New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 288132343 (0.420)10 (0.130) 4/36 NT 12.7% coding (855/1230 nt) yqeG predicted transporter
?REL606 3882315 = 105 (1.360)coding (103/816 nt) atpB F0F1 ATP synthase subunit A

ATCGGCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  REL606/2881284‑2881323
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggctgGGGGGTTTTGTGG  >  REL606/3882315‑3882327
                                                     
ATCGGCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCAT                    <  1:20528264/35‑1
ATCGGCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCAT                    <  1:7080317/35‑1
ATCGGCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCAT                    <  1:8083916/35‑1
 cCGGCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATG                   <  1:14560515/34‑1
 TCGGCGCTTTCTTTGCTGCCGAACGCCCCAGCATG                   <  1:11712440/35‑1
  CGGCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGG                  >  1:9118269/1‑35
  CGGCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGG                  <  1:20126825/35‑1
  CGGCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGG                  >  1:6510282/1‑35
  CGGCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGG                  <  1:8199643/35‑1
   GGCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATTGC                 >  1:5773840/1‑35
   GGCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGC                 >  1:5548292/1‑35
   GGCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGC                 <  1:14698435/35‑1
   GGCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGC                 <  1:9589305/35‑1
   GGCGCTTTCTATGCTGCAGAACGCCCCAGCATGGC                 <  1:14544215/35‑1
    GCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCT                >  1:5422880/1‑35
    GCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCT                <  1:459936/35‑1
    GCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCT                <  1:4431815/35‑1
    GCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCT                >  1:10295869/1‑35
    GCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCT                <  1:20093869/35‑1
    GCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCT                <  1:1303439/35‑1
    GCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCT                >  1:18666267/1‑35
    GCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCT                <  1:8784246/35‑1
    GCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCT                <  1:16446087/35‑1
     CGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTG               <  1:13485244/35‑1
     CGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTG               <  1:8176615/35‑1
     CGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTG               >  1:16622793/1‑35
     CGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTG               >  1:15975265/1‑35
     CGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTG               <  1:8473964/35‑1
     CGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTG               <  1:15324657/35‑1
      GCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTGG              >  1:13255920/1‑35
      GCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTGG              >  1:19842002/1‑35
      GCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTGG              >  1:11502783/1‑35
      GCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTGG              >  1:11460935/1‑35
      GCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTGG              >  1:4999300/1‑35
       CTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTGGG             >  1:19209049/1‑35
        TTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTGGGG            >  1:3615120/1‑35
           CTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTGGGGGGT         >  1:1728966/1‑35
           CTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTGGGGGGT         >  1:13872137/1‑35
            TATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTGGGGGTTT        >  1:18111616/1‑35
            TATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTGGGGGTTT        >  1:10238695/1‑35
             ATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTGGGGGTTTT       >  1:11357587/1‑35
             ATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTGGGGGGTTT       >  1:7373631/1‑35
             ATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTGGGGGGGTT       >  1:18690715/1‑35
              TGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTGGGGGGTTTc      >  1:15954982/1‑34
               GCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTGGGGGGTTTcc     >  1:19061584/1‑33
                  GCCGAACGCCCCAGCATGGCTGGGGGGTTTTGGGG  >  1:6219193/1‑35
                                                     
ATCGGCGCTTTCTATGCTGCCGAACGCCCCAGCATGGCTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  REL606/2881284‑2881323
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggctgGGGGGTTTTGTGG  >  REL606/3882315‑3882327

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.