New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 1924962 =56 (0.540)10 (0.100) 4/48 NT 12.3% intergenic (‑216/‑59) ruvA/yebB Holliday junction DNA helicase motor protein/hypothetical protein
?REL606 = 2078183 86 (0.840)coding (1712/3306 nt) yegE predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein

Only 100 of 148 total aligned reads displayed.

ATCGGTGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCGGAGAAG  >  REL606/2078149‑2078217
                                  |                                  
aTCGGTGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGAt                                    <  1:7809662/35‑1 (MQ=255)
aTCGGTGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGAt                                    <  1:9604822/35‑1 (MQ=255)
aTCGGTGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGAt                                    <  1:14842073/35‑1 (MQ=255)
 tCGGTGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATg                                   <  1:10053594/35‑1 (MQ=255)
 tCGGTGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATg                                   <  1:10523423/35‑1 (MQ=255)
 tCGGTGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATg                                   <  1:8304455/35‑1 (MQ=255)
 tCGGTGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATg                                   <  1:11766537/35‑1 (MQ=255)
 tCGGTGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATg                                   <  1:4122188/35‑1 (MQ=255)
 tCGGTGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATg                                   <  1:20372777/35‑1 (MQ=255)
  cGGTGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATGa                                  <  1:19513968/35‑1 (MQ=255)
   gttGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATGaa                                 <  1:1883707/33‑1 (MQ=255)
   ggTGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATGaa                                 <  1:6877595/35‑1 (MQ=255)
   ggTGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATGaa                                 <  1:5430084/35‑1 (MQ=255)
   ggTGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGAAaaa                                 <  1:17291426‑M2/35‑4 (MQ=255)
    gTGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATGaaa                                <  1:17835361/35‑1 (MQ=255)
    gTGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGAAaaaa                                <  1:8758845‑M2/35‑5 (MQ=255)
     tGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATGaaaa                               <  1:13822810/35‑1 (MQ=255)
     tGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATGaaaa                               <  1:20128038/35‑1 (MQ=255)
     tGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATGaaaa                               <  1:5715208/35‑1 (MQ=255)
     tGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGAAaaaaa                               <  1:18675770‑M2/35‑6 (MQ=255)
      gAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATGAAAAt                              <  1:10468948/35‑1 (MQ=255)
      gAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATGAAAAt                              <  1:990231/35‑1 (MQ=255)
      gAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGAAaaaaaa                              <  1:18501860‑M2/35‑7 (MQ=255)
      gAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGAAaaaaaa                              <  1:9870383‑M2/35‑7 (MQ=255)
      gAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGAAaaaaaa                              <  1:14781394‑M2/35‑7 (MQ=255)
      gAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGAAGaaaaa                              >  1:13886617/1‑34 (MQ=255)
       aaGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGACGaaaaat                             >  1:10892096/1‑33 (MQ=37)
        aGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGAAaaaaaata                            <  1:14398271‑M2/35‑9 (MQ=255)
        aGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGAAAaaaaaaa                            >  1:2278240/1‑32 (MQ=25)
         gCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATGAAAATTAc                           <  1:10147662/35‑1 (MQ=255)
         gCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATGAAAATTAc                           <  1:5095452/35‑1 (MQ=255)
         gCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATGAAAATTAc                           <  1:6097094/35‑1 (MQ=255)
          ccGTGGTCTGTATTGATATGGCGATGAAAATTAcc                          <  1:10047913/35‑1 (MQ=255)
          ccGTGGTCTGTATTGATATGGCGATGAAAATTAcc                          <  1:11278674/35‑1 (MQ=255)
          ccGTGGTCTGTATTGATATGGCGAAaaaaaataac                          <  1:4708753‑M2/35‑11 (MQ=255)
           cGTGGTCTGTATTGATATGGCGATGAAAATTACCt                         <  1:14686009/35‑1 (MQ=255)
           cGTGGTCTGTATTGATATGGCGAAAAAAAATAACt                         >  1:15933490/1‑35 (MQ=16)
           cGTGGTCTGTATTGATATGGCGAAAAAAAATAACt                         >  1:14477212/1‑35 (MQ=16)
           cGTGGTCTGTATTGATATGGCGAAAAAAAATAACt                         >  1:16972041/1‑35 (MQ=16)
            gTGGTCTGTATTGATATGGCGATGAAAATTACCtt                        <  1:12784017/35‑1 (MQ=255)
            gTGGTCTGTATTGATATGGCGATGAAAATTACCtt                        <  1:10997889/35‑1 (MQ=255)
            gTGGTCTGTATTGATATGGCGAAaaaaaataaatt                        <  1:19771840‑M2/35‑13 (MQ=255)
            gTGGTCTGTATTGATATGGCGAAAAAAAATACCtt                        >  1:5340812/1‑35 (MQ=25)
             tGGTCTGTATTGATATGGCGATGAAAATTACCttt                       <  1:7662349/35‑1 (MQ=255)
             tGGTCTGTATTGATATGGCGATGAAAATTACCttt                       <  1:14796192/35‑1 (MQ=255)
             tGGTCTGTATTGATATGGCGAAAAAAAATAACttt                       >  1:13484750/1‑35 (MQ=16)
              ggTCTGTATTGATATGGCGATGAAAATTACCTTTa                      <  1:16300543/35‑1 (MQ=255)
              ggTCTGTATTGATATGGCGATGAAAATTACCTTTa                      <  1:10372168/35‑1 (MQ=255)
               gTCTGTATTGATATGGCGATGAAAATTACCTTTAt                     <  1:221246/35‑1 (MQ=255)
               gTCTGTATTGATATGGCGATGAAAATTACCTTTAt                     <  1:6400742/35‑1 (MQ=255)
               gTCTGTATTGATATGGCGATGAAAATTACCTTTAt                     <  1:4345852/35‑1 (MQ=255)
               gTCTGTATTGATATGGCGATGAAAATTACCTTTAt                     <  1:975965/35‑1 (MQ=255)
                tCTGTATTGATATGGCGATGAAAATTACCTTTATg                    <  1:1992520/35‑1 (MQ=255)
                 cTGTATTGATATGGCGATGAAAATTACCTTTATGa                   <  1:17348323/35‑1 (MQ=255)
                 cTGTATTGATATGGCGATGAAAATTACCTTTATGa                   <  1:7738689/35‑1 (MQ=255)
                  tGTATTGATATGGCGATGAAAATTACCTTTATGaa                  <  1:6929751/35‑1 (MQ=255)
                   gTATTGATATGGCGATGAAAATTACCTTTATGAAt                 <  1:17652088/35‑1 (MQ=255)
                   gTATTGATATGGCGATGAAAATTACCTTTATGAAt                 <  1:17182987/35‑1 (MQ=255)
                   gTATTGATATGGCGATGAAAATTACCTTTATGAAt                 <  1:15507537/35‑1 (MQ=255)
                   gTATTGATATGGCGATGAAAATTACATTTATGAAt                 <  1:20509114/35‑1 (MQ=255)
                    tATTGATATGGCGATGAAAATTACCTTTATGAATc                <  1:10575275/35‑1 (MQ=255)
                    tATTGATATGGCGATGAAAATTACCTTTATGAATc                <  1:6431363/35‑1 (MQ=255)
                    tATTGATATGGAGATGAAAATTACCTTTATGAATc                <  1:3561828/35‑1 (MQ=255)
                     aTTGATATGGCGATGAAAATTACCTTTATGAATcc               <  1:6755546/35‑1 (MQ=255)
                      ttGATATGGCGATGAAAATTACCTTTATGAATCCa              <  1:17359119/35‑1 (MQ=255)
                      ttGATATGGCGATGAAAATTACCTTTATGAATCCa              <  1:15942558/35‑1 (MQ=255)
                      ttGATATGGCGATGAAAATTACCTTTATGAATCCa              <  1:2497583/35‑1 (MQ=255)
                      ttGATATGGCGATGAAAATTACCTTTATGAATACa              <  1:16563906/35‑1 (MQ=255)
                        gATATGGCGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGt            <  1:17438977/35‑1 (MQ=255)
                        gATATGGCGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGt            <  1:4524828/35‑1 (MQ=255)
                        gATATGGCGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGt            <  1:2702242/35‑1 (MQ=255)
                        gATATGGCGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGt            <  1:19829135/35‑1 (MQ=255)
                         atatGGCGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTg           <  1:11996754/35‑1 (MQ=255)
                         atatGGCGATGAAAATTAACTTTATGAATCCAGTg           >  1:15147272/1‑35 (MQ=255)
                         atatGGAGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTg           <  1:17892205/35‑1 (MQ=255)
                          tatGGCGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTgg          <  1:6574385/35‑1 (MQ=255)
                          tatGGCGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTgg          <  1:1920062/35‑1 (MQ=255)
                           atGGCGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGc         <  1:1145009/35‑1 (MQ=255)
                           atGGCGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGc         <  1:12659925/35‑1 (MQ=255)
                            tGGCGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCg        <  1:19023630/35‑1 (MQ=255)
                             ggCGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCgg       >  1:6869353/1‑35 (MQ=255)
                             ggCGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCgg       >  1:6070510/1‑35 (MQ=255)
                              gCGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCggg      >  1:17829659/1‑34 (MQ=255)
                              gCGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCGga      >  1:15727512/1‑35 (MQ=255)
                              gCGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCGga      <  1:17001066/35‑1 (MQ=255)
                              gCGATGAAAATTAACTTTATGAATCCAGTGGCGga      <  1:660106/35‑1 (MQ=255)
                               cGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCgggg     >  1:11210359/1‑33 (MQ=255)
                               cGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCgggg     >  1:16742089/1‑33 (MQ=255)
                               cGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCggcg     >  1:18201130/1‑33 (MQ=255)
                               cGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCGgag     <  1:8207309/35‑1 (MQ=255)
                                gATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCggggg    >  1:7820756/1‑32 (MQ=255)
                                gATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCGggga    >  1:8565066/1‑35 (MQ=255)
                                gATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTCGCGgaga    >  1:401997/1‑35 (MQ=255)
                                 aTGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCGGggaa   >  1:12161980/1‑35 (MQ=255)
                                 aTGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCGGggaa   >  1:16761996/1‑35 (MQ=255)
                                 aTGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCGGggaa   >  1:13203901/1‑35 (MQ=255)
                                 aTGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCGGagaa   <  1:18698673/35‑1 (MQ=255)
                                  tGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCGGggaag  >  1:15075703/1‑35 (MQ=255)
                                  tGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCGGagaag  <  1:3625793/35‑1 (MQ=255)
                                  tGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCGGagaag  >  1:14721198/1‑35 (MQ=255)
                                  |                                  
ATCGGTGAAGCCGTGGTCTGTATTGATATGGCGATGAAAATTACCTTTATGAATCCAGTGGCGGAGAAG  >  REL606/2078149‑2078217

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.