New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 3698836 = | NA (NA) | 15 (0.210) | 4/34 | NT | 13.9% | coding (1960/4134 nt) | rhsA | rhsA element core protein RshA |
? | REL606 | 3882308 = | 131 (1.270) | coding (110/816 nt) | atpB | F0F1 ATP synthase subunit A |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TCAGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTgtggctg‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/3698869‑3698836 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGGCTGGGGGGTTTTGTGG > REL606/3882308‑3882327 gCAGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTG < 1:17643360/34‑1 cCAGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTG < 1:9770954/34‑1 cCAGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTG < 1:8733245/34‑1 cCAGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTG < 1:17425210/34‑1 cCAGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTG < 1:11033956/34‑1 cCAGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTG < 1:8992625/34‑1 cCAGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTG < 1:6258625/34‑1 TCAGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGGGGTG > 1:19181596/1‑35 TCAGACGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTG < 1:15541276/35‑1 CAGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTTGTGT > 1:18023676/1‑35 CAGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGT > 1:4607271/1‑35 CAGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGT > 1:12917836/1‑35 CAGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGT < 1:4488272/35‑1 CAGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGT < 1:7613832/35‑1 CAGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGT < 1:18358928/35‑1 CAGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGT < 1:7173737/35‑1 CAGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGT < 1:3067937/35‑1 CAGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGGGGTGg > 1:18834072/1‑34 CAGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGGGGTGT > 1:15022020/1‑35 CAGCCGGTCAAGTACATCGTAACCGAAGGTGGTGT > 1:956072/1‑35 AGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTG < 1:15597890/35‑1 AGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTG < 1:7239106/35‑1 AGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTG < 1:7809977/35‑1 AGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTG > 1:17373553/1‑35 AGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTG < 1:14673810/35‑1 AGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTG > 1:4732078/1‑35 AGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTG > 1:12060933/1‑35 AGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTG > 1:11374433/1‑35 AGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTG < 1:10652316/35‑1 AGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGGGGTGTG > 1:3982990/1‑35 GCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGG > 1:5035960/1‑35 GCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGG < 1:3489604/35‑1 GCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGG < 1:20371721/35‑1 GCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGG > 1:8117088/1‑35 GCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGG < 1:8004783/35‑1 GCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGG < 1:10123171/35‑1 GCCGGTCAAGTACATCGAAACGGAAGGTGGTGTGG > 1:1146084/1‑35 ctGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGC < 1:2475329/33‑1 CCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGC < 1:20414773/35‑1 CCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGC > 1:17254024/1‑35 CCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGC < 1:15931506/35‑1 CCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGC < 1:15668116/35‑1 CCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGC > 1:4467773/1‑35 CCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGC < 1:11262100/35‑1 CCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGC < 1:10621299/35‑1 CCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGC < 1:5612641/35‑1 CCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGGGTGGg > 1:10645583/1‑34 atcTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCT < 1:16312329/32‑1 CGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCT < 1:255831/35‑1 CGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCT > 1:15784179/1‑35 CGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCT > 1:4756063/1‑35 CGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCT > 1:9526722/1‑35 CGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGGGGTGTGGCT > 1:826339/1‑35 GGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTG > 1:5393445/1‑35 GGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTG < 1:3090526/35‑1 GGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTG > 1:6300351/1‑35 GGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTG < 1:3664439/35‑1 GGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTG < 1:7123723/35‑1 GGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTG < 1:19219862/35‑1 GGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTG < 1:17356512/35‑1 GGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTG > 1:9312470/1‑35 GGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTG < 1:8572724/35‑1 GGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTG > 1:13374338/1‑35 GGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGGGTGGCTG > 1:17107957/1‑35 GGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGGGTGGCTG > 1:13974524/1‑35 GGTCAAGTACATCGTAAAGGAAGGTGGTGTGGCTG < 1:7142257/35‑1 GTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGG > 1:9877530/1‑35 GTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGG > 1:1226066/1‑35 GTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGG > 1:4593393/1‑35 GTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGG > 1:1472270/1‑35 GTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGG > 1:8285691/1‑35 GTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGG > 1:6372252/1‑35 GTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGGGGCTGG > 1:10602717/1‑35 GTCAAGTACATCGTAACGGAAGGGGGTGTGGCTGG > 1:7623930/1‑35 TCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGG > 1:10045598/1‑35 TCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGG > 1:16220640/1‑35 TCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGG > 1:16539336/1‑35 TCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGG > 1:18230103/1‑35 TCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGG > 1:2177594/1‑35 TCAAGTACATCGTAACGGAAGGAGGTGTGGCTGGG > 1:4309417/1‑35 CAAGTACATCTTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGGG > 1:11205511/1‑35 CAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGag > 1:17273857/1‑33 CAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGGc > 1:9159203/1‑34 CAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGGG > 1:20253491/1‑35 nAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGGGG > 1:7142801/2‑35 ACATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGGGGGTTT > 1:1703037/1‑35 CATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGGGGGTTTT > 1:10527128/1‑35 ATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGGGGTTTTTc > 1:15450486/1‑34 ATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGGGGGTTcca > 1:296492/1‑32 ATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGGGGGTTTgc > 1:2770516/1‑33 ATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGGGGGTTTcc > 1:15650114/1‑33 ATCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGGGGGTTTTt > 1:11621332/1‑34 TCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGGGGGTTTcct > 1:14786191/1‑32 TCGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGGGGGTTTccc > 1:18390624/1‑32 CGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGGGGGTTTTttt > 1:8423526/1‑32 CGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGGGGGTTTTctc > 1:1875325/1‑32 CGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGGGGGTTTTctc > 1:5078033/1‑32 CGTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGGGGGTTTTCTG > 1:3559942/1‑35 GTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGGGGGTTTTCTGG > 1:14750057/1‑35 GTAACGGAAGGTGGTGTGGCTGGGGGGTTTTCTGG > 1:12876851/1‑35 TCAGCCGGTCAAGTACATCGTAACGGAAGGTGGTgtggctg‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/3698869‑3698836 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGGCTGGGGGGTTTTGTGG > REL606/3882308‑3882327 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |