Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 1,271,354 | 1 | .→G | 1.9% | 1.8 ‑1.5 ‑0.0 | 159 | coding (645/1101 nt) | chaA | calcium/sodium:proton antiporter |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/0): ref base (72/84): total (75/84) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.18e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.90e-01 |
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
ACCAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACTGT > REL606/1271320‑1271388 | aCCAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAc > 1:14366273/1‑35 (MQ=255) aCCAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAc > 1:7791638/1‑35 (MQ=255) aCCAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAc > 1:20066951/1‑35 (MQ=255) ccAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑g > 1:13988026/1‑35 (MQ=255) ccAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑g < 1:2932722/35‑1 (MQ=255) ccAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑g > 1:8622203/1‑35 (MQ=255) ccAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑g > 1:3972793/1‑35 (MQ=255) cAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑gg > 1:3802432/1‑35 (MQ=255) cAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑gg > 1:2162047/1‑35 (MQ=255) aGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑ggg > 1:10639317/1‑34 (MQ=255) aGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑ggg > 1:12589909/1‑34 (MQ=255) aGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑ggg > 1:7048766/1‑34 (MQ=255) aGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGt < 1:2612556/35‑1 (MQ=255) gATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑gggt > 1:5236433/1‑33 (MQ=255) gATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGtt < 1:7657870/35‑1 (MQ=255) gATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGtt < 1:11669178/35‑1 (MQ=255) aTAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGttt > 1:15458026/1‑35 (MQ=255) aTAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGttt < 1:575612/35‑1 (MQ=255) aTAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGgtt > 1:5365450/1‑35 (MQ=255) aTAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGgtt > 1:1043866/1‑35 (MQ=255) aTAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGgtt > 1:8305731/1‑35 (MQ=255) aTAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGgtt > 1:11546456/1‑35 (MQ=255) tAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTa < 1:18296410/35‑1 (MQ=255) tAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGGTTa > 1:5565566/1‑35 (MQ=255) tAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGGTTa > 1:5538557/1‑35 (MQ=255) aGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTAc < 1:18508662/35‑1 (MQ=255) aGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGGTTAc > 1:1352154/1‑35 (MQ=255) gCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTAcc < 1:6453135/35‑1 (MQ=255) acATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTAcc > 1:810835/2‑35 (MQ=255) cATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCg < 1:15842878/35‑1 (MQ=255) aTGCCACACGCTGCTATGGACAGACTGGTTTCcct > 1:11722874/1‑34 (MQ=16) tGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTg < 1:8994140/35‑1 (MQ=255) tGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTg < 1:18519592/35‑1 (MQ=255) ccACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGAt > 1:11085599/1‑35 (MQ=255) ccACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGAt < 1:4388213/35‑1 (MQ=255) ccACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGGTTACCGTGAt > 1:12243467/1‑35 (MQ=255) cacaCGCTGCTTTGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATg < 1:5658037/35‑1 (MQ=255) cacaCGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATg < 1:760400/35‑1 (MQ=255) cacaCGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATg < 1:7309566/35‑1 (MQ=255) cacaCGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATg < 1:18725038/35‑1 (MQ=255) cacaCGCTGCTATGGGCAGAC‑GGGTTACCGTggtt > 1:144371/1‑32 (MQ=37) cacaCGCTGCTATGGGCAGAC‑GGGTTACCGTTATg > 1:3682723/1‑35 (MQ=37) acacGCTGCTATGTGCAGAC‑GGGTTACCGTGATgt > 1:1689830/1‑34 (MQ=37) acacGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGc < 1:8094446/35‑1 (MQ=255) acacGCTGCTATGGGCAGAC‑GGGTTACCGTGATgg > 1:15218549/1‑34 (MQ=255) acacGCTGCTATGGGCAGAC‑GGGTTACCGTGATGc > 1:17160446/1‑35 (MQ=255) acacGCTGCTATGGGCAGAC‑GGGTTACCGTGATGc > 1:8228193/1‑35 (MQ=255) cacGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCg > 1:4650592/1‑35 (MQ=255) cacGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCg < 1:1802728/35‑1 (MQ=255) cacGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCg > 1:17008213/1‑35 (MQ=255) cacGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCg < 1:16016477/35‑1 (MQ=255) acGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCgg > 1:18578954/1‑35 (MQ=255) acGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCgg < 1:12524296/35‑1 (MQ=255) acGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCgg > 1:3406929/1‑35 (MQ=255) acGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCgg > 1:15952082/1‑35 (MQ=255) acGCTGCTATGGGCAGAC‑GGGTTACCGTGATGCgg > 1:682755/1‑35 (MQ=255) cGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCggg > 1:7712713/1‑35 (MQ=255) cGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCggg > 1:4583830/1‑35 (MQ=255) gctgctATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCgggg > 1:20373217/1‑34 (MQ=255) ctgctATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtc < 1:13395494/35‑1 (MQ=255) ctgctATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtc < 1:13840096/35‑1 (MQ=255) ctgctATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtc < 1:15099636/35‑1 (MQ=255) ctgctATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtc > 1:17480652/1‑35 (MQ=255) ctgctAGGGGCAGAC‑GGTTTACAGTGATGCGGgtc < 1:19534341/35‑1 (MQ=38) atgctATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtc < 1:3936833/34‑1 (MQ=255) tgctATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtcg > 1:4512327/1‑35 (MQ=255) tgctATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtcg < 1:6732822/35‑1 (MQ=255) tgctATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATCCGGgtcg > 1:14264813/1‑35 (MQ=255) gctATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtcgt < 1:9150844/35‑1 (MQ=255) gctATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtcgt < 1:19376532/35‑1 (MQ=255) ctATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtcgtc > 1:3888661/1‑35 (MQ=255) tATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcg < 1:2299462/35‑1 (MQ=255) tATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcg < 1:20538117/35‑1 (MQ=255) tATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcg > 1:19970684/1‑35 (MQ=255) tATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcg > 1:17752304/1‑35 (MQ=255) tATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcg > 1:15762084/1‑35 (MQ=255) tATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcg < 1:157037/35‑1 (MQ=255) tATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcg < 1:15634419/35‑1 (MQ=255) ctGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcgt < 1:10582297/34‑1 (MQ=255) aTGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcgt < 1:14655555/35‑1 (MQ=255) aTGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcgt > 1:9833333/1‑35 (MQ=255) aTGGGCAGAC‑GGTTTACCATGATGCGGgtcgtcgt > 1:13725242/1‑35 (MQ=255) tGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGgtcgtcgtc < 1:16402244/35‑1 (MQ=255) ggCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGtcat < 1:9545958/35‑1 (MQ=255) gCAGAC‑GGTTTAACGTGATGCGGGTCGTCGtcatc < 1:10070187/35‑1 (MQ=255) cAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGtcatca < 1:613582/35‑1 (MQ=255) cAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGtcatca < 1:11342544/35‑1 (MQ=255) aGAC‑GGTTTACCGTGATTCGGGTCGTCGTCATCAc > 1:19862295/1‑35 (MQ=255) aGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCAc < 1:2040956/35‑1 (MQ=255) aGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCAc < 1:10941248/35‑1 (MQ=255) gAC‑GGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACt > 1:586161/1‑35 (MQ=255) gAC‑GGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACt < 1:17290191/35‑1 (MQ=255) gAC‑GGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACt > 1:12780002/1‑35 (MQ=255) aC‑GGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACTg < 1:18815266/35‑1 (MQ=255) aC‑GGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACTg < 1:10324255/35‑1 (MQ=255) aC‑GGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGCCATCACTg > 1:2606723/1‑35 (MQ=255) c‑GGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACTGt < 1:19267096/35‑1 (MQ=255) c‑GGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACTGt > 1:13187542/1‑35 (MQ=255) c‑GGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACTGt > 1:12492815/1‑35 (MQ=255) c‑GGTGTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACTGt < 1:13659536/35‑1 (MQ=255) | ACCAGATAGCATGCCACACGCTGCTATGGGCAGAC‑GGTTTACCGTGATGCGGGTCGTCGTCATCACTGT > REL606/1271320‑1271388 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |