New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 2908068 =60 (0.580)9 (0.110) 4/38 NT 14.3% coding (999/2871 nt) xdhD fused predicted xanthine/hypoxanthine oxidase: molybdopterin‑binding subunit/Fe‑S binding subunit
?REL606 4123539 = 60 (0.740)coding (903/1080 nt) frwC predicted enzyme IIC component of PTS

Only 100 of 123 total aligned reads displayed.

CGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGC  >  REL606/4123505‑4123572
                                  |                                 
gatcatatgctcgccgcgctgggctgcatggctgg                                   >  1:13693438‑M2/35‑35 (MQ=255)
cggcgCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTgg                                   >  1:12484451/1‑35 (MQ=255)
 ggcgCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTggg                                  <  1:9574434/35‑1 (MQ=255)
 ggcgCTGGTCGATGCGCAGTGCTATGCAGGCTggg                                  >  1:14341337/1‑35 (MQ=255)
 ggcgATGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTggg                                  <  1:17970251/35‑1 (MQ=255)
 atcatattctcgccgcgctgggctgcatggctggg                                  >  1:17598773‑M2/34‑35 (MQ=255)
  tcatatgctcgccgcgctgggctgcatggctgggg                                 >  1:19002858‑M2/33‑35 (MQ=255)
  tcatatgctcgccgcgctgggctgcatggctgggg                                 >  1:15038378‑M2/33‑35 (MQ=255)
  gcgcTGGTCGGTGCGCAGTTCTATGCAGGCTgggg                                 >  1:14401965/1‑35 (MQ=255)
  gcgcTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTgggg                                 <  1:10149667/35‑1 (MQ=255)
  gcgcTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTgggg                                 <  1:9182750/35‑1 (MQ=255)
  gcgcTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTgggg                                 <  1:5529717/35‑1 (MQ=255)
  gcgcTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTgggg                                 >  1:4326814/1‑35 (MQ=255)
   cgcTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTggggg                                >  1:10725392/1‑34 (MQ=255)
   cgcTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGggt                                <  1:17589252/35‑1 (MQ=255)
   cgcTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGggt                                <  1:17918041/35‑1 (MQ=255)
   catatgctcgccgcgctgtgctgcatggctggggg                                >  1:9048373‑M2/32‑34 (MQ=255)
   catatgctcgccgcgctgggctgcatggctggggg                                >  1:4947699‑M2/32‑34 (MQ=255)
   catatgctcgccgcgctgggctgcatggctggggg                                >  1:302204‑M2/32‑34 (MQ=255)
    gcTGGTCTGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTgggggg                               >  1:8056295/1‑33 (MQ=38)
    gcTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTgggggg                               >  1:4450578/1‑33 (MQ=255)
    gcTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTgggggg                               >  1:16035943/1‑33 (MQ=255)
    gcTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTgggggg                               >  1:15312175/1‑33 (MQ=255)
    gcTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTggggcg                               >  1:6258523/1‑33 (MQ=255)
    gcTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGggtg                               >  1:3972087/1‑35 (MQ=255)
     tatgctcgccgcgctgggctgcatggctgGggggg                              >  1:19978475‑M2/30‑35 (MQ=255)
     tatgctcgccgcgctgggctgcatggctgGggggg                              >  1:6422195‑M2/30‑35 (MQ=255)
     cTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCATGCTGGggtgg                              >  1:2695010/1‑35 (MQ=255)
     cTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGggggg                              >  1:19439245/1‑35 (MQ=255)
     cTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGggggg                              >  1:3856208/1‑35 (MQ=255)
      tGGTCGGTGCTCAGTGCTATGCAGGCTGGgggggg                             >  1:9231132/1‑34 (MQ=37)
      tGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGggtggt                             <  1:18939135/35‑1 (MQ=255)
      tGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGggtggt                             <  1:2115114/35‑1 (MQ=255)
      tGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGggtggt                             <  1:5919364/35‑1 (MQ=255)
      tGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGgggggg                             >  1:12936977/1‑34 (MQ=255)
      tGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGggcggg                             >  1:67427/1‑34 (MQ=255)
       tgctcgccgcgctgggctgcatggctggggtgggt                            >  1:5216672‑M2/28‑33 (MQ=255)
       tgctcgccgcgctgggctgcatggctggggtgggc                            >  1:20451376‑M2/28‑33 (MQ=255)
       tgctcgccgcgctgggctgcatggctgGGGTGGTc                            >  1:1812695‑M2/28‑35 (MQ=255)
       ggTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGggggggg                            >  1:18772852/1‑33 (MQ=38)
       ggTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGggggggc                            >  1:15207120/1‑33 (MQ=38)
       ggTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTc                            <  1:9151377/35‑1 (MQ=255)
        gctcgccgcgctgggctgcatggctgGGGTGGTCt                           >  1:14490603‑M2/27‑35 (MQ=255)
        gctcgccgcgctgggctgcatggctgGGGTGGTCt                           >  1:6946370‑M2/27‑35 (MQ=255)
        gTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGgggggggt                           >  1:9657507/1‑32 (MQ=37)
         tCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTg                          <  1:5904781/35‑1 (MQ=255)
         tCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGGGGGCTg                          >  1:1961316/1‑35 (MQ=37)
          cGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGa                         <  1:19846572/35‑1 (MQ=255)
            gTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGAtt                       <  1:17370709/35‑1 (MQ=255)
            gTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGAtt                       <  1:6659823/35‑1 (MQ=255)
            gTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGGGGGCTGGtt                       >  1:15209180/1‑35 (MQ=25)
            gTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGGGGGCTGAtt                       >  1:7277126/1‑35 (MQ=38)
            gTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGGGGGCTGAtt                       >  1:17295233/1‑35 (MQ=38)
            gTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGGGGGCTGAtt                       >  1:16591435/1‑35 (MQ=38)
             tGCGCAGTTCTATGCAGGCTGGGGTGGGCTGATtg                      >  1:15135380/1‑35 (MQ=38)
             tGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATtg                      <  1:5910774/35‑1 (MQ=255)
              gcgcAGTGCTATGCAGGCTGGGGGGGTGTGATtgt                     >  1:18579598/1‑35 (MQ=38)
               cgcAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATtgtg                    <  1:18326526/35‑1 (MQ=255)
               cgcAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATtgtg                    <  1:15924289/35‑1 (MQ=255)
               cgcAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGGCTGATtgtg                    >  1:1657222/1‑35 (MQ=255)
                gcAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGGGTGATTTtgc                   >  1:16876034/1‑35 (MQ=25)
                gcAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGGCTGATTGtgc                   >  1:5313934/1‑35 (MQ=255)
                gcAGTGCTATGCAGGCTGGGGGGGGCTGGTTTtgc                   >  1:526529/1‑35 (MQ=19)
                gcAGTGCTATGCAGGCTGGGGGGGGCTGATtgtgg                   >  1:3925886/1‑34 (MQ=37)
                gcAGTGCTATGCAGGCTGGGGGGGGCTGATTGtgc                   >  1:6826661/1‑35 (MQ=37)
                 tcttGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGtgct                  <  1:18666672/32‑1 (MQ=255)
                 cAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGtgct                  <  1:6382644/35‑1 (MQ=255)
                 cAGTGCTATGCAGGCTGGGGGGGGCTGGTTTtgct                  >  1:17100178/1‑35 (MQ=19)
                  aGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGtgctg                 <  1:12296687/35‑1 (MQ=255)
                  aGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGtgctg                 <  1:20131628/35‑1 (MQ=255)
                  aGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGtgctg                 <  1:9792582/35‑1 (MQ=255)
                  aGTGCTATGCAGGCTGGGGGGTTCTGATTGtgctg                 >  1:11837025/1‑35 (MQ=38)
                  aGTGCTATGCAGGCTGGGGGGGGCTGATTGtgctg                 >  1:431867/1‑35 (MQ=37)
                  aGTGCTATGCAGGCTGGGGGGGGCTGATTGtgctg                 >  1:2117909/1‑35 (MQ=37)
                  aGTGCTATGCAGGCTGGGGGAGTCTGGTTGtgctg                 >  1:7180605/1‑35 (MQ=25)
                   gTGCTATGCAGGCTGGGGGGGGCTGGTTGtgctgc                >  1:10704793/1‑35 (MQ=25)
                     gCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCg              <  1:11042485/35‑1 (MQ=255)
                     gCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCg              <  1:6132720/35‑1 (MQ=255)
                     gCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCg              <  1:12148979/35‑1 (MQ=255)
                     gCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCg              <  1:16769306/35‑1 (MQ=255)
                     gCTATGCAGGCTGGGGGGGGCTGATTTTGGTGGCg              >  1:3513292/1‑35 (MQ=12)
                      cTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCgg             <  1:16491021/35‑1 (MQ=255)
                         tGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCggtgg          <  1:14741627/35‑1 (MQ=255)
                          gCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCggtggt         <  1:11309368/35‑1 (MQ=255)
                          gCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCggtggt         <  1:7689576/35‑1 (MQ=255)
                           cAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCggggggg        >  1:11138060/1‑33 (MQ=37)
                            gggctgGGGTGGTCTGATTGTCCTGCCGGTGGTTg       <  1:2240971‑M2/29‑1 (MQ=255)
                            aGGCTGGTGTGGTCTGATTGTGCTGCCgggggggg       >  1:12923108/1‑32 (MQ=25)
                            aGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCggtggggg       >  1:10412874/1‑32 (MQ=255)
                            aGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCgggggggg       >  1:7154991/1‑32 (MQ=37)
                            aGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTg       <  1:10803993/35‑1 (MQ=255)
                            aGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGGTg       >  1:13936326/1‑35 (MQ=255)
                             ggctgGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGa      <  1:15945418‑M2/30‑1 (MQ=255)
                             ggctgGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGa      <  1:12598617‑M2/30‑1 (MQ=255)
                              gctgGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGaa     <  1:17387565‑M2/31‑1 (MQ=255)
                               cTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCTGTGGGTGAAg    >  1:98177/1‑35 (MQ=25)
                                tgGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAgg   <  1:15681008‑M2/33‑1 (MQ=255)
                                ggGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAgg   <  1:5570951‑M2/33‑1 (MQ=255)
                                 gGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGc  <  1:10688388‑M2/34‑1 (MQ=255)
                                 gGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGc  <  1:18931786‑M2/34‑1 (MQ=255)
                                  |                                 
CGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGC  >  REL606/4123505‑4123572

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.