New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 3866966 | 86 (0.840) | 18 (0.180) | 8/46 | NT | 20.6% | intergenic (‑32/+254) | bglG/phoU | transcriptional antiterminator of the bgl operon/negative regulator of PhoR/PhoB two‑component regulator |
? | REL606 | = 3887469 | 56 (0.570) | intergenic (‑105/‑47) | asnC/asnA | DNA‑binding transcriptional dual regulator/asparagine synthetase AsnA |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
AGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCA > REL606/3887435‑3887503 | aGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑g < 1:9927360/35‑1 (MQ=255) aGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑g < 1:3318661/35‑1 (MQ=255) aGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑g < 1:17374283/35‑1 (MQ=255) aGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑g < 1:15047629/35‑1 (MQ=255) aGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑g > 1:15038499/1‑35 (MQ=255) ggCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑Gg < 1:9934208‑M2/35‑2 (MQ=255) ggCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑Gg > 1:4120149‑M2/1‑34 (MQ=255) ggCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑Gg < 1:3360381‑M2/35‑2 (MQ=255) ggCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑Gg > 1:10710946‑M2/1‑34 (MQ=255) ggCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑Gg < 1:17180400‑M2/35‑2 (MQ=255) ggCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑Gg > 1:15502185‑M2/1‑34 (MQ=255) ggCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑Gg < 1:11942084‑M2/35‑2 (MQ=255) ggCTTTTTACTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑Gg < 1:1265646‑M2/35‑2 (MQ=255) gCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑Ggg < 1:1034588‑M2/35‑3 (MQ=255) cTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑GGtt < 1:1276116/35‑1 (MQ=255) tttttATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑Ggggt < 1:10019203‑M2/35‑5 (MQ=255) tttttATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑GGttt < 1:9058940/35‑1 (MQ=255) ttttATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑Ggggtt < 1:2599450‑M2/35‑6 (MQ=255) ttttATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑GGtttt < 1:9515693/35‑1 (MQ=255) tttATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑GGttttt < 1:5303055/35‑1 (MQ=255) tttATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑GGttttt < 1:10133912/35‑1 (MQ=255) tATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑Ggggttttt < 1:15281719‑M2/35‑9 (MQ=255) tATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTttgt < 1:14156619/35‑1 (MQ=255) tATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTttgt < 1:20079201/35‑1 (MQ=255) aTTGAATGATTATTGCATGTGTGTCTGGttttttt > 1:3958197/1‑33 (MQ=25) aTTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑Ggggtttttt < 1:4931110‑M2/35‑10 (MQ=255) aTTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑Ggggtttttt < 1:3098488‑M2/35‑10 (MQ=255) aTTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑Ggggtttttt < 1:17039061‑M2/35‑10 (MQ=255) aTTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTttgtt < 1:355250/35‑1 (MQ=255) aTTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTttgtt < 1:15695593/35‑1 (MQ=255) aTTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTttgtt < 1:8437014/35‑1 (MQ=255) ttGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑TGGTTttgttt > 1:568064/1‑34 (MQ=37) ttGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑Gggtttttttg < 1:6887899‑M2/35‑11 (MQ=255) ttGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTttgttg < 1:4594910/35‑1 (MQ=255) tGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑Ggggtttttttg < 1:10564395‑M2/35‑12 (MQ=255) tGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑Ggggtttttttg < 1:16934027‑M2/35‑12 (MQ=255) gAATGATTATTGCATGTGTGTC‑Ggggtttttttgt < 1:852554‑M2/35‑13 (MQ=255) gAATGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCt < 1:6115243/35‑1 (MQ=255) aaTGATTATTGCATGTGTGTC‑Ggggtttttttttt < 1:5507627‑M2/35‑14 (MQ=255) aaTGATTATTGCATGTGTGTC‑Ggggtttttttttt < 1:12332169‑M2/35‑14 (MQ=255) aaTGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCtt < 1:4500547/35‑1 (MQ=255) aaTGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCtt < 1:3555953/35‑1 (MQ=255) aaTGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCtt < 1:8973710/35‑1 (MQ=255) aaTGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCtt < 1:18214172/35‑1 (MQ=255) aaTGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCtt < 1:20600369/35‑1 (MQ=255) aaTGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCtt < 1:18712648/35‑1 (MQ=255) aaTGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTTGGTTGCtt < 1:4034345/35‑1 (MQ=255) aaTGATTATTGCATGTGTGTC‑GGGGTTTTTTGTtt > 1:12127797/1‑35 (MQ=16) aTGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTa < 1:12053231/35‑1 (MQ=255) aTGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTa < 1:7973816/35‑1 (MQ=255) aTGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTa < 1:7878170/35‑1 (MQ=255) tGATTATTGCATGTGTGTC‑Ggggtttttttttttt < 1:17303108‑M2/35‑16 (MQ=255) tGATTATTGCATGTGTGTC‑Ggggtttttttgttta < 1:1792088‑M2/35‑16 (MQ=255) tGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTaa < 1:9058704/35‑1 (MQ=255) tGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTaa < 1:20246956/35‑1 (MQ=255) tGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTaa < 1:11438949/35‑1 (MQ=255) gATTATTGCATGTGTGTC‑Ggggtttttttttttat < 1:6271351‑M2/35‑17 (MQ=255) gATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAAt < 1:7035692/35‑1 (MQ=255) cattattgCATGTGTGTC‑Ggggtttttttttttat < 1:7938921‑M2/34‑17 (MQ=255) attattGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATc < 1:9884655/35‑1 (MQ=255) attattGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATc < 1:16750612/35‑1 (MQ=255) attattGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATc < 1:18440271/35‑1 (MQ=255) ttattGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCa < 1:11743103/35‑1 (MQ=255) ttattGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCa < 1:14058527/35‑1 (MQ=255) ttattGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCa < 1:2202679/35‑1 (MQ=255) ttattGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCa < 1:480745/35‑1 (MQ=255) ttattGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCa < 1:6373379/35‑1 (MQ=255) tattGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCAt < 1:12282465/35‑1 (MQ=255) tattGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCAt < 1:18307127/35‑1 (MQ=255) tattGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCAt < 1:7353917/35‑1 (MQ=255) attGCATGTGTGTC‑GTTTTTTGTTGCTTAATCATa > 1:20400060/1‑35 (MQ=255) attGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATa < 1:9290749/35‑1 (MQ=255) attGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATa < 1:2422476/35‑1 (MQ=255) attGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATa < 1:15050317/35‑1 (MQ=255) attGCATGTGTGAC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATa < 1:2424160/35‑1 (MQ=255) ttGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATaa < 1:7404021/35‑1 (MQ=255) ttGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATaa < 1:6358225/35‑1 (MQ=255) ttGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATaa < 1:13699836/35‑1 (MQ=255) cATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCa < 1:8260541/35‑1 (MQ=255) aTGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCaa < 1:835110/35‑1 (MQ=255) aTGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCaa < 1:14836053/35‑1 (MQ=255) tgtgtgTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAAc < 1:1653524/35‑1 (MQ=255) gtgtgtC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACa < 1:14636973/35‑1 (MQ=255) gtgtgtC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACa < 1:6061999/35‑1 (MQ=255) gtgtgtC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACa < 1:15596157/35‑1 (MQ=255) gtgtC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAgg < 1:16742415/35‑1 (MQ=255) gtgtC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAgg < 1:10040149/35‑1 (MQ=255) tgtC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGa < 1:16316381/35‑1 (MQ=255) tgtC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGa < 1:19992676/35‑1 (MQ=255) gtC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGAc < 1:13963957/35‑1 (MQ=255) c‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGc < 1:10798596/35‑1 (MQ=255) c‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGc > 1:31979/1‑35 (MQ=255) c‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGc < 1:8938810/35‑1 (MQ=255) c‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGc < 1:15627468/35‑1 (MQ=255) c‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGc > 1:116878/1‑35 (MQ=255) c‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGc < 1:17086273/35‑1 (MQ=255) c‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGAAACCGGACGc > 1:474203/1‑35 (MQ=38) ggTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCa > 1:13667622/1‑35 (MQ=255) ggTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCa < 1:8431047/35‑1 (MQ=255) ggTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCa < 1:1740762/35‑1 (MQ=255) | AGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTC‑GGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCA > REL606/3887435‑3887503 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |