New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 197679 = | 131 (1.270) | 16 (0.200) | 5/38 | NT | 15.6% | intergenic (+120/‑66) | ispC/uppS | 1‑deoxy‑D‑xylulose 5‑phosphate reductoisomerase/undecaprenyl pyrophosphate synthase |
? | REL606 | 2304413 = | 69 (0.850) | coding (802/903 nt) | yfaD | hypothetical protein |
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
AATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTT > REL606/2304379‑2304447 | aaTTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCa < 1:14539720/35‑1 (MQ=255) aaTTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCa < 1:513109/35‑1 (MQ=255) aaTTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCa < 1:7519534/35‑1 (MQ=255) aaTTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCa < 1:6659745/35‑1 (MQ=255) aaTTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCa < 1:13163491/35‑1 (MQ=255) aaTTGGCTGGCAGGAAGGGATGCATGAACAAGCCa > 1:1223845/1‑35 (MQ=255) ttGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCCtt > 1:10327580/1‑35 (MQ=255) ttGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCAtt > 1:9106917/1‑35 (MQ=255) ctggcAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTaaaa > 1:3918681/1‑35 (MQ=255) tggcAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAAt > 1:18802671/1‑35 (MQ=255) tggcAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAAt > 1:14196893/1‑35 (MQ=255) gcAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTg > 1:11227005/1‑35 (MQ=255) cAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGc > 1:4668274/1‑35 (MQ=255) cAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGc > 1:5517019/1‑35 (MQ=255) cAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGc > 1:11268833/1‑35 (MQ=255) cAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGc > 1:2557180/1‑35 (MQ=255) aGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCt > 1:20418632/1‑35 (MQ=255) aGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCt > 1:1038005/1‑35 (MQ=255) ggAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCtt > 1:15602866/1‑35 (MQ=255) ggAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCtt > 1:3187897/1‑35 (MQ=255) ggAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCtt > 1:16853011/1‑35 (MQ=255) ggAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCtt > 1:20252771/1‑35 (MQ=255) ggaGGAATGCAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCttt < 1:14238429/33‑1 (MQ=16) gAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCttt > 1:6147755/1‑35 (MQ=255) gAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCttt > 1:5680008/1‑35 (MQ=255) gAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCttt > 1:17413345/1‑35 (MQ=255) gAAGGTATGCAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCttt < 1:18236522/35‑1 (MQ=25) aaaGGTATGAATAAAAAAGCCATTAAAATTGCttt < 1:2361139/34‑1 (MQ=25) aaGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTg > 1:19102597/1‑35 (MQ=255) aaGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTg > 1:8792459/1‑35 (MQ=255) aaGGTATGCATGAACAAGCAATTAAAATTGCTTTg < 1:10133456/35‑1 (MQ=255) aGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTgc > 1:7334967/1‑35 (MQ=255) aGGTATGCAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTgc < 1:2244109/35‑1 (MQ=25) aGGTATGAATAAAAAAGCCATTAAAATTGATTTgc < 1:13968059/35‑1 (MQ=12) aGGTATGAAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTgc < 1:138425/35‑1 (MQ=16) ggTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTgcg > 1:20382494/1‑35 (MQ=255) ggTATGCATAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTgcg < 1:13537547/35‑1 (MQ=37) ggTATGCATAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTgcg < 1:10234218/35‑1 (MQ=37) ggTATGCAAAAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTgcg < 1:8929222/35‑1 (MQ=25) ggTATCCATGAAAAAGCCATTAAAATTGCTTTgcg < 1:13725192/35‑1 (MQ=37) gTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTgcgc > 1:422190/1‑35 (MQ=255) gTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTgcgc > 1:20330907/1‑35 (MQ=255) tatgcaaaaaaaagccATTAAAATTGCTTTGCGCa < 1:9571695‑M2/19‑1 (MQ=255) tATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCa > 1:17723758/1‑35 (MQ=255) tATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCa > 1:17256336/1‑35 (MQ=255) tATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCa > 1:12806849/1‑35 (MQ=255) 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1:881478‑M2/24‑1 (MQ=255) aaaaaaaagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTg < 1:14318262‑M2/24‑1 (MQ=255) aTGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTg > 1:2953246/1‑35 (MQ=255) aTGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTg > 1:7766021/1‑35 (MQ=255) tGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTgg > 1:16306226/1‑35 (MQ=255) gAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGa > 1:13017503/1‑35 (MQ=255) aaaaaagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGa < 1:15249443‑M2/26‑1 (MQ=255) aaaaagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGaa < 1:10446970‑M2/27‑1 (MQ=255) aaCAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGaa > 1:12638344/1‑35 (MQ=255) aCAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAAc > 1:9332647/1‑35 (MQ=255) aCAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAAc > 1:10106669/1‑35 (MQ=255) aCAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAAc > 1:18696902/1‑35 (MQ=255) aaagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACa < 1:14531123‑M2/29‑1 (MQ=255) aaagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACa < 1:5125465‑M2/29‑1 (MQ=255) aaagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACa < 1:17197062‑M2/29‑1 (MQ=255) aagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAg < 1:10651958‑M2/30‑1 (MQ=255) aagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAg > 1:11349645‑M2/6‑35 (MQ=255) aagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAg > 1:4587283‑M2/6‑35 (MQ=255) aagccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAg < 1:5698664‑M2/30‑1 (MQ=255) agccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAgg > 1:5605454‑M2/5‑35 (MQ=255) agccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAgg > 1:8286060‑M2/5‑35 (MQ=255) gccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAggg < 1:6812338‑M2/32‑1 (MQ=255) gccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAggg < 1:6987158‑M2/32‑1 (MQ=255) gccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAggg > 1:8682091‑M2/4‑35 (MQ=255) ccATTAAAATTTCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGc > 1:17361915‑M2/3‑35 (MQ=255) ccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGc < 1:9426481‑M2/33‑1 (MQ=255) ccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGc > 1:8436387‑M2/3‑35 (MQ=255) ccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGc > 1:11605526‑M2/3‑35 (MQ=255) ccATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGc > 1:6700650‑M2/3‑35 (MQ=255) cATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCt < 1:16235733‑M2/34‑1 (MQ=255) cATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCt < 1:15742561‑M2/34‑1 (MQ=255) cATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCt > 1:6529238‑M2/2‑35 (MQ=255) cATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCt < 1:7515625‑M2/34‑1 (MQ=255) cATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCt > 1:11291901‑M2/2‑35 (MQ=255) cATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCt > 1:15056724‑M2/2‑35 (MQ=255) aTTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCtt > 1:2124597/1‑35 (MQ=255) aTTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCtt > 1:14888870/1‑35 (MQ=255) aTTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCtt > 1:20062705/1‑35 (MQ=255) aTTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCtt > 1:6944710/1‑35 (MQ=255) | AATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTT > REL606/2304379‑2304447 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |