New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 1587129 = | 65 (0.630) | 7 (0.090) | 3/36 | NT | 12.3% | coding (244/435 nt) | marR | DNA‑binding transcriptional repressor of multiple antibiotic resistance |
? | REL606 | 2696580 = | 51 (0.660) | coding (481/2145 nt) | nrdE | ribonucleotide‑diphosphate reductase alpha subunit |
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
ACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACAA > REL606/1587095‑1587163 | gctgctgcttaccgcagttgaggaatgttggggtg < 1:4163973‑M1/1‑1 (MQ=255) gctgctgcttacagcagttgaggaatgttggcgtg > 1:17653050‑M1/35‑35 (MQ=255) ctgctgcttaccgcagttgaggaatgttggcgtgg > 1:20361811‑M1/34‑35 (MQ=255) cTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTGTGTAAAgg < 1:4721863/35‑1 (MQ=255) cTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAgg > 1:5530096/1‑35 (MQ=255) cTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAgg > 1:153114/1‑35 (MQ=255) tgctgcttaccgcagttgaggaatgttggcgtGGc < 1:8057963‑M1/3‑1 (MQ=255) tgctgcttaccgcagttgaggaatgttggcgtGGc < 1:12938985‑M1/3‑1 (MQ=255) tgctgcttaccgcagttgaggaatgttggcgtGGc < 1:8376519‑M1/3‑1 (MQ=255) tgctgcttaccgcagttgaggaatgttggcgtGGc < 1:7426445‑M1/3‑1 (MQ=255) tgctgcttaacgcagttgaggaatgttggcgtGGc > 1:20065600‑M1/33‑35 (MQ=255) tGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGc < 1:10937339/35‑1 (MQ=255) tGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGc < 1:15182562/35‑1 (MQ=255) ctgcttaccgcagttgaggaatgttggcgtGGCT‑g > 1:15906719‑M1/31‑35 (MQ=255) ctgcttaccgcagttgaggaatgttggcgtGGCT‑g < 1:3158460‑M1/5‑1 (MQ=255) ctgcttaccgcagttgaggaatgttggcgtGGCT‑g < 1:3964350‑M1/5‑1 (MQ=255) ctgcttaccgcagttgaggaatgttggcgtGGCT‑g > 1:4482718‑M1/31‑35 (MQ=255) ctgcttaccgcagttgaggaatgttggcgtGGCT‑g > 1:9511675‑M1/31‑35 (MQ=255) aCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCT‑g < 1:8757172/35‑1 (MQ=255) tgcttaccgcagttgaggaatgttggcgtGGCT‑gg < 1:12441941‑M1/6‑1 (MQ=255) tgcttaccgcagttgaggaatgttggcgtGGCT‑gg < 1:14073691‑M1/6‑1 (MQ=255) ngcttaccgcagttgaggaatgttggcgtGGCT‑gg < 1:15732409‑M1/6‑1 (MQ=255) cccGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCT‑gg < 1:10210631/35‑1 (MQ=255) cccGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCT‑gg < 1:20409058/35‑1 (MQ=255) cccGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCT‑gg > 1:12792746/1‑35 (MQ=255) cccGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCT‑gg > 1:13285025/1‑35 (MQ=255) gcttaccgcagttgaggaatgttggcgtGGCT‑ggg < 1:10736242‑M1/7‑1 (MQ=255) cttaccgcagttgaggaatgttggcgtGGCT‑GGGt < 1:471338‑M1/8‑1 (MQ=255) cGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCT‑gggg > 1:10731733/1‑34 (MQ=255) 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cgcagttgaggaatgttggcgtGGCT‑GGGCGgaag < 1:16941114‑M1/13‑2 (MQ=255) gcagttgaggaatgttggcgtGGCT‑GGCTGgaaac < 1:1708035‑M1/14‑2 (MQ=255) cTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAg < 1:781959/35‑1 (MQ=255) cTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAg > 1:1254200/1‑35 (MQ=255) tGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAgg < 1:17280403/35‑1 (MQ=255) tGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGGGGAAAgg > 1:13356377/1‑35 (MQ=255) ggATCGCCTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGt > 1:3970009/1‑35 (MQ=255) ggATCGCCTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGt < 1:17595285/35‑1 (MQ=255) gATCGCCTGGTCTGTAGAGGCTGGGGGGGAAAGGt > 1:11666420/1‑35 (MQ=19) gATCGCCTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGtt < 1:6746086/35‑1 (MQ=255) gATCGCCTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGtt > 1:17024538/1‑35 (MQ=255) aTCGCCTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGTAAAGGTTg > 1:20374386/1‑35 (MQ=255) cGCCTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGcc < 1:2111886/35‑1 (MQ=255) cGCCTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGcc < 1:1589129/35‑1 (MQ=255) gCCTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCg < 1:14401775/35‑1 (MQ=255) gCCTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCg < 1:11612964/35‑1 (MQ=255) gCCTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCg < 1:2156676/35‑1 (MQ=255) ccTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGa < 1:5053879/35‑1 (MQ=255) ccTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGa < 1:6272664/35‑1 (MQ=255) ccTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGa > 1:11146415/1‑35 (MQ=255) ccTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGa > 1:13920453/1‑35 (MQ=255) ccTGGTATGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGa < 1:18641334/35‑1 (MQ=255) cTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGaa > 1:3189441/1‑35 (MQ=255) cTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGaa < 1:3639977/35‑1 (MQ=255) tGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAAc < 1:7703333/35‑1 (MQ=255) tGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAAc < 1:5293579/35‑1 (MQ=255) tGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGAAAAGGTTGCCGAAc < 1:12800095/35‑1 (MQ=255) ggTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAAcc < 1:5738895/35‑1 (MQ=255) ggTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAAcc > 1:7879310/1‑35 (MQ=255) gTCTGTAAATGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAAccc < 1:16608892/35‑1 (MQ=255) gTCTGTAAAGGCT‑GGGGGGAAAGGTTGCCGAAccc > 1:7980985/1‑35 (MQ=255) tCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAAcccc > 1:2741904/1‑34 (MQ=255) tCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCg < 1:3283351/35‑1 (MQ=255) tCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCg < 1:18976579/35‑1 (MQ=255) tCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCAGAACCCg < 1:20017583/35‑1 (MQ=255) cTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGa < 1:7939617/35‑1 (MQ=255) cTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGGTGCCGAAccctg > 1:8632505/1‑33 (MQ=38) gTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGCACCCGAAt > 1:1775952/1‑35 (MQ=255) gTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAAt < 1:6357435/35‑1 (MQ=255) gTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAAt < 1:10880691/35‑1 (MQ=255) gTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAAt < 1:1918498/35‑1 (MQ=255) gTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAAt > 1:1695255/1‑35 (MQ=255) gTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAAt < 1:1485230/35‑1 (MQ=255) tAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATg < 1:4559356/35‑1 (MQ=255) aaaGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGa > 1:9044227/1‑35 (MQ=255) aaaGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGa > 1:11255906/1‑35 (MQ=255) aaGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGAc < 1:10640750/35‑1 (MQ=255) aaGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGAc > 1:12762787/1‑35 (MQ=255) aaGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGAc > 1:13647912/1‑35 (MQ=255) aGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGaaa < 1:19869554/35‑3 (MQ=255) aGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACa > 1:12141929/1‑35 (MQ=255) GGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACaa < 1:6382321‑M1/35‑1 (MQ=255) GGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACaa < 1:2287841‑M1/35‑1 (MQ=255) GGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACaa < 1:9065164‑M1/35‑1 (MQ=255) GGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACaa > 1:10251789‑M1/1‑35 (MQ=255) GGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACaa > 1:10052438‑M1/1‑35 (MQ=255) | ACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCT‑GGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACAA > REL606/1587095‑1587163 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |