New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 2532852 = | 62 (0.600) | 3 (0.040) | 3/40 | NT | 4.7% | coding (127/2007 nt) | hyfR | DNA‑binding transcriptional activator, formate sensing |
? | REL606 | 4530131 = | 69 (0.810) | coding (410/903 nt) | fimH | minor component of type 1 fimbriae |
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TAAGGCGTCTTTATTACGCGCCTTCATCCCGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGAACT > REL606/2532818‑2532886 | tAAGGCGTCTTTATTACGCGCCTTCATCCCGCTgc < 1:10265969/35‑1 (MQ=255) tAAGGCGTCTTTATTACGCGCCTTCATCCCGCTgc > 1:8573075/1‑35 (MQ=255) tAAGGCGTCTTTATTACGCGCCTTCATCCCGCTgc > 1:15960191/1‑35 (MQ=255) tAAGGCGTCTTTATTACGCGCCTTCATCCCGCTgc < 1:2244122/35‑1 (MQ=255) tAAGGCGTCTTTATTACGCGCCTTCATCACGCTgc < 1:13892060/35‑1 (MQ=255) gcaattaatgagccagctttaatcgcccccccgcc > 1:5574841‑M1/35‑35 (MQ=255) gcaattaatgagccagctttaatcgcccccccgcc > 1:9214707‑M1/35‑35 (MQ=255) gcaattaatgagccagctttaatcgcccccccgcc < 1:20233775‑M1/1‑1 (MQ=255) gcaattaatgagccagctttaatcgcccccccgcc < 1:6451277‑M1/1‑1 (MQ=255) caattaatgagccagctttaatcgcccccccgccc < 1:3200481‑M1/2‑1 (MQ=255) caattaatgagccagctttaatcgcccccccgccc < 1:5178215‑M1/2‑1 (MQ=255) caattaatgagccagctttaatcgcccccccgccc > 1:20171663‑M1/34‑35 (MQ=255) aaGGCGTCTTTATTACGCGCCTTCATCCCGCTgcc < 1:12451879/35‑1 (MQ=255) aaGGCGTCTTTATTACGCGCCTTCATCCCGCTgcc > 1:8057049/1‑35 (MQ=255) aaGGCGTCTTTATTACGCGCCTTCATCCCGCTgcc < 1:14215132/35‑1 (MQ=255) aaGGCGTCTTTATTACGCGCCTTCATCCCGCTgcc > 1:16956533/1‑35 (MQ=255) aattaatgagccagctttaatcgcccccccgcccg > 1:3534207‑M1/33‑35 (MQ=255) aattaatgagccagctttaatcgcccccccgcccg > 1:6782857‑M1/33‑35 (MQ=255) aattaatgagccagctttaatcgcccccccgcccg < 1:16560927‑M1/3‑1 (MQ=255) aattaatgagccagctttaatcgcccccccgcccg < 1:9061370‑M1/3‑1 (MQ=255) aattaatgagccagctttaatcgcccccccgcccg < 1:18886377‑M1/3‑1 (MQ=255) aGGCGTCTTTATTACGCGCCTTCATCCCGCTgccg > 1:19724706/1‑35 (MQ=255) aGGCGTCTTTATTACGCGCCTTCATCCCGCTgccg > 1:9530870/1‑35 (MQ=255) ggCGTCTTTATTACGCGCCTTCATCCCGCTgccgc > 1:12023423/1‑35 (MQ=255) gCGTCTTTATTACGCGCCTTCATCCCGCTgccgcc > 1:3934010/1‑35 (MQ=255) gCGTCTTTATTACGCGCCTTCATCCCGCTgccgcc < 1:17097528/35‑1 (MQ=255) cGTCTTTATTACGCGCCTTCATCCCGCTgccgccg > 1:18569932/1‑35 (MQ=255) cGTCTTTATTACGCGCCTTCATCCCGCTgccgccg > 1:19816839/1‑35 (MQ=255) cGTCTTTATTACGCGCCTTCATCCCGCTgccgccg > 1:16167038/1‑35 (MQ=255) cGTCTTTATTACGCGCCTTCATCCCGCTgccgccg > 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1:7105436/1‑35 (MQ=255) ttaCGCGCCTTCATCCCGCTGCCGCCGCCGTTCAg > 1:3017774/1‑35 (MQ=255) ttaCGCGCCTTCATCCCGCTGCCGCCGCCGTTCAg > 1:15723571/1‑35 (MQ=255) ttaCGCGCCTTCATCCCGCTGCCGCCGCCGCTccg > 1:1736114/1‑33 (MQ=25) aCGCGCCTTCATCCCGCTGCCGCCGCCGTTCAGcc > 1:2912359/1‑35 (MQ=255) aCGCGCCTTCATCCCGCTGCCGCCGCCGTTCAGcc > 1:8873715/1‑35 (MQ=255) aCGCGCCTTCATCCCGCTGCCGCCGCCGCTCAGcc > 1:14785661/1‑35 (MQ=255) gcgcCTTCATCCCGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCg > 1:17792731/1‑35 (MQ=255) gcgcCTTCATCCCGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCg > 1:15441736/1‑35 (MQ=255) gcgcCTTCATCCCGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCg > 1:7777633/1‑35 (MQ=255) gcCTTCATCCCGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGt > 1:14157359/1‑35 (MQ=255) ccTTCATCCCGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTa > 1:5179107/1‑35 (MQ=255) ccTTCATCCCGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTa > 1:10991584/1‑35 (MQ=255) cTTCATCCCGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTAc > 1:17243922/1‑35 (MQ=255) tcccccccccgcCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACa > 1:8961613‑M1/13‑35 (MQ=255) ccccccGCGGCGGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAAc < 1:13598374/32‑1 (MQ=25) cATCCCGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAAc > 1:4108543/1‑35 (MQ=255) cccccccgcCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACt > 1:4744017‑M1/10‑35 (MQ=255) cccccGCCCCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACt < 1:17522643/33‑1 (MQ=25) ccccGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACtt < 1:17092423/34‑1 (MQ=255) cccGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTa > 1:18616433/1‑35 (MQ=255) cccGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTa > 1:20283598/1‑35 (MQ=255) cccGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTa > 1:15559195/1‑35 (MQ=255) cccGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTa > 1:8381240/1‑35 (MQ=255) cccGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACCTa > 1:1454842/1‑35 (MQ=255) cccGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGGACAACTTa > 1:12371961/1‑35 (MQ=255) cccGCCCCCCCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTa < 1:10550893/35‑1 (MQ=25) ccccccCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTAt > 1:13811607‑M1/7‑35 (MQ=255) ccGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCTGTACAACTTAt > 1:5131537/1‑35 (MQ=255) ccGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTAt > 1:9640948/1‑35 (MQ=255) ccGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTAt > 1:15361897/1‑35 (MQ=255) ccctcCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTAtt > 1:11302816‑M1/6‑35 (MQ=255) cGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTAtt > 1:17398926/1‑35 (MQ=255) gCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTATTg > 1:2558941/1‑35 (MQ=255) ctcCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGa > 1:6671856‑M1/4‑35 (MQ=255) cccCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGa > 1:5901981‑M1/4‑35 (MQ=255) cTGCCGCCGCCGTTCAGCCTGGTACAACTTATTGa > 1:2674770/1‑35 (MQ=255) cTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTAttta > 1:3077882/1‑33 (MQ=255) cTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGa > 1:6777149/1‑35 (MQ=255) cTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGa > 1:20365126/1‑35 (MQ=255) tcCCCCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGaa > 1:4892402‑M1/3‑35 (MQ=255) tGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGaa > 1:4932134/1‑35 (MQ=255) gcCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGaa > 1:796138‑M1/3‑35 (MQ=255) cgccaccgccGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGaa < 1:8044196/34‑1 (MQ=255) ccCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGaa > 1:15367478‑M1/3‑35 (MQ=255) ccCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGaa > 1:15850381‑M1/3‑35 (MQ=255) ccCCCCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGaa > 1:7744493‑M1/3‑35 (MQ=255) gccgccgccGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGAAc > 1:8585193/1‑35 (MQ=255) gccgccgccGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGAAc > 1:17930300/1‑35 (MQ=255) CCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGAACt < 1:3043629‑M1/35‑1 (MQ=255) CCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGAACt > 1:13338423‑M1/1‑35 (MQ=255) CCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGAACt > 1:16450042‑M1/1‑35 (MQ=255) CCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGAACt < 1:18768531‑M1/35‑1 (MQ=255) CCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGAACt > 1:6114685‑M1/1‑35 (MQ=255) CCCCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGAACt > 1:1939768‑M1/1‑35 (MQ=255) | TAAGGCGTCTTTATTACGCGCCTTCATCCCGCTGCCGCCGCCGTTCAGCCCGGTACAACTTATTGAACT > REL606/2532818‑2532886 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |