Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
JC JC REL606 4,524,522 IS186 (+) +6 bp 94.5% coding (494‑499/549 nt) fimA → major type 1 subunit fimbrin (pilin)

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 2772854 =NA (NA)84 (0.930) 36/42 NT 95.2% noncoding (1/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 = 4524527 3 (0.050)coding (499/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)
* ? REL606 = 2774196NA (NA)70 (0.780) 36/42 NT 89.3% noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 4524522 = 6 (0.090)coding (494/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)

Only 100 of 118 total aligned reads displayed.

ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  REL606/2774166‑2774196
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAC  >  REL606/4524522‑4524555
                                                                 
ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCtg                                <  1:19968180/35‑3
ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCtg                                <  1:14889164/35‑3
ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGC                                >  1:2958779/1‑35
ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGC                                >  1:15379489/1‑35
ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGC                                <  1:9117519/35‑1
 TGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCA                               >  1:16876757/1‑35
 TGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCA                               >  1:14303334/1‑35
 TGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCA                               >  1:8982225/1‑35
  GGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAA                              <  1:20264119/35‑1
   GTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAAC                             >  1:11263265/1‑35
    TTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACC                            <  1:5576279/35‑1
    TTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACC                            >  1:903019/1‑35
    TTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACC                            >  1:10219691/1‑35
     TCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCC                           <  1:413353/35‑1
     TCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCC                           >  1:8417397/1‑35
      aAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCC                          <  1:6838401/34‑1
      CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCC                          <  1:3660903/35‑1
      CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCC                          <  1:10726411/35‑1
      CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCC                          >  1:13952178/1‑35
       AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCG                         <  1:1861113/35‑1
       AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCG                         >  1:11026029/1‑35
       AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCG                         <  1:6017706/35‑1
       AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCG                         <  1:20407930/35‑1
       AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCG                         >  1:13832879/1‑35
        ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGt                        >  1:18934290/1‑34
        ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGG                        >  1:8220169/1‑35
        ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGG                        <  1:20413768/35‑1
        ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGG                        <  1:12861665/35‑1
        ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGG                        >  1:11422561/1‑35
         CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGG                       <  1:11613408/35‑1
          CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGT                      <  1:19796481/35‑1
          CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGT                      >  1:19343898/1‑35
           CTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTG                     >  1:5734878/1‑35
            TTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGC                    >  1:794817/1‑35
             TAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCT                   >  1:15353500/1‑35
             TAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCT                   <  1:9673606/35‑1
             TAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCT                   <  1:1167804/35‑1
              AAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTG                  >  1:13189235/1‑35
              AAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTG                  <  1:4259731/35‑1
                GTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCT                >  1:10718326/1‑35
                GTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCT                <  1:3121262/35‑1
                GTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCT                <  1:18517915/35‑1
                 TTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTA               >  1:14568839/1‑35
                 TTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTA               <  1:14701717/35‑1
                 TTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCAGGGTGCTGCTA               <  1:9728505/35‑1
                  TAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAA              >  1:4810689/1‑35
                  TAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAA              >  1:4553057/1‑35
                  TAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAA              <  1:10800298/35‑1
                   tagGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAT             >  1:19578000/4‑35
                   AGCGCTTATGGTCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAT             >  1:42901/1‑35
                   AGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAT             >  1:5662827/1‑35
                   AGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAT             <  1:7744343/35‑1
                   AGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAT             >  1:14672408/1‑35
                    GCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATG            <  1:19026043/35‑1
                    GCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATG            <  1:15219062/35‑1
                    GCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATG            <  1:11106542/35‑1
                    GCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATG            <  1:966332/35‑1
                     CGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGC           <  1:4948027/35‑1
                     CGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGC           <  1:7008209/35‑1
                     CGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGC           <  1:8597290/35‑1
                      GCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCG          >  1:2006699/1‑35
                      GCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCG          >  1:16908991/1‑35
                      GCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCG          >  1:12669512/1‑35
                       cgTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGG         <  1:13379819/33‑1
                       CTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGG         >  1:11843183/1‑35
                       CTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGG         <  1:12654423/35‑1
                       CTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGG         <  1:3374114/35‑1
                       CTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGG         <  1:3240140/35‑1
                       CTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGG         <  1:8973895/35‑1
                       CTTAGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGG         <  1:14436882/35‑1
                       CTTAGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGG         <  1:19553050/35‑1
                        TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGA        <  1:11267232/35‑1
                        TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGA        <  1:20545945/35‑1
                        TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGA        <  1:4314822/35‑1
                        TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGA        >  1:20205847/1‑35
                        TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGA        >  1:17925348/1‑35
                         TATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGTAT       >  1:16927780/1‑35
                         TATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAT       <  1:5756569/35‑1
                          ATGGGCCGCAGCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATG      <  1:19297457/35‑1
                          ATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATG      <  1:11202529/35‑1
                          ATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATG      >  1:4882585/1‑35
                          ATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATG      <  1:6404447/35‑1
                          ATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATG      <  1:1348320/35‑1
                          ATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATG      >  1:8573506/1‑35
                          ATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATG      >  1:15413663/1‑35
                           TGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGC     >  1:10067546/1‑35
                           TGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGC     <  1:12014218/35‑1
                           TGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGC     <  1:14094825/35‑1
                           TGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGC     <  1:18956328/35‑1
                            GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCG    <  1:16010471/35‑1
                            GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCG    <  1:18131050/35‑1
                            GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCG    <  1:8870418/35‑1
                             GGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGA   <  1:1771652/35‑1
                             GGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGA   >  1:13316743/1‑35
                             GGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGA   >  1:1097300/1‑35
                              GCCGCAGCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAC  <  1:525316/35‑1
                              GCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAC  <  1:12385942/35‑1
                              GCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAC  <  1:19796910/35‑1
                              GCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAC  <  1:11302659/35‑1
                              GCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAC  <  1:4894706/35‑1
                                                                 
ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  REL606/2774166‑2774196
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAC  >  REL606/4524522‑4524555

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.