Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 2,520,681 | 1 | .→T | 1.6% | 6.1 ‑0.5 ‑0.2 | 183 | intergenic (‑93/‑53) | dapA/gcvR | dihydrodipicolinate synthase/DNA‑binding transcriptional repressor, regulatory protein accessory to GcvA |
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/1): ref base (89/91): total (91/92) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.21e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 6.92e-01 |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
AAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCC > REL606/2520647‑2520715 | aagcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATg > 1:4980570/1‑35 (MQ=255) aagcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATg > 1:3767634/1‑35 (MQ=255) aagcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATg < 1:13737533/35‑1 (MQ=255) agcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑t < 1:5002316/35‑1 (MQ=255) agcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑t < 1:7240947/35‑1 (MQ=255) gcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑tt < 1:7002583/35‑1 (MQ=255) cagacagaACCGTTTTGATTGTTGTATGCATG‑ttt < 1:643118/35‑1 (MQ=255) cagacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑ttt > 1:18208221/1‑35 (MQ=255) cagacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑ttt > 1:18916745/1‑35 (MQ=255) cagacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑ttt > 1:13113092/1‑35 (MQ=255) cagacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑ttt > 1:2825187/1‑35 (MQ=255) agacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑tttt > 1:16963560/1‑35 (MQ=255) agacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑tttt > 1:18288975/1‑35 (MQ=255) agacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑tttt > 1:13392306/1‑35 (MQ=255) agacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑tttt > 1:2189899/1‑35 (MQ=255) agacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑tttt > 1:8734402/1‑35 (MQ=255) agacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑tttt > 1:9067605/1‑35 (MQ=255) agacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑tttt < 1:9173405/35‑1 (MQ=255) gacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑ttttt > 1:7849174/1‑35 (MQ=255) gacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑ttttt > 1:19363340/1‑35 (MQ=255) gacagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑ttttt > 1:5755960/1‑35 (MQ=255) acagaACCGTTATGATTGTTGTATGCATG‑tttttt < 1:6045252/35‑1 (MQ=255) cagaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑ttttttt > 1:19695769/1‑35 (MQ=255) agaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑tttttttt < 1:7620370/35‑1 (MQ=255) agaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑tttttttt > 1:11370300/1‑35 (MQ=255) gaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTa < 1:11743032/35‑1 (MQ=255) gaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTa < 1:16478949/35‑1 (MQ=255) gaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTa < 1:9489727/35‑1 (MQ=255) aaCCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTAt < 1:4897312/35‑1 (MQ=255) aaCCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTAt < 1:10233657/35‑1 (MQ=255) aCCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑tttttttttat > 1:4298863/1‑32 (MQ=255) aCCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATg < 1:19477669/35‑1 (MQ=255) aCCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATg < 1:5515500/35‑1 (MQ=255) aCCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATg < 1:8439599/35‑1 (MQ=255) aCCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATg < 1:18655795/35‑1 (MQ=255) ccGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGc > 1:16859156/1‑35 (MQ=255) ccGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGc > 1:5329082/1‑35 (MQ=255) ccGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGc < 1:12792988/35‑1 (MQ=255) cGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGCt < 1:20064905/35‑1 (MQ=255) gTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGCtt < 1:4602133/35‑1 (MQ=255) ttCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGCttt > 1:903850/1‑35 (MQ=255) ttCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGCttt > 1:17860698/1‑35 (MQ=255) ttCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGCttt < 1:18548582/35‑1 (MQ=255) tCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTc > 1:11598445/1‑35 (MQ=255) tCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTc > 1:5792605/1‑35 (MQ=255) cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTTATGCTTTc > 1:16585033/1‑35 (MQ=25) cTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTcc < 1:5824858/35‑1 (MQ=255) cTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTcc < 1:15455154/35‑1 (MQ=255) cTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTcc < 1:16930232/35‑1 (MQ=255) tGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCt < 1:5681621/35‑1 (MQ=255) tGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCt < 1:17327473/35‑1 (MQ=255) tGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCt > 1:19960720/1‑35 (MQ=255) gATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCtt < 1:12361451/35‑1 (MQ=255) gATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCtt < 1:13289091/35‑1 (MQ=255) gATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCtt < 1:15521147/35‑1 (MQ=255) aTTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTa > 1:12605829/1‑35 (MQ=255) aTTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTa < 1:53805/35‑1 (MQ=255) ttgttgTATGCATG‑TTTTTTTTCTCGTTCCCTTaa > 1:4355121/1‑35 (MQ=19) ttgttgTATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTaa > 1:10661960/1‑35 (MQ=255) ttgttgTATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTaa < 1:11925818/35‑1 (MQ=255) ttgttgTATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTaa > 1:17698947/1‑35 (MQ=255) tttgtATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGa < 1:93981/34‑1 (MQ=255) gttgtATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGa > 1:1708918/1‑35 (MQ=255) gttgtATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGa < 1:1622856/35‑1 (MQ=255) gttgtATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGa < 1:15477584/35‑1 (MQ=255) gttgtATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGa < 1:14130780/35‑1 (MQ=255) gttgtATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGa < 1:6561878/35‑1 (MQ=255) gttgtATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGa < 1:9596585/35‑1 (MQ=255) gttgtATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGa < 1:20214635/35‑1 (MQ=255) ttgtATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaa > 1:7792220/1‑35 (MQ=255) ttgtATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaa > 1:18735971/1‑35 (MQ=255) tgtATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaac > 1:8329669/1‑35 (MQ=255) tgtATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaac > 1:7421801/1‑35 (MQ=255) tgtATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaac < 1:11974263/35‑1 (MQ=255) tATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaa > 1:8131724/1‑35 (MQ=255) tATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaa < 1:5227612/35‑1 (MQ=255) tATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaa > 1:9325707/1‑35 (MQ=255) tATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaa > 1:3535677/1‑35 (MQ=255) tATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaa > 1:2444448/1‑35 (MQ=255) aTGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaac > 1:11121653/1‑35 (MQ=255) aTGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaac < 1:13914769/35‑1 (MQ=255) aTGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaac < 1:20330883/35‑1 (MQ=255) aTGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaac < 1:6010754/35‑1 (MQ=255) aTGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaac > 1:14831412/1‑35 (MQ=255) aTGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaac < 1:19096949/35‑1 (MQ=255) tGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACt > 1:1717239/1‑35 (MQ=255) gCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTc > 1:3468471/1‑35 (MQ=255) cATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCa > 1:10588188/1‑35 (MQ=255) cATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCa > 1:9910515/1‑35 (MQ=255) cATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCa < 1:12237505/35‑1 (MQ=255) cATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCa > 1:18501764/1‑35 (MQ=255) cATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCa < 1:4229334/35‑1 (MQ=255) cATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCa > 1:17751167/1‑35 (MQ=255) aTG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCAc > 1:251248/1‑35 (MQ=255) aTG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCAc > 1:327877/1‑35 (MQ=255) aTG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCAc > 1:1039938/1‑35 (MQ=255) aTG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCAc < 1:17616944/35‑1 (MQ=255) tG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCAcc < 1:2940586/35‑1 (MQ=255) tG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCAcc > 1:18162168/1‑35 (MQ=255) g‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCAccc < 1:14533394/35‑1 (MQ=255) | AAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCC > REL606/2520647‑2520715 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |