New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 3757525 | 76 (0.740) | 22 (0.260) | 8/40 | NT | 23.1% | coding (295/618 nt) | yicG | conserved inner membrane protein |
? | REL606 | 4085859 = | 83 (0.970) | intergenic (+57/‑92) | cpxP/fieF | periplasmic protein combats stress/ferrous iron efflux protein F |
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
AGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCGGGGCACAGGTTGCACTGGA > REL606/3757491‑3757559 | gtgtTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTggtggt < 1:6435428/35‑1 (MQ=255) gtgtTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTggtggt < 1:12797740/35‑1 (MQ=255) gtgtTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGg > 1:2173867‑M1/1‑34 (MQ=255) gtgtTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGg > 1:12684223‑M1/1‑34 (MQ=255) tgtTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGgc > 1:6619601‑M1/1‑33 (MQ=255) gtTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGggg > 1:19780776‑M1/1‑32 (MQ=255) gtTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGggg > 1:19229599‑M1/1‑32 (MQ=255) gtTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGggg > 1:15223736‑M1/1‑32 (MQ=255) gtTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGggc > 1:8646016‑M1/1‑32 (MQ=255) gtTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCt < 1:5413040/35‑1 (MQ=255) tttCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCtt < 1:6553384/35‑1 (MQ=255) ttCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGggttt > 1:3431137‑M1/1‑30 (MQ=255) ttCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGggttt > 1:13334604‑M1/1‑30 (MQ=255) ttCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCttt < 1:3951018/35‑1 (MQ=255) ttCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCttt < 1:18544515/35‑1 (MQ=255) ttCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCttt < 1:17792630/35‑1 (MQ=255) tCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGggtttt > 1:3090906‑M1/1‑29 (MQ=255) tCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCtttt < 1:7349409/35‑1 (MQ=255) tCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCtttt < 1:8915949/35‑1 (MQ=255) cTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGggttttt > 1:8445497‑M1/1‑28 (MQ=255) cTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGggttttt > 1:6922889‑M1/1‑28 (MQ=255) cTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTTc < 1:4387750/35‑1 (MQ=255) tGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTTCt < 1:1445144/35‑1 (MQ=255) tGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTTCt < 1:3278787/35‑1 (MQ=255) tGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTTCt < 1:8188876/35‑1 (MQ=255) tGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTTCt < 1:13517007/35‑1 (MQ=255) ggTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGggttttttt > 1:6823485‑M1/1‑26 (MQ=255) ggTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGgggtttttt > 1:6387867‑M1/1‑26 (MQ=255) ggTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTTCTa < 1:2946590/35‑1 (MQ=255) ggTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTTCTa < 1:14134066/35‑1 (MQ=255) ggTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTTCTa < 1:18737971/35‑1 (MQ=255) ggTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGCttttttt > 1:12272214/1‑32 (MQ=37) gTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGggtttttttt > 1:18116701‑M1/1‑25 (MQ=255) gTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGggtttttttt > 1:1800824‑M1/1‑25 (MQ=255) gTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGgggttttttt > 1:17159742‑M1/1‑25 (MQ=255) gTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGGGTTTTCttt > 1:14153524/1‑33 (MQ=25) tGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGggttttttttt > 1:9005826‑M1/1‑24 (MQ=255) tGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGgggttcttttc > 1:8402984‑M1/1‑24 (MQ=255) tGCTCGATGCGCTCGGACTAGTGGTCTTTTCTatc > 1:6273353/1‑35 (MQ=255) gCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGgggtttttttta > 1:6133784‑M1/1‑23 (MQ=255) cTCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTTCTatcat < 1:10440426/35‑1 (MQ=255) cTCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTTCTatcat < 1:15558220/35‑1 (MQ=255) cTCGATGCGCTCGGACTGGCGGTCTTTTCTatcat < 1:7828139/35‑1 (MQ=255) tCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTTCTatcatc < 1:15660443/35‑1 (MQ=255) tCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTTCTatcatc < 1:19074333/35‑1 (MQ=255) tCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTCCTatcatc < 1:15448232/35‑1 (MQ=255) cGATGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCg < 1:17919761/35‑1 (MQ=255) cGATGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCg < 1:1431635/35‑1 (MQ=255) cGATGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCg < 1:18484845/35‑1 (MQ=255) cGATGCGCTCGGACTGGTGGGGTTTTTTTTCTTCg > 1:11190394/1‑35 (MQ=12) cGATGCGCTAGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCg < 1:10086311/35‑1 (MQ=255) aTGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCggg < 1:19948691/35‑1 (MQ=255) aTGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCggg < 1:14849414/35‑1 (MQ=255) aTGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCggg < 1:4007203/35‑1 (MQ=255) gcgcTCGGACTGGTTGGCTTTTTTTTCATCcgggg > 1:13421782/1‑34 (MQ=9) gcgcTCGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCGGGGc < 1:5290019/35‑1 (MQ=255) gcTCGGACTTGTGGTCTTTTCTATCATCTGGGcac > 1:9216370/1‑35 (MQ=37) gcTCGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCGGGGcac < 1:11498360/35‑1 (MQ=255) gcTCGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCGGGGcac < 1:15611417/35‑1 (MQ=255) gcTCGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCGGGGcac < 1:3457700/35‑1 (MQ=255) cTCGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCGGGGcaca < 1:3240766/35‑1 (MQ=255) cTCGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCGGGGcaca < 1:16952938/35‑1 (MQ=255) tCGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCGGGGCACAg < 1:2054893/35‑1 (MQ=255) tCGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCGGGGCACAg < 1:14899021/35‑1 (MQ=255) tCGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCGGGGCACAg < 1:2719350/35‑1 (MQ=255) tCGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCGGGGCACAg < 1:16295484/35‑1 (MQ=255) tCGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCGGGGCACAg < 1:11742284/35‑1 (MQ=255) cGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCGGGGCACAgg < 1:18185183/35‑1 (MQ=255) cGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCGGGGCACAgg < 1:13804209/35‑1 (MQ=255) gACTGGTGGTCTTTTCTATCATCGGGGCACAGGtt < 1:10065034/35‑1 (MQ=255) aCTGGTGGTCTTTTCTATCATCGGGGCACAGGTTg < 1:10502176/35‑1 (MQ=255) cTGGTGGTCTTTTCTATCATCGGGGCACAGGTTGc < 1:13755229/35‑1 (MQ=255) cTGGTGGTCTTTTCTATCATCGGGGCACAGGTTGc > 1:15431631/1‑35 (MQ=255) tggtggTCTTTTCTATCATCGGGGCACAGGTTGCa < 1:5651773/35‑1 (MQ=255) tggtggTCTTTTCTATCATCGGGGCACAGGTTGCa < 1:16744271/35‑1 (MQ=255) ggtggtCTTTTCTATCATCGGGGCACAGGTTGCAc > 1:1398321/1‑35 (MQ=255) ggtggtCTTTTCTATCATCGGGGCACAGGTTGCAc < 1:6264299/35‑1 (MQ=255) gtggtCTTTTCTATCATCGGGGCACAGGTTGCACt > 1:15794770/1‑35 (MQ=255) gtggtCTTTTCTATCATCGGGGCACAGGTTGCACt < 1:16879343/35‑1 (MQ=255) gtgggggttttttttatcctcaatttgcctgctgc < 1:9424556‑M1/35‑32 (MQ=255) gtgggggttttttttatcctcaatttgcctgctgc < 1:19635111‑M1/35‑32 (MQ=255) gtgggggttttttttatcatcaatttgcctgctgc < 1:16248233‑M1/35‑32 (MQ=255) tggtCTTTTCTATCATCGGGGCACAGGTTGCACTg > 1:3760356/1‑35 (MQ=255) tggtCTTTTCTATCATCGGGGCACAGGTTGCACTg > 1:11010401/1‑35 (MQ=255) tggtCTTTTCTATCATCGGGGCACAGGTTGCACTg > 1:13133234/1‑35 (MQ=255) tggtCTTTTCTATCATCGGGGCACAGGTTACACTg < 1:1724824/35‑1 (MQ=255) tgggggttttttttatcctcaatttgcctgctgct < 1:19123130‑M1/35‑33 (MQ=255) tgggggtttttttatcctcaatttgcctgctgctt > 1:9257967‑M1/2‑2 (MQ=255) ggtCTTTTCTATGATCGGGGCACAGGTTGCACTgg < 1:10867743/35‑1 (MQ=255) ggtCTTTTCTATCATCGGGGCACAGGTTGCACTgg > 1:16425451/1‑35 (MQ=255) ggtCTTTTCTATCATCGGGGCACAGGTTGCACTgg < 1:9125482/35‑1 (MQ=255) gggggttttttttatcctcaatttgcctgctgctt < 1:3024545‑M1/35‑34 (MQ=255) gggggttttttttatcctcaatttgcctgctgctt < 1:15286746‑M1/35‑34 (MQ=255) gggggttttttttatcctcaatttgcctgctgctt < 1:7220217‑M1/35‑34 (MQ=255) gggggttttttttatcctcaatttgcctgctgctt > 1:6978210‑M1/1‑2 (MQ=255) gggggttttttttatcctcaatttgcctgctgctt > 1:6361683‑M1/1‑2 (MQ=255) gtCTTTTCTATCATCGGGGCACAGGTTGCACTGGa > 1:11670601/1‑35 (MQ=255) gtCTTTTCTATCATCGGGGCACAGGTTGCACTGGa > 1:4691289/1‑35 (MQ=255) ggggttttttttatcctcaatttgcctgctgctta < 1:3646561‑M1/35‑35 (MQ=255) ggggttttttttatcctcaatttgcctgctgctta > 1:17466268‑M1/1‑1 (MQ=255) | AGTGTTTCTGGTGCTCGATGCGCTCGGACTGGTGGTCTTTTCTATCATCGGGGCACAGGTTGCACTGGA > REL606/3757491‑3757559 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |