New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 1133033 =122 (1.190)8 (0.100) 3/38 NT 9.4% coding (13/576 nt) yceI hypothetical protein
?REL606 = 2612120 57 (0.700)intergenic (‑323/+253) yfhK/purL predicted sensory kinase in two‑component system/phosphoribosylformylglycinamidine synthase

Only 100 of 138 total aligned reads displayed.

AACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCTTCTTCGCTATTTGAATGTAAATCAGCCACT  >  REL606/2612086‑2612154
                                  |                                  
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aaCGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTAt                                    <  1:11098111/35‑1 (MQ=255)
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 aCGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATg                                   <  1:15811912‑M2/35‑2 (MQ=255)
 aCGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATg                                   <  1:20117649‑M2/35‑2 (MQ=255)
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  cGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATgg                                  >  1:19586340‑M2/1‑33 (MQ=255)
  cGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATgg                                  <  1:15737597‑M2/35‑3 (MQ=255)
  cGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATgg                                  <  1:10952557‑M2/35‑3 (MQ=255)
  cGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATgg                                  <  1:2407421‑M2/35‑3 (MQ=255)
  cGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATgg                                  >  1:9400984‑M2/1‑33 (MQ=255)
  cGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATgg                                  >  1:10481415‑M2/1‑33 (MQ=255)
  cGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATgg                                  >  1:16990093‑M2/1‑33 (MQ=255)
  cGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTACgg                                  <  1:305587/35‑1 (MQ=255)
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   gTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATggc                                 >  1:896488‑M2/1‑32 (MQ=255)
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    tACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATggct                                >  1:15156338‑M2/1‑31 (MQ=255)
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     aCTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATggctt                               >  1:16752180‑M2/1‑30 (MQ=255)
     aCTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATggctt                               <  1:13174201‑M2/35‑6 (MQ=255)
     aCTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATggctt                               >  1:6948455‑M2/1‑30 (MQ=255)
     aCTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATggctt                               <  1:19155858‑M2/35‑6 (MQ=255)
     aCTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATggctt                               <  1:19197076‑M2/35‑6 (MQ=255)
     aCTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATggctt                               >  1:12408233‑M2/1‑30 (MQ=255)
     aCTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATggctt                               >  1:5782754‑M2/1‑30 (MQ=255)
     aCTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATggctt                               <  1:2068319‑M2/35‑6 (MQ=255)
     aCTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATggctt                               >  1:3216431‑M2/1‑30 (MQ=255)
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      cTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATggcttt                              <  1:9495571‑M2/35‑7 (MQ=255)
      cTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATGGcttc                              <  1:17703252/35‑1 (MQ=255)
       tGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATGGcttct                             <  1:3717996/35‑1 (MQ=255)
       tGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATGGcttct                             <  1:4985796/35‑1 (MQ=255)
       tGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATGGcttct                             <  1:16668334/35‑1 (MQ=255)
        gATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATggcttttt                            <  1:7326927‑M2/35‑9 (MQ=255)
        gATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATGGcttctt                            <  1:11708570/35‑1 (MQ=255)
         aTTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCttcttc                           <  1:15954990/35‑1 (MQ=255)
         aTTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCttcttc                           <  1:1198431/35‑1 (MQ=255)
         aTTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCttcttc                           <  1:10461631/35‑1 (MQ=255)
         aTTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCttcttc                           <  1:8120360/35‑1 (MQ=255)
         aTTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCttcttc                           <  1:7934507/35‑1 (MQ=255)
          ttATACGTTGCTTTGAGGGATTTATggcttttttt                          <  1:13190845‑M2/35‑11 (MQ=255)
          ttATACGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCTTCTTCg                          <  1:14475808/35‑1 (MQ=255)
           tataCGTTGCTTTGAGGGATTTATggctttttttc                         <  1:5592737‑M2/35‑12 (MQ=255)
           tataCGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCTTCTTCGc                         <  1:20542023/35‑1 (MQ=255)
           tataCGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCTTATTCGc                         <  1:8104703/35‑1 (MQ=255)
           tataAGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCTTCTTCGc                         <  1:13849902/35‑1 (MQ=255)
            ataCGTTGCTTTGAGGGATTTATggctttttttct                        <  1:10856486‑M2/35‑13 (MQ=255)
            ataCGTTGCTTTGAGGGATTTATggctttttttct                        <  1:3955828‑M2/35‑13 (MQ=255)
            ataCGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCTTCTTCGCt                        <  1:328649/35‑1 (MQ=255)
            ataCGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCTTCTTCGCt                        <  1:12699737/35‑1 (MQ=255)
            ataCGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCTTCTTCGCt                        <  1:2962623/35‑1 (MQ=255)
            ataCGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCTTCTTCGCt                        <  1:9047138/35‑1 (MQ=255)
            ataCGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCTTCTTCGCt                        <  1:3586757/35‑1 (MQ=255)
             taCGTTGCTTTGAGGGATTTATggctttttttctt                       <  1:12889428‑M2/35‑14 (MQ=255)
             taCGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCTTCTTCGCTa                       <  1:1735354/35‑1 (MQ=255)
             taCGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCTTCTTCGCTa                       <  1:6340421/35‑1 (MQ=255)
             taCGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCTTCTTCGCTa                       <  1:3151095/35‑1 (MQ=255)
             taCGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCTTCTTCGCTa                       <  1:10984385/35‑1 (MQ=255)
              aCGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCTTTTTCTCttt                      >  1:17253527/1‑33 (MQ=25)
              aCGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCTTCTTCGCTAt                      <  1:2770429/35‑1 (MQ=255)
               cGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCTTTTTTGCTAtt                     >  1:12965898/1‑35 (MQ=37)
                gTTGCTTTGAGGGATTTATGGCTTTTTCCCTCttt                    >  1:18362988/1‑35 (MQ=25)
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                 ttGCTTTGAGGGATTTATggctttttttctttttt                   <  1:6609305‑M2/35‑18 (MQ=255)
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                  tGCTTTGAGGGATTTATGGCTTCTTCGCTATTTGa                  <  1:12730131/35‑1 (MQ=255)
                   gCTTTGAGGGATTTATGGCTTTTTTTCTAttttta                 >  1:18761626/1‑32 (MQ=19)
                   gCTTTGAGGGATTTATGGCTTTTTCTCTAttttta                 >  1:10303285/1‑32 (MQ=25)
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                   gCTTTGAGGGATTTATGGCTTCTTCGCTATTTGaa                 <  1:7315614/35‑1 (MQ=255)
                    cTTTGAGGGATTTATGGCTTCTTCGCTATTTGAAt                <  1:4508413/35‑1 (MQ=255)
                    cTTTGAGGGATTTATGGCTTCTTCGCTATTTGAAt                <  1:12019178/35‑1 (MQ=255)
                     tttGAGGGATTTATGGCTTCTTCGCTATTTGAATg               <  1:1057313/35‑1 (MQ=255)
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                            gATTTATTGCTTCTTCGCTATTTGAATGTAAATCa        >  1:18842388/1‑35 (MQ=255)
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                             aTTTATGGCTTCTTCGCTATTTGAATGTAAATCAg       <  1:8295187/35‑1 (MQ=255)
                              tttATGGCTTCTTCGCTATTTGAATGTAAATCAGc      <  1:12380707/35‑1 (MQ=255)
                              tttATGGCTTCTTCGCTATTTGAATGTAAATCAGc      <  1:8983234/35‑1 (MQ=255)
                                tATGGCTTCTTCGCTATTTGAATGTAAATCAGCCa    <  1:14319945/35‑1 (MQ=255)
                                  tGGCTTCTTCGCTATTTGAATGTAAATCAGCCACt  >  1:12880016/1‑35 (MQ=255)
                                  |                                  
AACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGATTTATGGCTTCTTCGCTATTTGAATGTAAATCAGCCACT  >  REL606/2612086‑2612154

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.