New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 558248 = | 18 (0.180) | 6 (0.090) | 4/32 | NT | 19.7% | coding (185/294 nt) | ECB_00516 | conserved hypothetical protein |
? | REL606 | 3001100 = | 37 (0.540) | coding (1537/2847 nt) | flu | antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
GAAATGTTCGGGCATGGCAAGCGAATGAATATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATGGGA > REL606/558214‑558281 | gcatattgatggtgccgccctggccggtgaggttc < 1:9899153‑M1/1‑1 (MQ=255) gcatattgatggtgccgccctggccggtgaggttc > 1:4659178‑M1/35‑35 (MQ=255) gcatattgatggtgccgccctggccggtgaggttc < 1:4079007‑M1/1‑1 (MQ=255) gcatattgatggtgccgccctggccggtgaggttc > 1:1002043‑M1/35‑35 (MQ=255) catattgatggtgccgccctggccggtgaggttCg > 1:9392529‑M1/34‑35 (MQ=255) catattgatggtgccgccctggccggtgaggttCg > 1:20534432‑M1/34‑35 (MQ=255) catattgatggtgccgccctggccggtgaggttCg < 1:14778570‑M1/2‑1 (MQ=255) catattgatggtgccgccctggccggtgaggttCg > 1:3115348‑M1/34‑35 (MQ=255) catattgatggtgccgccctggccggtgaggttCg > 1:6303750‑M1/34‑35 (MQ=255) atattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgt < 1:20171631‑M1/3‑1 (MQ=255) atattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgt > 1:2190732‑M1/33‑35 (MQ=255) atattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgt > 1:15227045‑M1/33‑35 (MQ=255) atattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgt < 1:8018887‑M1/3‑1 (MQ=255) atattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgt < 1:842587‑M1/3‑1 (MQ=255) atattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgt > 1:8667352‑M1/33‑35 (MQ=255) atattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgt > 1:12338401‑M1/33‑35 (MQ=255) tattgatggtgccgccctggccggtgaggttcgtt < 1:12566762‑M1/4‑2 (MQ=255) tattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtg > 1:13376837‑M1/32‑35 (MQ=255) tattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtg > 1:6059037‑M1/32‑35 (MQ=255) tattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtg > 1:14039183‑M1/32‑35 (MQ=255) tattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtg > 1:3290798‑M1/32‑35 (MQ=255) tattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtg > 1:8114716‑M1/32‑35 (MQ=255) tattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtg > 1:2736372‑M1/32‑35 (MQ=255) tattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtg > 1:2570527‑M1/32‑35 (MQ=255) tattgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtg > 1:11838075‑M1/32‑35 (MQ=255) attgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtgg > 1:629482‑M1/31‑35 (MQ=255) attgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtgg > 1:2879783‑M1/31‑35 (MQ=255) attgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtgg < 1:1454657‑M1/5‑1 (MQ=255) attgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtgg < 1:15315935‑M1/5‑1 (MQ=255) ttgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtggt < 1:197425‑M1/6‑1 (MQ=255) ttgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtggt > 1:9861478‑M1/30‑35 (MQ=255) ttgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtggt < 1:12744747‑M1/6‑1 (MQ=255) tgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtggtg < 1:4214927‑M1/7‑1 (MQ=255) tgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtggtg < 1:412958‑M1/7‑1 (MQ=255) tgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtggtg > 1:3885779‑M1/29‑35 (MQ=255) tgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtggtg > 1:16547309‑M1/29‑35 (MQ=255) tgatggtgccgccctggccggtgaggttCgtggtg < 1:8260426‑M1/7‑1 (MQ=255) gatggtgccgccctggccggtgaggttCGtggtgg < 1:3791107‑M1/8‑1 (MQ=255) gatggtgccgccctggccggtgaggttCGtggtgg > 1:12920923‑M1/28‑35 (MQ=255) gatggtgccgccctggccggtgaggttCGtggtgg > 1:18939566‑M1/28‑35 (MQ=255) tggtgccgccctggccggtgaggttCGTGGTgggg < 1:11020646‑M1/10‑1 (MQ=255) gtgccgccctggccggtgaggttCGTggtgggcgg < 1:2694370‑M1/12‑4 (MQ=255) tgccgccctggccggtgaggttCGTggtggggagt < 1:5399816‑M1/13‑4 (MQ=255) gccgccctggccggtgaggttCGTGGTGGGGGGGt < 1:3966123‑M1/14‑1 (MQ=255) ccgccctggccggtgaggttCGTGGTGGggcgttt < 1:12257482‑M1/15‑4 (MQ=255) ccgccctggccggtgaggttCGTGGTGGGGAGGtt < 1:4845574‑M1/15‑1 (MQ=255) gccctggccggtgaggttCGTGGTGGGGCGTtttt < 1:1951617‑M1/17‑1 (MQ=255) ccctggccggtgaggttCGTGGTGGGGCGTTTTTg < 1:15085725‑M1/18‑1 (MQ=255) ccctggccggtgaggttCGTGGTGGGGAGGTTTTg < 1:6061973‑M1/18‑1 (MQ=255) cctggccggtgaggttCGTGGTGGGGCggtttttg < 1:6977799‑M1/19‑3 (MQ=255) cGAATGAATATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATac < 1:19806322/35‑1 (MQ=35) gaatgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATaca < 1:840076/35‑1 (MQ=38) gaatgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATaca < 1:9076029/35‑1 (MQ=38) gaatgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATaca < 1:11268331/35‑1 (MQ=38) gaatgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATaca < 1:18997986/35‑1 (MQ=38) gaatgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATaca < 1:16355892/35‑1 (MQ=38) aatgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATacac < 1:13634211/35‑1 (MQ=40) aatgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATacac < 1:6161216/35‑1 (MQ=40) aatgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATacac < 1:1300961/35‑1 (MQ=40) atgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACg < 1:19767257/35‑1 (MQ=255) atgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACg < 1:9152682/35‑1 (MQ=255) atgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACg < 1:7118960/35‑1 (MQ=255) tgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGt < 1:7773621/35‑1 (MQ=255) tgaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGt < 1:14205898/35‑1 (MQ=255) gaatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTg < 1:9377352/35‑1 (MQ=255) aatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGc < 1:7355718/35‑1 (MQ=255) aatATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGc < 1:16219545/35‑1 (MQ=255) atatGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCa < 1:8107820/35‑1 (MQ=255) atGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATg < 1:8360912/35‑1 (MQ=255) atGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATg < 1:12856018/35‑1 (MQ=255) atGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATg < 1:10369568/35‑1 (MQ=255) tGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATgg < 1:2720/35‑1 (MQ=255) tGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATgg < 1:13077462/35‑1 (MQ=255) gCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATggg < 1:3899669/35‑1 (MQ=255) gCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATggg < 1:20427903/35‑1 (MQ=255) gCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATggg < 1:5786835/35‑1 (MQ=255) gCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATggg < 1:5157426/35‑1 (MQ=255) ccGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATGGGa < 1:12862584/35‑1 (MQ=255) ccGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATGGGa < 1:18028030/35‑1 (MQ=255) | GAAATGTTCGGGCATGGCAAGCGAATGAATATGCCGTGGTGGGGCGGTTTTGATACACGTGCATGGGA > REL606/558214‑558281 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |