Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 1,733,343 G→A 100% D127N (GAT→AAT)  pykF → pyruvate kinase

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6061,733,3430G→A100.0% 361.5 126D127N (GAT→AAT) pykFpyruvate kinase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (46/80):  ref base (0/0):  total (46/80)

Only 100 of 135 total aligned reads displayed.

ACCTGTCTGTTGGCAACACCGTACTGGTTGACGATGGTCTGATCGGTATGGAAGTTACCGCCAT  >  REL606/1733311‑1733374
                                |                               
aCCTGTCTGTTGGCAACACCGTACTGGTTGACAAt                               <  1:9775757/35‑1 (MQ=255)
aCCTGTCTGTTGGCAACACCGTACTGTTGACAATg                              >  1:17196551/1‑35 (MQ=25)
 ccTGTCTGTTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATg                              <  1:3089163/35‑1 (MQ=255)
 ccTGTCTGTTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATg                              <  1:8844279/35‑1 (MQ=255)
 ccTGTCTGTTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATg                              <  1:6629957/35‑1 (MQ=255)
  ctgtctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATgg                             >  1:20453542/1‑35 (MQ=255)
  ctgtctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATgg                             >  1:4989448/1‑35 (MQ=255)
  ctgtctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATgg                             >  1:7106904/1‑35 (MQ=255)
  ctgtctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATgg                             >  1:1526296/1‑35 (MQ=255)
  ctgtctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATgg                             >  1:10926266/1‑35 (MQ=255)
  ctgtctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATgg                             <  1:9289166/35‑1 (MQ=255)
   tgtctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGt                            <  1:17837189/35‑1 (MQ=255)
    gtctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATgggc                           >  1:13514140/1‑33 (MQ=37)
    gtctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTc                           >  1:8348649/1‑35 (MQ=255)
    gtctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTc                           <  1:4328250/35‑1 (MQ=255)
    gtctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTc                           >  1:9114212/1‑35 (MQ=255)
     tctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCt                          >  1:16060556/1‑35 (MQ=255)
     tctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCt                          <  1:12231470/35‑1 (MQ=255)
     tctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCt                          <  1:3350533/35‑1 (MQ=255)
     tctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCt                          <  1:19351644/35‑1 (MQ=255)
     tctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGGCt                          >  1:959870/1‑35 (MQ=25)
     tctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGGCt                          >  1:17503144/1‑35 (MQ=25)
      ctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTg                         >  1:1476140/1‑35 (MQ=255)
      ctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTg                         <  1:3352562/35‑1 (MQ=255)
      ctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTg                         <  1:3472640/35‑1 (MQ=255)
      ctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTg                         >  1:6841902/1‑35 (MQ=255)
      ctgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTg                         <  1:8106640/35‑1 (MQ=255)
       tgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGa                        <  1:18491851/35‑1 (MQ=255)
       tgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGa                        >  1:17668479/1‑35 (MQ=255)
       tgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGa                        <  1:16821231/35‑1 (MQ=255)
       tgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGa                        <  1:714881/35‑1 (MQ=255)
       tgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGa                        <  1:8086237/35‑1 (MQ=255)
       tgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGa                        >  1:13294754/1‑35 (MQ=255)
       tgtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGa                        <  1:12040159/35‑1 (MQ=255)
        gtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGAt                       >  1:19493832/1‑35 (MQ=255)
        gtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGAt                       <  1:14411261/35‑1 (MQ=255)
        gtTGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGAt                       <  1:10004499/35‑1 (MQ=255)
         ttGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATc                      <  1:3206842/35‑1 (MQ=255)
         ttGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATc                      <  1:15521291/35‑1 (MQ=255)
         ttGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATc                      <  1:16342519/35‑1 (MQ=255)
         ttGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATc                      <  1:12978799/35‑1 (MQ=255)
         ttGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATc                      <  1:1042747/35‑1 (MQ=255)
          tGGCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCg                     <  1:19493878/35‑1 (MQ=255)
          tGGAAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCg                     <  1:12208028/35‑1 (MQ=25)
           ggCAACACCGTACTGGTTTACAATGGTCTGATCgg                    >  1:6888698/1‑35 (MQ=37)
           ggCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCgg                    <  1:6357695/35‑1 (MQ=255)
           ggCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCgg                    <  1:5555915/35‑1 (MQ=255)
           ggCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCgg                    <  1:13401618/35‑1 (MQ=255)
            gCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGt                   <  1:2553355/35‑1 (MQ=255)
            gCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGt                   <  1:5485718/35‑1 (MQ=255)
            gCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGt                   <  1:13230119/35‑1 (MQ=255)
            gCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGt                   <  1:10936671/35‑1 (MQ=255)
            gCAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGt                   >  1:17634297/1‑35 (MQ=255)
             cAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCggga                  >  1:7267275/1‑33 (MQ=37)
             cAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTa                  <  1:11278736/35‑1 (MQ=255)
             cAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTa                  <  1:5663703/35‑1 (MQ=255)
             cAACACCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTa                  >  1:15279590/1‑35 (MQ=255)
               acacCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATg                <  1:10473150/35‑1 (MQ=255)
               acacCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATg                <  1:2824970/35‑1 (MQ=255)
                cacCGTACTGGTTGACAATTGTCTGATCGGTATgg               >  1:10149850/1‑35 (MQ=37)
                cacCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATgg               >  1:20079120/1‑35 (MQ=255)
                cacCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATgg               >  1:14173409/1‑35 (MQ=255)
                 acCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGa              <  1:975617/35‑1 (MQ=255)
                 acCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGa              <  1:44617/35‑1 (MQ=255)
                 acCGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGa              >  1:4080172/1‑35 (MQ=255)
                  ccGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATTGaa             >  1:13873082/1‑35 (MQ=25)
                  ccGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGaa             >  1:14928293/1‑35 (MQ=255)
                  ccGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGaa             <  1:1451626/35‑1 (MQ=255)
                  ccGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGaa             <  1:16820935/35‑1 (MQ=255)
                  ccGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGaa             <  1:13063867/35‑1 (MQ=255)
                  ccGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGaa             >  1:10582755/1‑35 (MQ=255)
                   cgaaCTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAg            >  1:6113828/4‑35 (MQ=37)
                   cGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAg            >  1:12650575/1‑35 (MQ=255)
                   cGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAg            <  1:12478566/35‑1 (MQ=255)
                   cGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAg            >  1:4714183/1‑35 (MQ=255)
                   cGTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAg            >  1:18098323/1‑35 (MQ=255)
                    gTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAgg           >  1:13856558/1‑34 (MQ=255)
                    gTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAgg           >  1:12965712/1‑34 (MQ=255)
                    gTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAGt           <  1:19292679/35‑1 (MQ=255)
                    gTACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAGt           <  1:12245675/35‑1 (MQ=255)
                     tACTGGTTGACAATGGTCTGATCTGTATGGAAggt          >  1:20457720/1‑33 (MQ=25)
                     tACTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAggg          >  1:10074918/1‑33 (MQ=37)
                      aCTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAggtg         >  1:6873743/1‑32 (MQ=37)
                      aCTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAgggg         >  1:17875117/1‑32 (MQ=37)
                      aCTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAGTTa         <  1:11457659/35‑1 (MQ=255)
                       cTGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAGTTAc        <  1:8988388/35‑1 (MQ=255)
                        tGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAGTTAcc       <  1:14874476/35‑1 (MQ=255)
                        tGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAGTTAcc       <  1:8042410/35‑1 (MQ=255)
                        tGGTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAGTTAcc       <  1:6293954/35‑1 (MQ=255)
                         ggTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAGTTACCg      <  1:2498603/35‑1 (MQ=255)
                         ggTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAGTTACCg      <  1:13402249/35‑1 (MQ=255)
                         ggTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAGTTACCg      <  1:12587084/35‑1 (MQ=255)
                         agTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAGGTACCg      >  1:6622542/2‑35 (MQ=37)
                          gTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAGTTACCGc     <  1:19288943/35‑1 (MQ=255)
                          gTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAGTTACCGc     <  1:3237565/35‑1 (MQ=255)
                          gTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAGTTACCGc     <  1:15323514/35‑1 (MQ=255)
                          gTTGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAGGGACCGc     >  1:4717081/1‑35 (MQ=25)
                            tGACAATGGTCTGATCGGTATGGAAGGTACCGCCa   >  1:1496642/1‑35 (MQ=37)
                             gACAATGGTCTGATCGGTATGGAAGGTGCCGccct  >  1:18605305/1‑33 (MQ=21)
                             gACAATGGTCTGATCGGTATGGAAGGGACCGccct  >  1:11886510/1‑33 (MQ=25)
                                |                               
ACCTGTCTGTTGGCAACACCGTACTGGTTGACGATGGTCTGATCGGTATGGAAGTTACCGCCAT  >  REL606/1733311‑1733374

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.