New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 168661182 (0.800)12 (0.120) 3/48 NT 15.0% coding (276/1059 nt) rnfD electron transport complex protein RnfD
?REL606 = 4059472 54 (0.530)coding (536/636 nt) fdoI formate dehydrogenase‑O, cytochrome b556 subunit

Only 100 of 163 total aligned reads displayed.

CAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATTCCCCCCCTCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTACGGTGT  >  REL606/1686577‑1686645
                                  |                                  
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cAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATTCCCCCCCTc                                    <  1:16684449/35‑1 (MQ=255)
cAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATTCCCCCCCTc                                    <  1:18814271/35‑1 (MQ=255)
  ggCTTATTGCTGGCGGTAAGTATTCCCCCCCTcgc                                  <  1:14685053/35‑1 (MQ=255)
  ggCTTATTGCTGGCGGTAAGTATTCCCCCCCTcgc                                  <  1:9382011/35‑1 (MQ=255)
  ggCTTATTGCTGGCGGTAAGTATTCCCCCCCTcgc                                  <  1:17307344/35‑1 (MQ=255)
     ttATTGCTGGCGGTAAGTATTCCCCCCCTCGCGcc                               <  1:10540466/35‑1 (MQ=255)
      tATTGCTGGCGGTAAGTATTCCCCCCCTCGCGCCa                              <  1:13709696/35‑1 (MQ=255)
      tATTGCTGGCGGTAAGTATTCCCCCCCTCGCGCCa                              <  1:880887/35‑1 (MQ=255)
        ttGCTGGCGGTAAGTATTCCCCCCCTCGCGCCAtg                            <  1:11568737/35‑1 (MQ=255)
        ttGATGGCGGTAAGTATTCCCCCCCTCGCGCCAtg                            <  1:17898388/35‑1 (MQ=255)
         tGCTGGCGGTAAGTATTCCCCCCCTCGCGCCAtgg                           <  1:1789357/35‑1 (MQ=255)
         tGCTGGCGGTAAGTATTCCCCCCCTCGCGCCAtgg                           <  1:7592663/35‑1 (MQ=255)
          gCTGGCGGTAAGTATTCCCCCCCTCGCGCCAtggt                          <  1:1119186/35‑1 (MQ=255)
            tGGCGGTAAGTATTCCCCCCCTCGCGCCAtggtgg                        <  1:508188/35‑1 (MQ=255)
            tGGCGGTAAGTATTCCCACCCTCGCGCCAtggtgg                        <  1:10049079/35‑1 (MQ=255)
             ggCGGTAAGTATTCCCCACCTCGCGCCATGGTGGa                       <  1:13570573/35‑1 (MQ=255)
               cGGTAAGTATTCCCCCCCTCGCGCCATGGTGGATg                     <  1:19172829/35‑1 (MQ=255)
               cGGTAAGTATTCCCCCCCTCGCGCCATGGTGGATg                     >  1:16334389/1‑35 (MQ=255)
                ggTAAGTATTCCCCCCCTCGCGCCCTGGTGGATgg                    <  1:15236054/35‑1 (MQ=255)
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                ggTAAGTATTCCCCCCCTCGCGCCATGGTGGATgg                    >  1:15106389/1‑35 (MQ=255)
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                     gTATTCCCCCCCTCGCGCCATGGTGTATGGTCGTg               >  1:15075119/1‑35 (MQ=255)
                     gTATTCCCCCCCTCGCGCCATGGTGGATGGTCGTg               >  1:7697489/1‑35 (MQ=255)
                     gTATTCCCCCCCTCGCGCCATGGTGGATGGTCGTg               >  1:9596444/1‑35 (MQ=255)
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                      tATTCCCCCCCTCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGc              <  1:2462104/35‑1 (MQ=255)
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                         tCCCCCCCTCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTgg           <  1:12225461/35‑1 (MQ=255)
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                            cccccTCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTa        >  1:4444191/1‑35 (MQ=255)
                            cccccTCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTa        <  1:7541032/35‑1 (MQ=255)
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                            cccccCCccgccatggtgctttggtccaggtagtg        <  1:1496522‑M1/35‑29 (MQ=255)
                            cccccCCccgccatggtgctttggtccaggtagtg        <  1:15547536‑M1/35‑29 (MQ=255)
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                             ccccTCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTAc       <  1:8207662/35‑1 (MQ=255)
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                              cccCCccgccatggtggaaggatgggttaccagcg      <  1:15537221‑M1/35‑31 (MQ=255)
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                               ccTCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTACgg     <  1:7003426/35‑1 (MQ=255)
                               ccTCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTACgg     <  1:5874918/35‑1 (MQ=255)
                               ccTCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTACgg     <  1:5795048/35‑1 (MQ=255)
                               ccTCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTACgg     <  1:5578649/35‑1 (MQ=255)
                                cccccgccatggtgctttggtccaggtagtgcctt    <  1:14538198‑M1/33‑33 (MQ=255)
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                                cccccgccatggtgctttggtccaggtagtgcctn    <  1:19595348‑M1/33‑33 (MQ=255)
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                                cTCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTACGgt    <  1:11202047/35‑1 (MQ=255)
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                                cTCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTACGgt    <  1:5123955/35‑1 (MQ=255)
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                                 ccccgccatggtgctttggtccaggtagtgccttc   <  1:14864892‑M1/34‑34 (MQ=255)
                                  cgcgCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTACGgtgt  >  1:13972016/1‑35 (MQ=255)
                                  cgcgCCATGGTGGATGGCCGTGCTGGCCACGgtgt  >  1:19325344/1‑35 (MQ=25)
                                  cccgccatggtggaaggatgggttaccagcgcctg  <  1:12438664‑M1/35‑35 (MQ=255)
                                  cccgccatggtggaaggatgggttaccagcgcctg  <  1:5382235‑M1/35‑35 (MQ=255)
                                  cccgccatggtgctttggtccaggtagtgccttca  <  1:8097112‑M1/35‑35 (MQ=255)
                                  cccgccatggtgctttggtccaggtagtgccttca  <  1:3330351‑M1/35‑35 (MQ=255)
                                  cccgccatggtgctttggtccaggtagtgccttca  <  1:1979231‑M1/35‑35 (MQ=255)
                                  |                                  
CAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATTCCCCCCCTCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTACGGTGT  >  REL606/1686577‑1686645

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.