New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 32485 = | 59 (0.570) | 7 (0.070) | 6/46 | NT | 12.4% | coding (40/822 nt) | dapB | dihydrodipicolinate reductase |
? | REL606 | = 671859 | 42 (0.430) | coding (1118/1539 nt) | lnt | apolipoprotein N‑acyltransferase |
GCCGCCTGAATCAACTGGCGGCCCATACGCCCCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/32519‑32485 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGCTTACTGC < REL606/671859‑671826 GCCGCCTGAATCAACTGGCGGCCCATACGCCCCCC > 1:12400694/1‑35 CGCCTGAATCAACTGGCGGCCCATACGCCCCCCCG > 1:6565032/1‑35 GCCTGAATCAACTGGCGGCCCATAAGCCCCCCCGC > 1:10769223/1‑35 CGGCCCATACCCCCCCCCGCCGCTGTCGGTAAATG < 1:1327696/35‑1 GGCCCATACCCCCCCCCGCCGCTGTCGGTAAATGG < 1:2157608/35‑1 GCCCATACCCCCCCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGT < 1:6016835/35‑1 CCCATACCCCCCCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTA < 1:11745706/35‑1 ATACCCCCCCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTG < 1:2312813/35‑1 ATACCCCCCCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTG < 1:16167329/35‑1 TACCCCCCCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGA < 1:1329690/35‑1 cacCCCCCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAG < 1:5856269/32‑1 accCCCCCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAG < 1:11104106/32‑1 accCCCCCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAG < 1:16635157/32‑1 ccCCCCCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGC < 1:8780359/33‑1 CCCCCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGCTT < 1:12654929/35‑1 CCCCCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGCTT < 1:4398186/35‑1 CCCCCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGCTT < 1:5144790/35‑1 CCCCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGCTTA < 1:8067245/35‑1 CCCCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGCTTA < 1:15670573/35‑1 CCCCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGCTTA < 1:2596441/35‑1 cgCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGCTTAC < 1:1969855/33‑1 CCCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGCTTAC < 1:8172436/35‑1 CCCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGCTTAC < 1:5808420/35‑1 CCCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGCTTAC < 1:18056523/35‑1 CCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGCTTACT < 1:4410801/35‑1 CCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGCTTACT < 1:3347716/35‑1 CCCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGCTTACT < 1:11484819/35‑1 CCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGCTTACTG < 1:15587864/35‑1 CCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGCTTACTG < 1:1424975/35‑1 CCCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGCTTACTG < 1:8048419/35‑1 CCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGCTTACTGC < 1:16832207/35‑1 CCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGCTTACTGC < 1:2130238/35‑1 GCCGCCTGAATCAACTGGCGGCCCATACGCCCCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/32519‑32485 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cCGCCGCTGTCGGTAAATGGTATTGAGCTTACTGC < REL606/671859‑671826 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |