New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 5007864 (0.620)8 (0.100) 3/38 NT 17.8% coding (77/1332 nt) yaaU predicted transporter
?REL606 558256 = 23 (0.280)coding (193/294 nt) ECB_00516 conserved hypothetical protein

Only 100 of 120 total aligned reads displayed.

ATTCACCGCCGCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGTAATGATT  >  REL606/50044‑50112
                                  |                                  
aTTCACCGCCGCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGG                                    >  1:4575987‑M1/1‑35 (MQ=255)
aTTCACCGCCGCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGGGG                                    >  1:19568410‑M1/1‑35 (MQ=255)
aTTCACCGCCGCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGGGG                                    >  1:18229280‑M1/1‑35 (MQ=255)
 ttCACCGCCGCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGg                                   >  1:4075849‑M1/1‑34 (MQ=255)
 ttCACCGCCGCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGg                                   >  1:12450493‑M1/1‑34 (MQ=255)
  tCACCGCCGCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGgc                                  >  1:2842859‑M1/1‑33 (MQ=255)
  cccccgccgCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTc                                  <  1:15672098/32‑1 (MQ=255)
  cccccgccgCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTc                                  <  1:12590384/32‑1 (MQ=255)
   ccccgccgCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTcc                                 <  1:20172638/33‑1 (MQ=255)
   ccccgccgCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTcc                                 <  1:13866946/33‑1 (MQ=255)
   ccccgccgCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTcc                                 <  1:14387774/33‑1 (MQ=255)
   cACCGCCGCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGggc                                 >  1:20483604‑M1/1‑32 (MQ=255)
   cACCGCCGCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGggc                                 >  1:15266721‑M1/1‑32 (MQ=255)
    cccgccgCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCg                                <  1:7214208/34‑1 (MQ=255)
    cccgccgCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCg                                <  1:8040362/34‑1 (MQ=255)
    aCCGCCGCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGgccg                                >  1:8780214‑M1/1‑31 (MQ=255)
    aCCGCCGCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGgccg                                >  1:4781141‑M1/1‑31 (MQ=255)
     ccgccgCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGggccg                               >  1:1797176‑M1/1‑30 (MQ=255)
     ccgccgCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGgccgg                               >  1:11043474‑M1/1‑30 (MQ=255)
     ccgccgCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGt                               <  1:2249983/35‑1 (MQ=255)
     ccgccgCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGt                               <  1:1137247/35‑1 (MQ=255)
     cagccgcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGt                               <  1:5541637/33‑1 (MQ=255)
      cgccgcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGtt                              <  1:16465258/35‑1 (MQ=255)
       gccgcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGgggggtt                             >  1:6452171‑M1/1‑28 (MQ=255)
       gccgcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGttt                             <  1:13175262/35‑1 (MQ=255)
       gccgcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGttt                             <  1:15736771/35‑1 (MQ=255)
       gccgcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGttt                             <  1:7796995/35‑1 (MQ=255)
       gccgcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGttt                             <  1:11906229/35‑1 (MQ=255)
        ccgcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGggcgtttt                            >  1:14093888‑M1/1‑27 (MQ=255)
        ccgcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGggcggttt                            >  1:15668275‑M1/1‑27 (MQ=255)
        ccgcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGggcggttt                            >  1:5297900‑M1/1‑27 (MQ=255)
         cgcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCt                           <  1:8128911/35‑1 (MQ=255)
         cgcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCt                           <  1:6255745/35‑1 (MQ=255)
         cgcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCt                           <  1:19335689/35‑1 (MQ=255)
         cgcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGGGCGTTTCt                           >  1:12842554/1‑35 (MQ=37)
         cgcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGGCCGGTTCt                           >  1:6938849/1‑35 (MQ=37)
          gcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGggcggttttg                          >  1:2032565‑M1/1‑25 (MQ=255)
          gcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTg                          <  1:15626621/35‑1 (MQ=255)
          gcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTg                          <  1:13054960/35‑1 (MQ=255)
          gcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTg                          <  1:11446726/35‑1 (MQ=255)
          gcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTg                          <  1:20383575/35‑1 (MQ=255)
          gcATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGGCCGTTTCTg                          >  1:19642031/1‑35 (MQ=255)
           cATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGggcggttttgg                         >  1:5376979‑M1/1‑24 (MQ=255)
            aTTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGa                        <  1:8632041/35‑1 (MQ=255)
            aTTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGGGCGGTTCTCGa                        >  1:9054257/1‑35 (MQ=19)
             ttttGCTGTGGGGAAGCGGTGGggcggttttgggt                       >  1:3011662‑M1/1‑22 (MQ=255)
             ttttGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGAt                       <  1:16830007/35‑1 (MQ=255)
             ttttGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGAt                       <  1:1967040/35‑1 (MQ=255)
             ttttGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGAt                       <  1:19979077/35‑1 (MQ=255)
              tttGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATg                      <  1:19432506/35‑1 (MQ=255)
              tttGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATg                      <  1:11220123/35‑1 (MQ=255)
              tttGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATg                      <  1:1316021/35‑1 (MQ=255)
              tttGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATg                      <  1:7825984/35‑1 (MQ=255)
                tGCTTTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGt                    <  1:2905851/35‑1 (MQ=255)
                tGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGt                    <  1:7290546/35‑1 (MQ=255)
                tGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGt                    <  1:13636732/35‑1 (MQ=255)
                 gCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGtt                   <  1:12034236/35‑1 (MQ=255)
                 gCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGAAGGtt                   <  1:19180094/35‑1 (MQ=255)
                  cTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTa                  <  1:18717939/35‑1 (MQ=255)
                  cTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTa                  <  1:13473926/35‑1 (MQ=255)
                  cTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTa                  <  1:2317638/35‑1 (MQ=255)
                    gtgGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATg                <  1:16496698/35‑1 (MQ=255)
                    gtgGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATg                <  1:14027508/35‑1 (MQ=255)
                     tgGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATGt               <  1:19332753/35‑1 (MQ=255)
                     tgGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATGt               <  1:1396264/35‑1 (MQ=255)
                      ggggAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATGTa              <  1:13417309/35‑1 (MQ=255)
                      ggggAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATGTa              <  1:4089274/35‑1 (MQ=255)
                      ggggAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATGTa              <  1:13508652/35‑1 (MQ=255)
                       gggAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATGTAc             <  1:5835392/35‑1 (MQ=255)
                       gggAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATGTAc             <  1:8389307/35‑1 (MQ=255)
                       gggAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATGTAc             <  1:13644349/35‑1 (MQ=255)
                       gggAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATGTAc             <  1:7506373/35‑1 (MQ=255)
                       gggAAGCGGTGGTCAGTTTCTGGATGGTTATGTAc             <  1:17209375/35‑1 (MQ=255)
                        ggAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATGTACt            <  1:1489155/35‑1 (MQ=255)
                        ggAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATGTACt            <  1:16570181/35‑1 (MQ=255)
                         gAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTg           <  1:13086667/35‑1 (MQ=255)
                         gAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTg           <  1:10563511/35‑1 (MQ=255)
                          aaGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTgg          <  1:18967520/35‑1 (MQ=255)
                          aaGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGATTATGTACTgg          <  1:14985421/35‑1 (MQ=255)
                           aGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGt         <  1:18093677/35‑1 (MQ=255)
                            gCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGTa        <  1:10520969/35‑1 (MQ=255)
                             cGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGTaa       <  1:590002/35‑1 (MQ=255)
                              ggtggtCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGTAAt      >  1:8432150/1‑35 (MQ=255)
                              ggtggtCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGTAAt      >  1:18301722/1‑35 (MQ=255)
                              ggtggtCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGGAAt      >  1:10239411/1‑35 (MQ=255)
                              ggtggtCCGTTTCTGGATGGCTATGTACTGGTAAt      >  1:1246055/1‑35 (MQ=255)
                               gtggtCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGTAATg     <  1:11990250/35‑1 (MQ=255)
                               gtggtCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGTAATg     <  1:12345252/35‑1 (MQ=255)
                               gtggtCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGTAATg     <  1:14784056/35‑1 (MQ=255)
                               gtggtCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGTAATg     >  1:17261054/1‑35 (MQ=255)
                               gtggtCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGTAATg     >  1:15379467/1‑35 (MQ=255)
                                tggtCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGTAATGa    <  1:8060936/35‑1 (MQ=255)
                                 ggtCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGTAATGAt   >  1:7534997/1‑35 (MQ=255)
                                 ggtCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGTAATGAt   <  1:18149654/35‑1 (MQ=255)
                                 ggtCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGTAATGAt   <  1:20004688/35‑1 (MQ=255)
                                 ggtCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGTAATGAt   >  1:4995395/1‑35 (MQ=255)
                                  gtCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGTAATGAtt  <  1:15940559/35‑1 (MQ=255)
                                  gtCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGTAATGAtt  <  1:13190468/35‑1 (MQ=255)
                                  gtCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGTAATGAtt  <  1:19113969/35‑1 (MQ=255)
                                  gtCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGTAATGAtt  <  1:1932966/35‑1 (MQ=255)
                                  |                                  
ATTCACCGCCGCATTTTGCTGTGGGGAAGCGGTGGTCCGTTTCTGGATGGTTATGTACTGGTAATGATT  >  REL606/50044‑50112

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.