Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,909,807 | G→T | 100% | intergenic (‑40/‑79) | hdfR ← / → yifE | transcriptional regulator HdfR/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,909,807 | 0 | G→T | 100.0% | 345.7 | 108 | intergenic (‑40/‑79) | hdfR/yifE | transcriptional regulator HdfR/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (44/64): ref base (0/0): total (44/64) |
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TCCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTGTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAA > REL606/3909775‑3909838 | tcCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAAtttt > 1:19912924/1‑35 (MQ=255) tcCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAAtttt < 1:18142743/35‑1 (MQ=255) tcCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAAtttt > 1:17981884/1‑35 (MQ=255) tcCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAAtttt < 1:15096386/35‑1 (MQ=255) tcCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAAtttt < 1:15055767/35‑1 (MQ=255) ccGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAAttttt < 1:8823019/35‑1 (MQ=255) ccGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAAttttt < 1:18459924/35‑1 (MQ=255) cGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAAtttttt < 1:19659549/35‑1 (MQ=255) gCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAAttttttg < 1:17991018/35‑1 (MQ=255) gCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAAttttttg > 1:16444777/1‑35 (MQ=255) gCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAAttttttg < 1:15613484/35‑1 (MQ=255) gCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAAttttttg < 1:74313/35‑1 (MQ=255) aaaaTTATTTGTCGTTATGATTTAAAttttttgtt > 1:3463275/1‑35 (MQ=255) aaaaTTATTTGTCGTTATGATTTAAAttttttgtt < 1:2944402/35‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |