New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 2713428 =47 (0.520)102 (1.130) 38/42 NT 68.5% noncoding (77/93 nt) serV tRNA‑Ser
?REL606 = 2774196 NA (NA)noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region

Only 100 of 277 total aligned reads displayed.

CTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACT  >  REL606/2713394‑2713462
                                  |                                  
cagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                    >  1:17762371‑M1/35‑35 (MQ=255)
cagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                    >  1:2396361‑M1/35‑35 (MQ=255)
cagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                    <  1:14125441‑M1/1‑1 (MQ=255)
cagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                    <  1:4296014‑M1/1‑1 (MQ=255)
cagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                    <  1:5181618‑M1/1‑1 (MQ=255)
cagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                    <  1:12890628‑M1/1‑1 (MQ=255)
 agatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAt                                   >  1:15370140‑M1/34‑35 (MQ=255)
 agatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAt                                   >  1:12636141‑M1/34‑35 (MQ=255)
 agatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAt                                   >  1:1229606‑M1/34‑35 (MQ=255)
 agatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAt                                   >  1:10064520‑M1/34‑35 (MQ=255)
 agatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAt                                   >  1:8641613‑M1/34‑35 (MQ=255)
  gatggttcaacccttaagttagcgcttatgggata                                  <  1:12661127‑M1/3‑2 (MQ=255)
  gatggttcaacccttaagttagcgcttatgggata                                  <  1:10882781‑M1/3‑2 (MQ=255)
  gatggttcaacccttaagttagcgcttatgggact                                  <  1:8413688‑M1/3‑3 (MQ=255)
  gatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAtt                                  >  1:2677274‑M1/33‑35 (MQ=255)
  gatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAtt                                  <  1:8741455‑M1/3‑1 (MQ=255)
  gatggttcaacacttaagttagcgcttatgggata                                  >  1:13499331‑M1/33‑34 (MQ=255)
  gAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGAtt                                  <  1:16107801/35‑1 (MQ=255)
  gAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGAtt                                  <  1:4762105/35‑1 (MQ=255)
   atggttcaacccttaagttagcgcttatgggataa                                 >  1:14612230‑M1/32‑33 (MQ=255)
   atggttcaacccttaagttagcgcttatgggataa                                 <  1:11885912‑M1/4‑3 (MQ=255)
    tggttcaacccttaagttagcgcttatgggATTCg                                >  1:7769399‑M1/31‑35 (MQ=255)
    tggttcaacccttaagttagcgcttatgggATTCg                                >  1:2031193‑M1/31‑35 (MQ=255)
    tggttcaacccttaagttagcgcttatgggATTCg                                >  1:2137299‑M1/31‑35 (MQ=255)
    tggttcaacccttaagttagcgcttatgggATTCg                                <  1:2279757‑M1/5‑1 (MQ=255)
    gCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCg                                <  1:5508390/35‑1 (MQ=255)
      tACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGaa                              <  1:2933168/35‑1 (MQ=255)
      gttcaacccttaagttagcgcttatgggATTCGaa                              <  1:18204359‑M1/7‑1 (MQ=255)
       ttcaacccttaagttagcgcttatgggATTCGAAc                             <  1:15251429‑M1/8‑1 (MQ=255)
       ttcaacccttaagttagcgcttatgggATTCGAAc                             <  1:6764533‑M1/8‑1 (MQ=255)
        tcaacccttaagttagcgcttatgggATTCGAAcc                            <  1:6394343‑M1/9‑1 (MQ=255)
        tcaacccttaagttagcgcttatgggATTCGAAcc                            <  1:348381‑M1/9‑1 (MQ=255)
         caacccttaagttagcgcttatgggATTCGAAccc                           <  1:14851800‑M1/10‑1 (MQ=255)
         caacccttaagttagcgcttatgggATTCGAAccc                           >  1:13688247‑M1/26‑35 (MQ=255)
          gATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAAcccc                          <  1:4126828/35‑1 (MQ=255)
          gATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAAcccc                          <  1:20056796/35‑1 (MQ=255)
          gATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAAcccc                          <  1:17333260/35‑1 (MQ=255)
          gATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAAcccc                          <  1:13282999/35‑1 (MQ=255)
           acccttaagttagcgcttatgggATTCGAACCCCg                         >  1:7630490‑M1/24‑35 (MQ=255)
           aTGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCg                         <  1:6190136/35‑1 (MQ=255)
           aTGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCg                         <  1:9561569/35‑1 (MQ=255)
            tGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCgg                        <  1:19917580/35‑1 (MQ=255)
            tGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCgg                        <  1:18789015/35‑1 (MQ=255)
            cccttaagttagcgcttatgggATTCGAACCCCgg                        >  1:19632007‑M1/23‑35 (MQ=255)
            cccttaagttagcgcttatgggATTCGAACCCCgg                        <  1:17217299‑M1/13‑1 (MQ=255)
             ccttaagttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGa                       <  1:1623380‑M1/14‑1 (MQ=255)
              cttaagttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGAt                      >  1:11606482‑M1/21‑35 (MQ=255)
               ttaagttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATg                     >  1:2872241‑M1/20‑35 (MQ=255)
               ttaagttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATg                     <  1:4551184‑M1/16‑1 (MQ=255)
               aaaTGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATg                     <  1:12005105/35‑1 (MQ=255)
                aaTGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGc                    <  1:5786543/35‑1 (MQ=255)
                 aagttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCa                   >  1:1015450‑M1/18‑35 (MQ=255)
                 aagttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCa                   <  1:20218226‑M1/18‑1 (MQ=255)
                  agttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAg                  >  1:4240103‑M1/17‑35 (MQ=255)
                  agttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAg                  <  1:10756261‑M1/19‑1 (MQ=255)
                  agttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAg                  >  1:18920093‑M1/17‑35 (MQ=255)
                  agttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAg                  <  1:18713762‑M1/19‑1 (MQ=255)
                   gttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGc                 <  1:19325740‑M1/20‑1 (MQ=255)
                   gttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGc                 >  1:10376435‑M1/16‑35 (MQ=255)
                    ttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCt                >  1:1357112‑M1/15‑35 (MQ=255)
                     tagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCtt               >  1:8828565‑M1/14‑35 (MQ=255)
                     tagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCtt               <  1:5813733‑M1/22‑1 (MQ=255)
                     tagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCtt               >  1:5848019‑M1/14‑35 (MQ=255)
                      ggTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCttt              <  1:13013657/35‑1 (MQ=255)
                      agcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCttt              <  1:3397686‑M1/23‑1 (MQ=255)
                       gcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCtttt             >  1:19817350‑M1/12‑35 (MQ=255)
                       gcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCtttt             <  1:2975589‑M1/24‑1 (MQ=255)
                       gTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCtttt             <  1:7169819/35‑1 (MQ=255)
                        ngcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTg            >  1:16983681‑M1/11‑35 (MQ=255)
                        cgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTg            <  1:16369600‑M1/25‑1 (MQ=255)
                        cgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTg            >  1:44734‑M1/11‑35 (MQ=255)
                         gAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCttttta           >  1:14518385/1‑33 (MQ=255)
                         gAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGa           <  1:1170969/35‑1 (MQ=255)
                         gAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGa           <  1:13194202/35‑1 (MQ=255)
                         gAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGa           <  1:10639785/35‑1 (MQ=255)
                          cttatgggATTCTAACCCCGGATGCAGCTTTTGAc          <  1:9184‑M1/27‑1 (MQ=255)
                          aGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGAc          >  1:3870321/1‑35 (MQ=255)
                          aGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGAc          >  1:6448535/1‑35 (MQ=255)
                          aGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGAc          >  1:4775412/1‑35 (MQ=255)
                           ttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGAcc         >  1:20202594‑M1/8‑35 (MQ=255)
                           ttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGAcc         >  1:16513931‑M1/8‑35 (MQ=255)
                           ggCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGAcc         <  1:3564874/35‑1 (MQ=255)
                            gCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCg        <  1:16736952/35‑1 (MQ=255)
                             cGGGGATTCGAACCCAGGATGCAGCTTTTGACCGc       <  1:18602777/35‑1 (MQ=255)
                              tgggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCa      >  1:13102665‑M1/5‑35 (MQ=255)
                              tgggATTCGAACACCGGATGCAGCTTTTGACCGCa      >  1:17085977‑M1/5‑35 (MQ=255)
                              ggggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCa      >  1:18137845/1‑35 (MQ=255)
                               gggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCAt     <  1:15774423‑M1/32‑1 (MQ=255)
                               gggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCAt     >  1:8132150‑M1/4‑35 (MQ=255)
                               gggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCAt     >  1:10534370‑M1/4‑35 (MQ=255)
                                ggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATa    <  1:11198455‑M1/33‑1 (MQ=255)
                                ggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATa    >  1:17596856‑M1/3‑35 (MQ=255)
                                 gATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCAta  <  1:18077428‑M1/34‑2 (MQ=255)
                                 gATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATAc   <  1:20479415‑M1/34‑1 (MQ=255)
                                 gATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATAc   >  1:6020900‑M1/2‑35 (MQ=255)
                                 gATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATAc   <  1:19062013‑M1/34‑1 (MQ=255)
                                 gATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATAc   <  1:18462364‑M1/34‑1 (MQ=255)
                                  aTTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACt  <  1:6647240/35‑1 (MQ=255)
                                  aTTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACt  <  1:14787162/35‑1 (MQ=255)
                                  aTTCGAACCCCGGATGCAGCTCTTGACCGCATACt  >  1:2127420/1‑35 (MQ=255)
                                  |                                  
CTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACT  >  REL606/2713394‑2713462

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.