Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
JC JC REL606 3,517,306 IS186 (+) +8 bp :: Δ2 56.2% coding (187‑194/1743 nt) ggt ← gamma‑glutamyltranspeptidase periplasmic precursor

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 590715 =NA (NA)34 (0.380) 22/42 NT 41.2% noncoding (1/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 = 3517313 30 (0.540)coding (187/1743 nt) ggt gamma‑glutamyltranspeptidase periplasmic precursor
* ? REL606 = 2774194NA (NA)52 (0.530) 28/46 NT 47.8% noncoding (1341/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 3517306 = 37 (0.580)coding (194/1743 nt) ggt gamma‑glutamyltranspeptidase periplasmic precursor

TCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  REL606/2774162‑2774194
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gATATCCACCCCCACCTGAGTGGCAGTGGCGTCCA  >  REL606/3517306‑3517339
                                                                   
TCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTACGAT                                  >  1:6289400/1‑35
  AGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATAT                                <  1:16090389/35‑1
  AGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATAT                                <  1:14762480/35‑1
  AGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATAT                                >  1:575193/1‑35
   GATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATATC                               <  1:9425574/35‑1
   GATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATATC                               <  1:9367588/35‑1
   GATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATATC                               <  1:2474991/35‑1
    ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATATCC                              >  1:15395951/1‑35
    ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATATCC                              <  1:4982007/35‑1
    ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATATCC                              <  1:10854387/35‑1
     TGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCA                             >  1:6746172/1‑35
      GGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCAC                            <  1:17385280/35‑1
       GTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACC                           <  1:158722/35‑1
          CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCC                        <  1:7207245/35‑1
          CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCC                        <  1:8598031/35‑1
          CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCC                        <  1:2174469/35‑1
           AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCA                       <  1:8719247/35‑1
           AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCA                       <  1:1598886/35‑1
            ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCAC                      >  1:18066939/1‑35
            ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCAC                      >  1:10738134/1‑35
            ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCAC                      <  1:15650415/35‑1
              CCTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCT                    <  1:5330067/35‑1
              CCTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCT                    >  1:4255355/1‑35
              CCTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCT                    >  1:3840624/1‑35
              CCTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCT                    <  1:14950497/35‑1
              CCTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCT                    <  1:19681203/35‑1
              CCTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCT                    <  1:18879694/35‑1
               CTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTG                   <  1:3173956/35‑1
               CTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTG                   <  1:2684643/35‑1
               CTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTG                   >  1:19577918/1‑35
               CTTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTG                   <  1:15986211/35‑1
                TTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGA                  <  1:11782442/35‑1
                TTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGA                  <  1:18390828/35‑1
                TTAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGA                  <  1:17034885/35‑1
                 TAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAG                 >  1:7871890/1‑35
                 TAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAG                 >  1:12997294/1‑35
                 TAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAG                 <  1:19012521/35‑1
                 TAAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACATGAG                 <  1:20602169/35‑1
                  AAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAGT                >  1:6025790/1‑35
                  AAGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAGT                >  1:5885461/1‑35
                   AGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAGTG               >  1:9234131/1‑35
                   AGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAGTG               <  1:12035730/35‑1
                   AGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAGTG               <  1:12458464/35‑1
                   AGTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAGTG               <  1:4093189/35‑1
                    GTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAGTGG              <  1:2305173/35‑1
                    GTTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAGTGG              <  1:7218555/35‑1
                     TTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAGTGGC             >  1:127236/1‑35
                     TTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAGTGGC             <  1:15535501/35‑1
                     TTAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAGTGGC             <  1:17122041/35‑1
                      TAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAGTGGCA            >  1:4700682/1‑35
                      TAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAGTGGCA            >  1:5400960/1‑35
                      TAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAGTGGCA            <  1:14176471/35‑1
                      TAGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAGTGGCA            <  1:18521238/35‑1
                       AGCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAGTGGCAG           <  1:20563284/35‑1
                       AGCGCTTATGATATCAACCCCCACCTGAGTGGCAG           <  1:1710257/35‑1
                        GCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAGTGGCAGg          >  1:576251/1‑34
                        GCGCTTATGATATCCACCCCCACCTGAGTGGCAGT          <  1:7550827/35‑1
                          GCTTATGATATCCACCCCCACCTGAGTGGCAGTGG        <  1:2754140/35‑1
                          GCTTATGATATCCACCCCCACCTGAGTGGCAGGGG        >  1:3692868/1‑35
                           CTTATGATATCCACCCACACCTGAGTGGCAGTGGC       <  1:10935883/35‑1
                            TTATGATATCCACCCCCACCTGAGTGGCAGTGGCG      <  1:18621781/35‑1
                            TTATGATATCCACCCCCACCTGAGTGGCAGTGGCG      <  1:10774332/35‑1
                            TTATGATATCCACCCCCACCTGAGTGGCAGTGGCG      <  1:4275925/35‑1
                             TATGATATCCACCCCCACCTGAGTGGCAGTGGCGT     <  1:9343053/35‑1
                              ATGATATCCACCCCCACCTGAGTGGCAGTGGCGTC    <  1:8741824/35‑1
                               TGATATCCACCCCCACCTGAGTGGCAGTGGCGTCC   <  1:17908144/35‑1
                               TGATATCCACCCCCACCTGAGTGGCAGTGGCGTCC   <  1:16846064/35‑1
                               TGATATCCACCCCCACCTGAGTGGCAGTGGCGTCC   <  1:20073057/35‑1
                                GATATCCACCCCCACCTGAGTGGCAGTGGCGTCCA  <  1:6569525/35‑1
                                GATATCCACCCCCACCTGAGTGGCAGTGGCGTCCA  <  1:10788600/35‑1
                                GATATCCACCCCCACATGAGTGGCAGTGGCGTCCA  <  1:4348617/35‑1
                                                                   
TCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  REL606/2774162‑2774194
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gATATCCACCCCCACCTGAGTGGCAGTGGCGTCCA  >  REL606/3517306‑3517339

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.