New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 197679 =131 (1.270)16 (0.200) 5/38 NT 15.6% intergenic (+120/‑66) ispC/uppS 1‑deoxy‑D‑xylulose 5‑phosphate reductoisomerase/undecaprenyl pyrophosphate synthase
?REL606 2304413 = 69 (0.850)coding (802/903 nt) yfaD hypothetical protein

Only 100 of 159 total aligned reads displayed.

AATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTT  >  REL606/2304379‑2304447
                                  |                                  
aaTTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCa                                    <  1:14539720/35‑1 (MQ=255)
aaTTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCa                                    <  1:513109/35‑1 (MQ=255)
aaTTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCa                                    <  1:7519534/35‑1 (MQ=255)
aaTTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCa                                    <  1:6659745/35‑1 (MQ=255)
aaTTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCa                                    <  1:13163491/35‑1 (MQ=255)
aaTTGGCTGGCAGGAAGGGATGCATGAACAAGCCa                                    >  1:1223845/1‑35 (MQ=255)
  ttGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCCtt                                  >  1:10327580/1‑35 (MQ=255)
  ttGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCAtt                                  >  1:9106917/1‑35 (MQ=255)
      ctggcAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTaaaa                              >  1:3918681/1‑35 (MQ=255)
       tggcAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAAt                             >  1:18802671/1‑35 (MQ=255)
       tggcAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAAt                             >  1:14196893/1‑35 (MQ=255)
         gcAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTg                           >  1:11227005/1‑35 (MQ=255)
          cAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGc                          >  1:4668274/1‑35 (MQ=255)
          cAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGc                          >  1:5517019/1‑35 (MQ=255)
          cAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGc                          >  1:11268833/1‑35 (MQ=255)
          cAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGc                          >  1:2557180/1‑35 (MQ=255)
           aGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCt                         >  1:20418632/1‑35 (MQ=255)
           aGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCt                         >  1:1038005/1‑35 (MQ=255)
            ggAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCtt                        >  1:15602866/1‑35 (MQ=255)
            ggAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCtt                        >  1:3187897/1‑35 (MQ=255)
            ggAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCtt                        >  1:16853011/1‑35 (MQ=255)
            ggAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCtt                        >  1:20252771/1‑35 (MQ=255)
             ggaGGAATGCAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCttt                       <  1:14238429/33‑1 (MQ=16)
             gAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCttt                       >  1:6147755/1‑35 (MQ=255)
             gAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCttt                       >  1:5680008/1‑35 (MQ=255)
             gAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCttt                       >  1:17413345/1‑35 (MQ=255)
             gAAGGTATGCAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCttt                       <  1:18236522/35‑1 (MQ=25)
             aaaGGTATGAATAAAAAAGCCATTAAAATTGCttt                       <  1:2361139/34‑1 (MQ=25)
              aaGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTg                      >  1:19102597/1‑35 (MQ=255)
              aaGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTg                      >  1:8792459/1‑35 (MQ=255)
              aaGGTATGCATGAACAAGCAATTAAAATTGCTTTg                      <  1:10133456/35‑1 (MQ=255)
               aGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTgc                     >  1:7334967/1‑35 (MQ=255)
               aGGTATGCAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTgc                     <  1:2244109/35‑1 (MQ=25)
               aGGTATGAATAAAAAAGCCATTAAAATTGATTTgc                     <  1:13968059/35‑1 (MQ=12)
               aGGTATGAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTgc                     <  1:138425/35‑1 (MQ=16)
                ggTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTgcg                    >  1:20382494/1‑35 (MQ=255)
                ggTATGCATAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTgcg                    <  1:13537547/35‑1 (MQ=37)
                ggTATGCATAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTgcg                    <  1:10234218/35‑1 (MQ=37)
                ggTATGCAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTgcg                    <  1:8929222/35‑1 (MQ=25)
                ggTATCCATGAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTgcg                    <  1:13725192/35‑1 (MQ=37)
                 gTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTgcgc                   >  1:422190/1‑35 (MQ=255)
                 gTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTgcgc                   >  1:20330907/1‑35 (MQ=255)
                  tatgcaaaaaaaagccATTAAAATTGCTTTGCGCa                  <  1:9571695‑M2/19‑1 (MQ=255)
                  tATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCa                  >  1:17723758/1‑35 (MQ=255)
                  tATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCa                  >  1:17256336/1‑35 (MQ=255)
                  tATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCa                  >  1:12806849/1‑35 (MQ=255)
                  tATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCa                  >  1:13954643/1‑35 (MQ=255)
                  tATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCa                  >  1:4693132/1‑35 (MQ=255)
                   atgcaaaaaaaagccATTAAAATTGCTTTGCGCAt                 <  1:1939286‑M2/20‑1 (MQ=255)
                    tacaaaaaaaagccATTAAAATTGCTTTGCGCATg                <  1:56390‑M2/21‑1 (MQ=255)
                    tGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATg                >  1:8201418/1‑35 (MQ=255)
                     gCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGc               >  1:5801570/1‑35 (MQ=255)
                     gCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGc               >  1:7850315/1‑35 (MQ=255)
                     acaaaaaaaagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGc               <  1:3325174‑M2/22‑1 (MQ=255)
                      caagaaaaagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCt              <  1:1576256‑M2/23‑1 (MQ=255)
                      cATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCt              >  1:13816685/1‑35 (MQ=255)
                      cATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCt              >  1:17908813/1‑35 (MQ=255)
                      cATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCt              >  1:15124075/1‑35 (MQ=255)
                      cATGAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCt              <  1:15252071/35‑1 (MQ=255)
                      aaaaaaaaagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCt              <  1:7131981‑M2/23‑1 (MQ=255)
                       ataaaaaagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTg             <  1:19068129‑M2/24‑1 (MQ=255)
                       aaaaaaaagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTg             <  1:881478‑M2/24‑1 (MQ=255)
                       aaaaaaaagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTg             <  1:14318262‑M2/24‑1 (MQ=255)
                       aTGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTg             >  1:2953246/1‑35 (MQ=255)
                       aTGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTg             >  1:7766021/1‑35 (MQ=255)
                        tGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTgg            >  1:16306226/1‑35 (MQ=255)
                         gAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGa           >  1:13017503/1‑35 (MQ=255)
                         aaaaaagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGa           <  1:15249443‑M2/26‑1 (MQ=255)
                          aaaaagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGaa          <  1:10446970‑M2/27‑1 (MQ=255)
                          aaCAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGaa          >  1:12638344/1‑35 (MQ=255)
                           aCAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAAc         >  1:9332647/1‑35 (MQ=255)
                           aCAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAAc         >  1:10106669/1‑35 (MQ=255)
                           aCAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAAc         >  1:18696902/1‑35 (MQ=255)
                            aaagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACa        <  1:14531123‑M2/29‑1 (MQ=255)
                            aaagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACa        <  1:5125465‑M2/29‑1 (MQ=255)
                            aaagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACa        <  1:17197062‑M2/29‑1 (MQ=255)
                             aagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAg       <  1:10651958‑M2/30‑1 (MQ=255)
                             aagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAg       >  1:11349645‑M2/6‑35 (MQ=255)
                             aagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAg       >  1:4587283‑M2/6‑35 (MQ=255)
                             aagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAg       <  1:5698664‑M2/30‑1 (MQ=255)
                              agccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAgg      >  1:5605454‑M2/5‑35 (MQ=255)
                              agccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAgg      >  1:8286060‑M2/5‑35 (MQ=255)
                               gccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAggg     <  1:6812338‑M2/32‑1 (MQ=255)
                               gccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAggg     <  1:6987158‑M2/32‑1 (MQ=255)
                               gccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAggg     >  1:8682091‑M2/4‑35 (MQ=255)
                                ccATTAAAATTTCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGc    >  1:17361915‑M2/3‑35 (MQ=255)
                                ccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGc    <  1:9426481‑M2/33‑1 (MQ=255)
                                ccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGc    >  1:8436387‑M2/3‑35 (MQ=255)
                                ccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGc    >  1:11605526‑M2/3‑35 (MQ=255)
                                ccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGc    >  1:6700650‑M2/3‑35 (MQ=255)
                                 cATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCt   <  1:16235733‑M2/34‑1 (MQ=255)
                                 cATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCt   <  1:15742561‑M2/34‑1 (MQ=255)
                                 cATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCt   >  1:6529238‑M2/2‑35 (MQ=255)
                                 cATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCt   <  1:7515625‑M2/34‑1 (MQ=255)
                                 cATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCt   >  1:11291901‑M2/2‑35 (MQ=255)
                                 cATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCt   >  1:15056724‑M2/2‑35 (MQ=255)
                                  aTTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCtt  >  1:2124597/1‑35 (MQ=255)
                                  aTTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCtt  >  1:14888870/1‑35 (MQ=255)
                                  aTTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCtt  >  1:20062705/1‑35 (MQ=255)
                                  aTTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCtt  >  1:6944710/1‑35 (MQ=255)
                                  |                                  
AATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTT  >  REL606/2304379‑2304447

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.