New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 168661182 (0.800)5 (0.050) 3/48 NT 10.1% coding (276/1059 nt) rnfD electron transport complex protein RnfD
?REL606 1736972 = 7 (0.070)coding (819/1221 nt) sufS selenocysteine lyase

TGATGCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCAC  >  REL606/1736938‑1737006
                                  |                                  
tgatgCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAAc                                    <  1:13397985/35‑1 (MQ=255)
 gatgCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAAcc                                   <  1:11596467/35‑1 (MQ=255)
 gatgCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAAcc                                   <  1:16985295/35‑1 (MQ=255)
  atgCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCg                                  <  1:17270599/35‑1 (MQ=255)
  atgCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCg                                  <  1:16446625/35‑1 (MQ=255)
   tgCCCCGGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGc                                 <  1:13190727/35‑1 (MQ=255)
       cccGGTATTGGGTGTACCGGCTTTTAAACGccccg                             >  1:1724161/1‑32 (MQ=19)
          ggTATTGGGTGTACCGGCTTTTAACCCCCCTgggg                          >  1:7973140/1‑33 (MQ=16)
                       ccGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCTAGGt             >  1:16197484/1‑35 (MQ=255)
                       ccGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGt             >  1:7068568/1‑35 (MQ=255)
                         ggCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAg           >  1:12261407/1‑35 (MQ=255)
                         ggCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAg           >  1:981302/1‑35 (MQ=255)
                         cccccccccCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAg           <  1:4826362‑M2/26‑1 (MQ=255)
                          gCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGt          >  1:4344090/1‑35 (MQ=255)
                          gCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGt          >  1:13852003/1‑35 (MQ=255)
                          ccccccccCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGt          <  1:9045322‑M2/27‑1 (MQ=255)
                           cccccccCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTg         <  1:6139808‑M2/28‑1 (MQ=255)
                           cccccccCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTg         <  1:1496522‑M2/28‑1 (MQ=255)
                           cccccccCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTg         <  1:15547536‑M2/28‑1 (MQ=255)
                             tCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGcc       >  1:2430707/1‑35 (MQ=255)
                             tCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGcc       >  1:1679773/1‑35 (MQ=255)
                             cccccCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGcc       <  1:938910‑M2/30‑1 (MQ=255)
                              ccccCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCt      <  1:2402925‑M2/31‑1 (MQ=255)
                              cAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCt      >  1:10571613/1‑35 (MQ=255)
                              cAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCt      >  1:17378552/1‑35 (MQ=255)
                               cccCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCtt     <  1:13650154‑M2/32‑1 (MQ=255)
                               cccCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCtt     <  1:14538198‑M2/32‑1 (MQ=255)
                               cccCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCtn     <  1:19595348‑M2/32‑1 (MQ=255)
                               accCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCtt     <  1:18640817‑M2/32‑1 (MQ=255)
                               aaaCCGCCATGTTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCtt     >  1:16114561/1‑35 (MQ=255)
                               aaaCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGcgcg     >  1:20338177/1‑32 (MQ=255)
                                ccCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTc    <  1:14864892‑M2/33‑1 (MQ=255)
                                ccCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTc    <  1:4947015‑M2/33‑1 (MQ=255)
                                ccCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTc    <  1:17422636‑M2/33‑1 (MQ=255)
                                aaCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTATTGCCTTc    >  1:7085245/1‑35 (MQ=255)
                                aaCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTc    >  1:17061584/1‑35 (MQ=255)
                                 cCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCa   <  1:5097249‑M2/34‑1 (MQ=255)
                                 cCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCa   <  1:3330351‑M2/34‑1 (MQ=255)
                                 cCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCa   <  1:8097112‑M2/34‑1 (MQ=255)
                                 cCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCa   <  1:13657590‑M2/34‑1 (MQ=255)
                                 cCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCa   <  1:1979231‑M2/34‑1 (MQ=255)
                                 aCCGCCATGGTGCTTTGTTCCAGGTAGTGCCTTCa   >  1:4142003/1‑35 (MQ=255)
                                 aCCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCa   >  1:13838373/1‑35 (MQ=255)
                                  ccGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCAc  <  1:1561223/35‑1 (MQ=255)
                                  ccGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCAc  >  1:15549520/1‑35 (MQ=255)
                                  ccGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCAc  >  1:3571070/1‑35 (MQ=255)
                                  ccGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCAc  >  1:5483572/1‑35 (MQ=255)
                                  ccGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCAc  >  1:5669240/1‑35 (MQ=255)
                                  |                                  
TGATGCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCAC  >  REL606/1736938‑1737006

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.