Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6061,271,3541.→G 1.9% 1.8 ‑1.5 ‑0.0159coding (645/1101 nt)chaAcalcium/sodium:proton antiporter
Rejected: E-value exceeds prediction threshold.
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands.
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (2/0):  ref base (72/84):  total (75/84)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.18e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.90e-01

Only 100 of 194 total aligned reads displayed.

ACCAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACTGT  >  REL606/1271320‑1271388
                                   |                                  
aCCAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAc                                     >  1:14366273/1‑35 (MQ=255)
aCCAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAc                                     >  1:7791638/1‑35 (MQ=255)
aCCAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAc                                     >  1:20066951/1‑35 (MQ=255)
 ccAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACg                                   >  1:13988026/1‑35 (MQ=255)
 ccAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACg                                   <  1:2932722/35‑1 (MQ=255)
 ccAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACg                                   >  1:8622203/1‑35 (MQ=255)
 ccAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACg                                   >  1:3972793/1‑35 (MQ=255)
  cAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACgg                                  >  1:3802432/1‑35 (MQ=255)
  cAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACgg                                  >  1:2162047/1‑35 (MQ=255)
   aGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACggg                                 >  1:10639317/1‑34 (MQ=255)
   aGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACggg                                 >  1:12589909/1‑34 (MQ=255)
   aGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACggg                                 >  1:7048766/1‑34 (MQ=255)
   aGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGt                                 <  1:2612556/35‑1 (MQ=255)
    gATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACgggt                                >  1:5236433/1‑33 (MQ=255)
    gATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGtt                                <  1:7657870/35‑1 (MQ=255)
    gATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGtt                                <  1:11669178/35‑1 (MQ=255)
     aTAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGttt                               >  1:15458026/1‑35 (MQ=255)
     aTAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGttt                               <  1:575612/35‑1 (MQ=255)
     aTAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGgtt                               >  1:5365450/1‑35 (MQ=255)
     aTAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGgtt                               >  1:1043866/1‑35 (MQ=255)
     aTAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGgtt                               >  1:8305731/1‑35 (MQ=255)
     aTAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGgtt                               >  1:11546456/1‑35 (MQ=255)
      tAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGTTTa                              <  1:18296410/35‑1 (MQ=255)
      tAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGGTTa                              >  1:5565566/1‑35 (MQ=255)
      tAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGGTTa                              >  1:5538557/1‑35 (MQ=255)
       aGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGTTTAc                             <  1:18508662/35‑1 (MQ=255)
       aGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGGTTAc                             >  1:1352154/1‑35 (MQ=255)
        gCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGTTTAcc                            <  1:6453135/35‑1 (MQ=255)
        acATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGTTTAcc                            >  1:810835/2‑35 (MQ=255)
         cATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCg                           <  1:15842878/35‑1 (MQ=255)
          aTGCCACACGCTGCTATGGACAGACTGGTTTCcct                           >  1:11722874/1‑34 (MQ=16)
           tGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCGTg                         <  1:8994140/35‑1 (MQ=255)
           tGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCGTg                         <  1:18519592/35‑1 (MQ=255)
             ccACACGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCGTGAt                       >  1:11085599/1‑35 (MQ=255)
             ccACACGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCGTGAt                       <  1:4388213/35‑1 (MQ=255)
             ccACACGCTGCTATGGGCAGACGGGTTACCGTGAt                       >  1:12243467/1‑35 (MQ=255)
              cacaCGCTGCTTTGGGCAGACGGTTTACCGTGATg                      <  1:5658037/35‑1 (MQ=255)
              cacaCGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCGTGATg                      <  1:760400/35‑1 (MQ=255)
              cacaCGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCGTGATg                      <  1:7309566/35‑1 (MQ=255)
              cacaCGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCGTGATg                      <  1:18725038/35‑1 (MQ=255)
              cacaCGCTGCTATGGGCAGACGGGTTACCGTggtt                      >  1:144371/1‑32 (MQ=37)
              cacaCGCTGCTATGGGCAGACGGGTTACCGTTATg                      >  1:3682723/1‑35 (MQ=37)
               acacGCTGCTATGTGCAGACGGGTTACCGTGATgt                     >  1:1689830/1‑34 (MQ=37)
               acacGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGc                     <  1:8094446/35‑1 (MQ=255)
               acacGCTGCTATGGGCAGACGGGTTACCGTGATgg                     >  1:15218549/1‑34 (MQ=255)
               acacGCTGCTATGGGCAGACGGGTTACCGTGATGc                     >  1:17160446/1‑35 (MQ=255)
               acacGCTGCTATGGGCAGACGGGTTACCGTGATGc                     >  1:8228193/1‑35 (MQ=255)
                cacGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCg                    >  1:4650592/1‑35 (MQ=255)
                cacGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCg                    <  1:1802728/35‑1 (MQ=255)
                cacGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCg                    >  1:17008213/1‑35 (MQ=255)
                cacGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCg                    <  1:16016477/35‑1 (MQ=255)
                 acGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCgg                   >  1:18578954/1‑35 (MQ=255)
                 acGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCgg                   <  1:12524296/35‑1 (MQ=255)
                 acGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCgg                   >  1:3406929/1‑35 (MQ=255)
                 acGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCgg                   >  1:15952082/1‑35 (MQ=255)
                 acGCTGCTATGGGCAGACGGGTTACCGTGATGCgg                   >  1:682755/1‑35 (MQ=255)
                  cGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCggg                  >  1:7712713/1‑35 (MQ=255)
                  cGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCggg                  >  1:4583830/1‑35 (MQ=255)
                   gctgctATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCgggg                 >  1:20373217/1‑34 (MQ=255)
                    ctgctATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtc                <  1:13395494/35‑1 (MQ=255)
                    ctgctATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtc                <  1:13840096/35‑1 (MQ=255)
                    ctgctATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtc                <  1:15099636/35‑1 (MQ=255)
                    ctgctATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtc                >  1:17480652/1‑35 (MQ=255)
                    ctgctAGGGGCAGACGGTTTACAGTGATGCGGgtc                <  1:19534341/35‑1 (MQ=38)
                    atgctATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtc                <  1:3936833/34‑1 (MQ=255)
                     tgctATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtcg               >  1:4512327/1‑35 (MQ=255)
                     tgctATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtcg               <  1:6732822/35‑1 (MQ=255)
                     tgctATGGGCAGACGGTTTACCGTGATCCGGgtcg               >  1:14264813/1‑35 (MQ=255)
                      gctATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtcgt              <  1:9150844/35‑1 (MQ=255)
                      gctATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtcgt              <  1:19376532/35‑1 (MQ=255)
                       ctATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtcgtc             >  1:3888661/1‑35 (MQ=255)
                        tATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcg            <  1:2299462/35‑1 (MQ=255)
                        tATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcg            <  1:20538117/35‑1 (MQ=255)
                        tATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcg            >  1:19970684/1‑35 (MQ=255)
                        tATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcg            >  1:17752304/1‑35 (MQ=255)
                        tATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcg            >  1:15762084/1‑35 (MQ=255)
                        tATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcg            <  1:157037/35‑1 (MQ=255)
                        tATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcg            <  1:15634419/35‑1 (MQ=255)
                         ctGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcgt           <  1:10582297/34‑1 (MQ=255)
                         aTGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcgt           <  1:14655555/35‑1 (MQ=255)
                         aTGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcgt           >  1:9833333/1‑35 (MQ=255)
                         aTGGGCAGACGGTTTACCATGATGCGGgtcgtcgt           >  1:13725242/1‑35 (MQ=255)
                          tGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcgtc          <  1:16402244/35‑1 (MQ=255)
                            ggCAGACGGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGtcat        <  1:9545958/35‑1 (MQ=255)
                             gCAGACGGTTTAACGTGATGCGGGTCGTCGtcatc       <  1:10070187/35‑1 (MQ=255)
                              cAGACGGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGtcatca      <  1:613582/35‑1 (MQ=255)
                              cAGACGGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGtcatca      <  1:11342544/35‑1 (MQ=255)
                               aGACGGTTTACCGTGATTCGGGTCGTCGTCATCAc     >  1:19862295/1‑35 (MQ=255)
                               aGACGGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCAc     <  1:2040956/35‑1 (MQ=255)
                               aGACGGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCAc     <  1:10941248/35‑1 (MQ=255)
                                gACGGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACt    >  1:586161/1‑35 (MQ=255)
                                gACGGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACt    <  1:17290191/35‑1 (MQ=255)
                                gACGGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACt    >  1:12780002/1‑35 (MQ=255)
                                 aCGGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACTg   <  1:18815266/35‑1 (MQ=255)
                                 aCGGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACTg   <  1:10324255/35‑1 (MQ=255)
                                 aCGGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGCCATCACTg   >  1:2606723/1‑35 (MQ=255)
                                  cGGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACTGt  <  1:19267096/35‑1 (MQ=255)
                                  cGGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACTGt  >  1:13187542/1‑35 (MQ=255)
                                  cGGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACTGt  >  1:12492815/1‑35 (MQ=255)
                                  cGGTGTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACTGt  <  1:13659536/35‑1 (MQ=255)
                                   |                                  
ACCAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGACGGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACTGT  >  REL606/1271320‑1271388

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.