New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 107214974 (0.720)4 (0.040) 3/42 NT 4.8% coding (320/2745 nt) torS hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with TorR
?REL606 3712714 = 106 (1.030)coding (451/684 nt) ECB_03459 conserved hypothetical protein

Only 100 of 158 total aligned reads displayed.

AATCTCAAACATTGGCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCAAAGAGTTTGCCCG  >  REL606/3712680‑3712748
                                  |                                  
gagatctcctgctcctgttgttcaatagcgggggg                                    >  1:15178854‑M2/35‑35 (MQ=255)
aaTCTCAAACATTGGCTTTAATGCGACATGTggtg                                    >  1:16582075/1‑35 (MQ=255)
aaTCTCAAACATTGGCTTTAATGCGACATGGggtg                                    <  1:5096709/35‑1 (MQ=255)
aaTCTCAAACATTGGCTTTAATGCGACATGGggtg                                    >  1:3042866/1‑35 (MQ=255)
 agatctcctgctcctgttgttcaatagcggggggg                                   >  1:17059404‑M2/34‑35 (MQ=255)
 aTCTCAAACATTGGCTTTAATGCGACATGGggtgg                                   <  1:7638127/35‑1 (MQ=255)
 aTCTCAAACATTGGCTTTAATGCGACATGGggtgg                                   >  1:17088075/1‑35 (MQ=255)
   ctcAAACATTGGCTTTAATGCGACATGGggtgggg                                 >  1:19882139/1‑33 (MQ=255)
   ctcAAACATTGGCTTTAATGCGACATGGGgtggtg                                 >  1:20575838/1‑35 (MQ=255)
   ctcAAACATTGGCTTTAATGCGACATGGGgtggtg                                 <  1:12050090/35‑1 (MQ=255)
   atctcctgctcctgttgttcaatagcggggggggt                                 >  1:10350192‑M2/32‑33 (MQ=255)
   atctcctgctcctgttgttcaatagcgggggGgtt                                 >  1:17586656‑M2/32‑34 (MQ=255)
    tcAAACATTTGCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGa                                >  1:4809771/1‑35 (MQ=255)
    tcAAACATTGGCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGa                                <  1:18889053/35‑1 (MQ=255)
     cAAACATTGGCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGaa                               >  1:4308174/1‑35 (MQ=255)
     cAAACATTGGCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGaa                               <  1:924231/35‑1 (MQ=255)
      aaaCATTGGCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGaaa                              >  1:12454273/1‑35 (MQ=255)
      aaaCATTGGCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGaaa                              >  1:5835580/1‑35 (MQ=255)
      aaaCATTGGCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGaaa                              <  1:10888548/35‑1 (MQ=255)
      aaaCATTGGCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGaaa                              >  1:9491993/1‑35 (MQ=255)
       aaCATTGGCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGaaaa                             <  1:1292552/35‑1 (MQ=255)
        ctgctcctgttgttcaatagcgggggGGTTaaaaa                            >  1:20180195‑M2/27‑35 (MQ=255)
        aCATTGGCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGaaaaa                            <  1:14875461/35‑1 (MQ=255)
        aCATTGGCTTTAATGCGACATGGGGGGGGGaaaaa                            >  1:13409540/1‑35 (MQ=37)
         cATTGGCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAAc                           <  1:17698937/35‑1 (MQ=255)
          gctcctgttgttcaatagcgggggGGGGAAAAAcc                          >  1:16091670‑M2/25‑35 (MQ=255)
          aTTGGCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGATAAAcc                          <  1:16900748/35‑1 (MQ=255)
          aTTGGCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAAcc                          <  1:16845522/35‑1 (MQ=255)
           ttGGCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCt                         >  1:2970579/1‑35 (MQ=255)
           ctcctgttgttcaatagcgggggGGTGAAAAACCt                         >  1:6755369‑M2/24‑35 (MQ=255)
            tGGCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTg                        >  1:13087443/1‑35 (MQ=255)
            tGGCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTg                        <  1:8383200/35‑1 (MQ=255)
             ggCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGt                       <  1:18858140/35‑1 (MQ=255)
             ggCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGt                       >  1:15851885/1‑35 (MQ=255)
             ggCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGt                       >  1:11513966/1‑35 (MQ=255)
              gCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTc                      <  1:8659047/35‑1 (MQ=255)
              gCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTc                      <  1:6498413/35‑1 (MQ=255)
              gCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTc                      >  1:3066899/1‑35 (MQ=255)
              gCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTc                      >  1:14259714/1‑35 (MQ=255)
               cTTTAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTct                     >  1:18031824/1‑34 (MQ=255)
               cTTTAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCg                     <  1:17582766/35‑1 (MQ=255)
                tttAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGa                    <  1:8028691/35‑1 (MQ=255)
                tttAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGa                    <  1:12057443/35‑1 (MQ=255)
                tttAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGa                    >  1:19322917/1‑35 (MQ=255)
                tttAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGa                    >  1:15295537/1‑35 (MQ=255)
                 ttAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGAt                   <  1:2553716/35‑1 (MQ=255)
                 ttAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGAt                   >  1:19749342/1‑35 (MQ=255)
                 ttAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGAt                   <  1:15560761/35‑1 (MQ=255)
                  tAATTCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATg                  >  1:2948028/1‑35 (MQ=255)
                  tAATGCGACATGGTGTGGTGAAAAACCTGTCGATg                  >  1:10274524/1‑35 (MQ=255)
                  tAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATg                  <  1:7873052/35‑1 (MQ=255)
                  tAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATg                  >  1:18153098/1‑35 (MQ=255)
                  tAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATg                  <  1:6125708/35‑1 (MQ=255)
                   aaTTCGACATGGGGTGGTTAAAAACCTGTCGATGc                 >  1:6470368/1‑35 (MQ=37)
                   aaTGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGc                 >  1:8464159/1‑35 (MQ=255)
                   aaTGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGc                 <  1:18390035/35‑1 (MQ=255)
                   aaTGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGc                 >  1:14359455/1‑35 (MQ=255)
                   aaTGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGc                 <  1:20390663/35‑1 (MQ=255)
                    aTGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGcc                >  1:15858207/1‑35 (MQ=255)
                    aTGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGcc                >  1:16127709/1‑35 (MQ=255)
                    aTGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGcc                <  1:9206432/35‑1 (MQ=255)
                    aTGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGcc                <  1:3585382/35‑1 (MQ=255)
                    aTGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGcc                >  1:9284811/1‑35 (MQ=255)
                    aTGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGcc                <  1:13739562/35‑1 (MQ=255)
                    aTGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGcc                <  1:18090418/35‑1 (MQ=255)
                    aTGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGcc                >  1:1863919/1‑35 (MQ=255)
                    aTGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGcc                <  1:1270901/35‑1 (MQ=255)
                    aTGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGcc                <  1:2239868/35‑1 (MQ=255)
                     tgagACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCa               <  1:11426234/32‑1 (MQ=255)
                     tGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCa               <  1:2625644/35‑1 (MQ=255)
                     tGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCa               >  1:13424517/1‑35 (MQ=255)
                      gctaCATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCaa              >  1:10903599/4‑35 (MQ=255)
                      gCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCaa              >  1:19164397/1‑35 (MQ=255)
                      gCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCaa              >  1:7391103/1‑35 (MQ=255)
                      gCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCaa              >  1:5551612/1‑35 (MQ=255)
                       cGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCaaa             <  1:13185105/35‑1 (MQ=255)
                        gACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCAAag            >  1:11148375/1‑35 (MQ=255)
                        gACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCAAag            >  1:14507463/1‑35 (MQ=255)
                         aCATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCAAaga           >  1:8211362/1‑35 (MQ=255)
                         aCATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCAAaga           <  1:7384309/35‑1 (MQ=255)
                         aCATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCAAaga           <  1:14593256/35‑1 (MQ=255)
                         aCATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCAAaga           <  1:20598035/35‑1 (MQ=255)
                         aCATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCAAaga           <  1:20421499/35‑1 (MQ=255)
                         aCATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCAAaga           >  1:12606833/1‑35 (MQ=255)
                          cATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCAAagag          <  1:6345576/35‑1 (MQ=255)
                          cATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCAAagag          <  1:11942585/35‑1 (MQ=255)
                          cATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCAAagag          >  1:11148233/1‑35 (MQ=255)
                          cATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCAAagag          <  1:5467334/35‑1 (MQ=255)
                          cATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCAAagag          >  1:6590674/1‑35 (MQ=255)
                           aTGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCAAAGAGt         >  1:5048573/1‑35 (MQ=255)
                           aTGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCAAAGAGt         <  1:11725889/35‑1 (MQ=255)
                           aTGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCAAAGAGt         <  1:3994931/35‑1 (MQ=255)
                             ggggTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCAAAGAGttt       >  1:8519223/1‑35 (MQ=255)
                              gggTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCAAAGAGTTTg      >  1:4973111/1‑35 (MQ=255)
                                gtggtgAAAAACCTGTCGATGCCAAAGAGTTTGcc    >  1:12522726/1‑35 (MQ=255)
                                 tggtgAAAAACCTGTCGATGCCAAAGAGTTTGccc   <  1:12268947/35‑1 (MQ=255)
                                 tggtgAAAAACCTGTCGATGCCAAAGAGTTTGccc   >  1:9288360/1‑35 (MQ=255)
                                 tggtgAAAAACCTGTCGATGCCAAAGAGTTTGccc   <  1:6615164/35‑1 (MQ=255)
                                  ggtgAAAAACCTGTCGATGCCAAAGAGTTTGCCCg  <  1:11494622/35‑1 (MQ=255)
                                  ggtgAAAAACCTGTCGATGCCAAAGAGTTTGCCCg  >  1:14010404/1‑35 (MQ=255)
                                  |                                  
AATCTCAAACATTGGCTTTAATGCGACATGGGGTGGTGAAAAACCTGTCGATGCCAAAGAGTTTGCCCG  >  REL606/3712680‑3712748

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.