Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | 94.5% | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 84 (0.930) | 36/42 | NT | 95.2% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
? | REL606 | = 4524527 | 3 (0.050) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
* | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 70 (0.780) | 36/42 | NT | 89.3% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
? | REL606 | 4524522 = | 6 (0.090) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2772890‑2772854 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAA < REL606/4524527‑4524494 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:9441695/1‑35 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:1050345/35‑1 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:5712810/35‑1 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:1560634/1‑35 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:11325918/35‑1 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:15754638/1‑35 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:18857092/1‑35 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:12469510/35‑1 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:1722182/35‑1 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:14201394/1‑35 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:14523967/1‑35 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:7747475/1‑35 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:16909152/1‑35 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:17022723/1‑35 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:1744508/1‑35 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:18081355/1‑35 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:7569075/35‑1 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:19514949/1‑35 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:19762844/1‑35 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:20499775/1‑35 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:6075997/35‑1 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:6831378/35‑1 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:134277/35‑1 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:11463957/1‑35 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:12619693/1‑35 CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGtg > 1:5942365/1‑33 CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGN < 1:14687782/35‑1 CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:18602121/1‑35 CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:19952169/35‑1 CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:4374693/1‑35 CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:2506877/1‑35 CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:1227843/35‑1 CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:10739542/35‑1 CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:16573837/1‑35 CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:13212923/35‑1 CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:14597349/35‑1 CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:13983861/1‑35 CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:2200067/35‑1 GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGcg > 1:7361480/1‑33 GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGT < 1:1335937/35‑1 GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGT < 1:19262827/35‑1 TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT < 1:10566350/35‑1 TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT > 1:1440530/1‑35 TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT > 1:3513181/1‑35 AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGcaa > 1:5281405/1‑32 AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG < 1:6252208/35‑1 AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG < 1:6302833/35‑1 AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG < 1:10916002/35‑1 AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG < 1:476153/35‑1 AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG < 1:11825021/35‑1 ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC > 1:17489524/1‑35 ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC < 1:12506541/35‑1 ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC > 1:6576778/1‑35 TACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCG > 1:3835077/1‑35 ACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGG > 1:19597707/1‑35 ACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGG < 1:10986449/35‑1 CCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGC > 1:6668605/1‑35 CACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCC > 1:2951618/1‑35 CACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCC < 1:4302698/35‑1 CACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCC < 1:14429922/35‑1 CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCC > 1:2620723/1‑35 CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCC > 1:12168107/1‑35 AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCG > 1:13638310/1‑35 ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGG < 1:866264/35‑1 ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGG < 1:4072909/35‑1 ACCCGTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGG < 1:209787/35‑1 CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGT > 1:20034582/1‑35 TTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC < 1:12840879/35‑1 TTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC < 1:414684/35‑1 TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCA > 1:16285566/1‑35 TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCA > 1:6824069/1‑35 AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA < 1:15307691/35‑1 AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA < 1:4644438/35‑1 AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA < 1:11679285/35‑1 AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA > 1:9091561/1‑35 AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA > 1:7199923/1‑35 AGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAA > 1:16981738/1‑35 AGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAA > 1:19801512/1‑35 AGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAA > 1:7298467/1‑35 GTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAca > 1:4836413/1‑33 GTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAA > 1:9648694/1‑35 GTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAA > 1:16697608/1‑35 TAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGGTGCAAAATA > 1:19565157/1‑35 GCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC < 1:17874551/35‑1 GCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC > 1:8346693/1‑35 GCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC < 1:8727010/35‑1 GCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC < 1:18930524/35‑1 GCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC > 1:11673259/1‑35 GCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC > 1:10210398/1‑35 CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCG > 1:18220074/1‑35 CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCG < 1:1208119/35‑1 TTATGGGTTGCGGCCCCGGTTTCAAAATAACGCGC > 1:20138787/1‑35 TTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGC > 1:13758957/1‑35 TTATGGGTTGCGGCCCAGGTTGCAAAATAACGCGC < 1:9620689/35‑1 TATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCC > 1:7909714/1‑35 TATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCC < 1:8181599/35‑1 ATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCT < 1:15534342/35‑1 TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTG > 1:10236979/1‑35 GGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGG > 1:3347513/1‑35 GTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAA > 1:14835917/1‑35 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2772890‑2772854 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAA < REL606/4524527‑4524494 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |