New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 422127 = | 69 (0.670) | 8 (0.120) | 4/32 | NT | 15.8% | coding (187/948 nt) | cyoA | cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II |
? | REL606 | 4480474 = | 39 (0.570) | coding (497/1191 nt) | intB | predicted integrase |
GCCTGATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/422168‑422127 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatggctgGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGT > REL606/4480474‑4480505 GCCTGATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTG < 1:8173190/35‑1 GCCTGATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTG > 1:15312225/1‑35 GCCTGATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTG > 1:8544808/1‑35 GCCTGATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTG > 1:12014579/1‑35 GCCTGATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTG < 1:13421298/35‑1 GCCTGATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTG < 1:12489604/35‑1 GCCTGATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTG < 1:18238575/35‑1 CCTGATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGA < 1:9291869/35‑1 CCTGATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGA > 1:6792455/1‑35 CCTGATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGA < 1:6510086/35‑1 CTGATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGAT > 1:503834/1‑35 CTGATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGAT > 1:16967861/1‑35 CTGATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGAT > 1:2524626/1‑35 CTGATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGAT > 1:12368503/1‑35 TGATGTTGATTGTCGTTATTCCCTCAATCTTGATG > 1:6980558/1‑35 TGATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATG > 1:18346776/1‑35 TGATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATG > 1:13121664/1‑35 GATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGG < 1:17649347/35‑1 GATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGG > 1:82029/1‑35 GATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGG < 1:17565587/35‑1 GATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGG < 1:16528189/35‑1 GATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGG > 1:6642647/1‑35 GATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGG < 1:11133009/35‑1 GATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGG < 1:5349706/35‑1 GATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGG > 1:4563999/1‑35 GATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGG > 1:10185132/1‑35 GATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGG < 1:10074659/35‑1 GATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGG > 1:4579439/1‑35 ATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGC > 1:20201259/1‑35 ATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGC < 1:3250984/35‑1 ATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGC < 1:10018044/35‑1 ATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGC > 1:12222662/1‑35 ATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATATTGATGGC < 1:10641292/35‑1 ATGTTGATTGACGTTATTCCCGCAATCTTGATGGC > 1:17604277/1‑35 TGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCT > 1:11924007/1‑35 TGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCT > 1:8472934/1‑35 TGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCT > 1:14682259/1‑35 TGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCT > 1:7743507/1‑35 TGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCT > 1:7177949/1‑35 TGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCT < 1:15817375/35‑1 TGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCT < 1:7021899/35‑1 GTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTG < 1:4403221/35‑1 GTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTG < 1:3108741/35‑1 GTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTG < 1:6443620/35‑1 GTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTG < 1:19928724/35‑1 GTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTG > 1:15252426/1‑35 GTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTG > 1:12665964/1‑35 GTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTG < 1:14542898/35‑1 TTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGG > 1:10315029/1‑35 TTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGG > 1:442479/1‑35 TTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGG > 1:15279353/1‑35 TTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGG > 1:16716276/1‑35 TTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGG > 1:659408/1‑35 TTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGG > 1:6552802/1‑35 TGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTtgt > 1:20318266/1‑32 TGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGG > 1:6236969/1‑35 TGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGG > 1:13461869/1‑35 TGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGG > 1:8979982/1‑35 GATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGG > 1:584637/1‑35 GATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGG > 1:11324810/1‑35 GATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGG > 1:10895186/1‑35 GATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGG > 1:15346050/1‑35 ATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGg > 1:5742913/1‑34 ATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGg > 1:3343076/1‑34 ATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGg > 1:2749446/1‑34 ATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGg > 1:15233919/1‑34 ATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGg > 1:15392298/1‑34 ATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGg > 1:19136938/1‑34 ATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGg > 1:18384973/1‑34 ATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGg > 1:16785081/1‑34 TTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGgg > 1:2950493/1‑33 TTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGgg > 1:6131121/1‑33 TTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGgg > 1:8680921/1‑33 TTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGgg > 1:2641005/1‑33 TTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGgg > 1:1885167/1‑33 TGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGggt > 1:18563728/1‑32 TGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGggt > 1:16350274/1‑32 GTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGGGGT > 1:8049433/1‑35 TCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGGGGTg > 1:9780545/1‑34 TCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGGGGTT > 1:20179805/1‑35 TCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGGGGTT > 1:3376620/1‑35 CGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGGGGTTG > 1:616367/1‑35 GTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGGGGTTGg > 1:6237070/1‑34 GTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGGGGTTGC > 1:16715812/1‑35 GTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTGGGGGGGTTGC > 1:15946991/1‑35 TGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACAT < 1:6692275/35‑1 TGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACAT < 1:1872209/35‑1 TGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATAGACAACAT < 1:1435247/35‑1 GGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATAGACAACATC < 1:11065160/35‑1 GCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCG < 1:13848248/35‑1 GCTGGGGCGGTTGCTTACTGTAATCGACAACATCG < 1:7191091/35‑1 CTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGT < 1:7134872/35‑1 CTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGT < 1:12637170/35‑1 GCCTGATGTTGATTGTCGTTATTCCCGCAATCTTGATGGCTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/422168‑422127 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatggctgGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGT > REL606/4480474‑4480505 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |