MQ=255) ccTGTTTGCCGGACGCCGTGCCGATGGGCGGGTCa > 1:20526442/1‑35 (MQ=255) cTGTTTGCCGGACGCCGTGTCGATGGTCGGGTCaa > 1:189164/1‑35 (MQ=255) cTGTTTGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCaa > 1:15675551/1‑35 (MQ=255) tGTTTGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCaaa > 1:8169013/1‑35 (MQ=255) tGTTTGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCaaa > 1:3666999/1‑35 (MQ=255) tGTTTGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCaaa < 1:12231241/35‑1 (MQ=255) tGTTTGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGGCaaa > 1:8478931/1‑35 (MQ=255) gTTTGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCaaaa < 1:17194809/35‑1 (MQ=255) gTTTGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCaaaa > 1:18746332/1‑35 (MQ=255) gTTTGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCaaaa > 1:3887634/1‑35 (MQ=255) tttGCCGGACGCCTTGCCGATGGTCGGGTCaaaaa > 1:1235538/1‑35 (MQ=255) tttGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCaaaaa < 1:1556488/35‑1 (MQ=255) tttGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCaaaaa < 1:9781563/35‑1 (MQ=255) ttGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCaaaaaa < 1:5352390/35‑1 (MQ=255) tGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAg > 1:3756949/1‑35 (MQ=255) tGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAg > 1:18907385/1‑35 (MQ=255) gCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCCAAAAAGt < 1:19185941/35‑1 (MQ=255) gCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGt < 1:4512141/35‑1 (MQ=255) gCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGt < 1:10979570/35‑1 (MQ=255) gCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGGCAAAAAAGt > 1:1766224/1‑35 (MQ=255) ccGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTg > 1:16320136/1‑35 (MQ=255) ccGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTg > 1:14706823/1‑35 (MQ=255) ccGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTg > 1:1966358/1‑35 (MQ=255) cGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGc < 1:5554995/35‑1 (MQ=255) cGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGc < 1:6149207/35‑1 (MQ=255) ggACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCt < 1:14104284/35‑1 (MQ=255) ggACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCt > 1:8144711/1‑35 (MQ=255) gACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTg < 1:20488722/35‑1 (MQ=255) gACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTg < 1:2256054/35‑1 (MQ=255) gACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTg > 1:3853525/1‑35 (MQ=255) aCGCCGTGCCGATGGTCGGGTCCAAAAAGTGCTGt > 1:18994881/1‑35 (MQ=255) aCGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGt < 1:19406651/35‑1 (MQ=255) aCGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGt < 1:415779/35‑1 (MQ=255) aCGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGt > 1:10513442/1‑35 (MQ=255) cGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGtt < 1:11667072/35‑1 (MQ=255) gCCGTGCCGATGGTCGTGTCAAAAAAGTGCTGTTc > 1:7336328/1‑35 (MQ=255) gCCGTGCCGATGGTCGGGTCCAAAAAGTGCTGTTc > 1:15930230/1‑35 (MQ=255) gCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTc < 1:8282302/35‑1 (MQ=255) gCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTc < 1:6204079/35‑1 (MQ=255) gCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTc > 1:7200971/1‑35 (MQ=255) gCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTc > 1:15045514/1‑35 (MQ=255) ccGTGCCGATGGTCGGGTCCAAAAAGTGCTGTTcc > 1:11000851/1‑35 (MQ=255) ccGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTcc < 1:18479238/35‑1 (MQ=255) ccGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTcc > 1:8902679/1‑35 (MQ=255) ccGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTcc < 1:6974523/35‑1 (MQ=255) cGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTccc > 1:6327731/1‑35 (MQ=255) cGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTccc < 1:11874054/35‑1 (MQ=255) cGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTccc > 1:13807070/1‑35 (MQ=255) cGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTccc < 1:466756/35‑1 (MQ=255) cGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGATGTTccc < 1:14447690/35‑1 (MQ=255) gTGCCGATTGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCg > 1:9569844/1‑35 (MQ=255) gTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCg > 1:6938112/1‑35 (MQ=255) gTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCg < 1:10306844/35‑1 (MQ=255) gTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCg < 1:14185942/35‑1 (MQ=255) gTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCg > 1:17411680/1‑35 (MQ=255) gTGCCGATGGTCGAGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCg > 1:16198819/1‑35 (MQ=255) tGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGc < 1:8417140/35‑1 (MQ=255) ccGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCtt > 1:10577460/1‑35 (MQ=255) ccGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCtt > 1:10858269/1‑35 (MQ=255) cGATGGTCGGGTCCAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTg < 1:9469099/35‑1 (MQ=255) cGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTg < 1:1156601/35‑1 (MQ=255) gATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCtttc > 1:8025898/1‑33 (MQ=255) gATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGc < 1:2494697/35‑1 (MQ=255) gATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGc > 1:3281490/1‑35 (MQ=255) gATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGc < 1:8422714/35‑1 (MQ=255) gATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGc < 1:12813328/35‑1 (MQ=255) aTGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCa > 1:14643099/1‑35 (MQ=255) aTGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCa > 1:17369992/1‑35 (MQ=255) aTGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCa < 1:16060850/35‑1 (MQ=255) tGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCAc > 1:10083110/1‑35 (MQ=255) tGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCAc < 1:3531751/35‑1 (MQ=255) ggTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCAcc < 1:15036770/35‑1 (MQ=255) ggTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCAcc < 1:5871346/35‑1 (MQ=255) gTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCg > 1:8787574/1‑35 (MQ=255) gTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCg > 1:1919619/1‑35 (MQ=255) gTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCg > 1:12936319/1‑35 (MQ=255) tCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCgg > 1:13268598/1‑35 (MQ=255) cGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGa < 1:8616168/35‑1 (MQ=255) cGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGa < 1:12439372/35‑1 (MQ=255) gggTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGaa > 1:10106429/1‑35 (MQ=255) gggTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGaa > 1:7903530/1‑35 (MQ=255) gggTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGaa < 1:2313899/35‑1 (MQ=255) gggTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGaa < 1:7100922/35‑1 (MQ=255) ggTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGAAt < 1:13021453/35‑1 (MQ=255) gTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGAATa > 1:2105102/1‑35 (MQ=255) gTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGAATa > 1:13290751/1‑35 (MQ=255) tCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCTGAATAc < 1:4326502/35‑1 (MQ=255) tCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGAATAc > 1:2577156/1‑35 (MQ=255) tCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGAATAc < 1:18255790/35‑1 (MQ=255) tCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGAATAc < 1:18166256/35‑1 (MQ=255) cAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCTGAATACa > 1:4794607/1‑35 (MQ=255) cAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGAATACa > 1:15238643/1‑35 (MQ=255) cAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGAATACa > 1:15469814/1‑35 (MQ=255) cAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGAATACa < 1:5598241/35‑1 (MQ=255) aaaaaaGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGAATACAt < 1:858731/35‑1 (MQ=255) aaaaaaGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGAATACAt < 1:4291386/35‑1 (MQ=255) aaaaaaGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGAATACAt > 1:11165381/1‑35 (MQ=255) aaaaaaGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGAATACAt > 1:5180369/1‑35 (MQ=255) | CCTGTTTGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGAATACAT > REL606/3670505‑3670573 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |