Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6062,520,6811.→T 1.6% 6.1 ‑0.5 ‑0.2183intergenic (‑93/‑53)dapA/gcvRdihydrodipicolinate synthase/DNA‑binding transcriptional repressor, regulatory protein accessory to GcvA
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands.
Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch.
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (2/1):  ref base (89/91):  total (91/92)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.21e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 6.92e-01

Only 100 of 262 total aligned reads displayed.

AAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCC  >  REL606/2520647‑2520715
                                   |                                  
aagcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATg                                     >  1:4980570/1‑35 (MQ=255)
aagcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATg                                     >  1:3767634/1‑35 (MQ=255)
aagcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATg                                     <  1:13737533/35‑1 (MQ=255)
 agcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGt                                   <  1:5002316/35‑1 (MQ=255)
 agcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGt                                   <  1:7240947/35‑1 (MQ=255)
  gcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGtt                                  <  1:7002583/35‑1 (MQ=255)
   cagacagaACCGTTTTGATTGTTGTATGCATGttt                                 <  1:643118/35‑1 (MQ=255)
   cagacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGttt                                 >  1:18208221/1‑35 (MQ=255)
   cagacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGttt                                 >  1:18916745/1‑35 (MQ=255)
   cagacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGttt                                 >  1:13113092/1‑35 (MQ=255)
   cagacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGttt                                 >  1:2825187/1‑35 (MQ=255)
    agacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGtttt                                >  1:16963560/1‑35 (MQ=255)
    agacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGtttt                                >  1:18288975/1‑35 (MQ=255)
    agacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGtttt                                >  1:13392306/1‑35 (MQ=255)
    agacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGtttt                                >  1:2189899/1‑35 (MQ=255)
    agacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGtttt                                >  1:8734402/1‑35 (MQ=255)
    agacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGtttt                                >  1:9067605/1‑35 (MQ=255)
    agacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGtttt                                <  1:9173405/35‑1 (MQ=255)
     gacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGttttt                               >  1:7849174/1‑35 (MQ=255)
     gacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGttttt                               >  1:19363340/1‑35 (MQ=255)
     gacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGttttt                               >  1:5755960/1‑35 (MQ=255)
      acagaACCGTTATGATTGTTGTATGCATGtttttt                              <  1:6045252/35‑1 (MQ=255)
       cagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGttttttt                             >  1:19695769/1‑35 (MQ=255)
        agaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGtttttttt                            <  1:7620370/35‑1 (MQ=255)
        agaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGtttttttt                            >  1:11370300/1‑35 (MQ=255)
         gaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTa                           <  1:11743032/35‑1 (MQ=255)
         gaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTa                           <  1:16478949/35‑1 (MQ=255)
         gaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTa                           <  1:9489727/35‑1 (MQ=255)
          aaCCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTAt                          <  1:4897312/35‑1 (MQ=255)
          aaCCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTAt                          <  1:10233657/35‑1 (MQ=255)
           aCCGTTCTGATTGTTGTATGCATGtttttttttat                         >  1:4298863/1‑32 (MQ=255)
           aCCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATg                         <  1:19477669/35‑1 (MQ=255)
           aCCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATg                         <  1:5515500/35‑1 (MQ=255)
           aCCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATg                         <  1:8439599/35‑1 (MQ=255)
           aCCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATg                         <  1:18655795/35‑1 (MQ=255)
            ccGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGc                        >  1:16859156/1‑35 (MQ=255)
            ccGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGc                        >  1:5329082/1‑35 (MQ=255)
            ccGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGc                        <  1:12792988/35‑1 (MQ=255)
             cGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCt                       <  1:20064905/35‑1 (MQ=255)
              gTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCtt                      <  1:4602133/35‑1 (MQ=255)
               ttCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCttt                     >  1:903850/1‑35 (MQ=255)
               ttCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCttt                     >  1:17860698/1‑35 (MQ=255)
               ttCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCttt                     <  1:18548582/35‑1 (MQ=255)
                tCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTc                    >  1:11598445/1‑35 (MQ=255)
                tCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTc                    >  1:5792605/1‑35 (MQ=255)
                 cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTTATGCTTTc                    >  1:16585033/1‑35 (MQ=25)
                 cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTcc                   <  1:5824858/35‑1 (MQ=255)
                 cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTcc                   <  1:15455154/35‑1 (MQ=255)
                 cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTcc                   <  1:16930232/35‑1 (MQ=255)
                  tGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCt                  <  1:5681621/35‑1 (MQ=255)
                  tGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCt                  <  1:17327473/35‑1 (MQ=255)
                  tGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCt                  >  1:19960720/1‑35 (MQ=255)
                   gATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCtt                 <  1:12361451/35‑1 (MQ=255)
                   gATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCtt                 <  1:13289091/35‑1 (MQ=255)
                   gATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCtt                 <  1:15521147/35‑1 (MQ=255)
                    aTTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTa                >  1:12605829/1‑35 (MQ=255)
                    aTTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTa                <  1:53805/35‑1 (MQ=255)
                     ttgttgTATGCATGTTTTTTTTCTCGTTCCCTTaa               >  1:4355121/1‑35 (MQ=19)
                     ttgttgTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTaa               >  1:10661960/1‑35 (MQ=255)
                     ttgttgTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTaa               <  1:11925818/35‑1 (MQ=255)
                     ttgttgTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTaa               >  1:17698947/1‑35 (MQ=255)
                       tttgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGa             <  1:93981/34‑1 (MQ=255)
                       gttgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGa             >  1:1708918/1‑35 (MQ=255)
                       gttgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGa             <  1:1622856/35‑1 (MQ=255)
                       gttgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGa             <  1:15477584/35‑1 (MQ=255)
                       gttgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGa             <  1:14130780/35‑1 (MQ=255)
                       gttgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGa             <  1:6561878/35‑1 (MQ=255)
                       gttgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGa             <  1:9596585/35‑1 (MQ=255)
                       gttgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGa             <  1:20214635/35‑1 (MQ=255)
                        ttgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaa            >  1:7792220/1‑35 (MQ=255)
                        ttgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaa            >  1:18735971/1‑35 (MQ=255)
                         tgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaac           >  1:8329669/1‑35 (MQ=255)
                         tgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaac           >  1:7421801/1‑35 (MQ=255)
                         tgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaac           <  1:11974263/35‑1 (MQ=255)
                           tATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaa         >  1:8131724/1‑35 (MQ=255)
                           tATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaa         <  1:5227612/35‑1 (MQ=255)
                           tATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaa         >  1:9325707/1‑35 (MQ=255)
                           tATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaa         >  1:3535677/1‑35 (MQ=255)
                           tATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaa         >  1:2444448/1‑35 (MQ=255)
                            aTGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaac        >  1:11121653/1‑35 (MQ=255)
                            aTGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaac        <  1:13914769/35‑1 (MQ=255)
                            aTGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaac        <  1:20330883/35‑1 (MQ=255)
                            aTGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaac        <  1:6010754/35‑1 (MQ=255)
                            aTGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaac        >  1:14831412/1‑35 (MQ=255)
                            aTGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaac        <  1:19096949/35‑1 (MQ=255)
                             tGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACt       >  1:1717239/1‑35 (MQ=255)
                              gCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTc      >  1:3468471/1‑35 (MQ=255)
                               cATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCa     >  1:10588188/1‑35 (MQ=255)
                               cATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCa     >  1:9910515/1‑35 (MQ=255)
                               cATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCa     <  1:12237505/35‑1 (MQ=255)
                               cATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCa     >  1:18501764/1‑35 (MQ=255)
                               cATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCa     <  1:4229334/35‑1 (MQ=255)
                               cATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCa     >  1:17751167/1‑35 (MQ=255)
                                aTGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCAc    >  1:251248/1‑35 (MQ=255)
                                aTGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCAc    >  1:327877/1‑35 (MQ=255)
                                aTGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCAc    >  1:1039938/1‑35 (MQ=255)
                                aTGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCAc    <  1:17616944/35‑1 (MQ=255)
                                 tGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCAcc   <  1:2940586/35‑1 (MQ=255)
                                 tGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCAcc   >  1:18162168/1‑35 (MQ=255)
                                  gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCAccc  <  1:14533394/35‑1 (MQ=255)
                                   |                                  
AAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCC  >  REL606/2520647‑2520715

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.