New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 4085856 =100 (0.970)24 (0.250) 5/44 NT 23.2% intergenic (+54/‑95) cpxP/fieF periplasmic protein combats stress/ferrous iron efflux protein F
?REL606 4214283 = 67 (0.710)coding (1595/1650 nt) pgi glucose‑6‑phosphate isomerase

Only 100 of 185 total aligned reads displayed.

CATAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTG  >  REL606/4085822‑4085885
                                  |                             
cggttaatcagaccatttgtcgagctatcgtggct                               <  1:6291614‑M1/1‑1 (MQ=255)
cggttaatcagaccattggtcgagctatcgtggct                               >  1:7940061‑M1/35‑35 (MQ=255)
cggttaatcagaccattggtcgagctatcgtggct                               <  1:5280031‑M1/1‑1 (MQ=255)
cggttaatcagaccattggtcgagctatcgtggct                               <  1:7752239‑M1/1‑1 (MQ=255)
cggttaatcagaccattggccgagctatcgtggct                               >  1:1002665‑M1/35‑35 (MQ=255)
cATAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGAtgt                               <  1:16173363/35‑1 (MQ=255)
cATAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGAtgt                               <  1:1438324/35‑1 (MQ=255)
cATAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGAtgt                               <  1:18251957/35‑1 (MQ=255)
cATAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGAtgt                               >  1:4056557/1‑35 (MQ=255)
cATAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGAtgt                               >  1:4681987/1‑35 (MQ=255)
 ggttaatcagaccattggtcgagctatcgtggcTg                              <  1:16384973‑M1/2‑1 (MQ=255)
 aTAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGAtgtg                              <  1:14783410/35‑1 (MQ=255)
 aTAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGAtgtg                              >  1:7991448/1‑35 (MQ=255)
 aTAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGAtgtg                              >  1:3518086/1‑35 (MQ=255)
  tAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTgn                             <  1:15103535/35‑1 (MQ=255)
  tAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTgg                             <  1:10060158/35‑1 (MQ=255)
  tAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTgg                             <  1:18697059/35‑1 (MQ=255)
  tAGACACCATCCCTGTCTTCCCACACATGATGTgg                             <  1:18510542/35‑1 (MQ=255)
  tAGACACCATCCCTGTATTCCCCCACATGATGTgg                             <  1:11017385/35‑1 (MQ=255)
  gttaatcagaccattggtcgagctatcgtggcTgg                             <  1:17580807‑M1/3‑1 (MQ=255)
  gttaatcagaccattggtcgagctatcgtggcTgg                             <  1:10238223‑M1/3‑1 (MQ=255)
  gttaatcagaccattggtcgagctatcgtggcTgg                             <  1:11245895‑M1/3‑1 (MQ=255)
  gttaatcagaccattggtcgagctatcgtggcTgg                             <  1:6552748‑M1/3‑1 (MQ=255)
  gttaatcagaccattggccgagctatcgtggcTgg                             <  1:8952963‑M1/3‑1 (MQ=255)
   ttaatcagaccattggtcgagctatcgtggctggt                            <  1:15416521‑M1/4‑2 (MQ=255)
   ttaatcagaccattggtcgagctatcgtggcTggg                            <  1:16986395‑M1/4‑1 (MQ=255)
   aGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTggg                            <  1:17594398/35‑1 (MQ=255)
   aGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTggg                            >  1:9871432/1‑35 (MQ=255)
   aGACACCATCCCTGTCTTCACCCACATGATGTggg                            <  1:11563602/35‑1 (MQ=255)
    taatcagaccattggtcgagctatcgtggcTgggg                           <  1:15677561‑M1/5‑1 (MQ=255)
    gACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTgggg                           >  1:3687861/1‑35 (MQ=255)
     acacCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTggggg                          >  1:13055970/1‑35 (MQ=255)
     acacCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTggggg                          <  1:11644029/35‑1 (MQ=255)
      cacCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGt                         <  1:19872487/35‑1 (MQ=255)
      cacCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGt                         <  1:74153/35‑1 (MQ=255)
       tcagaccattggtcgagctatcgtggctggggggt                        <  1:2156478‑M1/8‑3 (MQ=255)
       tcagaccattggtcgagctatcgtggcTGGGGGtt                        <  1:6851947‑M1/8‑1 (MQ=255)
       acCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGtt                        <  1:19117474/35‑1 (MQ=255)
       acCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGtt                        <  1:19641901/35‑1 (MQ=255)
       acCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGtt                        <  1:15202970/35‑1 (MQ=255)
       acCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGtt                        <  1:14829896/35‑1 (MQ=255)
        ccATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGttt                       <  1:5593183/35‑1 (MQ=255)
        ccATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGttt                       <  1:8665756/35‑1 (MQ=255)
         cATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGtttt                      <  1:695162/35‑1 (MQ=255)
         cATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGtttt                      <  1:2871431/35‑1 (MQ=255)
         agaccattggtcgagctatcgtggcTGGGGGtttt                      <  1:20032548‑M1/10‑1 (MQ=255)
          aTCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGttttt                     >  1:8522963/1‑35 (MQ=255)
          aTCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGttttt                     <  1:15878535/35‑1 (MQ=255)
          aTCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgtttt                     >  1:5196864/1‑35 (MQ=255)
          aTCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgtttt                     >  1:10046580/1‑35 (MQ=255)
          aTCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgtttt                     >  1:18623174/1‑35 (MQ=255)
          aTCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgtttt                     >  1:13078307/1‑35 (MQ=255)
          aTCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgtttt                     >  1:17412663/1‑35 (MQ=255)
           tCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgttttt                    >  1:16070879/1‑35 (MQ=255)
           tCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgttttt                    >  1:14548465/1‑35 (MQ=255)
            cccTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGttttttt                   <  1:19054136/35‑1 (MQ=255)
            cccTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGttttttt                   <  1:10812427/35‑1 (MQ=255)
            cccTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgtttttt                   >  1:11782813/1‑35 (MQ=255)
            ccattggtcgagctatcgtggcTGGTGGttttttt                   <  1:10149824‑M1/13‑1 (MQ=255)
            ccattggtcgagctatcgtggcTGGGGGttttttt                   <  1:12154751‑M1/13‑1 (MQ=255)
            ccattggtcgagctatcgtggcTGGGGGgtttttt                   <  1:18818946‑M1/13‑1 (MQ=255)
             ccTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGtttttttt                  <  1:3327019/35‑1 (MQ=255)
             ccTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgttttttt                  >  1:3675127/1‑35 (MQ=255)
             cattggtcgagctatcgtggcTGGTGGtttttttt                  <  1:20446137‑M1/14‑1 (MQ=255)
             cattggtcgagctatcgtggcTGGGGGtttttttt                  <  1:9571317‑M1/14‑1 (MQ=255)
             cattggtcgagctatcgtggcTGGGGGtttttttt                  <  1:7855256‑M1/14‑1 (MQ=255)
              cTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgtttttttt                 >  1:12004617/1‑34 (MQ=255)
              cTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGTTTTTTTTa                 <  1:274646/35‑1 (MQ=255)
              attggtcgagctatcgtggcTGGTGgttttttttt                 <  1:5490673‑M1/15‑2 (MQ=255)
              attggtcgagctatcgtggcTGGGGgttttttttt                 <  1:6242381‑M1/15‑2 (MQ=255)
              attggtcgagctatcgtggcTGGGGgtttcttttt                 <  1:4561742‑M1/15‑2 (MQ=255)
               ttggtcgagctatcgtggcTGGGggtttttttttt                <  1:11125523‑M1/16‑3 (MQ=255)
               tGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgttttttttt                >  1:16316835/1‑33 (MQ=37)
               tGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGgttttttttt                >  1:2612994/1‑33 (MQ=37)
               tGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGTTTTTTTTAt                <  1:9696462/35‑1 (MQ=255)
               tGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGTTTTTTTTAt                <  1:14225423/35‑1 (MQ=255)
                tggtcgagctatcgtggcTGGgggttttttttttt               <  1:14650465‑M1/17‑4 (MQ=255)
                 tCTTCCCCCACATGATGTGGGGGTTTTTTTTATcc              <  1:11886996/35‑1 (MQ=255)
                  cTTCCCCCACATGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCt             <  1:5027224/35‑1 (MQ=255)
                  cTTCCCCCACATGATGTGGGGGGTTTTTTTATTCt             >  1:20254376/1‑35 (MQ=37)
                   ttCCCCCACATGATGTGGTGGTTTTTTTTATCCTc            <  1:15576863/35‑1 (MQ=255)
                   ttCCCCCACATGATGTGGGGGGTTTTTTTTTCCTc            >  1:12719590/1‑35 (MQ=25)
                    tCCCCCACATGATGTGGGGGTTTTTTTATCCTCaa          <  1:16558481/35‑1 (MQ=37)
                    gcccccGCATGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCa           <  1:12231398/34‑1 (MQ=255)
                     cccccACATGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCaa          >  1:12513393/1‑35 (MQ=255)
                       cccACATGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAAtt        <  1:17257602/35‑1 (MQ=255)
                       cccACATGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAAtt        <  1:18073537/35‑1 (MQ=255)
                       cccACATGATGTGGGGGGTTTTTTTATCCTCAAtt        >  1:8786463/1‑35 (MQ=255)
                         cacaTGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTg      <  1:9497579/35‑1 (MQ=255)
                         cacaTGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTg      <  1:5464025/35‑1 (MQ=255)
                         cacaTGATGTGGGGGGTTTTTTTATCCTCAATTTg      >  1:3041094/1‑35 (MQ=255)
                          acaTGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGc     <  1:897353/35‑1 (MQ=255)
                           caTGATGTGGGGGTTTTTTTTTTCCTCAATTTGcc    >  1:4199888/1‑35 (MQ=255)
                           caTGATGTGGGGGGTTTTTTTATCCTCAATTTGcc    >  1:18414976/1‑35 (MQ=255)
                            atgatgTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCct   >  1:6009550/1‑35 (MQ=255)
                            atgatgTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCct   <  1:3767310/35‑1 (MQ=255)
                             tgatgTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCctg  <  1:10564806/35‑1 (MQ=255)
                             tgatgTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCctg  <  1:2895978/35‑1 (MQ=255)
                             tgatgTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCctg  <  1:9121681/35‑1 (MQ=255)
                             tgatgTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCctg  <  1:12864868/35‑1 (MQ=255)
                                  |                             
CATAGACACCATCCCTGTCTTCCCCCACATGATGTGGGGGTTTTTTTTATCCTCAATTTGCCTG  >  REL606/4085822‑4085885

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.