Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 281,923 G→T 93.3% intergenic (‑406/‑369) ykgK ← / → ykgL predicted regulator/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL606281,9230G→T93.3% 11.8 ‑0.4 0.090intergenic (‑406/‑369)ykgK/ykgLpredicted regulator/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (55/29):  ref base (3/3):  total (58/32)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.62e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

TTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAATC  >  REL606/281891‑281954
                                |                               
ttttAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTattat                               >  1:9570426/1‑35 (MQ=255)
ttttAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTattat                               <  1:10970027/35‑1 (MQ=255)
ttttAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTattat                               <  1:16284021/35‑1 (MQ=255)
ttttAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTattat                               >  1:3851093/1‑35 (MQ=255)
  ttAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTAttatga                             <  1:10020448/35‑1 (MQ=255)
  ttAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTAttatga                             <  1:10397908/35‑1 (MQ=255)
  ttAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTAttatga                             >  1:9416459/1‑35 (MQ=255)
  ttAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTAttatga                             >  1:7642440/1‑35 (MQ=255)
  ttAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTAttatga                             >  1:17313037/1‑35 (MQ=255)
  ttAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTAtgatga                             <  1:12949625/35‑1 (MQ=255)
   taagggtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAg                            >  1:12307444/1‑35 (MQ=255)
   taagggtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAg                            >  1:16823503/1‑35 (MQ=255)
    aagggtaatggATAGAATATAAAACTATTATGAGc                           >  1:4262480/1‑35 (MQ=37)
    aagggtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAGc                           >  1:268422/1‑35 (MQ=255)
    aagggtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAGc                           <  1:14207560/35‑1 (MQ=255)
    aagggtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAGc                           <  1:11015241/35‑1 (MQ=255)
    aagggtaagggATAGAATATAAAACTATGATGAGc                           <  1:977055/35‑1 (MQ=255)
     agggtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCt                          <  1:799815/35‑1 (MQ=255)
     agggtaagggATAGAATATAAAACTATGATGAGCt                          >  1:5935971/1‑35 (MQ=255)
      gtgtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTg                         >  1:19725756/3‑35 (MQ=38)
      gggtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTg                         >  1:2704780/1‑35 (MQ=255)
      gggtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTg                         >  1:2183497/1‑35 (MQ=255)
      gggtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTg                         >  1:8506828/1‑35 (MQ=255)
      gggtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTg                         >  1:13828128/1‑35 (MQ=255)
      gggtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTg                         <  1:17907650/35‑1 (MQ=255)
      gggtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTg                         >  1:7058858/1‑35 (MQ=255)
       ggtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGt                        <  1:2967310/35‑1 (MQ=255)
       ggtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGt                        >  1:19604424/1‑35 (MQ=255)
       ggtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGt                        >  1:8373192/1‑35 (MQ=255)
       ggtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGt                        >  1:11595651/1‑35 (MQ=255)
       ggtaagggATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGt                        <  1:14519990/35‑1 (MQ=255)
        gtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTc                       >  1:2941771/1‑35 (MQ=255)
        gtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTc                       <  1:2888207/35‑1 (MQ=255)
        gtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTc                       >  1:1401076/1‑35 (MQ=255)
        gtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTc                       >  1:15741450/1‑35 (MQ=255)
        gtaagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTc                       >  1:15423168/1‑35 (MQ=255)
         taagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCa                      >  1:12517090/1‑35 (MQ=255)
         taagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCa                      >  1:19499646/1‑35 (MQ=255)
         taagggATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCa                      >  1:20402556/1‑35 (MQ=255)
         taagggATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCa                      >  1:11192020/1‑35 (MQ=255)
          aagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCAt                     >  1:11262710/1‑35 (MQ=255)
          aagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCAt                     >  1:13115147/1‑35 (MQ=255)
          aagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCAt                     >  1:17769334/1‑35 (MQ=255)
          aagggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCAt                     <  1:7702900/35‑1 (MQ=255)
           agggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCAtt                    >  1:5567772/1‑35 (MQ=255)
           agggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCAtt                    >  1:43120/1‑35 (MQ=255)
           agggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCAtt                    <  1:7699730/35‑1 (MQ=255)
            gggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCATTg                   >  1:17283448/1‑35 (MQ=255)
            gggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCATTg                   >  1:18767816/1‑35 (MQ=255)
             ggATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGa                  <  1:3668922/35‑1 (MQ=255)
              gATAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGaa                 >  1:9256424/1‑35 (MQ=255)
              gATAGAATATAAAAATATTATGAGCTGTCATTGaa                 <  1:4549328/35‑1 (MQ=37)
               aTAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAg                <  1:20047041/35‑1 (MQ=255)
               aTAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAg                >  1:8668734/1‑35 (MQ=255)
               aTAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAg                <  1:8049993/35‑1 (MQ=255)
               aTAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAg                <  1:16791312/35‑1 (MQ=255)
               aTAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAg                >  1:1594320/1‑35 (MQ=255)
                tAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAga               >  1:8113525/1‑35 (MQ=255)
                tAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAga               >  1:5502413/1‑35 (MQ=255)
                tAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAga               >  1:9543187/1‑35 (MQ=255)
                tAGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAga               >  1:1068812/1‑35 (MQ=255)
                tAGAAAATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAga               <  1:1206909/35‑1 (MQ=38)
                 aGAATATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAgat              <  1:6768516/35‑1 (MQ=255)
                  gAATATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAgatg             <  1:18909260/35‑1 (MQ=255)
                  gAATATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAgatg             >  1:13545940/1‑35 (MQ=255)
                  gAATATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAgatg             >  1:7796913/1‑35 (MQ=255)
                  gAATATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAgatg             >  1:17519360/1‑35 (MQ=255)
                   aaTATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAgatga            <  1:11659686/35‑1 (MQ=255)
                   aaTATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAgatga            >  1:13450738/1‑35 (MQ=255)
                   aaTATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAgatga            >  1:4466579/1‑35 (MQ=255)
                   aaTATAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAgatga            <  1:16755898/35‑1 (MQ=255)
                    atatAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAgatgat           >  1:4337478/1‑35 (MQ=255)
                    atatAAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAgatgat           >  1:178751/1‑35 (MQ=255)
                     tataAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAGATGAtt          <  1:12294254/35‑1 (MQ=255)
                      ataAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAGATGAttt         >  1:17298523/1‑35 (MQ=255)
                       taAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTg        <  1:12491844/35‑1 (MQ=255)
                       taAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTg        >  1:9527624/1‑35 (MQ=255)
                       taAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTg        <  1:1741341/35‑1 (MQ=255)
                       taAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTg        <  1:5672279/35‑1 (MQ=255)
                       taAAACTATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTg        >  1:5456841/1‑35 (MQ=255)
                        aaaaCTATTATTAGCTGTCATTGAAGATGATTTGc       >  1:12994884/1‑35 (MQ=37)
                        aaaaCTATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGc       >  1:20611423/1‑35 (MQ=255)
                         aaaCTATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGcc      <  1:8750400/35‑1 (MQ=255)
                          aaCTATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCa     <  1:10926898/35‑1 (MQ=255)
                           aCTATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCaa    >  1:3257439/1‑35 (MQ=255)
                           aCTATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCaa    <  1:3763859/35‑1 (MQ=255)
                           aCTATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCaa    >  1:12210291/1‑35 (MQ=255)
                           aCTATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCaa    <  1:18343058/35‑1 (MQ=255)
                           aCTATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCaa    >  1:6007230/1‑35 (MQ=255)
                            cTATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAAt   >  1:15120251/1‑35 (MQ=255)
                            cTATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAAt   >  1:12098323/1‑35 (MQ=255)
                            cTATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAAt   <  1:7257393/35‑1 (MQ=255)
                            cTATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAAt   >  1:11834425/1‑35 (MQ=255)
                            cTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAAt   <  1:486624/35‑1 (MQ=255)
                             tATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAATc  >  1:14630298/1‑35 (MQ=255)
                             tATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAATc  >  1:8439959/1‑35 (MQ=255)
                             tATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAATc  <  1:18406341/35‑1 (MQ=255)
                             tATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAATc  <  1:18422583/35‑1 (MQ=255)
                             tATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAATc  >  1:7380883/1‑35 (MQ=255)
                             tATTATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAATc  >  1:10900132/1‑35 (MQ=255)
                                |                               
TTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAATC  >  REL606/281891‑281954

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.