New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 1199795 = | 69 (0.670) | 4 (0.060) | 3/30 | NT | 7.4% | coding (20/828 nt) | potB | spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein |
? | REL606 | = 3283512 | 57 (0.890) | intergenic (+39/‑175) | ptsO/yrbL | phosphohistidinoprotein‑hexose phosphotransferase component of N‑regulated PTS system (Npr)/hypothetical protein |
ACACAAGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/1199837‑1199795 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tattgtcggGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGTGAT < REL606/3283512‑3283479 ACACAAGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACT > 1:4703650/1‑35 ACACAAGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACT > 1:10089000/1‑35 ACACAAGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACT < 1:2430722/35‑1 CACAAGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTA < 1:4671978/35‑1 CACAAGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTA < 1:10248512/35‑1 CACAAGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTA < 1:11186482/35‑1 ACAAGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTAT > 1:5546166/1‑35 ACAAGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTAT < 1:14069035/35‑1 ACAAGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTAT < 1:19603567/35‑1 ACAAGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTAT > 1:15743689/1‑35 ACAAGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTAT < 1:18087987/35‑1 CAAGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATT < 1:13105931/35‑1 CAAGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATT < 1:14150519/35‑1 CAAGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATT > 1:5956935/1‑35 AAGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTG < 1:8479432/35‑1 AAGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTG > 1:19799670/1‑35 AAGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTG < 1:2314125/35‑1 AGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTtt > 1:13724978/1‑33 AGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGT > 1:6631195/1‑35 AGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGT > 1:15427362/1‑35 AGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGT < 1:15074049/35‑1 AGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGT > 1:9308095/1‑35 AGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGT > 1:9098531/1‑35 GTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTC > 1:11684923/1‑35 GTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTC > 1:7436972/1‑35 TAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCG < 1:3956468/35‑1 TAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCG < 1:20217073/35‑1 TAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCG < 1:19035734/35‑1 TAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCG < 1:7568685/35‑1 TAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCG < 1:17380414/35‑1 TAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCG < 1:8079059/35‑1 TAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCG > 1:16221866/1‑35 TAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCG < 1:1206644/35‑1 TAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCG < 1:15318713/35‑1 TAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCG > 1:13344630/1‑35 TAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCG < 1:12237133/35‑1 AAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCGG > 1:12128564/1‑35 AAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCGG > 1:2734520/1‑35 AAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCGG > 1:1430714/1‑35 AAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCGG > 1:11128817/1‑35 AGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCGGG > 1:3275219/1‑35 GTTCCAGAATGTAGTGATTGTCCCTATTGTCGGGG > 1:10951581/1‑35 GTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCGGGG > 1:9316594/1‑35 TTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCGGGGG > 1:11897271/1‑35 TCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCGGGGGG > 1:4088878/1‑35 TCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCGGGGGG > 1:5797897/1‑35 CCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCGGGGGGg > 1:9126804/1‑34 AGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCGGGGGGggg > 1:10082290/1‑32 AGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCGGGGGGGGT > 1:15157728/1‑35 GAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCGGGGGGGGTT > 1:786345/1‑35 AATGTAGTGATTGTCACTATTGTCGGGGGGGGTTg > 1:7447060/1‑34 ATGTAGTGATTGTCACTATTGTCGGGGGGGGTTTG > 1:1334685/1‑35 TATTGTCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTC < 1:1154976/35‑1 ATTGTCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCA < 1:4501734/35‑1 ATTGTCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCA < 1:14040764/35‑1 TTGTCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAA < 1:4016460/35‑1 TTGTCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAA > 1:14140842/1‑35 TTGTCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAA > 1:5887402/1‑35 TTGTCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAA < 1:11825015/35‑1 TTGTCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAA > 1:9072429/1‑35 TTGTCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAA < 1:13099873/35‑1 TTGTCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAA < 1:6827372/35‑1 TTGTCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAA > 1:18104756/1‑35 TGTCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAA > 1:17103541/1‑35 TGTCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAA > 1:16369798/1‑35 TGTCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAA < 1:3305814/35‑1 TGTCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAA < 1:9748028/35‑1 TGTCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAA > 1:15891616/1‑35 TGTCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAA < 1:1532071/35‑1 GTCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAG < 1:2490102/35‑1 GTCGGGAGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAG < 1:986674/35‑1 TCGGGGGGAGTTTGAAGTGAGTTGTATGTCAAAGT > 1:17901371/1‑35 TCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGT < 1:20547763/35‑1 TCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGT < 1:8986553/35‑1 TCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGT < 1:6410326/35‑1 TCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGT < 1:18334360/35‑1 TCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGT < 1:17735997/35‑1 TCGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGT > 1:17734722/1‑35 CGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATTTCAAAGTG > 1:10111896/1‑35 CGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGTG > 1:12869415/1‑35 CGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGTG < 1:13530109/35‑1 CGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGTG < 1:16859769/35‑1 CGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGTG < 1:1723665/35‑1 CGGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGTG < 1:5457204/35‑1 GGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGTGA < 1:18540439/35‑1 GGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGTGA < 1:3670582/35‑1 GGGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGTGA < 1:10316035/35‑1 GGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGTGct > 1:11608897/1‑33 GGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGTGAT < 1:15300364/35‑1 GGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGTGAT < 1:19518365/35‑1 GGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGTGAT > 1:20570389/1‑35 GGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGTGAT < 1:12474052/35‑1 GGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGTGAT > 1:10618766/1‑35 ACACAAGTAAGTTCCAGAATGTAGTGATTGTCACTATTGTCGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/1199837‑1199795 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tattgtcggGGGGAGTTTGAAGGGAGTTGTATGTCAAAGTGAT < REL606/3283512‑3283479 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |