New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 1337070 =141 (1.370)6 (0.070) 5/42 NT 7.6% coding (463/591 nt) ribA GTP cyclohydrolase II protein
?REL606 4326307 = 22 (0.240)coding (1153/1341 nt) dcuB C4‑dicarboxylate antiporter

ATAAGTCGGCAGGATGTAATAACCGTAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGATCAACG  >  REL606/4326275‑4326341
                                |                                  
aTAAGTCGGCAGGATGTAATAACCGTAGCAAGCCg                                  >  1:10465264/1‑35 (MQ=255)
aTAAGTCGGCAGGATGTAATAACCGTAGCAAGCCg                                  >  1:441865/1‑35 (MQ=255)
aTAAGTCGGCAGGATGTAATAACCGCAGCAAGccc                                  >  1:9524475/1‑34 (MQ=255)
 tAAGTCGGCAGGATCTAATAACCGTAGCAAGCCgg                                 >  1:15656469/1‑35 (MQ=255)
  aaGTCGGCAGGATGTAATAACCGTAGAAACCCggg                                >  1:16068280/1‑34 (MQ=37)
   aGTCGGCAGGATGTAATAACCGTAGCAAGCCgggg                               >  1:5137872/1‑33 (MQ=255)
   aGTCGGCAGGATGTAATAACCGTAGCAAACCgggg                               >  1:19552590/1‑33 (MQ=38)
       ggCAGGATGTAATAACCGTAGCAAGCCGGTGCTGa                           >  1:12783000/1‑35 (MQ=255)
         cAGGATGTAATAACCGTAGCAAGCCGGTGCTGAAg                         >  1:7965103/1‑35 (MQ=255)
         cAGGATGTAATAACCGTAGCAAGCCGGGGCTGAAg                         >  1:13997743/1‑35 (MQ=255)
          aGGATGTAATAACCGTAGCAACCCGGGGTGGAAGc                        >  1:13254650/1‑35 (MQ=19)
            gATGTAATAACCGTAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCa                      >  1:7312711/1‑35 (MQ=255)
            gATGTAATAACCGTAGCAAGCCGGGGCTGAAGCCa                      >  1:14574344/1‑35 (MQ=255)
            gATGTAATAACCGTAGCAAGCCGGCGCTAAAGcac                      >  1:19905786/1‑33 (MQ=25)
              tGTAATAACCGTAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCAct                    >  1:16771440/1‑34 (MQ=255)
              tGTAATAACCGTAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACg                    >  1:6383059/1‑35 (MQ=255)
              tGTAATAACCGTAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACg                    >  1:11816049/1‑35 (MQ=255)
              tGTAATAACCGTAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACg                    >  1:18460306/1‑35 (MQ=255)
                aataacccgaaaaaagCCGGTGCTGAAGCCACGAt                  <  1:6660830‑M2/19‑1 (MQ=255)
                 aataaCCGTAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATg                 >  1:8898063/1‑35 (MQ=255)
                 aataaCCGTAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATg                 >  1:5241813/1‑35 (MQ=255)
                  taacccgaaaaaagCCGGTGCTGAAGCCACGATGt                <  1:8250746‑M2/21‑1 (MQ=255)
                  ataaCCGTAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCCCGATGt                >  1:9459940/1‑35 (MQ=255)
                  ataaCCGTAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGt                >  1:7689360/1‑35 (MQ=255)
                  ataaCCGTAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGt                >  1:14739554/1‑35 (MQ=255)
                   aacccgaaaaaagCCGGTGCTGAAGCCACGATGTa               <  1:6725320‑M2/22‑1 (MQ=255)
                   aacccaaaaaaagCCGGTGCTGAAGCCACGATGTa               <  1:5301302‑M2/22‑1 (MQ=255)
                   aacccGTACAAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGTa               <  1:2701059/32‑1 (MQ=25)
                    acccggaaaaagCCGGTGCTGAAGCCACGATGTAt              <  1:243713‑M2/23‑1 (MQ=255)
                    aaCCGTAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGACGtct              >  1:2294685/1‑33 (MQ=38)
                     cccaaaaaaagCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATg             <  1:5013937‑M2/24‑1 (MQ=255)
                     aCCGTAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATg             >  1:18530467/1‑35 (MQ=255)
                     aCCGTAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATg             >  1:12092574/1‑35 (MQ=255)
                      ccGTAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGc            >  1:18604211/1‑35 (MQ=255)
                       ggaaaaaagCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGcc           <  1:17599155‑M2/26‑1 (MQ=255)
                       cggaaaaagCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGcc           <  1:201886‑M2/26‑1 (MQ=255)
                       cGTAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGcc           >  1:6882871/1‑35 (MQ=255)
                        gaacaaagCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCg          <  1:10959388‑M2/27‑1 (MQ=255)
                        gTAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATCCCg          >  1:1175477/1‑35 (MQ=255)
                         tAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCgg         >  1:15373005/1‑35 (MQ=255)
                         tAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCgg         >  1:14553475/1‑35 (MQ=255)
                         tAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCgg         >  1:11131223/1‑35 (MQ=255)
                         tAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCgg         >  1:8332926/1‑35 (MQ=255)
                          aGCAAGCCGGTTCTGAAGCCACGATGTATGCCGGa        >  1:382017/1‑35 (MQ=255)
                          aGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGa        >  1:1083649/1‑35 (MQ=255)
                          aGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGa        >  1:18995545/1‑35 (MQ=255)
                          aGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGa        >  1:12322704/1‑35 (MQ=255)
                           gCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGAt       >  1:8430046/1‑35 (MQ=255)
                           gCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGAt       >  1:4937961/1‑35 (MQ=255)
                           aaaagCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGAt       <  1:10875584‑M2/30‑1 (MQ=255)
                            cAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGATc      >  1:5099133/1‑35 (MQ=255)
                            cAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGATc      >  1:18075302/1‑35 (MQ=255)
                            cAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGATc      >  1:886219/1‑35 (MQ=255)
                            aaagCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGATc      <  1:19267876‑M2/31‑1 (MQ=255)
                            aaagCCGGTGCTAAAGCCACGATGTATGCCGGATc      <  1:15816083‑M2/31‑1 (MQ=255)
                            aaagCCGGGGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGATc      <  1:2847948‑M2/31‑1 (MQ=255)
                             aagCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGATCa     >  1:6927484‑M2/4‑35 (MQ=255)
                             aagCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGATCa     <  1:9770302‑M2/32‑1 (MQ=255)
                             aagCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGATCa     <  1:11851125‑M2/32‑1 (MQ=255)
                             aagCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGATCa     <  1:18429888‑M2/32‑1 (MQ=255)
                              agCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGATCaa    <  1:7066477‑M2/33‑1 (MQ=255)
                              agCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGATCaa    >  1:17001189‑M2/3‑35 (MQ=255)
                               gCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGATCAAc   >  1:9273656‑M2/2‑35 (MQ=255)
                               gCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGATCAAc   <  1:979453‑M2/34‑1 (MQ=255)
                               gCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGATCAAc   >  1:997233‑M2/2‑35 (MQ=255)
                               gCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGATCAAc   <  1:13039844‑M2/34‑1 (MQ=255)
                               gCCGGTGCTAAAGCCACGATGTATGCCGGATCAAc   <  1:12811425‑M2/34‑1 (MQ=255)
                               cccGGTGCTAAAGCCACGATGTATGCCGGATCAAc   <  1:5109557/34‑1 (MQ=255)
                                ccGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGATCAACg  <  1:7306963/35‑1 (MQ=255)
                                ccGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGATCAACg  <  1:16970726/35‑1 (MQ=255)
                                ccGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGATCAACg  >  1:15659673/1‑35 (MQ=255)
                                |                                  
ATAAGTCGGCAGGATGTAATAACCGTAGCAAGCCGGTGCTGAAGCCACGATGTATGCCGGATCAACG  >  REL606/4326275‑4326341

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.