New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 1689078 = | 46 (0.450) | 9 (0.120) | 4/34 | NT | 15.7% | coding (362/636 nt) | nth | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III) |
? | REL606 | = 1996353 | 64 (0.880) | coding (1494/1644 nt) | yeeO | predicted multidrug efflux system |
AGTCGGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/1689118‑1689078 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttggctgGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTTGCC < REL606/1996353‑1996320 gggCGGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGT < 1:18869160/32‑1 agaCGGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGT < 1:16628021/32‑1 AGTCGGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGT > 1:18633058/1‑35 AGTCGGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGT < 1:16687835/35‑1 AGTCGGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGT < 1:14568360/35‑1 AGTCGGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGT < 1:13133655/35‑1 GTCGGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTT > 1:15878986/1‑35 GTCGGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTT < 1:6642860/35‑1 GTCGGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTT > 1:14283285/1‑35 gCGGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTG < 1:2232291/34‑1 TCGGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTG > 1:5998234/1‑35 TCGGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTG < 1:15967272/35‑1 TCGGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTG < 1:8866710/35‑1 CGGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGG > 1:912112/1‑35 CGGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGG < 1:6577705/35‑1 CGGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGG > 1:5257461/1‑35 gcCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGC < 1:20095819/33‑1 GGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGC > 1:17900775/1‑35 GGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGC > 1:3520749/1‑35 GGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGC > 1:932395/1‑35 GCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCT < 1:18577361/35‑1 GCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCT < 1:11026325/35‑1 CCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTG > 1:7713431/1‑35 CCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTG < 1:11539466/35‑1 CCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTG < 1:4082793/35‑1 CCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTG > 1:3056948/1‑35 CAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTGG > 1:1855035/1‑35 AGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTGGG > 1:5260723/1‑35 AGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTGGG > 1:2162256/1‑35 AGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTGGG > 1:9830077/1‑35 AGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTGGG > 1:5125971/1‑35 CCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTGGtgg > 1:15263/1‑32 CCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTGGGGT > 1:7514103/1‑35 CCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTGGGGT > 1:908720/1‑35 CGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTGGGGgg > 1:11352624/1‑33 CGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTGGGGgg > 1:3098112/1‑33 GAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTGGGGTGT > 1:19492857/1‑35 AATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTGGGGTTTG > 1:19101150/1‑35 AATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTGGGGTTTG > 1:567148/1‑35 AATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTGGGGTGgg > 1:18851200/1‑33 AATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTGGGGTGTG > 1:5513210/1‑35 ATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTGGGGTTTGt > 1:9950794/1‑34 ATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTGGGGTGTGG > 1:10131294/1‑35 TGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTGGGGTGTGGg > 1:14410103/1‑34 TGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTGGGGTGTGGT > 1:11073685/1‑35 TGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTGGGGGGTGGT > 1:8744493/1‑35 TTGGCTGGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATG < 1:8383997/35‑1 TGGCTGGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGT < 1:11768/35‑1 TGGCTGGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGT < 1:11845146/35‑1 TGGCTGGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGT < 1:829864/35‑1 tCTGGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTT < 1:5572514/34‑1 GCTGGTGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTT > 1:6583087/1‑35 GCTGGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGTAATGTTT > 1:4085891/1‑35 GCTGGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTT < 1:13219822/35‑1 GCTGGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTT < 1:8722101/35‑1 CTGGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTcg > 1:7788969/1‑33 CTGGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTTG < 1:10893077/35‑1 CTGGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTTG < 1:869049/35‑1 CTGGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTTG < 1:14052991/35‑1 CTGGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTTG < 1:6321948/35‑1 CTGGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTTG < 1:4352364/35‑1 CTGGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTTG < 1:4542821/35‑1 TGGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTTGC < 1:8004770/35‑1 TGGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTTGC < 1:8007759/35‑1 TGGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTTGC < 1:15811488/35‑1 TGGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTTGC > 1:16674108/1‑35 TGGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTTGC > 1:3255841/1‑35 GGGGTGTTGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTTGCC > 1:14999758/1‑35 GGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTTGCC < 1:13477524/35‑1 GGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTTGCC > 1:7131349/1‑35 GGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTTGCC < 1:17682290/35‑1 AGTCGGCCAGCCGAATGCAGTGTTTAATACGACGTTGGCTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/1689118‑1689078 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttggctgGGGTGTGGTTGGTGTCTGGATGGGAATGTTTGCC < REL606/1996353‑1996320 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |