New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 481061 =70 (0.680)12 (0.160) 4/34 NT 13.9% coding (2487/2505 nt) copA copper transporter
?REL606 = 606452 99 (1.360)coding (767/957 nt) fepB iron‑enterobactin transporter subunit

Only 100 of 169 total aligned reads displayed.

ATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAA  >  REL606/481027‑481095
                                   |                                  
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aTCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAAc                                    >  1:20027084/1‑35 (MQ=255)
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 tCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAAcc                                   >  1:20199982/1‑35 (MQ=255)
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  cggcgaacaggaatagcgattcaccgtttaacccc                                   <  1:17684331‑M1/2‑1 (MQ=255)
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  ccGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCg                                  <  1:17842259/35‑1 (MQ=255)
   ggcgaacaggaatagcgattcaccgtttaaccCCg                                  >  1:6537336‑M1/33‑35 (MQ=255)
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     cgaacaggaatagcgattcaccgtttaaccCCgca                                >  1:10652768‑M1/31‑35 (MQ=255)
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                ttATTCCTTCGGTTTAAACCGCCGCAACCGGTTgg                    >  1:5387492/1‑35 (MQ=255)
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                ttATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTgg                    >  1:1353748/1‑35 (MQ=255)
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                   ttCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGt                 >  1:12184737/1‑35 (MQ=255)
                   atCCCTCGGGTTAAACCCGCAGCAACCGGTTGGCg                  <  1:20109721/34‑1 (MQ=16)
                    cccTTCGGTTAAACCCGCAGCAACCGGTTGGCGtt                <  1:17501001/34‑1 (MQ=25)
                     ccTTCGTTTAAACCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTa               <  1:11804426/35‑1 (MQ=25)
                     ccTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTa               >  1:9482319/1‑35 (MQ=255)
                     ccTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTa               >  1:3298635/1‑35 (MQ=255)
                     ccTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTa               >  1:8546861/1‑35 (MQ=255)
                     ccTTCGGTTAAACCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTa               <  1:8310696/35‑1 (MQ=37)
                      cTTCGTTTTAACCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTAc              <  1:19049739/35‑1 (MQ=37)
                      cTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTAc              >  1:19028781/1‑35 (MQ=255)
                       ttCGTTTAAACCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACt             <  1:2514808/35‑1 (MQ=25)
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                       ttCGTTTAAACCCGCAGCAACCGGTTGGAGTTACt             <  1:12538733/35‑1 (MQ=16)
                        tgggTTAAACCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTc            <  1:13526840/33‑1 (MQ=25)
                         tggTTTAAACCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTc            <  1:5977784/34‑1 (MQ=25)
                         cGGTTTAAACCGCAGCAACCTGTTGGCGTTACTCa           >  1:8905082/1‑35 (MQ=255)
                          cgtttaaccCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCa           >  1:3637635‑M1/10‑35 (MQ=255)
                           ggttaaccCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCAc          >  1:18066211‑M1/9‑35 (MQ=255)
                           gTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACt         >  1:451999/1‑35 (MQ=255)
                           gTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACt         >  1:157457/1‑35 (MQ=255)
                           gTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACt         >  1:6782283/1‑35 (MQ=255)
                            tttaaccCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACt         >  1:14190448‑M1/8‑35 (MQ=255)
                            tttaaacCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACt         >  1:644462‑M1/8‑35 (MQ=255)
                            ttaaaccCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACt         >  1:16887233‑M1/8‑35 (MQ=255)
                            gttaaacCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACt         >  1:8164462‑M1/8‑35 (MQ=255)
                             ttaaacCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTa        >  1:12414961‑M1/7‑35 (MQ=255)
                             ttAACCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTAc       <  1:2978695/35‑1 (MQ=255)
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                              tAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACg      >  1:10528896/1‑35 (MQ=255)
                              tAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACg      >  1:4861499/1‑35 (MQ=255)
                              tAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACg      >  1:2008597/1‑35 (MQ=255)
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                               aaacCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACg      >  1:8507465‑M1/5‑35 (MQ=255)
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                                aaCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGt    >  1:18609355/1‑35 (MQ=255)
                                aaCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGt    >  1:6205924/1‑35 (MQ=255)
                                 ccCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGt    >  1:2802724‑M1/3‑35 (MQ=255)
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                                 aCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACTGTa   >  1:3075363/1‑35 (MQ=255)
                                 aCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTa   >  1:15796626/1‑35 (MQ=255)
                                  cCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTa   >  1:1696148‑M1/2‑35 (MQ=255)
                                  cCCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTa   >  1:12790336‑M1/2‑35 (MQ=255)
                                   CCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACtacggcaa  <  1:2782672‑M1/35‑4 (MQ=255)
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                                   CCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTaa  <  1:4843577‑M1/35‑1 (MQ=255)
                                   CCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTaa  <  1:6038541‑M1/35‑1 (MQ=255)
                                   CCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTaa  >  1:14141762‑M1/1‑35 (MQ=255)
                                   CCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTaa  >  1:9334569‑M1/1‑35 (MQ=255)
                                   CCGCACCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTaa  >  1:323954‑M1/1‑35 (MQ=255)
                                   |                                  
ATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAA  >  REL606/481027‑481095

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.