New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 575058 = | 51 (0.500) | 11 (0.140) | 3/38 | NT | 9.8% | coding (616/1449 nt) | cusS | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CusR, senses copper ions |
? | REL606 | = 2762587 | 162 (1.990) | coding (1028/1140 nt) | nlpD | predicted outer membrane lipoprotein |
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
GGTTCCGGTGCTACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCAT > REL606/2762553‑2762621 | ggTTCCGGTGCTACCCATGGTTGCTATTTTTTGcc < 1:117445/35‑1 (MQ=255) ggTTCCGGTGCTACCCATGGTTGCTATTTTTTGcc > 1:19314926/1‑35 (MQ=255) gTTCCGGTGCTACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCc < 1:3842055‑M2/35‑2 (MQ=255) gTTCCGGTGCTACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCc > 1:19672488‑M2/1‑34 (MQ=255) ttCCGGTGCTACACATGGTTGCTATTTTTTGCCcc > 1:10813651‑M2/1‑33 (MQ=255) tCCGGTGCTACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCccg > 1:10081221‑M2/1‑32 (MQ=255) tCCGGTGCTACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCccg > 1:7286111‑M2/1‑32 (MQ=255) tCCGGTGCTACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCccg > 1:19884782‑M2/1‑32 (MQ=255) ccGGTGCTACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCctgc < 1:1958383‑M2/35‑5 (MQ=255) ccGGTGCTACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCccgc > 1:13546465‑M2/1‑31 (MQ=255) ccGGTGCTACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCccgc < 1:3677138‑M2/35‑5 (MQ=255) cGGTGCTACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCccgcc < 1:950949‑M2/35‑6 (MQ=255) cGGTGCTACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCccgcc < 1:6616701‑M2/35‑6 (MQ=255) ggTGCTACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCt < 1:16367829/35‑1 (MQ=255) gTGCTACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCtt > 1:7647369/1‑35 (MQ=255) gTGCTACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCtt < 1:648443/35‑1 (MQ=255) tGCTACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTc > 1:10017324/1‑35 (MQ=255) gCTACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCa > 1:2900767/1‑35 (MQ=255) gCTACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCa < 1:14807241/35‑1 (MQ=255) acTACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCa > 1:14714578/2‑35 (MQ=255) tACCCATGGTTGCTATTTTTTTCCCCGCCTTCAct > 1:19488999/1‑35 (MQ=255) tACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCAct > 1:1214163/1‑35 (MQ=255) tACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCAct < 1:20373145/35‑1 (MQ=255) tACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCAct > 1:5199996/1‑35 (MQ=255) aCCCATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCActt > 1:3141889/1‑35 (MQ=255) aCCCATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCActt < 1:4119118/35‑1 (MQ=255) aCCCATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCActt > 1:9148358/1‑35 (MQ=255) aCCCATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCActt > 1:9304922/1‑35 (MQ=255) cccATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCActtc < 1:1750479/35‑1 (MQ=255) cccATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCActtc < 1:16068368/35‑1 (MQ=255) ccATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCActtct < 1:13182801/35‑1 (MQ=255) cATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCActtctt < 1:5661469/35‑1 (MQ=255) cATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCActtctt < 1:1518582/35‑1 (MQ=255) cATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCActtctt < 1:15535117/35‑1 (MQ=255) cATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCActtctt < 1:16891460/35‑1 (MQ=255) aTGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCttg < 1:7046015/35‑1 (MQ=255) aTGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCttg < 1:1407334/35‑1 (MQ=255) tGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCttgt < 1:17205497/35‑1 (MQ=255) tGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCttgt < 1:13734487/35‑1 (MQ=255) tGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCttgt > 1:6860389/1‑35 (MQ=255) tGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCttgt < 1:19066704/35‑1 (MQ=255) ggTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCttgtt > 1:13283690/1‑35 (MQ=255) ggTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCttgtt > 1:9382754/1‑35 (MQ=255) ggTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCttgtt < 1:20549446/35‑1 (MQ=255) ggTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCttgtt > 1:15908819/1‑35 (MQ=255) ggTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCttgtt < 1:11159115/35‑1 (MQ=255) gTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCttgttg > 1:14147767/1‑35 (MQ=255) gTTGCTATTTTTTGCCCAGCCTTCACTTCttgttg < 1:18112337/35‑1 (MQ=255) gTTGCTATTTTTTGCCACGCCTTCACTTCttgttg < 1:11439998/35‑1 (MQ=255) ttGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCTtgttgt > 1:15285839/1‑35 (MQ=255) ttGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCTtgttgt > 1:15032241/1‑35 (MQ=255) ttGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCTtgttgt > 1:4630642/1‑35 (MQ=255) tGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCTTgttgtt > 1:17337285/1‑35 (MQ=255) tGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCTTgttgtt > 1:14429802/1‑35 (MQ=255) tGCTATTTTTTGCCCCGCATTCACTTCTTgttgtt < 1:19144671/35‑1 (MQ=255) gCTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTc < 1:11937744/35‑1 (MQ=255) cTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTcc > 1:3935892/1‑35 (MQ=255) cTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTcc < 1:13907802/35‑1 (MQ=255) cTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTcc > 1:2338336/1‑35 (MQ=255) cTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTcc < 1:14576335/35‑1 (MQ=255) tATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTccc < 1:4683718/35‑1 (MQ=255) tATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTccc < 1:4954166/35‑1 (MQ=255) tATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTccc > 1:15386401/1‑35 (MQ=255) tATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTccc > 1:12585945/1‑35 (MQ=255) tATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTccc < 1:845142/35‑1 (MQ=255) aTTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCg > 1:452979/1‑35 (MQ=255) ttttttGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCgg < 1:5897854/35‑1 (MQ=255) ttttttGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCgg > 1:16206866/1‑35 (MQ=255) ttttttGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCgg < 1:12947914/35‑1 (MQ=255) ttttttGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCgg < 1:2461979/35‑1 (MQ=255) ttttatGCCccgccaacagtacgataaagacgatc > 1:8035776‑M2/1‑9 (MQ=255) tttttGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGa < 1:8235505/35‑1 (MQ=255) tttatGCCccgccaacagtacgataaagacgatca > 1:6239564‑M2/1‑8 (MQ=255) ttttGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGAc > 1:8878684/1‑35 (MQ=255) ttttGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGAc < 1:2184453/35‑1 (MQ=255) ttttGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGAc < 1:18170165/35‑1 (MQ=255) ttttGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGAc > 1:4859266/1‑35 (MQ=255) ttttGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGAc < 1:3290084/35‑1 (MQ=255) tttGCCccgccaacagtacgataaagacgatcagg > 1:10491564‑M2/1‑6 (MQ=255) tttGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGAcc > 1:18437636/1‑35 (MQ=255) ttTCCccgccaacagtacgataaagacgatcagga > 1:9728578‑M2/1‑5 (MQ=255) ttGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGACCa < 1:784429/35‑1 (MQ=255) ttGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGACCa < 1:6104434/35‑1 (MQ=255) tGCCccgccaacagtacgataaagacgatcaggat > 1:10272184‑M2/1‑4 (MQ=255) tGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAg > 1:7531605/1‑35 (MQ=255) tGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAg > 1:3504368/1‑35 (MQ=255) tGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAg < 1:2648315/35‑1 (MQ=255) tGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAg > 1:12487410/1‑35 (MQ=255) tGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAg > 1:16980893/1‑35 (MQ=255) tGCCCAGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAg < 1:10752332/35‑1 (MQ=255) gCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGc > 1:10849631/1‑35 (MQ=255) gCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGc > 1:4781458/1‑35 (MQ=255) gCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGc > 1:16603044/1‑35 (MQ=255) gCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGc < 1:3380999/35‑1 (MQ=255) gCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGc > 1:20198126/1‑35 (MQ=255) gCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGc < 1:17914861/35‑1 (MQ=255) gCCCCGCATTCACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGc < 1:14991681/35‑1 (MQ=255) cccGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCAt < 1:10576376/35‑1 (MQ=255) cccGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCAt > 1:4392351/1‑35 (MQ=255) cccGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCAt > 1:5440990/1‑35 (MQ=255) | GGTTCCGGTGCTACCCATGGTTGCTATTTTTTGCCCCGCCTTCACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCAT > REL606/2762553‑2762621 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |