New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 234562869 (0.670)11 (0.120) 6/44 NT 10.6% coding (16/501 nt) nuoE NADH dehydrogenase subunit E
?REL606 3882315 = 123 (1.310)coding (103/816 nt) atpB F0F1 ATP synthase subunit A

Only 100 of 162 total aligned reads displayed.

GCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTG  >  REL606/2345594‑2345662
                                   |                                  
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gCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTG                                    <  1:4950039‑M1/35‑1 (MQ=255)
 ccGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGgttgt                                   <  1:11568865/35‑1 (MQ=255)
 ccGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGg                                   >  1:1489066‑M1/1‑34 (MQ=255)
 ccGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGg                                   >  1:13733837‑M1/1‑34 (MQ=255)
  cGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGgttgtt                                  <  1:1266292/35‑1 (MQ=255)
  cGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGgttgtt                                  <  1:2440669/35‑1 (MQ=255)
  cGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGgttgtt                                  <  1:3579042/35‑1 (MQ=255)
  cGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGgg                                  >  1:8377829‑M1/1‑33 (MQ=255)
  cGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGgg                                  >  1:19684919‑M1/1‑33 (MQ=255)
  cGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGgg                                  >  1:3870900‑M1/1‑33 (MQ=255)
  cGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGgg                                  >  1:13240416‑M1/1‑33 (MQ=255)
  cGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGGTTGTGGTTGgg                                  >  1:8201108‑M1/1‑33 (MQ=255)
   gCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGttgttg                                 <  1:12845915/35‑1 (MQ=255)
   gCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGttgttg                                 <  1:6554123/35‑1 (MQ=255)
   gCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGggg                                 >  1:594025‑M1/1‑32 (MQ=255)
   gCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGggg                                 >  1:16249861‑M1/1‑32 (MQ=255)
   gCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGggg                                 >  1:9514605‑M1/1‑32 (MQ=255)
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    cACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGgggg                                >  1:1031497‑M1/1‑31 (MQ=255)
    cACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGa                                <  1:15016132/35‑1 (MQ=255)
    cACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGa                                <  1:9711746/35‑1 (MQ=255)
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     aCTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGAt                               <  1:796422/35‑1 (MQ=255)
     aCTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGAt                               <  1:7677376/35‑1 (MQ=255)
     aCTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGAt                               <  1:4675232/35‑1 (MQ=255)
     aCTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGAt                               <  1:4115372/35‑1 (MQ=255)
      cTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGgggggt                              >  1:2571547‑M1/1‑29 (MQ=255)
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       tCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATtc                             <  1:20036276/35‑1 (MQ=255)
       ccAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGAGtc                             <  1:10676616/34‑1 (MQ=255)
         aGCCCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATtctc                           <  1:7631080/35‑1 (MQ=255)
          gCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGgggggttttg                          >  1:4700830‑M1/1‑25 (MQ=255)
          gCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGgggggttttc                          >  1:2800612‑M1/1‑25 (MQ=255)
          gCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCg                          <  1:14419102/35‑1 (MQ=255)
          gCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCg                          <  1:5945264/35‑1 (MQ=255)
          gCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCg                          <  1:10513248/35‑1 (MQ=255)
            tCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGgggggttttgtg                        >  1:1518778‑M1/1‑23 (MQ=255)
            tCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTg                        <  1:20029520/35‑1 (MQ=255)
            tCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTg                        <  1:6022689/35‑1 (MQ=255)
            acAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTg                        <  1:5106412/34‑1 (MQ=255)
             cAAAAGCCTCGGTTTGTTGTTGTTGATTCTCGTGc                       >  1:6024471/1‑35 (MQ=255)
             cAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGgggggttttttgt                       >  1:6605611‑M1/1‑22 (MQ=255)
             cAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGgggggttttctgg                       >  1:14892967‑M1/1‑22 (MQ=255)
             cAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGc                       <  1:17956585/35‑1 (MQ=255)
             aaaaaGCCTAGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGc                       <  1:445075/34‑1 (MQ=255)
               aaaGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCAt                     <  1:5428842/35‑1 (MQ=255)
               aaaGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCAt                     <  1:19561876/35‑1 (MQ=255)
               aaaGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCAt                     <  1:18007746/35‑1 (MQ=255)
                aaGCCTCTGTTTGTTGTTGTTGATTCTCGTGCATa                    >  1:13580399/1‑35 (MQ=25)
                aaGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATa                    <  1:3321442/35‑1 (MQ=255)
                 aGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATaa                   <  1:18277323/35‑1 (MQ=255)
                   ccTCGGTTTGTGGTTTTTGATTCTCGTGCATAAtt                 >  1:2079155/1‑35 (MQ=255)
                   ccTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAAtt                 <  1:8903735/35‑1 (MQ=255)
                   ccTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAAtt                 <  1:16196211/35‑1 (MQ=255)
                      cGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGc              <  1:20476625/35‑1 (MQ=255)
                      cGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGc              <  1:15674447/35‑1 (MQ=255)
                       ggTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCg             <  1:871951/35‑1 (MQ=255)
                        gTTTTTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCgg            >  1:9003116/1‑35 (MQ=255)
                        gTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCgg            <  1:4186118/35‑1 (MQ=255)
                         tttGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGt           <  1:19037564/35‑1 (MQ=255)
                          ttGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTc          <  1:3929904/35‑1 (MQ=255)
                          ttGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTc          <  1:16019873/35‑1 (MQ=255)
                           tgtgGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTcc         <  1:1670597/35‑1 (MQ=255)
                            gtgGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCca        <  1:1522453/35‑1 (MQ=255)
                            gtgGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCca        <  1:20131006/35‑1 (MQ=255)
                             tgGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCcac       <  1:9899041/35‑1 (MQ=255)
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                              ggTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCcaca      <  1:8685227/35‑1 (MQ=255)
                              ggTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGGCccca      >  1:2315688/1‑35 (MQ=37)
                              ggTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGGCccca      >  1:8587767/1‑35 (MQ=37)
                              ggTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGGCcaca      >  1:16100313/1‑35 (MQ=255)
                               gttgttGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACAt     <  1:11312821/35‑1 (MQ=255)
                               gttgttGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACAt     <  1:14046020/35‑1 (MQ=255)
                               gttgttGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACAt     <  1:7351038/35‑1 (MQ=255)
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                                ttgttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATc    <  1:12242066/35‑1 (MQ=255)
                                ttgttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATc    <  1:3331293/35‑1 (MQ=255)
                                 tgttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCt   <  1:13450199/35‑1 (MQ=255)
                                 tgttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCt   <  1:12426435/35‑1 (MQ=255)
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                                 tgttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCt   >  1:792585/1‑35 (MQ=255)
                                 tgttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCt   <  1:5720372/35‑1 (MQ=255)
                                 tGgggggttttgtggatccaccagcgagaatgtac   <  1:9366146‑M1/35‑34 (MQ=255)
                                 tGgggggttttgtggatccaccagcgagaatgtaa   >  1:18132621‑M1/1‑2 (MQ=255)
                                   gttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTg  <  1:7706934/35‑1 (MQ=255)
                                   gttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTg  <  1:17629594/35‑1 (MQ=255)
                                   gttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTg  <  1:639803/35‑1 (MQ=255)
                                   gttgATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTg  <  1:20349120/35‑1 (MQ=255)
                                   ggggggttttgtggatccaccagcgagaatgtacg  <  1:546117‑M1/35‑35 (MQ=255)
                                   ggggggttttgtggatccaccagcgagaatgtacg  >  1:7589795‑M1/1‑1 (MQ=255)
                                   ggggggttttgtggatccaccagcgagaatgtacg  <  1:1069832‑M1/35‑35 (MQ=255)
                                   ggggggttttgtggatccaccagcgagaatgtacg  >  1:13213844‑M1/1‑1 (MQ=255)
                                   |                                  
GCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTG  >  REL606/2345594‑2345662

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.