Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 4,111,342 | C→T | 48.3% | G467G (GGC→GGT) | metL → | bifunctional aspartate kinase II/homoserine dehydrogenase II |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 4,111,342 | 0 | C→T | 48.3% | 204.6 ‑4.2 ‑0.0 | 153 | G467G (GGC→GGT) | metL | bifunctional aspartate kinase II/homoserine dehydrogenase II |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (27/47): ref base (45/34): total (72/81) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.50e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.42e-01 |
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
AAAAACGCATCGGCCTGGTATTGTTCGGTAAGGGCAATATCGGTTCCCGTTGGCTGGAACTGTTCGCCC > REL606/4111308‑4111376 | aaaaaCGCATCGGCCTGGTATTGTTCGGTAAGGGc > 1:2889684/1‑35 (MQ=255) aaaaaCGCATCGGCCTGGTATTGTTCGGTAAGGGc > 1:935309/1‑35 (MQ=255) aaaaCGCATCGGCCTGGTATTGTTCGGTAAGGGCa > 1:183911/1‑35 (MQ=255) aaaaCGCATCGGCCTGGTATTGTTCGGTAAGGGCa < 1:16691570/35‑1 (MQ=255) aaaaCGCATCGGCCTGGTATTGTTCGGTAAGGGCa > 1:16028834/1‑35 (MQ=255) aaaaCGCATCGGCCTGGTATTGTTCGGTAAGGGCa > 1:9842713/1‑35 (MQ=255) aaaCGCATCGGCCTGGTATTGTTCGGTAAGGGTaa > 1:5468693/1‑35 (MQ=255) aaaCGCATCGGCCTGGTATTGTTCGGTAAGGGCaa > 1:20338726/1‑35 (MQ=255) aaaCGCATCAGCCTGGTATTGTTCGGTAAGGGTaa < 1:18537677/35‑1 (MQ=37) aaCGCATCGGCCTGGTATTGTTCGGTAAGGGTAat < 1:13432580/35‑1 (MQ=255) aaCGCATCGGCCTGGTATTGTTCGGTAAGGGCAat > 1:10924808/1‑35 (MQ=255) aaCGCATCGGCCTGGTATTGTTCGGTAAGGGCAat > 1:17440205/1‑35 (MQ=255) aaCGCATCGGCCTGGTATTGTTCGGTAAGGGCAat < 1:3935495/35‑1 (MQ=255) aaCGCATCGGCCTGGTATTGTTCGGTAAGGGCAat > 1:8071610/1‑35 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |