New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 159309734 (0.330)11 (0.130) 6/40 NT 16.5% intergenic (+40/+4) ydeJ/dcp competence damage‑inducible protein A/dipeptidyl carboxypeptidase II
?REL606 4085859 = 83 (0.970)intergenic (+57/‑92) cpxP/fieF periplasmic protein combats stress/ferrous iron efflux protein F

CTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATC  >  REL606/1593063‑1593131
                                  |                                  
ctggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGG                                    >  1:9844102‑M1/1‑35 (MQ=255)
ctggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGG                                    >  1:15308802‑M1/1‑35 (MQ=255)
ctggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGG                                    >  1:15970300‑M1/1‑35 (MQ=255)
 tggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGg                                   >  1:17105971‑M1/1‑34 (MQ=255)
 tggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGg                                   >  1:6165689‑M1/1‑34 (MQ=255)
  ggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTTgtggtg                                  >  1:19317742/1‑35 (MQ=255)
  ggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGgtggtg                                  <  1:15892501/35‑1 (MQ=255)
  ggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgg                                  >  1:7738155‑M1/1‑33 (MQ=255)
   ggctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGgtgt                                 <  1:11609119/33‑1 (MQ=255)
   gcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGggg                                 >  1:7553621‑M1/1‑32 (MQ=255)
    cctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggt                                >  1:16092292‑M1/1‑31 (MQ=255)
    cctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggg                                >  1:609670‑M1/1‑31 (MQ=255)
    cctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGtt                                <  1:16714748/35‑1 (MQ=255)
    cctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGtt                                <  1:16416586/35‑1 (MQ=255)
    cctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGtt                                <  1:4834967/35‑1 (MQ=255)
     ctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggtt                               >  1:942740‑M1/1‑30 (MQ=255)
      tggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggttt                              >  1:146038‑M1/1‑29 (MQ=255)
      tggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGggggtt                              >  1:13956717‑M1/1‑29 (MQ=255)
      tggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTta                              <  1:2773082/35‑1 (MQ=255)
      tggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTta                              <  1:1901577/35‑1 (MQ=255)
      tggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTta                              <  1:15182678/35‑1 (MQ=255)
      tggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTta                              <  1:13164816/35‑1 (MQ=255)
      tggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTta                              <  1:7739691/35‑1 (MQ=255)
       ggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggtttt                             >  1:1414326‑M1/1‑28 (MQ=255)
       ggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTtat                             <  1:4840042/35‑1 (MQ=255)
        gcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggttttt                            >  1:9220986‑M1/1‑27 (MQ=255)
        gcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTtata                            <  1:1324991/35‑1 (MQ=255)
         cGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggtttttt                           >  1:7959438‑M1/1‑26 (MQ=255)
          gATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggttttttt                          >  1:475245‑M1/1‑25 (MQ=255)
          gATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggttttttg                          >  1:15943169‑M1/1‑25 (MQ=255)
          gATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggttttatt                          >  1:3264642‑M1/1‑25 (MQ=255)
          gATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATg                          <  1:4762626/35‑1 (MQ=255)
           atatCTCAGGCCAGCCATTGGTGGggttttttttt                         >  1:10162136‑M1/1‑24 (MQ=255)
           atatCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggttttttgt                         >  1:20319346‑M1/1‑24 (MQ=255)
           atatCTCAGGCCAGCCATTGGTGGgggttttttgt                         >  1:10079397‑M1/1‑24 (MQ=255)
           atatCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGt                         <  1:5357072/35‑1 (MQ=255)
           atatCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGt                         <  1:12787025/35‑1 (MQ=255)
           atatCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGt                         <  1:12199042/35‑1 (MQ=255)
           atatCTCAGGCCAGCCATTGGTGGGGGTTTTATGt                         >  1:8215609/1‑35 (MQ=25)
            tatCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGtt                        <  1:86113/35‑1 (MQ=255)
             atCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTc                       <  1:18288958/35‑1 (MQ=255)
             atCTCAGGCCAGCCATTGGTGGGGGTTTTTTGttt                       >  1:16465164/1‑34 (MQ=16)
              tctcAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCa                      <  1:3128510/35‑1 (MQ=255)
               ctcAGGCCAGCCATTGGTGGGGGTTTTATGtttac                     >  1:1084877/1‑32 (MQ=19)
                tcAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAg                    <  1:2014212/35‑1 (MQ=255)
                tcAGCCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAg                    <  1:490451/35‑1 (MQ=255)
                 cAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGc                   <  1:8783969/35‑1 (MQ=255)
                 cAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGc                   <  1:7607851/35‑1 (MQ=255)
                 cAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGc                   <  1:1252053/35‑1 (MQ=255)
                 cAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGc                   <  1:714292/35‑1 (MQ=255)
                 cAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGc                   <  1:1529191/35‑1 (MQ=255)
                 cAGCCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGc                   <  1:11423617/35‑1 (MQ=255)
                  aGGCCGGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGcc                  <  1:11186338/35‑1 (MQ=255)
                  aGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGcc                  <  1:13291581/35‑1 (MQ=255)
                         ccaTTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGt           <  1:5924341/35‑1 (MQ=255)
                             tggtggTTTTTATATGTTAAAGCCACGATGTTgca       <  1:3666951/35‑1 (MQ=37)
                             tggtggTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgca       >  1:8677404/1‑35 (MQ=255)
                             tggtggTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgca       >  1:6426232/1‑35 (MQ=255)
                             tggtggTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgca       >  1:17446707/1‑35 (MQ=255)
                             tggtggTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgca       >  1:2918619/1‑35 (MQ=255)
                             tggtggTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgca       >  1:7647138/1‑35 (MQ=255)
                              ggtggtGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgcag      >  1:10520536/1‑35 (MQ=255)
                              ggtggtGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgcag      >  1:17155566/1‑35 (MQ=255)
                              ggtggtGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgcag      >  1:3371472/1‑35 (MQ=255)
                              ggtggtGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgcag      <  1:541227/35‑1 (MQ=255)
                               gtggtgTTTATATGTTCAAGCGACGATGTTgcagc     <  1:5216845/35‑1 (MQ=255)
                                tggtgTTTATATGTTAAAGCCACGATGTTgtagca    <  1:3695358/35‑1 (MQ=37)
                                 tgtgtTTATGTGTTAAAGCCACGATGTTGCAGCAt   <  1:16154699/34‑1 (MQ=37)
                                 ggtgTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCAt   >  1:17141238/1‑35 (MQ=255)
                                 ggtgTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCAt   >  1:7372120/1‑35 (MQ=255)
                                 ggtgTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCAt   >  1:20152647/1‑35 (MQ=255)
                                 ggtgTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCAt   >  1:968212/1‑35 (MQ=255)
                                 ggtgTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCAt   >  1:18427968/1‑35 (MQ=255)
                                  gtgtTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATc  >  1:2239430/1‑35 (MQ=255)
                                  |                                  
CTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATC  >  REL606/1593063‑1593131

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.